Protein–RNA interactions for Protein: P38398

BRCA1, Breast cancer type 1 susceptibility protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,863 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
BRCA1P38398 PXK-203ENST00000383715 1756 ntTSL 5 BASIC26.9■■□□□ 1.9
BRCA1P38398 EPHA8-202ENST00000374644 1802 ntTSL 1 (best) BASIC26.9■■□□□ 1.9
BRCA1P38398 CPLX1-201ENST00000304062 2181 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.9■■□□□ 1.9
BRCA1P38398 BET1L-204ENST00000410108 637 ntTSL 3 BASIC26.9■■□□□ 1.9
BRCA1P38398 ELOVL2-AS1-201ENST00000456190 737 ntTSL 3 BASIC26.9■■□□□ 1.9
BRCA1P38398 PTH1R-202ENST00000418619 2070 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.9■■□□□ 1.9
BRCA1P38398 DHRS4-204ENST00000543741 1340 ntTSL 2 BASIC26.9■■□□□ 1.9
BRCA1P38398 AKT1S1-204ENST00000391832 1911 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.9■■□□□ 1.9
BRCA1P38398 TPT1-AS1-211ENST00000520622 604 ntTSL 4 BASIC26.89■■□□□ 1.9
BRCA1P38398 TMCC2-209ENST00000637895 1455 ntTSL 1 (best) BASIC26.89■■□□□ 1.9
BRCA1P38398 ZNF767P-202ENST00000472212 2100 ntTSL 1 (best) BASIC26.89■■□□□ 1.9
BRCA1P38398 CARM1-202ENST00000344150 2722 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.89■■□□□ 1.89
BRCA1P38398 DHRS4L2-204ENST00000537912 918 ntTSL 2 BASIC26.89■■□□□ 1.89
BRCA1P38398 AC011611.3-201ENST00000552367 569 ntTSL 4 BASIC26.89■■□□□ 1.89
BRCA1P38398 MAP2K5-204ENST00000395476 1689 ntTSL 1 (best) BASIC26.88■■□□□ 1.89
BRCA1P38398 RHEB-204ENST00000472642 900 ntTSL 3 BASIC26.88■■□□□ 1.89
BRCA1P38398 Z92544.1-201ENST00000567091 730 ntTSL 3 BASIC26.88■■□□□ 1.89
BRCA1P38398 ZC3H14-219ENST00000556945 2075 ntTSL 5 BASIC26.88■■□□□ 1.89
BRCA1P38398 INPP5J-206ENST00000404453 1613 ntTSL 1 (best) BASIC26.87■■□□□ 1.89
BRCA1P38398 MSRB1-201ENST00000361871 1423 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.87■■□□□ 1.89
BRCA1P38398 CTDSP2-204ENST00000548823 1368 ntTSL 1 (best) BASIC26.87■■□□□ 1.89
BRCA1P38398 AK4-208ENST00000546702 1335 ntTSL 1 (best) BASIC26.87■■□□□ 1.89
BRCA1P38398 AKAIN1-201ENST00000434239 575 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.87■■□□□ 1.89
BRCA1P38398 AC016405.3-201ENST00000607710 860 ntBASIC26.87■■□□□ 1.89
BRCA1P38398 AP006294.2-201ENST00000641667 209 ntBASIC26.87■■□□□ 1.89
BRCA1P38398 MAZ-203ENST00000545521 2333 ntTSL 1 (best) BASIC26.87■■□□□ 1.89
BRCA1P38398 PON2-202ENST00000433091 1726 ntTSL 1 (best) BASIC26.87■■□□□ 1.89
BRCA1P38398 CFC1-201ENST00000259216 1046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.87■■□□□ 1.89
BRCA1P38398 CFC1B-201ENST00000281882 1071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.87■■□□□ 1.89
BRCA1P38398 CCDC107-202ENST00000378406 1016 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.87■■□□□ 1.89
BRCA1P38398 CCDC107-206ENST00000426546 1242 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.87■■□□□ 1.89
BRCA1P38398 AP000785.1-201ENST00000527314 613 ntTSL 4 BASIC26.87■■□□□ 1.89
BRCA1P38398 ZNF324-202ENST00000535298 1006 ntTSL 5 BASIC26.87■■□□□ 1.89
BRCA1P38398 AC044860.1-201ENST00000560756 1160 ntTSL 1 (best) BASIC26.87■■□□□ 1.89
BRCA1P38398 CLN6-207ENST00000566347 981 ntTSL 1 (best) BASIC26.87■■□□□ 1.89
BRCA1P38398 RUNDC3A-202ENST00000426726 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.87■■□□□ 1.89
BRCA1P38398 ZNF768-201ENST00000380412 2315 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.86■■□□□ 1.89
BRCA1P38398 ASCC1-204ENST00000394915 1510 ntTSL 5 BASIC26.86■■□□□ 1.89
BRCA1P38398 SH3GLB2-202ENST00000372559 1365 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.86■■□□□ 1.89
BRCA1P38398 MREG-201ENST00000263268 1314 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.86■■□□□ 1.89
BRCA1P38398 CAPN10-203ENST00000352879 862 ntTSL 1 (best) BASIC26.86■■□□□ 1.89
BRCA1P38398 LCN6-203ENST00000476567 1015 ntTSL 1 (best) BASIC26.86■■□□□ 1.89
BRCA1P38398 CASP6-205ENST00000505486 538 ntTSL 4 BASIC26.86■■□□□ 1.89
BRCA1P38398 FAM213B-215ENST00000537325 1096 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.86■■□□□ 1.89
BRCA1P38398 AC089999.2-201ENST00000552525 248 ntTSL 3 BASIC26.86■■□□□ 1.89
BRCA1P38398 PTGER2-202ENST00000557436 643 ntTSL 3 BASIC26.86■■□□□ 1.89
BRCA1P38398 USP36-216ENST00000589424 970 ntTSL 5 BASIC26.86■■□□□ 1.89
BRCA1P38398 GGTLC3-201ENST00000619998 968 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.86■■□□□ 1.89
BRCA1P38398 TMEM230-205ENST00000379279 1636 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.86■■□□□ 1.89
BRCA1P38398 NPDC1-201ENST00000371600 2187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.86■■□□□ 1.89
BRCA1P38398 CASP9-203ENST00000375890 1351 ntTSL 2 BASIC26.85■■□□□ 1.89
BRCA1P38398 PLPP7-201ENST00000372261 972 ntTSL 2 BASIC26.85■■□□□ 1.89
BRCA1P38398 OXCT2P1-201ENST00000447263 1535 ntBASIC26.85■■□□□ 1.89
BRCA1P38398 ZNF580-201ENST00000325333 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.85■■□□□ 1.89
BRCA1P38398 AL391244.2-201ENST00000428932 543 ntTSL 2 BASIC26.85■■□□□ 1.89
BRCA1P38398 AP000697.1-201ENST00000430607 339 ntTSL 5 BASIC26.85■■□□□ 1.89
BRCA1P38398 AL158047.1-201ENST00000445918 881 ntBASIC26.85■■□□□ 1.89
BRCA1P38398 ZNF580-203ENST00000545125 1025 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.85■■□□□ 1.89
BRCA1P38398 KCNIP2-206ENST00000356640 1989 ntTSL 1 (best) BASIC26.84■■□□□ 1.89
BRCA1P38398 KISS1R-201ENST00000234371 1625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.84■■□□□ 1.89
BRCA1P38398 FKBP8-209ENST00000597960 1781 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC26.84■■□□□ 1.89
BRCA1P38398 CBY3-201ENST00000376974 785 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.84■■□□□ 1.89
BRCA1P38398 LINC01816-201ENST00000414141 662 ntTSL 1 (best) BASIC26.84■■□□□ 1.89
BRCA1P38398 AP003733.4-201ENST00000623785 1697 ntBASIC26.83■■□□□ 1.89
BRCA1P38398 RARRES2-201ENST00000223271 740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.83■■□□□ 1.89
BRCA1P38398 CD24-208ENST00000622315 825 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.83■■□□□ 1.89
BRCA1P38398 ZNF444-211ENST00000592949 1906 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.83■■□□□ 1.89
BRCA1P38398 CCDC74A-201ENST00000295171 1543 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.83■■□□□ 1.89
BRCA1P38398 CCDC74B-201ENST00000310463 1549 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC26.83■■□□□ 1.89
BRCA1P38398 RENBP-201ENST00000369997 1322 ntTSL 5 BASIC26.83■■□□□ 1.89
BRCA1P38398 AC145676.1-201ENST00000514988 2004 ntBASIC26.83■■□□□ 1.89
BRCA1P38398 BOP1-205ENST00000569669 2303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.83■■□□□ 1.89
BRCA1P38398 TMEM35B-201ENST00000373337 922 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.83■■□□□ 1.88
BRCA1P38398 RTBDN-203ENST00000458671 1066 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.83■■□□□ 1.88
BRCA1P38398 UNC93B4-201ENST00000505679 747 ntBASIC26.83■■□□□ 1.88
BRCA1P38398 F2RL3-202ENST00000599210 613 ntTSL 2 BASIC26.83■■□□□ 1.88
BRCA1P38398 AL772284.2-201ENST00000620151 1147 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.83■■□□□ 1.88
BRCA1P38398 ACAA1-219ENST00000625927 1760 ntTSL 5 BASIC26.83■■□□□ 1.88
BRCA1P38398 EBF4-210ENST00000609451 2012 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC26.82■■□□□ 1.88
BRCA1P38398 AC055733.4-201ENST00000638462 1354 ntBASIC26.82■■□□□ 1.88
BRCA1P38398 AC083805.3-201ENST00000619560 1315 ntTSL 3 BASIC26.82■■□□□ 1.88
BRCA1P38398 AC096537.1-201ENST00000437416 684 ntTSL 5 BASIC26.82■■□□□ 1.88
BRCA1P38398 PLLP-204ENST00000569059 665 ntTSL 3 BASIC26.82■■□□□ 1.88
BRCA1P38398 TSPOAP1-AS1-205ENST00000580022 2337 ntTSL 2 BASIC26.82■■□□□ 1.88
BRCA1P38398 OR10C1-204ENST00000622521 1039 ntBASIC26.82■■□□□ 1.88
BRCA1P38398 BBC3-203ENST00000439096 1838 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.82■■□□□ 1.88
BRCA1P38398 MMP23B-202ENST00000378675 1309 ntTSL 1 (best) BASIC26.81■■□□□ 1.88
BRCA1P38398 SYNGR1-201ENST00000216155 497 ntTSL 3 BASIC26.81■■□□□ 1.88
BRCA1P38398 AC093787.1-201ENST00000450396 207 ntBASIC26.81■■□□□ 1.88
BRCA1P38398 PLEKHJ1-205ENST00000587394 937 ntTSL 2 BASIC26.81■■□□□ 1.88
BRCA1P38398 CAPNS1-207ENST00000589146 578 ntTSL 3 BASIC26.81■■□□□ 1.88
BRCA1P38398 MMD2-204ENST00000612910 778 ntTSL 5 BASIC26.81■■□□□ 1.88
BRCA1P38398 FAM71E1-204ENST00000600100 1281 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.81■■□□□ 1.88
BRCA1P38398 AC006058.3-201ENST00000606217 1069 ntBASIC26.81■■□□□ 1.88
BRCA1P38398 AVPI1-201ENST00000370626 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.8■■□□□ 1.88
BRCA1P38398 AC135731.1-201ENST00000569415 2548 ntBASIC26.8■■□□□ 1.88
BRCA1P38398 HOTAIRM1-203ENST00000429611 722 ntTSL 1 (best) BASIC26.8■■□□□ 1.88
BRCA1P38398 RPS23-206ENST00000510210 1058 ntTSL 2 BASIC26.8■■□□□ 1.88
BRCA1P38398 BET1L-207ENST00000529614 560 ntTSL 5 BASIC26.8■■□□□ 1.88
BRCA1P38398 DEDD2-205ENST00000596251 1183 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.8■■□□□ 1.88
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 23.4 ms