Protein–RNA interactions for Protein: Q9UKF6

CPSF3, Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 684 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CPSF3Q9UKF6 FAM219A-202ENST00000379078 770 ntTSL 3 BASIC23.55■■□□□ 1.36
CPSF3Q9UKF6 AC097381.1-201ENST00000429019 1296 ntBASIC23.55■■□□□ 1.36
CPSF3Q9UKF6 AIPL1-206ENST00000571740 1202 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
CPSF3Q9UKF6 HIST1H2AL-201ENST00000613174 393 ntAPPRIS P1 BASIC23.55■■□□□ 1.36
CPSF3Q9UKF6 AVPR2-203ENST00000370049 1307 ntTSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
CPSF3Q9UKF6 AC127496.7-201ENST00000625110 1798 ntBASIC23.55■■□□□ 1.36
CPSF3Q9UKF6 HTRA2-201ENST00000258080 2370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
CPSF3Q9UKF6 ST8SIA6-201ENST00000377602 2276 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
CPSF3Q9UKF6 KREMEN2-203ENST00000571007 1877 ntTSL 2 BASIC23.54■■□□□ 1.36
CPSF3Q9UKF6 MFSD7-209ENST00000515118 1556 ntTSL 5 BASIC23.54■■□□□ 1.36
CPSF3Q9UKF6 PCSK1N-201ENST00000218230 1050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
CPSF3Q9UKF6 ATP5C1-202ENST00000356708 1163 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
CPSF3Q9UKF6 RNF208-201ENST00000391553 1077 ntAPPRIS P1 BASIC23.54■■□□□ 1.36
CPSF3Q9UKF6 PRKCQ-AS1-202ENST00000445427 1133 ntTSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
CPSF3Q9UKF6 YBX1P1-201ENST00000445822 960 ntBASIC23.54■■□□□ 1.36
CPSF3Q9UKF6 AC080112.2-201ENST00000578774 2094 ntTSL 4 BASIC23.54■■□□□ 1.36
CPSF3Q9UKF6 STX5-201ENST00000294179 1794 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
CPSF3Q9UKF6 LTB4R-201ENST00000345363 1616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
CPSF3Q9UKF6 TMCC2-209ENST00000637895 1455 ntTSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
CPSF3Q9UKF6 H2AFY2-201ENST00000373255 1980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
CPSF3Q9UKF6 DONSON-210ENST00000453626 2332 ntTSL 5 BASIC23.54■■□□□ 1.36
CPSF3Q9UKF6 NCK2-201ENST00000233154 2683 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.54■■□□□ 1.36
CPSF3Q9UKF6 KLF3-203ENST00000514033 1871 ntTSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
CPSF3Q9UKF6 ANXA8-204ENST00000583911 1874 ntTSL 2 BASIC23.53■■□□□ 1.36
CPSF3Q9UKF6 BFSP1-202ENST00000377873 2207 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
CPSF3Q9UKF6 MTCH2-201ENST00000302503 2587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
CPSF3Q9UKF6 SIMC1-202ENST00000341199 2056 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.53■■□□□ 1.36
CPSF3Q9UKF6 ANKS6-201ENST00000353234 7164 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
CPSF3Q9UKF6 ECE2-202ENST00000357474 2667 ntTSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
CPSF3Q9UKF6 PLPP5-209ENST00000529359 2185 ntTSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
CPSF3Q9UKF6 NDUFB2-201ENST00000247866 504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
CPSF3Q9UKF6 NXT1-201ENST00000254998 1123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
CPSF3Q9UKF6 NT5C3AP1-201ENST00000394500 1012 ntBASIC23.53■■□□□ 1.36
CPSF3Q9UKF6 MRM1-203ENST00000612760 1284 ntTSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
CPSF3Q9UKF6 AP004608.1-202ENST00000533390 1863 ntTSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
CPSF3Q9UKF6 ZNF511-202ENST00000361518 1520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
CPSF3Q9UKF6 AQP6-201ENST00000315520 1398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
CPSF3Q9UKF6 C22orf34-203ENST00000405854 1593 ntTSL 5 BASIC23.52■■□□□ 1.36
CPSF3Q9UKF6 TMEM198B-205ENST00000487582 1581 ntTSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
CPSF3Q9UKF6 CDK5-204ENST00000485972 1758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
CPSF3Q9UKF6 AC139530.1-201ENST00000575312 1977 ntBASIC23.52■■□□□ 1.36
CPSF3Q9UKF6 RASGRP2-207ENST00000377497 2221 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
CPSF3Q9UKF6 FOSL1-201ENST00000312562 1669 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
CPSF3Q9UKF6 GDNF-203ENST00000381826 778 ntTSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
CPSF3Q9UKF6 C16orf86-201ENST00000403458 1267 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
CPSF3Q9UKF6 GDNF-204ENST00000427982 856 ntTSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
CPSF3Q9UKF6 AC123595.1-201ENST00000440769 1046 ntBASIC23.52■■□□□ 1.36
CPSF3Q9UKF6 AL590128.2-201ENST00000442889 415 ntTSL 3 BASIC23.52■■□□□ 1.36
CPSF3Q9UKF6 C1QTNF5-203ENST00000530681 1046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
CPSF3Q9UKF6 HMBS-201ENST00000278715 1501 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
CPSF3Q9UKF6 TMEM268-202ENST00000374049 4578 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.52■■□□□ 1.36
CPSF3Q9UKF6 BX005040.4-201ENST00000637145 1518 ntBASIC23.52■■□□□ 1.36
CPSF3Q9UKF6 HSPB2-201ENST00000304298 1335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
CPSF3Q9UKF6 ZNF76-203ENST00000373953 2716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
CPSF3Q9UKF6 BIN1-209ENST00000393040 2293 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
CPSF3Q9UKF6 CCSER2-202ENST00000359979 2066 ntTSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.35
CPSF3Q9UKF6 GPR6-202ENST00000414000 1945 ntTSL 2 BASIC23.51■■□□□ 1.35
CPSF3Q9UKF6 MOSPD3-202ENST00000379527 1016 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.51■■□□□ 1.35
CPSF3Q9UKF6 NEBL-AS1-202ENST00000439097 661 ntTSL 2 BASIC23.51■■□□□ 1.35
CPSF3Q9UKF6 BCAP29-209ENST00000465919 942 ntTSL 2 BASIC23.51■■□□□ 1.35
CPSF3Q9UKF6 FAM222B-208ENST00000581381 556 ntTSL 4 BASIC23.51■■□□□ 1.35
CPSF3Q9UKF6 AC012313.1-203ENST00000597980 570 ntTSL 4 BASIC23.51■■□□□ 1.35
CPSF3Q9UKF6 ASB6-201ENST00000277458 2330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
CPSF3Q9UKF6 C11orf63-201ENST00000227349 3147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
CPSF3Q9UKF6 CT47B1-201ENST00000371311 1328 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.51■■□□□ 1.35
CPSF3Q9UKF6 DOK1-203ENST00000409429 1955 ntTSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
CPSF3Q9UKF6 CPOX-201ENST00000264193 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
CPSF3Q9UKF6 OR7E47P-201ENST00000546390 1422 ntBASIC23.5■■□□□ 1.35
CPSF3Q9UKF6 UHRF1BP1L-202ENST00000356828 2023 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
CPSF3Q9UKF6 APBB3-204ENST00000358580 2020 ntTSL 5 BASIC23.5■■□□□ 1.35
CPSF3Q9UKF6 AC074143.1-203ENST00000518227 1473 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
CPSF3Q9UKF6 ASL-203ENST00000380839 1765 ntTSL 5 BASIC23.5■■□□□ 1.35
CPSF3Q9UKF6 MRPL14-201ENST00000372014 959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
CPSF3Q9UKF6 FAM219A-205ENST00000379084 893 ntTSL 5 BASIC23.5■■□□□ 1.35
CPSF3Q9UKF6 VGLL4-208ENST00000424529 1025 ntTSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
CPSF3Q9UKF6 TPRG1LP1-201ENST00000598702 760 ntBASIC23.5■■□□□ 1.35
CPSF3Q9UKF6 AC087623.3-201ENST00000607047 1098 ntBASIC23.5■■□□□ 1.35
CPSF3Q9UKF6 KPTN-201ENST00000338134 1691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
CPSF3Q9UKF6 RHCE-204ENST00000349320 1810 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.49■■□□□ 1.35
CPSF3Q9UKF6 ST7L-201ENST00000343210 1866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
CPSF3Q9UKF6 DTNB-210ENST00000407186 2275 ntTSL 5 BASIC23.49■■□□□ 1.35
CPSF3Q9UKF6 AC080038.3-201ENST00000623346 1952 ntBASIC23.49■■□□□ 1.35
CPSF3Q9UKF6 DISC1-223ENST00000628350 2363 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
CPSF3Q9UKF6 CCDC9-201ENST00000221922 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
CPSF3Q9UKF6 METTL23-201ENST00000341249 1155 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
CPSF3Q9UKF6 ASPDH-202ENST00000389208 1040 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.49■■□□□ 1.35
CPSF3Q9UKF6 NUDT14-202ENST00000392568 845 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
CPSF3Q9UKF6 CDKN2AIPNL-201ENST00000395009 800 ntTSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
CPSF3Q9UKF6 PLD4-205ENST00000553861 667 ntTSL 2 BASIC23.49■■□□□ 1.35
CPSF3Q9UKF6 AC008105.3-201ENST00000586376 844 ntTSL 3 BASIC23.49■■□□□ 1.35
CPSF3Q9UKF6 RAB43-208ENST00000615093 783 ntTSL 5 BASIC23.49■■□□□ 1.35
CPSF3Q9UKF6 MAPKAPK5-AS1-201ENST00000428207 2290 ntTSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
CPSF3Q9UKF6 ALDH6A1-201ENST00000350259 1869 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.49■■□□□ 1.35
CPSF3Q9UKF6 LINC00969-219ENST00000453324 1439 ntTSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
CPSF3Q9UKF6 HEXB-201ENST00000261416 1901 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
CPSF3Q9UKF6 PRR7-201ENST00000323249 1480 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
CPSF3Q9UKF6 WDR86-207ENST00000621812 1542 ntTSL 5 BASIC23.49■■□□□ 1.35
CPSF3Q9UKF6 DPEP2-204ENST00000572888 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
CPSF3Q9UKF6 MAL2-204ENST00000614891 2818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
CPSF3Q9UKF6 PRODH-203ENST00000357068 2462 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 34 ms