Protein–RNA interactions for Protein: Q9NXS3

KLHL28, Kelch-like protein 28, humanhuman

Predictions only

Length 571 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
KLHL28Q9NXS3 CERS4-205ENST00000558331 1803 ntTSL 5 BASIC20.2■□□□□ 0.82
KLHL28Q9NXS3 BARHL1-201ENST00000263610 2341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
KLHL28Q9NXS3 HOXC8-201ENST00000040584 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
KLHL28Q9NXS3 KREMEN2-203ENST00000571007 1877 ntTSL 2 BASIC20.2■□□□□ 0.82
KLHL28Q9NXS3 FARP2-223ENST00000627550 2122 ntTSL 2 BASIC20.2■□□□□ 0.82
KLHL28Q9NXS3 MMEL1-206ENST00000502556 1943 ntTSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
KLHL28Q9NXS3 SUMF1-202ENST00000383843 1447 ntTSL 2 BASIC20.19■□□□□ 0.82
KLHL28Q9NXS3 ACVRL1-201ENST00000388922 1971 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
KLHL28Q9NXS3 USP36-203ENST00000542802 6063 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
KLHL28Q9NXS3 TDRKH-205ENST00000368827 2318 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
KLHL28Q9NXS3 LENG1-201ENST00000222224 1542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
KLHL28Q9NXS3 BTBD17-201ENST00000375366 1805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
KLHL28Q9NXS3 KCNMA1-293ENST00000640969 5789 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.19■□□□□ 0.82
KLHL28Q9NXS3 AC079305.3-201ENST00000455416 218 ntTSL 5 BASIC20.19■□□□□ 0.82
KLHL28Q9NXS3 SSR2-210ENST00000480567 895 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.19■□□□□ 0.82
KLHL28Q9NXS3 LRRK1-208ENST00000532029 1241 ntTSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
KLHL28Q9NXS3 GRM6-202ENST00000517717 2673 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.19■□□□□ 0.82
KLHL28Q9NXS3 AC090377.1-201ENST00000585691 1762 ntTSL 3 BASIC20.18■□□□□ 0.82
KLHL28Q9NXS3 CHADL-201ENST00000216241 2533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
KLHL28Q9NXS3 RDX-204ENST00000528498 2511 ntTSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
KLHL28Q9NXS3 EPCAM-202ENST00000405271 1530 ntTSL 5 BASIC20.18■□□□□ 0.82
KLHL28Q9NXS3 GMPPB-202ENST00000308388 1582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
KLHL28Q9NXS3 CXCL14-201ENST00000337225 1971 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
KLHL28Q9NXS3 DNPH1-201ENST00000230431 657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
KLHL28Q9NXS3 DCTPP1-201ENST00000319285 1222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
KLHL28Q9NXS3 POLR2F-211ENST00000488684 564 ntTSL 2 BASIC20.18■□□□□ 0.82
KLHL28Q9NXS3 ZNF584-205ENST00000596281 575 ntTSL 2 BASIC20.18■□□□□ 0.82
KLHL28Q9NXS3 AL499627.2-201ENST00000606283 725 ntBASIC20.18■□□□□ 0.82
KLHL28Q9NXS3 ELL3-201ENST00000319359 2352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
KLHL28Q9NXS3 INPP4A-201ENST00000074304 6752 ntTSL 5 BASIC20.18■□□□□ 0.82
KLHL28Q9NXS3 WRNIP1-203ENST00000380771 2595 ntTSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
KLHL28Q9NXS3 TMEM200B-201ENST00000420504 2553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
KLHL28Q9NXS3 IRX2-202ENST00000382611 2630 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
KLHL28Q9NXS3 SDSL-202ENST00000403593 1449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
KLHL28Q9NXS3 TRIM54-202ENST00000380075 1967 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
KLHL28Q9NXS3 SOX12-201ENST00000342665 4630 ntAPPRIS P1 BASIC20.17■□□□□ 0.82
KLHL28Q9NXS3 RHOT1-205ENST00000545287 2516 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC20.17■□□□□ 0.82
KLHL28Q9NXS3 MPST-202ENST00000397225 2116 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.17■□□□□ 0.82
KLHL28Q9NXS3 PLPP5-203ENST00000424479 2130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
KLHL28Q9NXS3 GFRA4-201ENST00000290417 1427 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
KLHL28Q9NXS3 COL15A1-201ENST00000375001 5496 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
KLHL28Q9NXS3 AKT2-234ENST00000579047 2029 ntTSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
KLHL28Q9NXS3 PEX7-201ENST00000318471 1464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
KLHL28Q9NXS3 EEFSEC-201ENST00000254730 2232 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
KLHL28Q9NXS3 SMG7-AS1-201ENST00000421703 2220 ntTSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
KLHL28Q9NXS3 ANKRD44-204ENST00000409919 1622 ntTSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
KLHL28Q9NXS3 IGFBP1-201ENST00000275525 1653 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
KLHL28Q9NXS3 TRADD-202ENST00000486556 1833 ntTSL 2 BASIC20.16■□□□□ 0.82
KLHL28Q9NXS3 WRNIP1-204ENST00000380773 2670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
KLHL28Q9NXS3 NPY4R-201ENST00000374312 1956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
KLHL28Q9NXS3 NPY4R2-201ENST00000576178 1956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
KLHL28Q9NXS3 SH3GLB2-203ENST00000372564 2982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
KLHL28Q9NXS3 PPP1R14A-205ENST00000591585 949 ntTSL 2 BASIC20.16■□□□□ 0.82
KLHL28Q9NXS3 WWC2-AS2-201ENST00000578387 2183 ntBASIC20.16■□□□□ 0.82
KLHL28Q9NXS3 MAPT-203ENST00000340799 5724 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
KLHL28Q9NXS3 GLRX3-201ENST00000331244 1302 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
KLHL28Q9NXS3 ILDR2-205ENST00000526687 2299 ntTSL 5 BASIC20.16■□□□□ 0.82
KLHL28Q9NXS3 NELFCD-213ENST00000602795 2305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
KLHL28Q9NXS3 FXYD3-201ENST00000344013 1404 ntTSL 5 BASIC20.16■□□□□ 0.82
KLHL28Q9NXS3 SDC3-202ENST00000339394 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
KLHL28Q9NXS3 HAGHL-212ENST00000564537 1667 ntTSL 2 BASIC20.16■□□□□ 0.82
KLHL28Q9NXS3 MFSD7-203ENST00000404286 1826 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
KLHL28Q9NXS3 GPR6-202ENST00000414000 1945 ntTSL 2 BASIC20.15■□□□□ 0.82
KLHL28Q9NXS3 FAHD1-201ENST00000382666 1964 ntTSL 2 BASIC20.15■□□□□ 0.82
KLHL28Q9NXS3 POTED-202ENST00000620442 1988 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
KLHL28Q9NXS3 PPP3CC-202ENST00000289963 2135 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
KLHL28Q9NXS3 YTHDF1-201ENST00000370334 747 ntTSL 3 BASIC20.15■□□□□ 0.82
KLHL28Q9NXS3 UQCR11-202ENST00000589880 504 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.15■□□□□ 0.82
KLHL28Q9NXS3 CA15P2-201ENST00000611168 834 ntBASIC20.15■□□□□ 0.82
KLHL28Q9NXS3 HOXA11-AS1_1.1-201ENST00000613939 98 ntBASIC20.15■□□□□ 0.82
KLHL28Q9NXS3 PLEKHJ1-206ENST00000587962 1311 ntTSL 2 BASIC20.15■□□□□ 0.82
KLHL28Q9NXS3 ABHD16B-201ENST00000369916 1491 ntAPPRIS P1 BASIC20.15■□□□□ 0.82
KLHL28Q9NXS3 PSKH1-202ENST00000570631 1509 ntTSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
KLHL28Q9NXS3 HOXA4-201ENST00000360046 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
KLHL28Q9NXS3 TBC1D22A-206ENST00000407381 1949 ntTSL 5 BASIC20.15■□□□□ 0.82
KLHL28Q9NXS3 FUT4-201ENST00000358752 6059 ntAPPRIS P1 BASIC20.15■□□□□ 0.82
KLHL28Q9NXS3 ZSWIM7-201ENST00000399277 2008 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
KLHL28Q9NXS3 ANKHD1-205ENST00000394723 2135 ntTSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
KLHL28Q9NXS3 ORAI1-202ENST00000617316 2138 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
KLHL28Q9NXS3 ARID4B-203ENST00000366603 5946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
KLHL28Q9NXS3 DMPK-220ENST00000618091 2503 ntTSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.82
KLHL28Q9NXS3 DOC2A-218ENST00000616445 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
KLHL28Q9NXS3 KCNN1-204ENST00000615435 1691 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.14■□□□□ 0.81
KLHL28Q9NXS3 NKIRAS2-204ENST00000393880 1644 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.14■□□□□ 0.81
KLHL28Q9NXS3 NDUFV2-201ENST00000318388 930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
KLHL28Q9NXS3 PABPN1-207ENST00000556821 1220 ntTSL 2 BASIC20.14■□□□□ 0.81
KLHL28Q9NXS3 RPRD1A-207ENST00000588737 1264 ntTSL 2 BASIC20.14■□□□□ 0.81
KLHL28Q9NXS3 AC005837.3-201ENST00000612163 286 ntBASIC20.14■□□□□ 0.81
KLHL28Q9NXS3 LTK-202ENST00000355166 2940 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
KLHL28Q9NXS3 RBM38-203ENST00000356208 2382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
KLHL28Q9NXS3 SARDH-203ENST00000371868 2266 ntTSL 2 BASIC20.14■□□□□ 0.81
KLHL28Q9NXS3 SLC29A1-207ENST00000393841 2485 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.13■□□□□ 0.81
KLHL28Q9NXS3 CCNG2-204ENST00000502280 1459 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.13■□□□□ 0.81
KLHL28Q9NXS3 THOC6-202ENST00000326266 1419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
KLHL28Q9NXS3 NES-201ENST00000368223 5558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
KLHL28Q9NXS3 KRTAP5-4-201ENST00000399682 1181 ntAPPRIS P5 BASIC20.13■□□□□ 0.81
KLHL28Q9NXS3 CLPSL2-202ENST00000403376 405 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
KLHL28Q9NXS3 PLPP7-202ENST00000372264 2095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
KLHL28Q9NXS3 AC092490.1-203ENST00000514568 1972 ntTSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
KLHL28Q9NXS3 PRPSAP2-201ENST00000268835 1910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 24.2 ms