Protein–RNA interactions for Protein: Q96RU2

USP28, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 28, humanhuman

Predictions only

Length 1,077 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP28Q96RU2 VGF-202ENST00000445482 2477 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.92■■□□□ 1.58
USP28Q96RU2 FAM66C-205ENST00000456135 1216 ntTSL 5 BASIC24.92■■□□□ 1.58
USP28Q96RU2 CCDC189-211ENST00000545825 1046 ntTSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
USP28Q96RU2 TMEM80-207ENST00000608174 800 ntTSL 5 BASIC24.92■■□□□ 1.58
USP28Q96RU2 GRIN2D-201ENST00000263269 5093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
USP28Q96RU2 FBXW11-203ENST00000393802 2181 ntTSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
USP28Q96RU2 PDXK-205ENST00000398081 2251 ntTSL 2 BASIC24.92■■□□□ 1.58
USP28Q96RU2 SLC22A31-201ENST00000562855 1909 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.92■■□□□ 1.58
USP28Q96RU2 MATK-203ENST00000395045 2073 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC24.92■■□□□ 1.58
USP28Q96RU2 RNF180-201ENST00000296615 1727 ntTSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
USP28Q96RU2 DISC1-205ENST00000366636 2224 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
USP28Q96RU2 FADS6-204ENST00000614223 2044 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.91■■□□□ 1.58
USP28Q96RU2 TMEM9B-201ENST00000309134 1659 ntTSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
USP28Q96RU2 EIF2B4-211ENST00000616081 1754 ntTSL 5 BASIC24.91■■□□□ 1.58
USP28Q96RU2 DRAP1-201ENST00000312515 989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
USP28Q96RU2 NAXE-201ENST00000368233 1012 ntTSL 2 BASIC24.91■■□□□ 1.58
USP28Q96RU2 LY6H-205ENST00000615409 980 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
USP28Q96RU2 LOXL1-AS1-210ENST00000567257 2358 ntTSL 2 BASIC24.91■■□□□ 1.58
USP28Q96RU2 USP48-205ENST00000421625 2818 ntTSL 2 BASIC24.91■■□□□ 1.58
USP28Q96RU2 SOX18-201ENST00000340356 1864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
USP28Q96RU2 RUNDC3B-207ENST00000493037 2020 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
USP28Q96RU2 TRIM67-203ENST00000449018 2166 ntTSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
USP28Q96RU2 B3GALT4-204ENST00000451237 1694 ntAPPRIS P1 BASIC24.91■■□□□ 1.58
USP28Q96RU2 CLDND1-202ENST00000394180 2228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
USP28Q96RU2 FAM167A-204ENST00000528897 1620 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.9■■□□□ 1.58
USP28Q96RU2 TRIM3-201ENST00000345851 2879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
USP28Q96RU2 P2RX2-205ENST00000352418 1200 ntTSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
USP28Q96RU2 ARFIP2-205ENST00000525235 852 ntTSL 2 BASIC24.9■■□□□ 1.58
USP28Q96RU2 AL512631.2-201ENST00000604634 923 ntBASIC24.9■■□□□ 1.58
USP28Q96RU2 ZNF37BP-201ENST00000435805 1695 ntTSL 5 BASIC24.9■■□□□ 1.58
USP28Q96RU2 CFAP99-206ENST00000616117 1941 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.9■■□□□ 1.58
USP28Q96RU2 VPS9D1-AS1-202ENST00000562866 1753 ntTSL 2 BASIC24.9■■□□□ 1.58
USP28Q96RU2 GLRX3-201ENST00000331244 1302 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.58
USP28Q96RU2 JUNB-201ENST00000302754 1820 ntAPPRIS P1 BASIC24.89■■□□□ 1.58
USP28Q96RU2 GSX2-201ENST00000326902 1812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.58
USP28Q96RU2 LCK-214ENST00000619559 2099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.58
USP28Q96RU2 ZSCAN18-217ENST00000601144 2190 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.58
USP28Q96RU2 UBE2J2-203ENST00000360466 1047 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.89■■□□□ 1.58
USP28Q96RU2 TNFRSF6B-201ENST00000369996 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.58
USP28Q96RU2 HAUS7-211ENST00000626181 414 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.89■■□□□ 1.58
USP28Q96RU2 C16orf72-201ENST00000327827 5953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.57
USP28Q96RU2 SNRK-203ENST00000437827 1995 ntTSL 2 BASIC24.89■■□□□ 1.57
USP28Q96RU2 A1BG-201ENST00000263100 1722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.57
USP28Q96RU2 DPP7-201ENST00000371579 1590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
USP28Q96RU2 SYF2-201ENST00000236273 1345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
USP28Q96RU2 CRHR1-201ENST00000293493 2621 ntTSL 5 BASIC24.88■■□□□ 1.57
USP28Q96RU2 XBP1-207ENST00000611155 1794 ntTSL 5 BASIC24.88■■□□□ 1.57
USP28Q96RU2 GCH1-206ENST00000543643 1897 ntTSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
USP28Q96RU2 PABPC1L2A-201ENST00000373519 2237 ntAPPRIS P1 BASIC24.88■■□□□ 1.57
USP28Q96RU2 IGFBP1-202ENST00000457280 1601 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.88■■□□□ 1.57
USP28Q96RU2 FAM173A-201ENST00000219535 806 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.88■■□□□ 1.57
USP28Q96RU2 KRAS-204ENST00000557334 1052 ntTSL 5 BASIC24.88■■□□□ 1.57
USP28Q96RU2 MIR3181-201ENST00000578512 73 ntBASIC24.88■■□□□ 1.57
USP28Q96RU2 MSL1-204ENST00000578648 2267 ntTSL 5 BASIC24.88■■□□□ 1.57
USP28Q96RU2 MAIP1-201ENST00000295079 1495 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.88■■□□□ 1.57
USP28Q96RU2 AC026310.3-201ENST00000625186 2373 ntBASIC24.88■■□□□ 1.57
USP28Q96RU2 DTWD2-203ENST00000510708 2307 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
USP28Q96RU2 AL122058.1-201ENST00000412321 1166 ntTSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
USP28Q96RU2 ATP6V0E2-204ENST00000464662 513 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.87■■□□□ 1.57
USP28Q96RU2 AC009126.1-201ENST00000501338 2245 ntTSL 2 BASIC24.87■■□□□ 1.57
USP28Q96RU2 STX4-202ENST00000394998 1498 ntTSL 2 BASIC24.87■■□□□ 1.57
USP28Q96RU2 KEAP1-202ENST00000393623 2648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
USP28Q96RU2 ERI3-201ENST00000372257 1684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
USP28Q96RU2 ARRB2-201ENST00000269260 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
USP28Q96RU2 DNM2-205ENST00000585892 2774 ntTSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
USP28Q96RU2 NIPA2-205ENST00000539711 1412 ntTSL 2 BASIC24.86■■□□□ 1.57
USP28Q96RU2 DECR2-201ENST00000219481 1615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
USP28Q96RU2 PDLIM3-203ENST00000284771 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
USP28Q96RU2 MIS18A-201ENST00000290130 1575 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
USP28Q96RU2 AC074143.1-203ENST00000518227 1473 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
USP28Q96RU2 MYD88-205ENST00000424893 1279 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
USP28Q96RU2 GATA2-AS1-201ENST00000464242 1163 ntTSL 2 BASIC24.86■■□□□ 1.57
USP28Q96RU2 ACYP1-205ENST00000555463 789 ntTSL 2 BASIC24.86■■□□□ 1.57
USP28Q96RU2 ARHGDIA-217ENST00000584461 886 ntTSL 2 BASIC24.86■■□□□ 1.57
USP28Q96RU2 SPTBN4-203ENST00000392023 2419 ntTSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
USP28Q96RU2 RFLNA-201ENST00000324038 2148 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.86■■□□□ 1.57
USP28Q96RU2 CD6-203ENST00000352009 1809 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
USP28Q96RU2 GOLGA6L9-202ENST00000618348 1710 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.86■■□□□ 1.57
USP28Q96RU2 USP45-205ENST00000472914 1617 ntTSL 5 BASIC24.86■■□□□ 1.57
USP28Q96RU2 TBX1-203ENST00000359500 1538 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
USP28Q96RU2 KIF12-202ENST00000468460 2162 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.86■■□□□ 1.57
USP28Q96RU2 SOX17-201ENST00000297316 2342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
USP28Q96RU2 GFRA3-201ENST00000274721 2039 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
USP28Q96RU2 C19orf12-201ENST00000323670 2464 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.85■■□□□ 1.57
USP28Q96RU2 HSD17B14-201ENST00000263278 1238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
USP28Q96RU2 MMP28-203ENST00000612672 1092 ntTSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
USP28Q96RU2 ME2-206ENST00000638410 2289 ntTSL 5 BASIC24.85■■□□□ 1.57
USP28Q96RU2 ME2-210ENST00000639255 2262 ntTSL 5 BASIC24.85■■□□□ 1.57
USP28Q96RU2 SUMF1-202ENST00000383843 1447 ntTSL 2 BASIC24.85■■□□□ 1.57
USP28Q96RU2 LTK-201ENST00000263800 3046 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
USP28Q96RU2 FASTK-212ENST00000482571 1764 ntTSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
USP28Q96RU2 C7orf25-201ENST00000350427 2451 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.85■■□□□ 1.57
USP28Q96RU2 RHBDD2-201ENST00000006777 1802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
USP28Q96RU2 SPAST-204ENST00000621856 1715 ntTSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
USP28Q96RU2 KRT18P55-201ENST00000577198 1950 ntTSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
USP28Q96RU2 TNFRSF25-201ENST00000348333 1119 ntTSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
USP28Q96RU2 TNFRSF25-202ENST00000351748 705 ntTSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
USP28Q96RU2 SURF2-201ENST00000371964 842 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
USP28Q96RU2 P4HTM-202ENST00000383729 2127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
USP28Q96RU2 TRAPPC5-202ENST00000426877 765 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.84■■□□□ 1.57
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 49.7 ms