Protein–RNA interactions for Protein: Q9UKF6

CPSF3, Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 684 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CPSF3Q9UKF6 PPM1N-207ENST00000451287 1293 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.63■■□□□ 1.37
CPSF3Q9UKF6 AC079089.2-201ENST00000531211 1277 ntBASIC23.63■■□□□ 1.37
CPSF3Q9UKF6 BASP1-203ENST00000616743 1711 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.63■■□□□ 1.37
CPSF3Q9UKF6 NME4-211ENST00000620944 1193 ntTSL 2 BASIC23.63■■□□□ 1.37
CPSF3Q9UKF6 SLC52A2-211ENST00000532887 2147 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.63■■□□□ 1.37
CPSF3Q9UKF6 NAPRT-204ENST00000449291 1965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
CPSF3Q9UKF6 FOXO1-201ENST00000379561 5735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
CPSF3Q9UKF6 NOXO1-201ENST00000354249 1618 ntTSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
CPSF3Q9UKF6 MAPK8IP1P2-201ENST00000580257 1472 ntBASIC23.62■■□□□ 1.37
CPSF3Q9UKF6 CKMT1B-207ENST00000441322 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
CPSF3Q9UKF6 ANKRD11-217ENST00000613312 1584 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.62■■□□□ 1.37
CPSF3Q9UKF6 CCDC28B-201ENST00000373602 1089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
CPSF3Q9UKF6 ZFAS1-206ENST00000450535 1075 ntTSL 3 BASIC23.62■■□□□ 1.37
CPSF3Q9UKF6 ZNF696-205ENST00000521537 705 ntTSL 2 BASIC23.62■■□□□ 1.37
CPSF3Q9UKF6 AC137767.1-201ENST00000602918 1920 ntBASIC23.62■■□□□ 1.37
CPSF3Q9UKF6 NKX2-1-201ENST00000354822 2191 ntTSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
CPSF3Q9UKF6 MTX2-201ENST00000249442 1364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
CPSF3Q9UKF6 TMEM159-201ENST00000233047 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
CPSF3Q9UKF6 SSUH2-217ENST00000544814 1636 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.62■■□□□ 1.37
CPSF3Q9UKF6 CRHR1-202ENST00000314537 2535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
CPSF3Q9UKF6 ABHD17C-201ENST00000258884 2368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
CPSF3Q9UKF6 TRH-201ENST00000302649 1978 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
CPSF3Q9UKF6 ESRRAP2-201ENST00000418437 1549 ntBASIC23.61■■□□□ 1.37
CPSF3Q9UKF6 PRKCZ-AS1-201ENST00000333854 1253 ntTSL 2 BASIC23.61■■□□□ 1.37
CPSF3Q9UKF6 PRKCQ-AS1-204ENST00000455810 920 ntTSL 2 BASIC23.61■■□□□ 1.37
CPSF3Q9UKF6 MIR6084-201ENST00000622012 110 ntBASIC23.61■■□□□ 1.37
CPSF3Q9UKF6 TOX2-201ENST00000341197 1880 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.61■■□□□ 1.37
CPSF3Q9UKF6 PHC2-202ENST00000373418 2550 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
CPSF3Q9UKF6 TTC9-201ENST00000256367 5217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
CPSF3Q9UKF6 DLL3-202ENST00000356433 2055 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.6■■□□□ 1.37
CPSF3Q9UKF6 SLC12A2-201ENST00000262461 6885 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
CPSF3Q9UKF6 CEP104-201ENST00000378223 1121 ntTSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
CPSF3Q9UKF6 AC027612.3-201ENST00000413684 1047 ntBASIC23.6■■□□□ 1.37
CPSF3Q9UKF6 AC026271.2-201ENST00000428091 497 ntBASIC23.6■■□□□ 1.37
CPSF3Q9UKF6 ORAI3-202ENST00000562699 628 ntTSL 2 BASIC23.6■■□□□ 1.37
CPSF3Q9UKF6 SP2-202ENST00000613139 908 ntTSL 5 BASIC23.6■■□□□ 1.37
CPSF3Q9UKF6 EPS8L1-205ENST00000586329 2130 ntTSL 5 BASIC23.6■■□□□ 1.37
CPSF3Q9UKF6 GADD45GIP1-201ENST00000316939 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
CPSF3Q9UKF6 ZFP69B-204ENST00000484445 1976 ntTSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
CPSF3Q9UKF6 USP21-202ENST00000368001 2095 ntTSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
CPSF3Q9UKF6 NPTXR-201ENST00000333039 5784 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
CPSF3Q9UKF6 ARHGEF9-204ENST00000374878 2217 ntTSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
CPSF3Q9UKF6 PRR35-201ENST00000409413 2216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
CPSF3Q9UKF6 C3orf80-201ENST00000326474 2718 ntAPPRIS P1 BASIC23.59■■□□□ 1.37
CPSF3Q9UKF6 TESC-201ENST00000335209 1041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
CPSF3Q9UKF6 FAIM-202ENST00000360570 1157 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC23.59■■□□□ 1.37
CPSF3Q9UKF6 NMRAL1-202ENST00000404295 1233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
CPSF3Q9UKF6 RARRES2P6-201ENST00000567333 442 ntBASIC23.59■■□□□ 1.37
CPSF3Q9UKF6 FAM222B-213ENST00000583522 556 ntTSL 2 BASIC23.59■■□□□ 1.37
CPSF3Q9UKF6 CTAG1A-201ENST00000593606 993 ntTSL 5 BASIC23.59■■□□□ 1.37
CPSF3Q9UKF6 POLR2E-214ENST00000619917 932 ntTSL 5 BASIC23.59■■□□□ 1.37
CPSF3Q9UKF6 TBR1-202ENST00000410035 1454 ntTSL 2 BASIC23.59■■□□□ 1.37
CPSF3Q9UKF6 TPST2-203ENST00000403880 2084 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.59■■□□□ 1.37
CPSF3Q9UKF6 GPSM1-204ENST00000429455 2057 ntTSL 3 BASIC23.59■■□□□ 1.37
CPSF3Q9UKF6 CCKBR-206ENST00000532715 1734 ntTSL 3 BASIC23.59■■□□□ 1.37
CPSF3Q9UKF6 CAPG-201ENST00000263867 1442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
CPSF3Q9UKF6 MPST-204ENST00000404393 1329 ntTSL 5 BASIC23.59■■□□□ 1.37
CPSF3Q9UKF6 MAZ-201ENST00000219782 2698 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
CPSF3Q9UKF6 CAPN10-208ENST00000404753 2570 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.58■■□□□ 1.37
CPSF3Q9UKF6 RGS7-204ENST00000366565 2494 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
CPSF3Q9UKF6 SLC2A8-203ENST00000373371 2172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
CPSF3Q9UKF6 CDKN1C-202ENST00000414822 2051 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
CPSF3Q9UKF6 AC068473.5-201ENST00000616428 2072 ntBASIC23.58■■□□□ 1.37
CPSF3Q9UKF6 NRL-203ENST00000397002 1976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
CPSF3Q9UKF6 GPR143-203ENST00000467482 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
CPSF3Q9UKF6 URAD-201ENST00000332715 931 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.58■■□□□ 1.37
CPSF3Q9UKF6 MFF-208ENST00000409616 1247 ntTSL 5 BASIC23.58■■□□□ 1.37
CPSF3Q9UKF6 AL355877.1-204ENST00000451482 1078 ntTSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
CPSF3Q9UKF6 AC011446.1-201ENST00000591825 458 ntTSL 2 BASIC23.58■■□□□ 1.37
CPSF3Q9UKF6 BARX2-201ENST00000281437 1813 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
CPSF3Q9UKF6 RBMS1-205ENST00000409972 1815 ntTSL 5 BASIC23.58■■□□□ 1.37
CPSF3Q9UKF6 PWWP2A-205ENST00000523662 1819 ntTSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
CPSF3Q9UKF6 ANKRD54-201ENST00000215941 2184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.36
CPSF3Q9UKF6 DENND5A-201ENST00000328194 5031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.36
CPSF3Q9UKF6 GNB2-201ENST00000303210 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.36
CPSF3Q9UKF6 AP2S1-201ENST00000263270 935 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
CPSF3Q9UKF6 FOXB2-201ENST00000376708 1299 ntAPPRIS P1 BASIC23.57■■□□□ 1.36
CPSF3Q9UKF6 PTGDR-202ENST00000553372 1216 ntTSL 3 BASIC23.57■■□□□ 1.36
CPSF3Q9UKF6 AVPR2-201ENST00000337474 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
CPSF3Q9UKF6 LINC00526-201ENST00000581067 1875 ntBASIC23.57■■□□□ 1.36
CPSF3Q9UKF6 UQCR11-203ENST00000591899 1324 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
CPSF3Q9UKF6 DPH7-201ENST00000277540 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
CPSF3Q9UKF6 GALC-202ENST00000393568 2054 ntTSL 2 BASIC23.56■■□□□ 1.36
CPSF3Q9UKF6 RASSF10-201ENST00000529419 2530 ntAPPRIS P1 BASIC23.56■■□□□ 1.36
CPSF3Q9UKF6 CREB1-205ENST00000430624 2005 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.56■■□□□ 1.36
CPSF3Q9UKF6 CADM1-201ENST00000331581 1766 ntTSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
CPSF3Q9UKF6 AL359710.1-201ENST00000427039 1544 ntTSL 2 BASIC23.56■■□□□ 1.36
CPSF3Q9UKF6 YY1AP1-212ENST00000404643 2654 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
CPSF3Q9UKF6 EIF6-201ENST00000374436 1252 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
CPSF3Q9UKF6 ORMDL1-202ENST00000392349 1137 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
CPSF3Q9UKF6 TUSC3-209ENST00000509380 1266 ntTSL 5 BASIC23.56■■□□□ 1.36
CPSF3Q9UKF6 AL583722.4-201ENST00000555524 716 ntTSL 3 BASIC23.56■■□□□ 1.36
CPSF3Q9UKF6 AP2S1-203ENST00000593442 636 ntTSL 2 BASIC23.56■■□□□ 1.36
CPSF3Q9UKF6 MIR6821-201ENST00000617625 74 ntBASIC23.56■■□□□ 1.36
CPSF3Q9UKF6 RBM4B-203ENST00000525754 2339 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.56■■□□□ 1.36
CPSF3Q9UKF6 AP1S1-201ENST00000337619 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
CPSF3Q9UKF6 AEBP2-204ENST00000398864 5099 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
CPSF3Q9UKF6 AC138028.2-201ENST00000440406 1539 ntTSL 2 BASIC23.55■■□□□ 1.36
CPSF3Q9UKF6 ADD1-202ENST00000355842 4743 ntTSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
CPSF3Q9UKF6 CRB3-202ENST00000356762 733 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 19 ms