Protein–RNA interactions for Protein: Q96JC1

VPS39, Vam6/Vps39-like protein, humanhuman

Predictions only

Length 886 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS39Q96JC1 ZFYVE9-201ENST00000287727 5194 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC21.77■■□□□ 1.08
VPS39Q96JC1 SLC41A3-202ENST00000346785 1705 ntTSL 2 BASIC21.77■■□□□ 1.08
VPS39Q96JC1 HOXA4-201ENST00000360046 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
VPS39Q96JC1 NKIRAS2-204ENST00000393880 1644 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.77■■□□□ 1.08
VPS39Q96JC1 OAS3-205ENST00000548514 1392 ntTSL 2 BASIC21.77■■□□□ 1.08
VPS39Q96JC1 AC080112.2-201ENST00000578774 2094 ntTSL 4 BASIC21.77■■□□□ 1.08
VPS39Q96JC1 BAD-203ENST00000394532 1157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
VPS39Q96JC1 AK3-203ENST00000447596 705 ntTSL 2 BASIC21.77■■□□□ 1.08
VPS39Q96JC1 AC241377.3-202ENST00000626088 1088 ntBASIC21.77■■□□□ 1.08
VPS39Q96JC1 AC241585.3-202ENST00000628937 1088 ntBASIC21.77■■□□□ 1.08
VPS39Q96JC1 AC245100.8-202ENST00000629247 1058 ntBASIC21.77■■□□□ 1.08
VPS39Q96JC1 ST3GAL4-215ENST00000532243 1825 ntTSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
VPS39Q96JC1 GFRA4-201ENST00000290417 1427 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
VPS39Q96JC1 KCNJ12-202ENST00000583088 5425 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
VPS39Q96JC1 NR5A1-204ENST00000620110 2975 ntTSL 5 BASIC21.77■■□□□ 1.08
VPS39Q96JC1 ASRGL1-201ENST00000301776 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.07
VPS39Q96JC1 ABHD16B-201ENST00000369916 1491 ntAPPRIS P1 BASIC21.77■■□□□ 1.07
VPS39Q96JC1 ATP8A1-207ENST00000510289 2238 ntTSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
VPS39Q96JC1 LRRC75A-201ENST00000409083 2656 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.76■■□□□ 1.07
VPS39Q96JC1 HOXB7-201ENST00000239165 1371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
VPS39Q96JC1 KPTN-201ENST00000338134 1691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
VPS39Q96JC1 TOP1MT-201ENST00000329245 1958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
VPS39Q96JC1 ZNF746-203ENST00000461958 5051 ntTSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
VPS39Q96JC1 LRRK1-208ENST00000532029 1241 ntTSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
VPS39Q96JC1 POC1B-209ENST00000549035 2038 ntTSL 2 BASIC21.76■■□□□ 1.07
VPS39Q96JC1 GPX4-213ENST00000622390 1002 ntTSL 5 BASIC21.76■■□□□ 1.07
VPS39Q96JC1 AL035685.1-201ENST00000636663 812 ntBASIC21.76■■□□□ 1.07
VPS39Q96JC1 DACH1-201ENST00000611519 4789 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
VPS39Q96JC1 PTGER3-204ENST00000356595 1943 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
VPS39Q96JC1 PTGER3-207ENST00000370931 1914 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
VPS39Q96JC1 PLEKHJ1-206ENST00000587962 1311 ntTSL 2 BASIC21.76■■□□□ 1.07
VPS39Q96JC1 C16orf58-209ENST00000567994 1845 ntTSL 5 BASIC21.76■■□□□ 1.07
VPS39Q96JC1 PSMD7-201ENST00000219313 1670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
VPS39Q96JC1 ADRM1-205ENST00000620230 1361 ntTSL 5 BASIC21.75■■□□□ 1.07
VPS39Q96JC1 LINC01140-202ENST00000467438 2375 ntTSL 2 BASIC21.75■■□□□ 1.07
VPS39Q96JC1 FXYD3-201ENST00000344013 1404 ntTSL 5 BASIC21.75■■□□□ 1.07
VPS39Q96JC1 DTWD2-204ENST00000515439 1275 ntTSL 5 BASIC21.75■■□□□ 1.07
VPS39Q96JC1 SLC25A39-203ENST00000537904 1274 ntTSL 2 BASIC21.75■■□□□ 1.07
VPS39Q96JC1 SCUBE1-208ENST00000615096 1119 ntTSL 2 BASIC21.75■■□□□ 1.07
VPS39Q96JC1 POLD2-218ENST00000610533 1619 ntTSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
VPS39Q96JC1 CCNG2-204ENST00000502280 1459 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.75■■□□□ 1.07
VPS39Q96JC1 KCNN1-204ENST00000615435 1691 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.75■■□□□ 1.07
VPS39Q96JC1 WDR86-207ENST00000621812 1542 ntTSL 5 BASIC21.75■■□□□ 1.07
VPS39Q96JC1 SERPINB5-201ENST00000382771 2783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
VPS39Q96JC1 ADORA2A-AS1-203ENST00000427813 2027 ntTSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
VPS39Q96JC1 GPR27-201ENST00000304411 2447 ntAPPRIS P1 BASIC21.74■■□□□ 1.07
VPS39Q96JC1 IGFBP3-202ENST00000381083 1050 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.74■■□□□ 1.07
VPS39Q96JC1 ZEB1-AS1-205ENST00000605946 382 ntTSL 5 BASIC21.74■■□□□ 1.07
VPS39Q96JC1 PICSAR-201ENST00000615826 733 ntTSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
VPS39Q96JC1 ST3GAL4-213ENST00000530591 1459 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
VPS39Q96JC1 GTSE1-AS1-202ENST00000623117 1518 ntBASIC21.74■■□□□ 1.07
VPS39Q96JC1 TRIM28-201ENST00000253024 2960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
VPS39Q96JC1 RNPEP-201ENST00000295640 2427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
VPS39Q96JC1 CASP9-203ENST00000375890 1351 ntTSL 2 BASIC21.74■■□□□ 1.07
VPS39Q96JC1 PHACTR3-202ENST00000359926 2252 ntTSL 2 BASIC21.73■■□□□ 1.07
VPS39Q96JC1 THOC6-202ENST00000326266 1419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
VPS39Q96JC1 SDSL-202ENST00000403593 1449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
VPS39Q96JC1 FNDC11-204ENST00000615526 2954 ntAPPRIS P1 BASIC21.73■■□□□ 1.07
VPS39Q96JC1 ERRFI1-204ENST00000474874 479 ntTSL 3 BASIC21.73■■□□□ 1.07
VPS39Q96JC1 STK19-202ENST00000375333 1557 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
VPS39Q96JC1 LRIG1-201ENST00000273261 5273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
VPS39Q96JC1 CCSAP-203ENST00000366687 5089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
VPS39Q96JC1 DLG3-201ENST00000194900 6112 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.73■■□□□ 1.07
VPS39Q96JC1 SPN-202ENST00000395389 1935 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
VPS39Q96JC1 MGEA5-205ENST00000439817 5043 ntTSL 5 BASIC21.72■■□□□ 1.07
VPS39Q96JC1 CLPSL2-202ENST00000403376 405 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
VPS39Q96JC1 AL356740.2-201ENST00000601559 647 ntBASIC21.72■■□□□ 1.07
VPS39Q96JC1 CCDC194-202ENST00000636079 705 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.72■■□□□ 1.07
VPS39Q96JC1 MEF2A-207ENST00000558812 2186 ntTSL 2 BASIC21.72■■□□□ 1.07
VPS39Q96JC1 MAP3K3-201ENST00000361357 4818 ntTSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
VPS39Q96JC1 GLRX3-201ENST00000331244 1302 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
VPS39Q96JC1 CHST7-201ENST00000276055 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
VPS39Q96JC1 YY1AP1-214ENST00000407221 2705 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.71■■□□□ 1.07
VPS39Q96JC1 NOX4-209ENST00000527626 1774 ntTSL 2 BASIC21.71■■□□□ 1.07
VPS39Q96JC1 STX4-201ENST00000313843 1481 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
VPS39Q96JC1 AC092384.1-201ENST00000378347 1812 ntTSL 2 BASIC21.71■■□□□ 1.07
VPS39Q96JC1 CLDND1-202ENST00000394180 2228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
VPS39Q96JC1 NDUFV2-201ENST00000318388 930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
VPS39Q96JC1 GRK4-201ENST00000345167 2013 ntTSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
VPS39Q96JC1 CNNM4-201ENST00000377075 4800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
VPS39Q96JC1 SH2D5-202ENST00000444387 1934 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.7■■□□□ 1.07
VPS39Q96JC1 AC010542.4-201ENST00000563151 1910 ntBASIC21.7■■□□□ 1.07
VPS39Q96JC1 PEX10-202ENST00000447513 1997 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.07
VPS39Q96JC1 FHL3-201ENST00000373016 1647 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
VPS39Q96JC1 TRIM67-203ENST00000449018 2166 ntTSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
VPS39Q96JC1 ZNF302-211ENST00000509528 577 ntTSL 4 BASIC21.7■■□□□ 1.06
VPS39Q96JC1 CFD-202ENST00000592860 809 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
VPS39Q96JC1 PRSS21-201ENST00000005995 1101 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
VPS39Q96JC1 TUBBP5-204ENST00000635438 565 ntTSL 4 BASIC21.7■■□□□ 1.06
VPS39Q96JC1 GSX2-201ENST00000326902 1812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
VPS39Q96JC1 MESP1-201ENST00000300057 2369 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
VPS39Q96JC1 CACNA1B-201ENST00000277549 7158 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
VPS39Q96JC1 CACNA1B-202ENST00000277551 7158 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.7■■□□□ 1.06
VPS39Q96JC1 PRKAA1-202ENST00000354209 1918 ntTSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
VPS39Q96JC1 NR2F1-AS1-210ENST00000606739 1431 ntTSL 2 BASIC21.7■■□□□ 1.06
VPS39Q96JC1 OLIG2-202ENST00000382357 2578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
VPS39Q96JC1 PEX7-201ENST00000318471 1464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
VPS39Q96JC1 MESP2-201ENST00000341735 1552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
VPS39Q96JC1 FGFR1-241ENST00000619564 5482 ntTSL 5 BASIC21.69■■□□□ 1.06
VPS39Q96JC1 SSUH2-217ENST00000544814 1636 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.69■■□□□ 1.06
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 26.5 ms