Protein–RNA interactions for Protein: Q9UBR4

LHX3, LIM/homeobox protein Lhx3, humanhuman

Predictions only

Length 397 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LHX3Q9UBR4 ST8SIA6-201ENST00000377602 2276 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
LHX3Q9UBR4 MAPK8IP1P2-201ENST00000580257 1472 ntBASIC22.02■■□□□ 1.12
LHX3Q9UBR4 LTB4R-201ENST00000345363 1616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.11
LHX3Q9UBR4 CADM1-201ENST00000331581 1766 ntTSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.11
LHX3Q9UBR4 BFSP1-202ENST00000377873 2207 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.11
LHX3Q9UBR4 ECE2-202ENST00000357474 2667 ntTSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.11
LHX3Q9UBR4 ZNF76-203ENST00000373953 2716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
LHX3Q9UBR4 DONSON-210ENST00000453626 2332 ntTSL 5 BASIC22.01■■□□□ 1.11
LHX3Q9UBR4 TESC-201ENST00000335209 1041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
LHX3Q9UBR4 PRKCQ-AS1-204ENST00000455810 920 ntTSL 2 BASIC22.01■■□□□ 1.11
LHX3Q9UBR4 GPR143-203ENST00000467482 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
LHX3Q9UBR4 DPH7-201ENST00000277540 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
LHX3Q9UBR4 CPOX-201ENST00000264193 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
LHX3Q9UBR4 GNB2-201ENST00000303210 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
LHX3Q9UBR4 ANXA8-204ENST00000583911 1874 ntTSL 2 BASIC22■■□□□ 1.11
LHX3Q9UBR4 IRX4-202ENST00000505790 2538 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
LHX3Q9UBR4 CCDC28B-201ENST00000373602 1089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
LHX3Q9UBR4 MIR935-201ENST00000401179 91 ntBASIC22■■□□□ 1.11
LHX3Q9UBR4 NMRAL1-202ENST00000404295 1233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
LHX3Q9UBR4 FAM222B-213ENST00000583522 556 ntTSL 2 BASIC22■■□□□ 1.11
LHX3Q9UBR4 CTAG1A-201ENST00000593606 993 ntTSL 5 BASIC22■■□□□ 1.11
LHX3Q9UBR4 POLR2E-214ENST00000619917 932 ntTSL 5 BASIC22■■□□□ 1.11
LHX3Q9UBR4 PWWP2A-205ENST00000523662 1819 ntTSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
LHX3Q9UBR4 MTCH2-201ENST00000302503 2587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
LHX3Q9UBR4 TBR1-202ENST00000410035 1454 ntTSL 2 BASIC22■■□□□ 1.11
LHX3Q9UBR4 LINC00526-201ENST00000581067 1875 ntBASIC22■■□□□ 1.11
LHX3Q9UBR4 SIMC1-202ENST00000341199 2056 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22■■□□□ 1.11
LHX3Q9UBR4 AL359710.1-201ENST00000427039 1544 ntTSL 2 BASIC22■■□□□ 1.11
LHX3Q9UBR4 AC127496.7-201ENST00000625110 1798 ntBASIC21.99■■□□□ 1.11
LHX3Q9UBR4 H2AFY2-201ENST00000373255 1980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
LHX3Q9UBR4 CAPG-201ENST00000263867 1442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
LHX3Q9UBR4 CCSER2-202ENST00000359979 2066 ntTSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
LHX3Q9UBR4 KLF3-203ENST00000514033 1871 ntTSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
LHX3Q9UBR4 AK1-201ENST00000223836 736 ntTSL 3 BASIC21.99■■□□□ 1.11
LHX3Q9UBR4 CEP104-201ENST00000378223 1121 ntTSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
LHX3Q9UBR4 SP2-202ENST00000613139 908 ntTSL 5 BASIC21.99■■□□□ 1.11
LHX3Q9UBR4 STX5-201ENST00000294179 1794 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
LHX3Q9UBR4 DTNB-210ENST00000407186 2275 ntTSL 5 BASIC21.99■■□□□ 1.11
LHX3Q9UBR4 ASB6-201ENST00000277458 2330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
LHX3Q9UBR4 AP004608.1-202ENST00000533390 1863 ntTSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
LHX3Q9UBR4 MAL2-204ENST00000614891 2818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
LHX3Q9UBR4 PLPP5-209ENST00000529359 2185 ntTSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
LHX3Q9UBR4 BIN1-209ENST00000393040 2293 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
LHX3Q9UBR4 AC138028.2-201ENST00000440406 1539 ntTSL 2 BASIC21.98■■□□□ 1.11
LHX3Q9UBR4 ORMDL1-202ENST00000392349 1137 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
LHX3Q9UBR4 MFF-208ENST00000409616 1247 ntTSL 5 BASIC21.98■■□□□ 1.11
LHX3Q9UBR4 AC027612.3-201ENST00000413684 1047 ntBASIC21.98■■□□□ 1.11
LHX3Q9UBR4 PPM1N-207ENST00000451287 1293 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.98■■□□□ 1.11
LHX3Q9UBR4 PTGDR-202ENST00000553372 1216 ntTSL 3 BASIC21.98■■□□□ 1.11
LHX3Q9UBR4 AC080112.2-201ENST00000578774 2094 ntTSL 4 BASIC21.98■■□□□ 1.11
LHX3Q9UBR4 TMEM198B-205ENST00000487582 1581 ntTSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
LHX3Q9UBR4 AP1S1-201ENST00000337619 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
LHX3Q9UBR4 AVPR2-203ENST00000370049 1307 ntTSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
LHX3Q9UBR4 MPST-204ENST00000404393 1329 ntTSL 5 BASIC21.98■■□□□ 1.11
LHX3Q9UBR4 KREMEN2-203ENST00000571007 1877 ntTSL 2 BASIC21.98■■□□□ 1.11
LHX3Q9UBR4 AC139530.1-201ENST00000575312 1977 ntBASIC21.98■■□□□ 1.11
LHX3Q9UBR4 CCKBR-206ENST00000532715 1734 ntTSL 3 BASIC21.97■■□□□ 1.11
LHX3Q9UBR4 MFSD7-209ENST00000515118 1556 ntTSL 5 BASIC21.97■■□□□ 1.11
LHX3Q9UBR4 URAD-201ENST00000332715 931 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.97■■□□□ 1.11
LHX3Q9UBR4 RNF208-201ENST00000391553 1077 ntAPPRIS P1 BASIC21.97■■□□□ 1.11
LHX3Q9UBR4 AC026271.2-201ENST00000428091 497 ntBASIC21.97■■□□□ 1.11
LHX3Q9UBR4 AL355877.1-204ENST00000451482 1078 ntTSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
LHX3Q9UBR4 ORAI3-202ENST00000562699 628 ntTSL 2 BASIC21.97■■□□□ 1.11
LHX3Q9UBR4 AC011446.1-201ENST00000591825 458 ntTSL 2 BASIC21.97■■□□□ 1.11
LHX3Q9UBR4 MAPKAPK5-AS1-201ENST00000428207 2290 ntTSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
LHX3Q9UBR4 UQCR11-203ENST00000591899 1324 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
LHX3Q9UBR4 TARBP1-201ENST00000040877 5130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
LHX3Q9UBR4 CCDC9-201ENST00000221922 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
LHX3Q9UBR4 CDK5-204ENST00000485972 1758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
LHX3Q9UBR4 DOK1-203ENST00000409429 1955 ntTSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
LHX3Q9UBR4 DISC1-223ENST00000628350 2363 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
LHX3Q9UBR4 APBB3-204ENST00000358580 2020 ntTSL 5 BASIC21.96■■□□□ 1.11
LHX3Q9UBR4 FAIM-202ENST00000360570 1157 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC21.96■■□□□ 1.11
LHX3Q9UBR4 TUSC3-209ENST00000509380 1266 ntTSL 5 BASIC21.96■■□□□ 1.11
LHX3Q9UBR4 AL583722.4-201ENST00000555524 716 ntTSL 3 BASIC21.96■■□□□ 1.11
LHX3Q9UBR4 RARRES2P6-201ENST00000567333 442 ntBASIC21.96■■□□□ 1.11
LHX3Q9UBR4 DPEP2-204ENST00000572888 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
LHX3Q9UBR4 AP2S1-203ENST00000593442 636 ntTSL 2 BASIC21.96■■□□□ 1.11
LHX3Q9UBR4 RASGRP2-207ENST00000377497 2221 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
LHX3Q9UBR4 GPR6-202ENST00000414000 1945 ntTSL 2 BASIC21.96■■□□□ 1.11
LHX3Q9UBR4 TMCC2-209ENST00000637895 1455 ntTSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
LHX3Q9UBR4 AC080038.3-201ENST00000623346 1952 ntBASIC21.96■■□□□ 1.11
LHX3Q9UBR4 PSPH-201ENST00000275605 2131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.11
LHX3Q9UBR4 PRODH-203ENST00000357068 2462 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
LHX3Q9UBR4 ST7L-201ENST00000343210 1866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
LHX3Q9UBR4 AP2S1-201ENST00000263270 935 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
LHX3Q9UBR4 NT5C3AP1-201ENST00000394500 1012 ntBASIC21.95■■□□□ 1.1
LHX3Q9UBR4 UHRF1BP1L-202ENST00000356828 2023 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
LHX3Q9UBR4 AQP6-201ENST00000315520 1398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
LHX3Q9UBR4 GRK4-204ENST00000503518 2136 ntTSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
LHX3Q9UBR4 PTGES2-202ENST00000338961 2331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
LHX3Q9UBR4 C22orf34-203ENST00000405854 1593 ntTSL 5 BASIC21.95■■□□□ 1.1
LHX3Q9UBR4 HEXB-201ENST00000261416 1901 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
LHX3Q9UBR4 MSL1-203ENST00000577454 2081 ntTSL 2 BASIC21.94■■□□□ 1.1
LHX3Q9UBR4 C11orf63-201ENST00000227349 3147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
LHX3Q9UBR4 NXT1-201ENST00000254998 1123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
LHX3Q9UBR4 C16orf86-201ENST00000403458 1267 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
LHX3Q9UBR4 PRKCQ-AS1-202ENST00000445427 1133 ntTSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
LHX3Q9UBR4 HSPB2-201ENST00000304298 1335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
LHX3Q9UBR4 OR7E47P-201ENST00000546390 1422 ntBASIC21.94■■□□□ 1.1
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 13.8 ms