Protein–RNA interactions for Protein: Q9NXS3

KLHL28, Kelch-like protein 28, humanhuman

Predictions only

Length 571 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
KLHL28Q9NXS3 AL512631.2-201ENST00000604634 923 ntBASIC20.26■□□□□ 0.83
KLHL28Q9NXS3 TMEM80-207ENST00000608174 800 ntTSL 5 BASIC20.26■□□□□ 0.83
KLHL28Q9NXS3 RASSF1-AS1-201ENST00000629828 790 ntBASIC20.26■□□□□ 0.83
KLHL28Q9NXS3 AFDN-202ENST00000351017 5823 ntTSL 5 BASIC20.26■□□□□ 0.83
KLHL28Q9NXS3 NIPA2-203ENST00000398013 2280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
KLHL28Q9NXS3 ZDHHC17-201ENST00000426126 5259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
KLHL28Q9NXS3 FDFT1-201ENST00000220584 2176 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
KLHL28Q9NXS3 AC004687.1-201ENST00000579003 1625 ntBASIC20.26■□□□□ 0.83
KLHL28Q9NXS3 VGF-203ENST00000611537 1622 ntTSL 5 BASIC20.26■□□□□ 0.83
KLHL28Q9NXS3 GNA11-201ENST00000078429 4147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
KLHL28Q9NXS3 ARL13B-205ENST00000471138 2206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
KLHL28Q9NXS3 RITA1-202ENST00000549621 2041 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.26■□□□□ 0.83
KLHL28Q9NXS3 UBE2H-201ENST00000355621 5151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
KLHL28Q9NXS3 SH2D3A-201ENST00000245908 2296 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
KLHL28Q9NXS3 TMEM198B-205ENST00000487582 1581 ntTSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
KLHL28Q9NXS3 C11orf96-202ENST00000528572 1834 ntBASIC20.25■□□□□ 0.83
KLHL28Q9NXS3 SIRT7-201ENST00000328666 1743 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
KLHL28Q9NXS3 PTP4A3-204ENST00000521578 1717 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.25■□□□□ 0.83
KLHL28Q9NXS3 LAYN-209ENST00000533265 1703 ntTSL 5 BASIC20.25■□□□□ 0.83
KLHL28Q9NXS3 PAXBP1-201ENST00000290178 2564 ntTSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
KLHL28Q9NXS3 AC092343.1-201ENST00000500224 729 ntTSL 3 BASIC20.25■□□□□ 0.83
KLHL28Q9NXS3 GPX4-213ENST00000622390 1002 ntTSL 5 BASIC20.25■□□□□ 0.83
KLHL28Q9NXS3 SPSB3-208ENST00000566339 1784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
KLHL28Q9NXS3 RALGPS1-207ENST00000394022 1672 ntTSL 2 BASIC20.25■□□□□ 0.83
KLHL28Q9NXS3 AKT1S1-206ENST00000391834 1849 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.25■□□□□ 0.83
KLHL28Q9NXS3 HES5-201ENST00000378453 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
KLHL28Q9NXS3 DES-201ENST00000373960 2248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
KLHL28Q9NXS3 TLX2-201ENST00000233638 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
KLHL28Q9NXS3 SLC35A2-210ENST00000616181 1614 ntTSL 2 BASIC20.24■□□□□ 0.83
KLHL28Q9NXS3 KLC3-204ENST00000585434 1764 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
KLHL28Q9NXS3 AGAP1-205ENST00000409538 6138 ntTSL 5 BASIC20.24■□□□□ 0.83
KLHL28Q9NXS3 ULK2-202ENST00000395544 6010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
KLHL28Q9NXS3 IDI1-201ENST00000381344 2301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
KLHL28Q9NXS3 HES4-201ENST00000304952 899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
KLHL28Q9NXS3 SURF2-201ENST00000371964 842 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
KLHL28Q9NXS3 MIR17HG-201ENST00000400282 931 ntTSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
KLHL28Q9NXS3 MIR935-201ENST00000401179 91 ntBASIC20.24■□□□□ 0.83
KLHL28Q9NXS3 AC110285.6-201ENST00000617652 491 ntBASIC20.24■□□□□ 0.83
KLHL28Q9NXS3 CLN6-201ENST00000249806 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
KLHL28Q9NXS3 CACNB3-205ENST00000547392 2237 ntTSL 5 BASIC20.24■□□□□ 0.83
KLHL28Q9NXS3 MRGPRF-203ENST00000441623 2282 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.24■□□□□ 0.83
KLHL28Q9NXS3 BCS1L-210ENST00000431802 2015 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.24■□□□□ 0.83
KLHL28Q9NXS3 TLX3-201ENST00000296921 1493 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
KLHL28Q9NXS3 PPT2-244ENST00000324816 2053 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
KLHL28Q9NXS3 IRX4-201ENST00000231357 2221 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
KLHL28Q9NXS3 AC138028.2-201ENST00000440406 1539 ntTSL 2 BASIC20.23■□□□□ 0.83
KLHL28Q9NXS3 LMF1-202ENST00000543238 2103 ntTSL 2 BASIC20.23■□□□□ 0.83
KLHL28Q9NXS3 SEPT8-207ENST00000378719 2889 ntTSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
KLHL28Q9NXS3 TARBP2-201ENST00000266987 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
KLHL28Q9NXS3 CHTF8-208ENST00000522091 863 ntTSL 2 BASIC20.23■□□□□ 0.83
KLHL28Q9NXS3 ADCK2-203ENST00000476491 2092 ntTSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
KLHL28Q9NXS3 DYRK1B-204ENST00000593685 2724 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC20.23■□□□□ 0.83
KLHL28Q9NXS3 RNF39-202ENST00000376751 1970 ntTSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
KLHL28Q9NXS3 DAZAP1-211ENST00000592522 2157 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.22■□□□□ 0.83
KLHL28Q9NXS3 PELI3-201ENST00000320740 2740 ntTSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
KLHL28Q9NXS3 DCTD-201ENST00000357067 1931 ntTSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
KLHL28Q9NXS3 NRXN2-201ENST00000265459 6621 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC20.22■□□□□ 0.83
KLHL28Q9NXS3 ZNF843-201ENST00000315678 2137 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC20.22■□□□□ 0.83
KLHL28Q9NXS3 TMEM218-209ENST00000529583 848 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.22■□□□□ 0.83
KLHL28Q9NXS3 AC136475.3-202ENST00000534742 812 ntTSL 2 BASIC20.22■□□□□ 0.83
KLHL28Q9NXS3 PRKACA-201ENST00000308677 2677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
KLHL28Q9NXS3 HADH-201ENST00000309522 1912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
KLHL28Q9NXS3 METTL21A-210ENST00000458426 1366 ntTSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
KLHL28Q9NXS3 CA9-204ENST00000617161 1374 ntTSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
KLHL28Q9NXS3 KHDRBS2-201ENST00000281156 2332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
KLHL28Q9NXS3 ST3GAL5-222ENST00000638572 4431 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
KLHL28Q9NXS3 HNRNPAB-201ENST00000355836 1602 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
KLHL28Q9NXS3 KCNMB4-201ENST00000258111 4731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
KLHL28Q9NXS3 PICSAR-201ENST00000615826 733 ntTSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
KLHL28Q9NXS3 AC241377.3-202ENST00000626088 1088 ntBASIC20.21■□□□□ 0.83
KLHL28Q9NXS3 AC241585.3-202ENST00000628937 1088 ntBASIC20.21■□□□□ 0.83
KLHL28Q9NXS3 AC245100.8-202ENST00000629247 1058 ntBASIC20.21■□□□□ 0.83
KLHL28Q9NXS3 HOXD4-201ENST00000306324 1464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
KLHL28Q9NXS3 CERS5-201ENST00000317551 2051 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC20.21■□□□□ 0.83
KLHL28Q9NXS3 DUX4-203ENST00000565211 1710 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
KLHL28Q9NXS3 TAF4-201ENST00000252996 4628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
KLHL28Q9NXS3 CACYBP-201ENST00000367679 2766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
KLHL28Q9NXS3 CDIPT-201ENST00000219789 2353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
KLHL28Q9NXS3 CLDN5-201ENST00000403084 2357 ntBASIC20.21■□□□□ 0.83
KLHL28Q9NXS3 MYB-221ENST00000527615 2381 ntTSL 5 BASIC20.21■□□□□ 0.83
KLHL28Q9NXS3 GPR143-203ENST00000467482 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
KLHL28Q9NXS3 CASP9-203ENST00000375890 1351 ntTSL 2 BASIC20.21■□□□□ 0.83
KLHL28Q9NXS3 OAS3-205ENST00000548514 1392 ntTSL 2 BASIC20.21■□□□□ 0.83
KLHL28Q9NXS3 MRPS2-202ENST00000371785 1640 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.2■□□□□ 0.82
KLHL28Q9NXS3 RBPJL-202ENST00000372741 1636 ntTSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
KLHL28Q9NXS3 AL391650.1-201ENST00000448923 1468 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.2■□□□□ 0.82
KLHL28Q9NXS3 NUDT18-201ENST00000611621 1497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
KLHL28Q9NXS3 ZNF584-203ENST00000593920 2187 ntTSL 2 BASIC20.2■□□□□ 0.82
KLHL28Q9NXS3 SLC41A3-202ENST00000346785 1705 ntTSL 2 BASIC20.2■□□□□ 0.82
KLHL28Q9NXS3 SCAND1-202ENST00000373991 1727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
KLHL28Q9NXS3 ZNF410-206ENST00000540593 1722 ntTSL 2 BASIC20.2■□□□□ 0.82
KLHL28Q9NXS3 PYCARD-201ENST00000247470 990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
KLHL28Q9NXS3 PYCARD-202ENST00000350605 696 ntTSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
KLHL28Q9NXS3 BAD-203ENST00000394532 1157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
KLHL28Q9NXS3 KDELR3-202ENST00000409006 931 ntTSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
KLHL28Q9NXS3 FEZ1-205ENST00000524435 750 ntTSL 2 BASIC20.2■□□□□ 0.82
KLHL28Q9NXS3 SLC12A5-AS1-202ENST00000535913 1957 ntTSL 2 BASIC20.2■□□□□ 0.82
KLHL28Q9NXS3 BID-212ENST00000614949 1988 ntTSL 5 BASIC20.2■□□□□ 0.82
KLHL28Q9NXS3 CDK5-204ENST00000485972 1758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
KLHL28Q9NXS3 ANKHD1-204ENST00000394722 2035 ntTSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 26.1 ms