Protein–RNA interactions for Protein: Q53GS9

USP39, U4/U6.U5 tri-snRNP-associated protein 2, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 565 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP39Q53GS9 IRX5-201ENST00000320990 2061 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
USP39Q53GS9 C18orf65-201ENST00000622985 2076 ntTSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
USP39Q53GS9 HOXA10-206ENST00000613671 2175 ntTSL 5 BASIC22.11■■□□□ 1.13
USP39Q53GS9 AP004607.4-201ENST00000530158 1459 ntBASIC22.11■■□□□ 1.13
USP39Q53GS9 WT1-210ENST00000639563 1494 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
USP39Q53GS9 ARF1-213ENST00000540651 1972 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
USP39Q53GS9 GDI1-204ENST00000447750 2474 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
USP39Q53GS9 NT5C-201ENST00000245552 954 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
USP39Q53GS9 AC092368.3-201ENST00000562549 1107 ntTSL 5 BASIC22.11■■□□□ 1.13
USP39Q53GS9 SLC35A2-211ENST00000634461 533 ntTSL 4 BASIC22.11■■□□□ 1.13
USP39Q53GS9 POU5F1-209ENST00000638788 369 ntTSL 5 BASIC22.11■■□□□ 1.13
USP39Q53GS9 LGALS9B-202ENST00000423676 1713 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
USP39Q53GS9 SPRED3-202ENST00000586301 1366 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.11■■□□□ 1.13
USP39Q53GS9 UCHL5-201ENST00000367448 1534 ntTSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
USP39Q53GS9 BX005040.4-201ENST00000637145 1518 ntBASIC22.11■■□□□ 1.13
USP39Q53GS9 BOP1-205ENST00000569669 2303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
USP39Q53GS9 DUSP8P5-201ENST00000422884 1815 ntBASIC22.1■■□□□ 1.13
USP39Q53GS9 PARP9-207ENST00000492382 1837 ntTSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
USP39Q53GS9 KISS1R-201ENST00000234371 1625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
USP39Q53GS9 UBE2J2-203ENST00000360466 1047 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
USP39Q53GS9 CAMK2N1-201ENST00000375078 2336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
USP39Q53GS9 XPA-201ENST00000375128 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
USP39Q53GS9 MT1M-201ENST00000379818 829 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
USP39Q53GS9 KRT19P1-201ENST00000405746 1186 ntBASIC22.1■■□□□ 1.13
USP39Q53GS9 LINC02091-201ENST00000576171 1185 ntTSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
USP39Q53GS9 NRXN1-205ENST00000401710 2873 ntTSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
USP39Q53GS9 KLC1-201ENST00000246489 2294 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
USP39Q53GS9 KLC1-224ENST00000557450 2265 ntTSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
USP39Q53GS9 GAS2L1-201ENST00000406549 1803 ntTSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
USP39Q53GS9 AC011498.4-201ENST00000586020 1803 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
USP39Q53GS9 HRH3-202ENST00000340177 2659 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
USP39Q53GS9 GRK4-202ENST00000398051 2068 ntTSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
USP39Q53GS9 ZSCAN18-212ENST00000600404 1934 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
USP39Q53GS9 RUNDC3A-202ENST00000426726 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
USP39Q53GS9 CKMT1B-207ENST00000441322 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
USP39Q53GS9 KCNS1-202ENST00000537075 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
USP39Q53GS9 ADAMTS13-204ENST00000371911 1155 ntTSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
USP39Q53GS9 YIF1A-205ENST00000471387 854 ntTSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
USP39Q53GS9 POLE4-205ENST00000483063 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
USP39Q53GS9 ASPSCR1-211ENST00000581647 720 ntTSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
USP39Q53GS9 AC068587.7-201ENST00000641602 218 ntBASIC22.09■■□□□ 1.13
USP39Q53GS9 ARSB-202ENST00000396151 2316 ntTSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
USP39Q53GS9 SCAMP3-202ENST00000355379 1537 ntTSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
USP39Q53GS9 SPRED3-204ENST00000587013 1539 ntTSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
USP39Q53GS9 NAAA-204ENST00000507187 1750 ntTSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
USP39Q53GS9 AMZ2-202ENST00000359904 2402 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
USP39Q53GS9 PXK-202ENST00000356151 2037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
USP39Q53GS9 GFOD1-204ENST00000603223 2388 ntTSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
USP39Q53GS9 ZNF419-203ENST00000354197 1569 ntTSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.13
USP39Q53GS9 ANKRD11-217ENST00000613312 1584 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.13
USP39Q53GS9 PHC2-202ENST00000373418 2550 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
USP39Q53GS9 AC004854.2-201ENST00000608450 1441 ntBASIC22.08■■□□□ 1.13
USP39Q53GS9 IMPA2-201ENST00000269159 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
USP39Q53GS9 XBP1-202ENST00000344347 1131 ntTSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.13
USP39Q53GS9 CCDC74B-205ENST00000409943 1296 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
USP39Q53GS9 PPP1R14BP3-201ENST00000509033 445 ntBASIC22.08■■□□□ 1.13
USP39Q53GS9 TUSC3-209ENST00000509380 1266 ntTSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.13
USP39Q53GS9 ZNF696-205ENST00000521537 705 ntTSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.13
USP39Q53GS9 ACYP1-205ENST00000555463 789 ntTSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.13
USP39Q53GS9 CCDC154-201ENST00000389176 2212 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.13
USP39Q53GS9 HOXD1-201ENST00000331462 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
USP39Q53GS9 PLEKHF1-204ENST00000592810 1357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
USP39Q53GS9 VSTM4-201ENST00000298454 2170 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.12
USP39Q53GS9 MID1IP1-203ENST00000457894 1902 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.08■■□□□ 1.12
USP39Q53GS9 AC133561.1-201ENST00000568600 2415 ntBASIC22.07■■□□□ 1.12
USP39Q53GS9 MRPS2-202ENST00000371785 1640 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.07■■□□□ 1.12
USP39Q53GS9 SLC22A15-201ENST00000369502 1230 ntTSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
USP39Q53GS9 IL15RA-207ENST00000397250 584 ntTSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
USP39Q53GS9 AC006970.2-201ENST00000450065 779 ntBASIC22.07■■□□□ 1.12
USP39Q53GS9 AC084116.4-201ENST00000524320 484 ntTSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
USP39Q53GS9 IL15RA-215ENST00000528354 1037 ntTSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
USP39Q53GS9 LINC01901-201ENST00000585822 1115 ntTSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
USP39Q53GS9 IL15RA-220ENST00000620345 1115 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
USP39Q53GS9 PLEKHB1-201ENST00000227214 2016 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
USP39Q53GS9 TTC39A-203ENST00000371747 1876 ntTSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
USP39Q53GS9 RUNX2-210ENST00000576263 2256 ntTSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
USP39Q53GS9 SLC25A29-201ENST00000359232 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
USP39Q53GS9 ZNF511-202ENST00000361518 1520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
USP39Q53GS9 DALRD3-206ENST00000441576 1706 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
USP39Q53GS9 HSD17B14-201ENST00000263278 1238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
USP39Q53GS9 METTL26-203ENST00000397664 604 ntTSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
USP39Q53GS9 C19orf24-201ENST00000409293 983 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
USP39Q53GS9 IDH2-203ENST00000559482 1278 ntTSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
USP39Q53GS9 EMC9-206ENST00000560403 872 ntTSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
USP39Q53GS9 HSD17B14-204ENST00000599157 991 ntTSL 3 BASIC22.06■■□□□ 1.12
USP39Q53GS9 DACT3-201ENST00000300875 2526 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
USP39Q53GS9 AL137002.2-201ENST00000639766 2238 ntTSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
USP39Q53GS9 CACTIN-AS1-201ENST00000592274 1913 ntTSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
USP39Q53GS9 RANBP10-206ENST00000602677 2374 ntTSL 5 BASIC22.05■■□□□ 1.12
USP39Q53GS9 RILP-201ENST00000301336 1771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
USP39Q53GS9 SEC22C-207ENST00000423701 1458 ntTSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
USP39Q53GS9 HYAL2-207ENST00000442581 2318 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.05■■□□□ 1.12
USP39Q53GS9 PHPT1-201ENST00000247665 890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
USP39Q53GS9 JSRP1-201ENST00000300961 1138 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.05■■□□□ 1.12
USP39Q53GS9 AC012313.6-201ENST00000599889 790 ntTSL 3 BASIC22.05■■□□□ 1.12
USP39Q53GS9 AC104771.1-201ENST00000603335 964 ntBASIC22.05■■□□□ 1.12
USP39Q53GS9 AC087239.1-201ENST00000622671 572 ntBASIC22.05■■□□□ 1.12
USP39Q53GS9 BTBD7-205ENST00000554565 2697 ntTSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
USP39Q53GS9 PPP1R1B-201ENST00000254079 1845 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
USP39Q53GS9 CPOX-201ENST00000264193 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 43 ms