Protein–RNA interactions for Protein: Q13428

TCOF1, Treacle protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,488 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TCOF1Q13428 FNTA-208ENST00000529687 1950 ntTSL 2 BASIC33.11■■■□□ 2.89
TCOF1Q13428 AP001363.2-201ENST00000538101 391 ntTSL 3 BASIC33.11■■■□□ 2.89
TCOF1Q13428 MPRIP-203ENST00000395806 527 ntTSL 3 BASIC33.1■■■□□ 2.89
TCOF1Q13428 GALNS-213ENST00000569433 723 ntTSL 3 BASIC33.1■■■□□ 2.89
TCOF1Q13428 AC005224.4-201ENST00000583262 1652 ntBASIC33.1■■■□□ 2.89
TCOF1Q13428 WDR86-201ENST00000334493 2023 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC33.1■■■□□ 2.89
TCOF1Q13428 NR2F6-201ENST00000291442 2404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.1■■■□□ 2.89
TCOF1Q13428 RCN2-201ENST00000320963 1750 ntTSL 5 BASIC33.09■■■□□ 2.89
TCOF1Q13428 MCUB-201ENST00000394650 2278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.09■■■□□ 2.89
TCOF1Q13428 VSX1-205ENST00000429762 1977 ntTSL 1 (best) BASIC33.09■■■□□ 2.89
TCOF1Q13428 SERBP1-202ENST00000370990 1621 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.09■■■□□ 2.89
TCOF1Q13428 NXNL2-201ENST00000375854 805 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC33.09■■■□□ 2.89
TCOF1Q13428 CDC16-203ENST00000356221 2203 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC33.09■■■□□ 2.89
TCOF1Q13428 SDR39U1-208ENST00000554698 1364 ntTSL 1 (best) BASIC33.09■■■□□ 2.89
TCOF1Q13428 HSD11B1L-217ENST00000581521 1884 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC33.09■■■□□ 2.89
TCOF1Q13428 FNDC3B-204ENST00000421757 946 ntTSL 1 (best) BASIC33.08■■■□□ 2.89
TCOF1Q13428 ARHGAP24-206ENST00000503995 1273 ntTSL 1 (best) BASIC33.08■■■□□ 2.89
TCOF1Q13428 GABARAPL2-205ENST00000568455 646 ntTSL 3 BASIC33.08■■■□□ 2.89
TCOF1Q13428 GXYLT1P5-201ENST00000614548 1189 ntBASIC33.08■■■□□ 2.89
TCOF1Q13428 HNF4A-205ENST00000443598 1603 ntTSL 1 (best) BASIC33.08■■■□□ 2.89
TCOF1Q13428 HSPB2-201ENST00000304298 1335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.06■■■□□ 2.88
TCOF1Q13428 CACNB1-201ENST00000344140 1889 ntTSL 1 (best) BASIC33.06■■■□□ 2.88
TCOF1Q13428 OLFM1-206ENST00000371799 961 ntTSL 1 (best) BASIC33.06■■■□□ 2.88
TCOF1Q13428 ASL-203ENST00000380839 1765 ntTSL 5 BASIC33.06■■■□□ 2.88
TCOF1Q13428 POLE4-205ENST00000483063 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.06■■■□□ 2.88
TCOF1Q13428 AL355102.2-201ENST00000553811 600 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC33.06■■■□□ 2.88
TCOF1Q13428 Z97986.1-201ENST00000565879 476 ntTSL 5 BASIC33.06■■■□□ 2.88
TCOF1Q13428 SYT6-209ENST00000610222 1707 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC33.06■■■□□ 2.88
TCOF1Q13428 AC080038.1-201ENST00000611274 1154 ntBASIC33.06■■■□□ 2.88
TCOF1Q13428 MAP6D1-201ENST00000318631 2111 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC33.06■■■□□ 2.88
TCOF1Q13428 IGF2-AS-201ENST00000381361 2063 ntTSL 2 BASIC33.06■■■□□ 2.88
TCOF1Q13428 TGIF1-206ENST00000405385 1689 ntTSL 2 BASIC33.06■■■□□ 2.88
TCOF1Q13428 HMCES-203ENST00000417226 1490 ntTSL 1 (best) BASIC33.06■■■□□ 2.88
TCOF1Q13428 LTC4S-202ENST00000401985 486 ntTSL 3 BASIC33.05■■■□□ 2.88
TCOF1Q13428 CDH18-AS1-201ENST00000513573 424 ntTSL 2 BASIC33.05■■■□□ 2.88
TCOF1Q13428 CBLN2-209ENST00000585159 2406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.05■■■□□ 2.88
TCOF1Q13428 SH3YL1-201ENST00000356150 1763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.05■■■□□ 2.88
TCOF1Q13428 AC073111.5-205ENST00000641717 521 ntBASIC33.05■■■□□ 2.88
TCOF1Q13428 DYRK1B-201ENST00000323039 2535 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC33.05■■■□□ 2.88
TCOF1Q13428 MFSD7-203ENST00000404286 1826 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.05■■■□□ 2.88
TCOF1Q13428 SAXO1-201ENST00000380530 1727 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC33.04■■■□□ 2.88
TCOF1Q13428 C7orf25-203ENST00000431882 1645 ntTSL 2 BASIC33.04■■■□□ 2.88
TCOF1Q13428 PTRH1-201ENST00000335223 759 ntTSL 1 (best) BASIC33.04■■■□□ 2.88
TCOF1Q13428 COX20-201ENST00000366528 568 ntTSL 2 BASIC33.04■■■□□ 2.88
TCOF1Q13428 CDCA4P2-201ENST00000441182 718 ntBASIC33.04■■■□□ 2.88
TCOF1Q13428 AC066615.1-201ENST00000640911 628 ntBASIC33.04■■■□□ 2.88
TCOF1Q13428 AC138649.1-201ENST00000619611 1449 ntTSL 1 (best) BASIC33.03■■■□□ 2.88
TCOF1Q13428 NOXO1-201ENST00000354249 1618 ntTSL 1 (best) BASIC33.03■■■□□ 2.88
TCOF1Q13428 STX7-201ENST00000367937 1090 ntTSL 5 BASIC33.03■■■□□ 2.88
TCOF1Q13428 ADAMTS13-204ENST00000371911 1155 ntTSL 1 (best) BASIC33.03■■■□□ 2.88
TCOF1Q13428 LRRC3C-201ENST00000377924 891 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC33.03■■■□□ 2.88
TCOF1Q13428 IDNK-204ENST00000454393 1210 ntTSL 3 BASIC33.03■■■□□ 2.88
TCOF1Q13428 DBI-210ENST00000542275 757 ntTSL 5 BASIC33.03■■■□□ 2.88
TCOF1Q13428 CYS1-201ENST00000381813 2738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.02■■■□□ 2.88
TCOF1Q13428 ZBTB45-205ENST00000600990 2159 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC33.02■■■□□ 2.88
TCOF1Q13428 ARL6IP4-204ENST00000392435 1339 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.02■■■□□ 2.88
TCOF1Q13428 TANGO2-210ENST00000432883 2084 ntTSL 2 BASIC33.02■■■□□ 2.88
TCOF1Q13428 HSCB-202ENST00000398941 955 ntTSL 2 BASIC33.02■■■□□ 2.88
TCOF1Q13428 TMEM191A-211ENST00000637163 1067 ntBASIC33.02■■■□□ 2.88
TCOF1Q13428 NPY4R-201ENST00000374312 1956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.02■■■□□ 2.88
TCOF1Q13428 NPY4R2-201ENST00000576178 1956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.02■■■□□ 2.88
TCOF1Q13428 TMCC2-209ENST00000637895 1455 ntTSL 1 (best) BASIC33.02■■■□□ 2.88
TCOF1Q13428 DNAAF3-203ENST00000524407 2059 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.02■■■□□ 2.88
TCOF1Q13428 SPRED3-202ENST00000586301 1366 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC33.02■■■□□ 2.88
TCOF1Q13428 GOLGA6L9-202ENST00000618348 1710 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC33.01■■■□□ 2.88
TCOF1Q13428 MLLT10-204ENST00000377091 905 ntTSL 1 (best) BASIC33.01■■■□□ 2.88
TCOF1Q13428 IZUMO4-203ENST00000395307 944 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC33.01■■■□□ 2.88
TCOF1Q13428 SFTPC-205ENST00000521315 1046 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC33.01■■■□□ 2.88
TCOF1Q13428 COX4I1-216ENST00000568794 794 ntTSL 5 BASIC33.01■■■□□ 2.88
TCOF1Q13428 HAS1-203ENST00000594621 760 ntTSL 1 (best) BASIC33.01■■■□□ 2.88
TCOF1Q13428 HSD17B14-204ENST00000599157 991 ntTSL 3 BASIC33.01■■■□□ 2.88
TCOF1Q13428 WWOX-218ENST00000627394 894 ntTSL 5 BASIC33.01■■■□□ 2.88
TCOF1Q13428 ARSB-202ENST00000396151 2316 ntTSL 1 (best) BASIC33.01■■■□□ 2.88
TCOF1Q13428 FMR1-AS1-201ENST00000594922 2005 ntTSL 1 (best) BASIC33.01■■■□□ 2.87
TCOF1Q13428 DACT3-202ENST00000391916 2834 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC33.01■■■□□ 2.87
TCOF1Q13428 ZFAND6-224ENST00000618205 1659 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC33■■■□□ 2.87
TCOF1Q13428 GATA1-202ENST00000376670 1497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33■■■□□ 2.87
TCOF1Q13428 AC079089.2-201ENST00000531211 1277 ntBASIC33■■■□□ 2.87
TCOF1Q13428 C1orf122-202ENST00000373043 2229 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33■■■□□ 2.87
TCOF1Q13428 CCDC7-201ENST00000277657 1899 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC33■■■□□ 2.87
TCOF1Q13428 RAB3A-201ENST00000222256 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33■■■□□ 2.87
TCOF1Q13428 GCA-201ENST00000233612 1694 ntTSL 2 BASIC33■■■□□ 2.87
TCOF1Q13428 CLDN5-203ENST00000413119 1760 ntTSL 2 BASIC33■■■□□ 2.87
TCOF1Q13428 NEDD8-201ENST00000250495 708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.99■■■□□ 2.87
TCOF1Q13428 PLAC9-202ENST00000372267 472 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC32.99■■■□□ 2.87
TCOF1Q13428 LINC01976-201ENST00000565120 434 ntTSL 2 BASIC32.99■■■□□ 2.87
TCOF1Q13428 AC140479.5-201ENST00000568189 735 ntTSL 3 BASIC32.99■■■□□ 2.87
TCOF1Q13428 CIRBP-222ENST00000589235 1073 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC32.99■■■□□ 2.87
TCOF1Q13428 ID4-201ENST00000378700 2344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.99■■■□□ 2.87
TCOF1Q13428 UCK2-201ENST00000367879 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.99■■■□□ 2.87
TCOF1Q13428 HMBS-201ENST00000278715 1501 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.99■■■□□ 2.87
TCOF1Q13428 CACTIN-AS1-201ENST00000592274 1913 ntTSL 2 BASIC32.99■■■□□ 2.87
TCOF1Q13428 FITM1-201ENST00000267426 1194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.99■■■□□ 2.87
TCOF1Q13428 AC093762.3-201ENST00000641918 318 ntAPPRIS P1 BASIC32.99■■■□□ 2.87
TCOF1Q13428 INPP1-201ENST00000322522 1919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.98■■■□□ 2.87
TCOF1Q13428 SLC22A17-201ENST00000206544 2284 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC32.98■■■□□ 2.87
TCOF1Q13428 EMC7-201ENST00000256545 1155 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.98■■■□□ 2.87
TCOF1Q13428 RNASEH2B-206ENST00000611510 1257 ntTSL 5 BASIC32.98■■■□□ 2.87
TCOF1Q13428 C21orf2-203ENST00000397956 1634 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.98■■■□□ 2.87
TCOF1Q13428 TNFRSF18-202ENST00000379265 705 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.97■■■□□ 2.87
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