Protein–RNA interactions for Protein: Q9UGP4

LIMD1, LIM domain-containing protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 676 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMD1Q9UGP4 C16orf86-201ENST00000403458 1267 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
LIMD1Q9UGP4 SNAP23-214ENST00000567094 834 ntTSL 3 BASIC22.72■■□□□ 1.23
LIMD1Q9UGP4 AL512625.3-202ENST00000591993 1091 ntTSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
LIMD1Q9UGP4 SLC35A3-218ENST00000639994 1114 ntTSL 5 BASIC22.72■■□□□ 1.23
LIMD1Q9UGP4 UCHL5-204ENST00000367451 1346 ntTSL 5 BASIC22.72■■□□□ 1.23
LIMD1Q9UGP4 CERKL-203ENST00000374969 1330 ntTSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
LIMD1Q9UGP4 NOXA1-202ENST00000392815 1464 ntTSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
LIMD1Q9UGP4 APBA3-201ENST00000316757 2075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
LIMD1Q9UGP4 PTH1R-202ENST00000418619 2070 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.72■■□□□ 1.23
LIMD1Q9UGP4 PACRGL-208ENST00000503585 1582 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.72■■□□□ 1.23
LIMD1Q9UGP4 SLC30A3-201ENST00000233535 2260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
LIMD1Q9UGP4 AP003733.4-201ENST00000623785 1697 ntBASIC22.71■■□□□ 1.23
LIMD1Q9UGP4 PPP1R1B-201ENST00000254079 1845 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
LIMD1Q9UGP4 PXK-202ENST00000356151 2037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
LIMD1Q9UGP4 BHLHA15-201ENST00000314018 706 ntAPPRIS P1 BASIC22.71■■□□□ 1.23
LIMD1Q9UGP4 LARP6-202ENST00000344870 527 ntTSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
LIMD1Q9UGP4 AC010141.3-201ENST00000456659 717 ntBASIC22.71■■□□□ 1.23
LIMD1Q9UGP4 CHTF8-210ENST00000523421 766 ntTSL 3 BASIC22.71■■□□□ 1.23
LIMD1Q9UGP4 TMEM263-203ENST00000547242 811 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.71■■□□□ 1.23
LIMD1Q9UGP4 MFSD14C-203ENST00000602917 786 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
LIMD1Q9UGP4 BHLHA15-202ENST00000609256 796 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.71■■□□□ 1.23
LIMD1Q9UGP4 C7orf25-203ENST00000431882 1645 ntTSL 2 BASIC22.71■■□□□ 1.23
LIMD1Q9UGP4 SMUG1-215ENST00000508394 1697 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.71■■□□□ 1.23
LIMD1Q9UGP4 GRIN2D-201ENST00000263269 5093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
LIMD1Q9UGP4 RPIA-201ENST00000283646 1848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
LIMD1Q9UGP4 AL357033.1-201ENST00000370520 1933 ntTSL 2 BASIC22.7■■□□□ 1.23
LIMD1Q9UGP4 AKT1S1-204ENST00000391832 1911 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.23
LIMD1Q9UGP4 LRRC73-201ENST00000372441 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.23
LIMD1Q9UGP4 SMOX-202ENST00000305958 2233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.23
LIMD1Q9UGP4 ID4-201ENST00000378700 2344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
LIMD1Q9UGP4 CCDC74B-203ENST00000409128 789 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.7■■□□□ 1.22
LIMD1Q9UGP4 ATPIF1-204ENST00000497986 599 ntTSL 2 BASIC22.7■■□□□ 1.22
LIMD1Q9UGP4 PACRGL-206ENST00000502374 1034 ntTSL 2 BASIC22.7■■□□□ 1.22
LIMD1Q9UGP4 AL138781.1-201ENST00000566567 1274 ntBASIC22.7■■□□□ 1.22
LIMD1Q9UGP4 DM1-AS-203ENST00000590076 730 ntTSL 4 BASIC22.7■■□□□ 1.22
LIMD1Q9UGP4 AC087239.1-201ENST00000622671 572 ntBASIC22.7■■□□□ 1.22
LIMD1Q9UGP4 LIMD2-205ENST00000578402 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
LIMD1Q9UGP4 IFNGR2-202ENST00000381995 1742 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.7■■□□□ 1.22
LIMD1Q9UGP4 AARD-201ENST00000378279 2299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
LIMD1Q9UGP4 PACRGL-201ENST00000295290 1937 ntTSL 5 BASIC22.69■■□□□ 1.22
LIMD1Q9UGP4 AL139125.2-201ENST00000623134 1869 ntBASIC22.69■■□□□ 1.22
LIMD1Q9UGP4 FAM120B-204ENST00000625626 1794 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.69■■□□□ 1.22
LIMD1Q9UGP4 TTC34-202ENST00000637179 1775 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.69■■□□□ 1.22
LIMD1Q9UGP4 HHEX-201ENST00000282728 1727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
LIMD1Q9UGP4 GSTM3-202ENST00000361066 1565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
LIMD1Q9UGP4 AC009506.1-201ENST00000418474 1494 ntTSL 2 BASIC22.69■■□□□ 1.22
LIMD1Q9UGP4 ARRDC1-AS1-201ENST00000371417 1409 ntTSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
LIMD1Q9UGP4 IGFALS-203ENST00000568221 730 ntTSL 4 BASIC22.69■■□□□ 1.22
LIMD1Q9UGP4 HERC2P5-204ENST00000569697 1214 ntTSL 2 BASIC22.69■■□□□ 1.22
LIMD1Q9UGP4 PARD6A-203ENST00000602551 1171 ntTSL 5 BASIC22.69■■□□□ 1.22
LIMD1Q9UGP4 AC231657.2-201ENST00000624556 255 ntBASIC22.69■■□□□ 1.22
LIMD1Q9UGP4 AEBP2-204ENST00000398864 5099 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
LIMD1Q9UGP4 PREB-202ENST00000406567 1910 ntTSL 5 BASIC22.69■■□□□ 1.22
LIMD1Q9UGP4 MIS18A-201ENST00000290130 1575 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
LIMD1Q9UGP4 ATAD3B-201ENST00000308647 2448 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
LIMD1Q9UGP4 RIMKLB-205ENST00000535829 2236 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
LIMD1Q9UGP4 KHDC3L-201ENST00000370367 1018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
LIMD1Q9UGP4 BX890604.1-207ENST00000486571 904 ntTSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
LIMD1Q9UGP4 SLC7A5P2-201ENST00000553010 536 ntBASIC22.68■■□□□ 1.22
LIMD1Q9UGP4 AC007216.1-201ENST00000570197 601 ntTSL 4 BASIC22.68■■□□□ 1.22
LIMD1Q9UGP4 MIR4651-201ENST00000582622 73 ntBASIC22.68■■□□□ 1.22
LIMD1Q9UGP4 CTAG1A-201ENST00000593606 993 ntTSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
LIMD1Q9UGP4 PCOLCE2-201ENST00000295992 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
LIMD1Q9UGP4 ZNF837-201ENST00000427624 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
LIMD1Q9UGP4 C4orf19-202ENST00000381980 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
LIMD1Q9UGP4 GALNT12-201ENST00000375011 2735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
LIMD1Q9UGP4 KREMEN2-204ENST00000572045 2339 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
LIMD1Q9UGP4 TMEM218-201ENST00000279968 1034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
LIMD1Q9UGP4 NFS1-201ENST00000306750 738 ntTSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
LIMD1Q9UGP4 METTL15-202ENST00000403099 795 ntTSL 5 BASIC22.67■■□□□ 1.22
LIMD1Q9UGP4 AC007322.1-201ENST00000426983 750 ntBASIC22.67■■□□□ 1.22
LIMD1Q9UGP4 GUSBP6-202ENST00000438529 1198 ntBASIC22.67■■□□□ 1.22
LIMD1Q9UGP4 DUX4L16-201ENST00000555130 1264 ntBASIC22.67■■□□□ 1.22
LIMD1Q9UGP4 MBD3L1-202ENST00000595891 872 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.67■■□□□ 1.22
LIMD1Q9UGP4 AC005181.1-201ENST00000604782 1256 ntBASIC22.67■■□□□ 1.22
LIMD1Q9UGP4 TFG-210ENST00000620299 1289 ntTSL 5 BASIC22.67■■□□□ 1.22
LIMD1Q9UGP4 ACAA1-219ENST00000625927 1760 ntTSL 5 BASIC22.67■■□□□ 1.22
LIMD1Q9UGP4 FGFRL1-203ENST00000504138 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
LIMD1Q9UGP4 ASL-203ENST00000380839 1765 ntTSL 5 BASIC22.66■■□□□ 1.22
LIMD1Q9UGP4 CBWD5-207ENST00000382405 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
LIMD1Q9UGP4 TOR2A-201ENST00000336067 1370 ntTSL 2 BASIC22.66■■□□□ 1.22
LIMD1Q9UGP4 ZFAND6-224ENST00000618205 1659 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.66■■□□□ 1.22
LIMD1Q9UGP4 AC007326.4-201ENST00000638240 1669 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.66■■□□□ 1.22
LIMD1Q9UGP4 TNIP2-206ENST00000510267 2006 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.66■■□□□ 1.22
LIMD1Q9UGP4 TNFRSF18-201ENST00000328596 851 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
LIMD1Q9UGP4 RAMP1-203ENST00000404910 857 ntTSL 2 BASIC22.66■■□□□ 1.22
LIMD1Q9UGP4 FAM201B-201ENST00000458407 597 ntBASIC22.66■■□□□ 1.22
LIMD1Q9UGP4 HMX1-202ENST00000506970 651 ntTSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
LIMD1Q9UGP4 AC106820.5-201ENST00000566085 789 ntTSL 3 BASIC22.66■■□□□ 1.22
LIMD1Q9UGP4 AC104187.1-201ENST00000607510 612 ntBASIC22.66■■□□□ 1.22
LIMD1Q9UGP4 H1FX-201ENST00000333762 1507 ntAPPRIS P1 BASIC22.66■■□□□ 1.22
LIMD1Q9UGP4 UNC119-202ENST00000335765 1424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
LIMD1Q9UGP4 CFP-202ENST00000377005 1435 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
LIMD1Q9UGP4 MAGI2-217ENST00000629359 6704 ntTSL 5 BASIC22.65■■□□□ 1.22
LIMD1Q9UGP4 ADPRHL2-201ENST00000373178 1668 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
LIMD1Q9UGP4 PRDM13-202ENST00000369215 2429 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
LIMD1Q9UGP4 MRPL37-201ENST00000336230 1179 ntTSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
LIMD1Q9UGP4 MCHR1-202ENST00000381433 1219 ntTSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
LIMD1Q9UGP4 SLC29A4P1-201ENST00000398760 971 ntBASIC22.65■■□□□ 1.22
LIMD1Q9UGP4 CT47A12-201ENST00000419982 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 49.1 ms