Protein–RNA interactions for Protein: Q04857

Col6a1, Collagen alpha-1(VI) chain, mousemouse

Predictions only

Length 1,025 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Col6a1Q04857 Gm25239-201ENSMUST00000174915 86 ntBASIC43.69■■■■■ 4.58
Col6a1Q04857 Smc2os-201ENSMUST00000141473 626 ntTSL 1 (best) BASIC40.69■■■■■ 4.1
Col6a1Q04857 1810037I17Rik-201ENSMUST00000106429 1160 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC40.04■■■■■ 4
Col6a1Q04857 Gm24109-201ENSMUST00000175489 103 ntBASIC38.16■■■■□ 3.7
Col6a1Q04857 Gm15042-201ENSMUST00000120212 883 ntBASIC37.58■■■■□ 3.61
Col6a1Q04857 Gatad1-202ENSMUST00000119783 1278 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC36.95■■■■□ 3.51
Col6a1Q04857 Kdm2a-208ENSMUST00000176483 1128 ntTSL 1 (best) BASIC36.89■■■■□ 3.5
Col6a1Q04857 Kcnmb4-201ENSMUST00000068233 1367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.67■■■■□ 3.46
Col6a1Q04857 Gm15045-201ENSMUST00000117359 883 ntBASIC36.66■■■■□ 3.46
Col6a1Q04857 Arhgdig-201ENSMUST00000025019 1032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.47■■■■□ 3.43
Col6a1Q04857 Gm23366-201ENSMUST00000175022 89 ntBASIC36.4■■■■□ 3.42
Col6a1Q04857 AC153911.1-202ENSMUST00000218534 1034 ntBASIC35.8■■■■□ 3.32
Col6a1Q04857 Fgf2-204ENSMUST00000138563 1240 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC35.49■■■■□ 3.27
Col6a1Q04857 Fgf18-201ENSMUST00000020507 1086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.47■■■■□ 3.27
Col6a1Q04857 Gm20732-201ENSMUST00000175699 686 ntTSL 3 BASIC35.4■■■■□ 3.26
Col6a1Q04857 Necab2-201ENSMUST00000098363 1976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.38■■■■□ 3.25
Col6a1Q04857 Asmt-201ENSMUST00000178693 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.31■■■■□ 3.24
Col6a1Q04857 Cd63-201ENSMUST00000026407 1063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.15■■■■□ 3.22
Col6a1Q04857 Pkig-201ENSMUST00000064703 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.85■■■■□ 3.17
Col6a1Q04857 Tusc1-201ENSMUST00000066774 1374 ntAPPRIS P1 BASIC34.84■■■■□ 3.17
Col6a1Q04857 Drap1-203ENSMUST00000113674 939 ntTSL 2 BASIC34.74■■■■□ 3.15
Col6a1Q04857 Rexo2-201ENSMUST00000034524 1077 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.71■■■■□ 3.15
Col6a1Q04857 Gm25238-201ENSMUST00000174914 89 ntBASIC34.69■■■■□ 3.14
Col6a1Q04857 Khdrbs3-201ENSMUST00000022954 1887 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.13■■■■□ 3.05
Col6a1Q04857 Cacng8-202ENSMUST00000182222 1897 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC34.1■■■■□ 3.05
Col6a1Q04857 Syce2-204ENSMUST00000170296 929 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC34.01■■■■□ 3.03
Col6a1Q04857 Crk-202ENSMUST00000093115 965 ntTSL 1 (best) BASIC33.87■■■■□ 3.01
Col6a1Q04857 Ankrd40-202ENSMUST00000051221 1477 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.84■■■■□ 3.01
Col6a1Q04857 Tmem240-201ENSMUST00000127188 1308 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC33.8■■■■□ 3
Col6a1Q04857 Rhno1-201ENSMUST00000057421 1584 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.56■■■□□ 2.96
Col6a1Q04857 Crk-204ENSMUST00000108426 671 ntTSL 3 BASIC33.54■■■□□ 2.96
Col6a1Q04857 Gm25262-201ENSMUST00000174934 133 ntBASIC33.53■■■□□ 2.96
Col6a1Q04857 Ctdnep1-201ENSMUST00000108593 1627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.46■■■□□ 2.95
Col6a1Q04857 Rnf149-204ENSMUST00000195705 389 ntTSL 3 BASIC33.43■■■□□ 2.94
Col6a1Q04857 B330016D10Rik-201ENSMUST00000049927 1701 ntBASIC33.27■■■□□ 2.92
Col6a1Q04857 B430219N15Rik-202ENSMUST00000180853 1105 ntBASIC33.14■■■□□ 2.9
Col6a1Q04857 Drap1-201ENSMUST00000025853 992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.12■■■□□ 2.89
Col6a1Q04857 Psd-208ENSMUST00000224556 2034 ntBASIC33.1■■■□□ 2.89
Col6a1Q04857 Ybx2-201ENSMUST00000018698 1673 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC33.1■■■□□ 2.89
Col6a1Q04857 Tprgl-202ENSMUST00000105639 642 ntTSL 5 BASIC33.08■■■□□ 2.89
Col6a1Q04857 Hoxd8-202ENSMUST00000074721 1758 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.04■■■□□ 2.88
Col6a1Q04857 BC030336-205ENSMUST00000208454 813 ntTSL 2 BASIC32.98■■■□□ 2.87
Col6a1Q04857 Gm26115-201ENSMUST00000175605 87 ntBASIC32.96■■■□□ 2.87
Col6a1Q04857 Mapk3-201ENSMUST00000050201 1267 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC32.93■■■□□ 2.86
Col6a1Q04857 Kctd9-204ENSMUST00000150768 1302 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC32.9■■■□□ 2.86
Col6a1Q04857 Plekho1-201ENSMUST00000015889 1931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.86■■■□□ 2.85
Col6a1Q04857 4930537H20Rik-201ENSMUST00000200437 1683 ntBASIC32.85■■■□□ 2.85
Col6a1Q04857 Gm27325-201ENSMUST00000175467 74 ntBASIC32.84■■■□□ 2.85
Col6a1Q04857 Ppp2cb-201ENSMUST00000009774 1469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.81■■■□□ 2.84
Col6a1Q04857 Olfm1-203ENSMUST00000102879 1072 ntTSL 1 (best) BASIC32.72■■■□□ 2.83
Col6a1Q04857 Gm8109-201ENSMUST00000194076 746 ntBASIC32.68■■■□□ 2.82
Col6a1Q04857 Rab21-202ENSMUST00000218831 843 ntBASIC32.64■■■□□ 2.82
Col6a1Q04857 Glrx5-203ENSMUST00000223244 793 ntTSL 5 BASIC32.62■■■□□ 2.81
Col6a1Q04857 Bcl7c-201ENSMUST00000061468 1132 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.59■■■□□ 2.81
Col6a1Q04857 Pkdcc-204ENSMUST00000170794 2446 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.52■■■□□ 2.8
Col6a1Q04857 Fam220a-203ENSMUST00000118121 919 ntTSL 1 (best) BASIC32.45■■■□□ 2.79
Col6a1Q04857 Gsx2-202ENSMUST00000160104 1182 ntTSL 1 (best) BASIC32.35■■■□□ 2.77
Col6a1Q04857 Rnf126-201ENSMUST00000047203 1639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.32■■■□□ 2.76
Col6a1Q04857 Cacng8-201ENSMUST00000092351 1380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.24■■■□□ 2.75
Col6a1Q04857 Crebl2-202ENSMUST00000111937 612 ntTSL 3 BASIC32.22■■■□□ 2.75
Col6a1Q04857 Fam122a-201ENSMUST00000099556 855 ntAPPRIS P1 BASIC32.21■■■□□ 2.75
Col6a1Q04857 Trnp1-202ENSMUST00000125541 1654 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.18■■■□□ 2.74
Col6a1Q04857 Hnrnpd-201ENSMUST00000019128 2000 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.17■■■□□ 2.74
Col6a1Q04857 Zic2-201ENSMUST00000075888 2440 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.12■■■□□ 2.73
Col6a1Q04857 Svbp-202ENSMUST00000097908 832 ntTSL 2 BASIC32.09■■■□□ 2.73
Col6a1Q04857 Pabpn1-207ENSMUST00000150975 1775 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.97■■■□□ 2.71
Col6a1Q04857 Maz-202ENSMUST00000205461 796 ntTSL 5 BASIC31.95■■■□□ 2.71
Col6a1Q04857 B3gat3-201ENSMUST00000096243 1601 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.93■■■□□ 2.7
Col6a1Q04857 Ppp2r5c-206ENSMUST00000222276 1802 ntTSL 2 BASIC31.92■■■□□ 2.7
Col6a1Q04857 Sh3glb2-214ENSMUST00000163668 1733 ntTSL 5 BASIC31.89■■■□□ 2.7
Col6a1Q04857 Mbd2-202ENSMUST00000114946 1290 ntTSL 1 (best) BASIC31.85■■■□□ 2.69
Col6a1Q04857 Enho-201ENSMUST00000127306 1269 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.79■■■□□ 2.68
Col6a1Q04857 Gpr137c-202ENSMUST00000147957 1395 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.79■■■□□ 2.68
Col6a1Q04857 Tmed7-203ENSMUST00000151189 1348 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.68■■■□□ 2.66
Col6a1Q04857 Gm17082-201ENSMUST00000166043 1091 ntBASIC31.65■■■□□ 2.66
Col6a1Q04857 Tmem165-201ENSMUST00000031144 1897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.63■■■□□ 2.65
Col6a1Q04857 Tmed7-201ENSMUST00000036030 1436 ntTSL 5 BASIC31.63■■■□□ 2.65
Col6a1Q04857 Six2-202ENSMUST00000163568 2119 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.63■■■□□ 2.65
Col6a1Q04857 Ino80b-202ENSMUST00000113935 1503 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.62■■■□□ 2.65
Col6a1Q04857 Pabpn1-201ENSMUST00000022808 1030 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC31.62■■■□□ 2.65
Col6a1Q04857 Mbd2-201ENSMUST00000074058 1953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.6■■■□□ 2.65
Col6a1Q04857 Gm24804-201ENSMUST00000174982 85 ntBASIC31.59■■■□□ 2.65
Col6a1Q04857 Nrgn-201ENSMUST00000065668 1453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.57■■■□□ 2.64
Col6a1Q04857 Vps37d-201ENSMUST00000067935 1544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.44■■■□□ 2.62
Col6a1Q04857 Pabpn1-202ENSMUST00000116476 1761 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.35■■■□□ 2.61
Col6a1Q04857 Rrnad1-207ENSMUST00000160143 1568 ntTSL 5 BASIC31.33■■■□□ 2.61
Col6a1Q04857 Clec2l-201ENSMUST00000114874 1428 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC31.29■■■□□ 2.6
Col6a1Q04857 Ubtd2-201ENSMUST00000051053 1012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.27■■■□□ 2.6
Col6a1Q04857 Gm27322-201ENSMUST00000184007 104 ntBASIC31.25■■■□□ 2.59
Col6a1Q04857 Snf8-202ENSMUST00000107700 849 ntTSL 2 BASIC31.22■■■□□ 2.59
Col6a1Q04857 Agap3-206ENSMUST00000212381 1191 ntTSL 5 BASIC31.21■■■□□ 2.59
Col6a1Q04857 Gdf7-201ENSMUST00000037313 1423 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC31.21■■■□□ 2.59
Col6a1Q04857 Gm12339-201ENSMUST00000127424 728 ntTSL 3 BASIC31.18■■■□□ 2.58
Col6a1Q04857 Sh3glb2-204ENSMUST00000113621 1851 ntTSL 5 BASIC31.14■■■□□ 2.58
Col6a1Q04857 Hnrnpd-203ENSMUST00000112939 1670 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC31.12■■■□□ 2.57
Col6a1Q04857 Wtip-201ENSMUST00000038537 1962 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.12■■■□□ 2.57
Col6a1Q04857 Nkx1-1-201ENSMUST00000173348 1209 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC31.09■■■□□ 2.57
Col6a1Q04857 Gm8066-201ENSMUST00000197762 485 ntTSL 3 BASIC31.09■■■□□ 2.57
Col6a1Q04857 Il17d-201ENSMUST00000089494 1274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.09■■■□□ 2.57
Col6a1Q04857 Fcho2-204ENSMUST00000179563 1586 ntTSL 5 BASIC31.09■■■□□ 2.57
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 12.3 ms