Protein–RNA interactions for Protein: P48381

Rfx3, Transcription factor RFX3, mousemouse

Predictions only

Length 749 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Rfx3P48381 Ric1-206ENSMUST00000162184 2157 ntTSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
Rfx3P48381 Syt7-201ENSMUST00000073899 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
Rfx3P48381 Kdm2a-203ENSMUST00000116571 2413 ntTSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
Rfx3P48381 Arl2bp-201ENSMUST00000034228 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
Rfx3P48381 Gm45716-202ENSMUST00000134929 2031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
Rfx3P48381 Ppp1cc-201ENSMUST00000086294 1442 ntTSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
Rfx3P48381 Rhobtb3-202ENSMUST00000109606 1676 ntTSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
Rfx3P48381 Hoxa13-203ENSMUST00000147595 2395 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC22.61■■□□□ 1.21
Rfx3P48381 Spata1-201ENSMUST00000029839 1920 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
Rfx3P48381 Rab22a-202ENSMUST00000109110 849 ntTSL 5 BASIC22.6■■□□□ 1.21
Rfx3P48381 Il17d-201ENSMUST00000089494 1274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
Rfx3P48381 Phf10-201ENSMUST00000024657 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.2
Rfx3P48381 Btf3-201ENSMUST00000022163 1091 ntTSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
Rfx3P48381 Ankrd28-201ENSMUST00000014640 6712 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
Rfx3P48381 Ebag9-203ENSMUST00000227691 1945 ntAPPRIS P1 BASIC22.55■■□□□ 1.2
Rfx3P48381 Cbln1-201ENSMUST00000034076 2800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
Rfx3P48381 Smad7-202ENSMUST00000168918 1882 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
Rfx3P48381 Cnnm3-201ENSMUST00000001166 5193 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
Rfx3P48381 Sap30l-201ENSMUST00000020826 1151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
Rfx3P48381 Homer3-202ENSMUST00000087467 880 ntTSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
Rfx3P48381 Tmed7-203ENSMUST00000151189 1348 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
Rfx3P48381 Ring1-201ENSMUST00000025183 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
Rfx3P48381 Plpp2-201ENSMUST00000063879 1654 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
Rfx3P48381 Ssx2ip-202ENSMUST00000106149 2416 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
Rfx3P48381 Peli2-204ENSMUST00000226513 1320 ntBASIC22.51■■□□□ 1.19
Rfx3P48381 Fcnaos-201ENSMUST00000127642 1351 ntTSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
Rfx3P48381 Gkap1-201ENSMUST00000091579 1523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
Rfx3P48381 Fxyd1-205ENSMUST00000205439 535 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.49■■□□□ 1.19
Rfx3P48381 Rragc-201ENSMUST00000030399 2593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
Rfx3P48381 Rnf220-212ENSMUST00000221654 1949 ntTSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
Rfx3P48381 Pfdn2-202ENSMUST00000135941 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
Rfx3P48381 Dlg1-203ENSMUST00000100001 4711 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.48■■□□□ 1.19
Rfx3P48381 Ttc19-202ENSMUST00000101075 2193 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
Rfx3P48381 Cnnm3-202ENSMUST00000097776 5292 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
Rfx3P48381 Kcnmb4os2-201ENSMUST00000080943 1571 ntTSL 5 BASIC22.47■■□□□ 1.19
Rfx3P48381 Snf8-202ENSMUST00000107700 849 ntTSL 2 BASIC22.47■■□□□ 1.19
Rfx3P48381 Arhgap22-201ENSMUST00000111955 2148 ntTSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
Rfx3P48381 Lmo2-201ENSMUST00000111139 1434 ntTSL 5 BASIC22.46■■□□□ 1.19
Rfx3P48381 Raly-201ENSMUST00000029120 1802 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.45■■□□□ 1.19
Rfx3P48381 Vsig8-202ENSMUST00000177086 1519 ntTSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
Rfx3P48381 Vdac3-202ENSMUST00000179233 1423 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
Rfx3P48381 Sept11-208ENSMUST00000202308 1792 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.44■■□□□ 1.18
Rfx3P48381 Fbll1-201ENSMUST00000160726 1503 ntAPPRIS P1 BASIC22.43■■□□□ 1.18
Rfx3P48381 Gm26566-201ENSMUST00000181601 1038 ntAPPRIS P1 BASIC22.42■■□□□ 1.18
Rfx3P48381 Ildr2-205ENSMUST00000193860 2320 ntTSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
Rfx3P48381 Hnrnpd-202ENSMUST00000072750 1537 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC22.41■■□□□ 1.18
Rfx3P48381 Gnas-207ENSMUST00000109085 1789 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
Rfx3P48381 Lemd2-201ENSMUST00000055117 2595 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
Rfx3P48381 Reep6-203ENSMUST00000105355 2127 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
Rfx3P48381 Reep6-204ENSMUST00000105357 2127 ntTSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
Rfx3P48381 Paip1-203ENSMUST00000126957 1731 ntTSL 5 BASIC22.39■■□□□ 1.17
Rfx3P48381 Ubl4a-207ENSMUST00000178691 1038 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
Rfx3P48381 Gm24804-201ENSMUST00000174982 85 ntBASIC22.36■■□□□ 1.17
Rfx3P48381 Gm960-202ENSMUST00000177696 2262 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.36■■□□□ 1.17
Rfx3P48381 Amer2-203ENSMUST00000225247 2662 ntBASIC22.35■■□□□ 1.17
Rfx3P48381 Orai1-201ENSMUST00000051016 1482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
Rfx3P48381 Reep6-202ENSMUST00000105354 2208 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
Rfx3P48381 Reep6-205ENSMUST00000105358 2208 ntTSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
Rfx3P48381 Ebf4-203ENSMUST00000110288 2982 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.34■■□□□ 1.17
Rfx3P48381 Ndufaf6-201ENSMUST00000058183 1082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
Rfx3P48381 Epb41l4b-203ENSMUST00000095076 6746 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.16
Rfx3P48381 Foxc1-201ENSMUST00000062292 5844 ntAPPRIS P1 BASIC22.33■■□□□ 1.16
Rfx3P48381 Clk2-203ENSMUST00000121931 2112 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.32■■□□□ 1.16
Rfx3P48381 Zswim6-201ENSMUST00000105097 5456 ntTSL 5 BASIC22.3■■□□□ 1.16
Rfx3P48381 Mpp6-203ENSMUST00000166318 2222 ntTSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
Rfx3P48381 Ube2m-201ENSMUST00000005714 1472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
Rfx3P48381 Fam136a-201ENSMUST00000071492 1643 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
Rfx3P48381 Ranbp1-202ENSMUST00000115645 1085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
Rfx3P48381 Exosc6-201ENSMUST00000210390 1326 ntAPPRIS P1 BASIC22.29■■□□□ 1.16
Rfx3P48381 Mypop-203ENSMUST00000131087 1951 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.29■■□□□ 1.16
Rfx3P48381 Mapk13-201ENSMUST00000004986 1392 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
Rfx3P48381 Fezf2-202ENSMUST00000224023 1917 ntBASIC22.27■■□□□ 1.16
Rfx3P48381 St6galnac6-204ENSMUST00000095045 2536 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
Rfx3P48381 Hdgf-201ENSMUST00000005017 2245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
Rfx3P48381 Gnaq-201ENSMUST00000025541 5644 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
Rfx3P48381 Cgref1-201ENSMUST00000031051 1442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
Rfx3P48381 E330040D14Rik-201ENSMUST00000192299 1374 ntBASIC22.24■■□□□ 1.15
Rfx3P48381 Trp53rkb-202ENSMUST00000065753 1375 ntTSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
Rfx3P48381 4921531C22Rik-201ENSMUST00000150145 1905 ntTSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
Rfx3P48381 Gm5601-202ENSMUST00000207161 1437 ntTSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
Rfx3P48381 Igfbp3-202ENSMUST00000135887 1709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
Rfx3P48381 Bok-201ENSMUST00000027499 1468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
Rfx3P48381 Akt1s1-202ENSMUST00000107880 1757 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
Rfx3P48381 Srp9-202ENSMUST00000111018 823 ntTSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
Rfx3P48381 Gjc1-201ENSMUST00000068933 1903 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
Rfx3P48381 Gsk3a-202ENSMUST00000108411 2248 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.22■■□□□ 1.15
Rfx3P48381 Irf2bp2-201ENSMUST00000054960 5080 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
Rfx3P48381 Ube2f-202ENSMUST00000171112 1547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
Rfx3P48381 Cebpb-201ENSMUST00000070642 1504 ntAPPRIS P1 BASIC22.21■■□□□ 1.15
Rfx3P48381 Eif4e2-203ENSMUST00000113230 1569 ntTSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
Rfx3P48381 Dnttip1-202ENSMUST00000109326 476 ntTSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
Rfx3P48381 2410017I17Rik-202ENSMUST00000090537 2053 ntTSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
Rfx3P48381 Maf-201ENSMUST00000069009 3223 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
Rfx3P48381 Gm5814-201ENSMUST00000177586 378 ntAPPRIS P1 BASIC22.2■■□□□ 1.14
Rfx3P48381 Coq10a-207ENSMUST00000220227 1434 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.14
Rfx3P48381 Zfp91-201ENSMUST00000038627 5531 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
Rfx3P48381 Vstm2l-201ENSMUST00000109523 1363 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.19■■□□□ 1.14
Rfx3P48381 Gm6345-201ENSMUST00000180378 1691 ntBASIC22.18■■□□□ 1.14
Rfx3P48381 Gpr27-201ENSMUST00000101122 2388 ntAPPRIS P1 BASIC22.17■■□□□ 1.14
Rfx3P48381 Bok-205ENSMUST00000201863 883 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.17■■□□□ 1.14
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 62.2 ms