Protein–RNA interactions for Protein: Q9UBR4

LHX3, LIM/homeobox protein Lhx3, humanhuman

Predictions only

Length 397 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LHX3Q9UBR4 AC074143.1-203ENST00000518227 1473 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
LHX3Q9UBR4 FOSL1-201ENST00000312562 1669 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
LHX3Q9UBR4 MMEL1-206ENST00000502556 1943 ntTSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
LHX3Q9UBR4 PPT2-248ENST00000395523 2111 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.94■■□□□ 1.1
LHX3Q9UBR4 ARMC10-202ENST00000323716 2635 ntTSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
LHX3Q9UBR4 PCSK1N-201ENST00000218230 1050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
LHX3Q9UBR4 NDUFB2-201ENST00000247866 504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
LHX3Q9UBR4 KPTN-201ENST00000338134 1691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
LHX3Q9UBR4 UPF3A-201ENST00000351487 2235 ntTSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
LHX3Q9UBR4 ZNF511-202ENST00000361518 1520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
LHX3Q9UBR4 CT47B1-201ENST00000371311 1328 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.93■■□□□ 1.1
LHX3Q9UBR4 FOXB2-201ENST00000376708 1299 ntAPPRIS P1 BASIC21.93■■□□□ 1.1
LHX3Q9UBR4 AL590128.2-201ENST00000442889 415 ntTSL 3 BASIC21.93■■□□□ 1.1
LHX3Q9UBR4 YBX1P1-201ENST00000445822 960 ntBASIC21.93■■□□□ 1.1
LHX3Q9UBR4 IQCD-203ENST00000546692 1872 ntTSL 5 BASIC21.93■■□□□ 1.1
LHX3Q9UBR4 AIPL1-206ENST00000571740 1202 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
LHX3Q9UBR4 MRM1-203ENST00000612760 1284 ntTSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
LHX3Q9UBR4 WDR86-207ENST00000621812 1542 ntTSL 5 BASIC21.93■■□□□ 1.1
LHX3Q9UBR4 AC092490.1-203ENST00000514568 1972 ntTSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
LHX3Q9UBR4 ALDH6A1-201ENST00000350259 1869 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.92■■□□□ 1.1
LHX3Q9UBR4 RHCE-204ENST00000349320 1810 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.92■■□□□ 1.1
LHX3Q9UBR4 ASL-203ENST00000380839 1765 ntTSL 5 BASIC21.92■■□□□ 1.1
LHX3Q9UBR4 HMBS-201ENST00000278715 1501 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
LHX3Q9UBR4 ADAM22-209ENST00000439864 2576 ntTSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
LHX3Q9UBR4 FAM219A-202ENST00000379078 770 ntTSL 3 BASIC21.92■■□□□ 1.1
LHX3Q9UBR4 MOSPD3-202ENST00000379527 1016 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.92■■□□□ 1.1
LHX3Q9UBR4 NEBL-AS1-202ENST00000439097 661 ntTSL 2 BASIC21.92■■□□□ 1.1
LHX3Q9UBR4 AC012313.1-203ENST00000597980 570 ntTSL 4 BASIC21.92■■□□□ 1.1
LHX3Q9UBR4 TPRG1LP1-201ENST00000598702 760 ntBASIC21.92■■□□□ 1.1
LHX3Q9UBR4 TERT-206ENST00000508104 2486 ntTSL 5 BASIC21.92■■□□□ 1.1
LHX3Q9UBR4 MAPK12-211ENST00000622558 1779 ntTSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
LHX3Q9UBR4 IGFBP1-202ENST00000457280 1601 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.91■■□□□ 1.1
LHX3Q9UBR4 SNHG7-201ENST00000414282 2357 ntTSL 2 BASIC21.91■■□□□ 1.1
LHX3Q9UBR4 BX005040.4-201ENST00000637145 1518 ntBASIC21.91■■□□□ 1.1
LHX3Q9UBR4 LINC00969-219ENST00000453324 1439 ntTSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
LHX3Q9UBR4 TOP1MT-201ENST00000329245 1958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
LHX3Q9UBR4 ATP5C1-202ENST00000356708 1163 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
LHX3Q9UBR4 CRB3-202ENST00000356762 733 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
LHX3Q9UBR4 EIF6-201ENST00000374436 1252 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
LHX3Q9UBR4 FAM219A-205ENST00000379084 893 ntTSL 5 BASIC21.91■■□□□ 1.1
LHX3Q9UBR4 GDNF-203ENST00000381826 778 ntTSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
LHX3Q9UBR4 GDNF-204ENST00000427982 856 ntTSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
LHX3Q9UBR4 AC097381.1-201ENST00000429019 1296 ntBASIC21.91■■□□□ 1.1
LHX3Q9UBR4 C1QTNF5-203ENST00000530681 1046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
LHX3Q9UBR4 MIR6821-201ENST00000617625 74 ntBASIC21.91■■□□□ 1.1
LHX3Q9UBR4 LSM14B-201ENST00000279068 2548 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.91■■□□□ 1.1
LHX3Q9UBR4 C14orf80-201ENST00000329886 1947 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
LHX3Q9UBR4 SOX18-201ENST00000340356 1864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
LHX3Q9UBR4 PNMA6A-201ENST00000421798 2209 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.9■■□□□ 1.1
LHX3Q9UBR4 JAG2-202ENST00000347004 5720 ntTSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
LHX3Q9UBR4 TMEM259-201ENST00000333175 2581 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
LHX3Q9UBR4 ASPDH-202ENST00000389208 1040 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.9■■□□□ 1.1
LHX3Q9UBR4 AC123595.1-201ENST00000440769 1046 ntBASIC21.9■■□□□ 1.1
LHX3Q9UBR4 BCAP29-209ENST00000465919 942 ntTSL 2 BASIC21.9■■□□□ 1.1
LHX3Q9UBR4 AC087623.3-201ENST00000607047 1098 ntBASIC21.9■■□□□ 1.1
LHX3Q9UBR4 HIST1H2AL-201ENST00000613174 393 ntAPPRIS P1 BASIC21.9■■□□□ 1.1
LHX3Q9UBR4 SNRK-203ENST00000437827 1995 ntTSL 2 BASIC21.9■■□□□ 1.1
LHX3Q9UBR4 TBC1D22A-206ENST00000407381 1949 ntTSL 5 BASIC21.9■■□□□ 1.1
LHX3Q9UBR4 AC025164.2-201ENST00000501008 1898 ntTSL 5 BASIC21.9■■□□□ 1.1
LHX3Q9UBR4 CCDC154-201ENST00000389176 2212 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC21.9■■□□□ 1.1
LHX3Q9UBR4 B3GNT6-202ENST00000622824 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.1
LHX3Q9UBR4 MIR222HG-202ENST00000602507 1758 ntTSL 5 BASIC21.89■■□□□ 1.1
LHX3Q9UBR4 WT1-204ENST00000448076 2114 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.89■■□□□ 1.1
LHX3Q9UBR4 AC233723.2-201ENST00000623798 2106 ntBASIC21.89■■□□□ 1.1
LHX3Q9UBR4 MAP3K5-201ENST00000359015 5197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.1
LHX3Q9UBR4 AC006455.5-202ENST00000615248 2284 ntTSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
LHX3Q9UBR4 KRTAP17-1-201ENST00000334202 779 ntAPPRIS P1 BASIC21.89■■□□□ 1.09
LHX3Q9UBR4 NUDT14-202ENST00000392568 845 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
LHX3Q9UBR4 VGLL4-208ENST00000424529 1025 ntTSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
LHX3Q9UBR4 RAB43-208ENST00000615093 783 ntTSL 5 BASIC21.89■■□□□ 1.09
LHX3Q9UBR4 FASTK-212ENST00000482571 1764 ntTSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
LHX3Q9UBR4 PRR7-201ENST00000323249 1480 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
LHX3Q9UBR4 GALK1-201ENST00000225614 1445 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.89■■□□□ 1.09
LHX3Q9UBR4 MAGED2-206ENST00000375068 2189 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
LHX3Q9UBR4 MBNL3-202ENST00000370844 1643 ntTSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
LHX3Q9UBR4 FHL3-201ENST00000373016 1647 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
LHX3Q9UBR4 AC133561.1-201ENST00000568600 2415 ntBASIC21.88■■□□□ 1.09
LHX3Q9UBR4 C1QL1-201ENST00000253407 1295 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
LHX3Q9UBR4 METTL23-201ENST00000341249 1155 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
LHX3Q9UBR4 RTCA-202ENST00000370126 538 ntTSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
LHX3Q9UBR4 MRPL14-201ENST00000372014 959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
LHX3Q9UBR4 CDKN2AIPNL-201ENST00000395009 800 ntTSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
LHX3Q9UBR4 PLD4-205ENST00000553861 667 ntTSL 2 BASIC21.88■■□□□ 1.09
LHX3Q9UBR4 RAB3A-201ENST00000222256 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
LHX3Q9UBR4 RDX-204ENST00000528498 2511 ntTSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
LHX3Q9UBR4 TMEM5-201ENST00000261234 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
LHX3Q9UBR4 REPIN1-214ENST00000489432 2058 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.87■■□□□ 1.09
LHX3Q9UBR4 WDR86-201ENST00000334493 2023 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.87■■□□□ 1.09
LHX3Q9UBR4 ZNF354A-201ENST00000335815 2484 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
LHX3Q9UBR4 DPP7-201ENST00000371579 1590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
LHX3Q9UBR4 AC093817.1-201ENST00000507296 812 ntTSL 3 BASIC21.87■■□□□ 1.09
LHX3Q9UBR4 FAM222B-208ENST00000581381 556 ntTSL 4 BASIC21.87■■□□□ 1.09
LHX3Q9UBR4 TPM1-204ENST00000334895 1637 ntTSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
LHX3Q9UBR4 GPRC5B-210ENST00000569847 1830 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.87■■□□□ 1.09
LHX3Q9UBR4 RITA1-202ENST00000549621 2041 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.87■■□□□ 1.09
LHX3Q9UBR4 CNN3-201ENST00000370206 2165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
LHX3Q9UBR4 HAS1-202ENST00000540069 2110 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
LHX3Q9UBR4 AC012676.1-201ENST00000574705 1949 ntBASIC21.86■■□□□ 1.09
LHX3Q9UBR4 NEURL3-201ENST00000310865 1710 ntTSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
LHX3Q9UBR4 ABHD12B-201ENST00000337334 1708 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 65.5 ms