Protein–RNA interactions for Protein: Q04857

Col6a1, Collagen alpha-1(VI) chain, mousemouse

Predictions only

Length 1,025 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Col6a1Q04857 Ube2f-202ENSMUST00000171112 1547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28,41■■■□□ 2,14
Col6a1Q04857 9230104M06Rik-201ENSMUST00000180971 1963 ntBASIC28,41■■■□□ 2,14
Col6a1Q04857 Gm6821-201ENSMUST00000107540 542 ntBASIC28,4■■■□□ 2,14
Col6a1Q04857 Hrh3-208ENSMUST00000171736 906 ntTSL 5 BASIC28,39■■■□□ 2,14
Col6a1Q04857 Wsb2-201ENSMUST00000031309 2421 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28,38■■■□□ 2,13
Col6a1Q04857 Vsig8-202ENSMUST00000177086 1519 ntTSL 1 (best) BASIC28,37■■■□□ 2,13
Col6a1Q04857 Anapc11-202ENSMUST00000093140 962 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28,35■■■□□ 2,13
Col6a1Q04857 Dhrs13-203ENSMUST00000122342 1791 ntTSL 1 (best) BASIC28,34■■■□□ 2,13
Col6a1Q04857 Junos-204ENSMUST00000128094 830 ntTSL 1 (best) BASIC28,31■■■□□ 2,12
Col6a1Q04857 Cadm4-201ENSMUST00000068023 2161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28,3■■■□□ 2,12
Col6a1Q04857 Tceal5-201ENSMUST00000066819 1044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28,28■■■□□ 2,12
Col6a1Q04857 Fcho2-203ENSMUST00000109403 1523 ntTSL 5 BASIC28,28■■■□□ 2,12
Col6a1Q04857 Dtnbp1-202ENSMUST00000110128 1305 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28,26■■■□□ 2,11
Col6a1Q04857 Rnd2-201ENSMUST00000001347 1394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28,25■■■□□ 2,11
Col6a1Q04857 Sowahd-201ENSMUST00000060057 1574 ntAPPRIS P1 BASIC28,24■■■□□ 2,11
Col6a1Q04857 Gm527-201ENSMUST00000058135 1468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28,22■■■□□ 2,11
Col6a1Q04857 Ranbp1-202ENSMUST00000115645 1085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28,22■■■□□ 2,11
Col6a1Q04857 Rundc3a-201ENSMUST00000006750 2046 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28,22■■■□□ 2,11
Col6a1Q04857 Lmo2-201ENSMUST00000111139 1434 ntTSL 5 BASIC28,2■■■□□ 2,11
Col6a1Q04857 Ubl4a-207ENSMUST00000178691 1038 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28,2■■■□□ 2,1
Col6a1Q04857 Tcte3-201ENSMUST00000040746 788 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28,2■■■□□ 2,1
Col6a1Q04857 Tcte3-202ENSMUST00000097398 632 ntTSL 1 (best) BASIC28,2■■■□□ 2,1
Col6a1Q04857 Fndc10-201ENSMUST00000099265 2140 ntAPPRIS P1 BASIC28,18■■■□□ 2,1
Col6a1Q04857 Tada2b-202ENSMUST00000119916 1321 ntTSL 5 BASIC28,17■■■□□ 2,1
Col6a1Q04857 Guk1-204ENSMUST00000170202 1078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28,15■■■□□ 2,1
Col6a1Q04857 Tnfsf12-202ENSMUST00000181810 1435 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28,15■■■□□ 2,1
Col6a1Q04857 Uba52-205ENSMUST00000129909 705 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28,14■■■□□ 2,1
Col6a1Q04857 Kras-207ENSMUST00000203147 817 ntTSL 5 BASIC28,13■■■□□ 2,09
Col6a1Q04857 Gm43863-201ENSMUST00000203822 1192 ntBASIC28,13■■■□□ 2,09
Col6a1Q04857 Rpia-201ENSMUST00000066134 1829 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28,11■■■□□ 2,09
Col6a1Q04857 Twist1-201ENSMUST00000049089 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28,11■■■□□ 2,09
Col6a1Q04857 Dlx4-201ENSMUST00000021241 2282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28,1■■■□□ 2,09
Col6a1Q04857 Hspb1-202ENSMUST00000111155 930 ntTSL 1 (best) BASIC28,1■■■□□ 2,09
Col6a1Q04857 Bok-201ENSMUST00000027499 1468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28,08■■■□□ 2,09
Col6a1Q04857 6530409C15Rik-202ENSMUST00000143551 1573 ntTSL 1 (best) BASIC28,07■■■□□ 2,08
Col6a1Q04857 Cdv3-205ENSMUST00000189896 1023 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28,05■■■□□ 2,08
Col6a1Q04857 A530058N18Rik-204ENSMUST00000141209 709 ntTSL 5 BASIC28,04■■■□□ 2,08
Col6a1Q04857 2310050C09Rik-201ENSMUST00000163439 1078 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28,03■■■□□ 2,08
Col6a1Q04857 Znrf3-202ENSMUST00000143746 1022 ntTSL 1 (best) BASIC28,02■■■□□ 2,08
Col6a1Q04857 Gm42809-201ENSMUST00000198429 1138 ntBASIC28■■■□□ 2,07
Col6a1Q04857 Stard3nl-201ENSMUST00000039694 1327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27,99■■■□□ 2,07
Col6a1Q04857 Orai1-202ENSMUST00000121652 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27,99■■■□□ 2,07
Col6a1Q04857 Ctbp1-206ENSMUST00000201575 2091 ntTSL 1 (best) BASIC27,98■■■□□ 2,07
Col6a1Q04857 Bok-205ENSMUST00000201863 883 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27,98■■■□□ 2,07
Col6a1Q04857 Tbcel-204ENSMUST00000128959 1535 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27,97■■■□□ 2,07
Col6a1Q04857 Gm26859-201ENSMUST00000181743 1852 ntTSL 5 BASIC27,97■■■□□ 2,07
Col6a1Q04857 Srp9-201ENSMUST00000027792 1367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27,97■■■□□ 2,07
Col6a1Q04857 Hnrnpa0-201ENSMUST00000007980 2678 ntAPPRIS P1 BASIC27,96■■■□□ 2,07
Col6a1Q04857 Bod1-202ENSMUST00000109415 799 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27,95■■■□□ 2,06
Col6a1Q04857 1700084E18Rik-202ENSMUST00000205624 729 ntBASIC27,95■■■□□ 2,06
Col6a1Q04857 Gm31266-201ENSMUST00000192060 656 ntTSL 5 BASIC27,94■■■□□ 2,06
Col6a1Q04857 Hnrnpd-202ENSMUST00000072750 1537 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC27,92■■■□□ 2,06
Col6a1Q04857 Gkap1-201ENSMUST00000091579 1523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27,92■■■□□ 2,06
Col6a1Q04857 Gskip-202ENSMUST00000222284 1064 ntTSL 1 (best) BASIC27,9■■■□□ 2,06
Col6a1Q04857 Gm11529-201ENSMUST00000153012 639 ntTSL 1 (best) BASIC27,89■■■□□ 2,06
Col6a1Q04857 Gm28592-201ENSMUST00000186844 741 ntTSL 5 BASIC27,89■■■□□ 2,06
Col6a1Q04857 AC157572.2-201ENSMUST00000226970 908 ntBASIC27,88■■■□□ 2,05
Col6a1Q04857 Il3ra-201ENSMUST00000090591 1614 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27,87■■■□□ 2,05
Col6a1Q04857 Stard10-203ENSMUST00000164479 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27,86■■■□□ 2,05
Col6a1Q04857 1700003F12Rik-202ENSMUST00000109709 704 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC27,85■■■□□ 2,05
Col6a1Q04857 1700003F12Rik-201ENSMUST00000045116 704 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27,85■■■□□ 2,05
Col6a1Q04857 Dennd1b-209ENSMUST00000200533 1853 ntTSL 1 (best) BASIC27,84■■■□□ 2,05
Col6a1Q04857 Lactb-202ENSMUST00000215172 1806 ntTSL 1 (best) BASIC27,83■■■□□ 2,05
Col6a1Q04857 Gfra4-203ENSMUST00000110234 600 ntTSL 1 (best) BASIC27,83■■■□□ 2,05
Col6a1Q04857 Gfra4-204ENSMUST00000110235 573 ntTSL 1 (best) BASIC27,83■■■□□ 2,05
Col6a1Q04857 St3gal5-201ENSMUST00000069994 2258 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27,81■■■□□ 2,04
Col6a1Q04857 Snrpe-202ENSMUST00000164574 597 ntTSL 3 BASIC27,8■■■□□ 2,04
Col6a1Q04857 Dleu2-206ENSMUST00000182537 318 ntTSL 2 BASIC27,79■■■□□ 2,04
Col6a1Q04857 Gm20402-201ENSMUST00000174738 687 ntTSL 3 BASIC27,78■■■□□ 2,04
Col6a1Q04857 Tnfsfm13-202ENSMUST00000174159 1470 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27,77■■■□□ 2,04
Col6a1Q04857 Gm7432-201ENSMUST00000210343 879 ntBASIC27,77■■■□□ 2,04
Col6a1Q04857 Glrx2-205ENSMUST00000145571 758 ntTSL 2 BASIC27,76■■■□□ 2,03
Col6a1Q04857 Phlda3-201ENSMUST00000038945 1435 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27,75■■■□□ 2,03
Col6a1Q04857 Emx1-201ENSMUST00000045942 1561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27,75■■■□□ 2,03
Col6a1Q04857 Pcbd2-201ENSMUST00000021958 544 ntTSL 1 (best) BASIC27,75■■■□□ 2,03
Col6a1Q04857 Calm3-201ENSMUST00000019514 2290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27,75■■■□□ 2,03
Col6a1Q04857 Hoxd8-201ENSMUST00000019749 2634 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27,74■■■□□ 2,03
Col6a1Q04857 Ube2m-201ENSMUST00000005714 1472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27,74■■■□□ 2,03
Col6a1Q04857 Eid2-201ENSMUST00000059596 1392 ntAPPRIS P1 BASIC27,73■■■□□ 2,03
Col6a1Q04857 Bckdhb-206ENSMUST00000190637 1477 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27,73■■■□□ 2,03
Col6a1Q04857 Gm15672-201ENSMUST00000151512 1354 ntTSL 1 (best) BASIC27,73■■■□□ 2,03
Col6a1Q04857 Tmeff1-201ENSMUST00000030032 2461 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27,72■■■□□ 2,03
Col6a1Q04857 Cops6-202ENSMUST00000110951 1098 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27,72■■■□□ 2,03
Col6a1Q04857 Sept11-208ENSMUST00000202308 1792 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC27,72■■■□□ 2,03
Col6a1Q04857 Nkain2-201ENSMUST00000092602 558 ntBASIC27,71■■■□□ 2,03
Col6a1Q04857 Dnajb2-202ENSMUST00000082158 1253 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27,7■■■□□ 2,02
Col6a1Q04857 Dazap1-202ENSMUST00000105361 1537 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27,69■■■□□ 2,02
Col6a1Q04857 Rab43-202ENSMUST00000032135 1262 ntTSL 1 (best) BASIC27,69■■■□□ 2,02
Col6a1Q04857 Tmbim4-204ENSMUST00000134797 486 ntTSL 1 (best) BASIC27,68■■■□□ 2,02
Col6a1Q04857 Bckdhb-201ENSMUST00000034801 1472 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27,68■■■□□ 2,02
Col6a1Q04857 Ssbp3-203ENSMUST00000097934 1742 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27,67■■■□□ 2,02
Col6a1Q04857 Egln2-201ENSMUST00000080058 2107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27,65■■■□□ 2,02
Col6a1Q04857 Asf1a-205ENSMUST00000219282 1150 ntTSL 5 BASIC27,64■■■□□ 2,02
Col6a1Q04857 Pard6a-203ENSMUST00000211888 1179 ntTSL 1 (best) BASIC27,63■■■□□ 2,01
Col6a1Q04857 Gas1-202ENSMUST00000223933 1155 ntAPPRIS P2 BASIC27,63■■■□□ 2,01
Col6a1Q04857 Ppp4c-211ENSMUST00000206570 1400 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27,62■■■□□ 2,01
Col6a1Q04857 Bcl7b-202ENSMUST00000111187 564 ntTSL 1 (best) BASIC27,61■■■□□ 2,01
Col6a1Q04857 Hmgn3-202ENSMUST00000162246 983 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC27,61■■■□□ 2,01
Col6a1Q04857 Gm5814-201ENSMUST00000177586 378 ntAPPRIS P1 BASIC27,61■■■□□ 2,01
Col6a1Q04857 Azin2-201ENSMUST00000030581 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27,61■■■□□ 2,01
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 10,8 ms