Protein–RNA interactions for Protein: Q9UPQ0

LIMCH1, LIM and calponin homology domains-containing protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,083 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMCH1Q9UPQ0 PTGER3-207ENST00000370931 1914 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
LIMCH1Q9UPQ0 PSMD7-201ENST00000219313 1670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
LIMCH1Q9UPQ0 PEX7-201ENST00000318471 1464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
LIMCH1Q9UPQ0 DTWD2-204ENST00000515439 1275 ntTSL 5 BASIC25.74■■□□□ 1.71
LIMCH1Q9UPQ0 TIE1-210ENST00000538015 1140 ntTSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
LIMCH1Q9UPQ0 C16orf58-209ENST00000567994 1845 ntTSL 5 BASIC25.74■■□□□ 1.71
LIMCH1Q9UPQ0 PLPP1-201ENST00000264775 1550 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
LIMCH1Q9UPQ0 NR2F1-AS1-210ENST00000606739 1431 ntTSL 2 BASIC25.73■■□□□ 1.71
LIMCH1Q9UPQ0 PCSK6-220ENST00000622483 3132 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
LIMCH1Q9UPQ0 AQP6-201ENST00000315520 1398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
LIMCH1Q9UPQ0 HIRA-201ENST00000263208 4053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
LIMCH1Q9UPQ0 USP12-201ENST00000282344 4511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
LIMCH1Q9UPQ0 GUSBP5-201ENST00000418136 578 ntBASIC25.73■■□□□ 1.71
LIMCH1Q9UPQ0 ARPC4-208ENST00000498623 942 ntTSL 2 BASIC25.73■■□□□ 1.71
LIMCH1Q9UPQ0 PRSS21-201ENST00000005995 1101 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
LIMCH1Q9UPQ0 NOX4-209ENST00000527626 1774 ntTSL 2 BASIC25.73■■□□□ 1.71
LIMCH1Q9UPQ0 MESP2-201ENST00000341735 1552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
LIMCH1Q9UPQ0 ADORA2A-AS1-203ENST00000427813 2027 ntTSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
LIMCH1Q9UPQ0 SPN-202ENST00000395389 1935 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
LIMCH1Q9UPQ0 BIN1-202ENST00000316724 2693 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
LIMCH1Q9UPQ0 SHMT1-203ENST00000354098 1656 ntTSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
LIMCH1Q9UPQ0 UQCR11-202ENST00000589880 504 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.72■■□□□ 1.71
LIMCH1Q9UPQ0 SSUH2-217ENST00000544814 1636 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.72■■□□□ 1.71
LIMCH1Q9UPQ0 CHST7-201ENST00000276055 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
LIMCH1Q9UPQ0 STX4-201ENST00000313843 1481 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
LIMCH1Q9UPQ0 AEBP2-204ENST00000398864 5099 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
LIMCH1Q9UPQ0 DENND5A-201ENST00000328194 5031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
LIMCH1Q9UPQ0 C11orf63-201ENST00000227349 3147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
LIMCH1Q9UPQ0 FHL3-201ENST00000373016 1647 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
LIMCH1Q9UPQ0 SERPINB5-201ENST00000382771 2783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
LIMCH1Q9UPQ0 MEF2A-207ENST00000558812 2186 ntTSL 2 BASIC25.71■■□□□ 1.71
LIMCH1Q9UPQ0 TM9SF3-201ENST00000371142 6141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
LIMCH1Q9UPQ0 AC006455.2-201ENST00000429931 906 ntBASIC25.71■■□□□ 1.71
LIMCH1Q9UPQ0 AL356740.2-201ENST00000601559 647 ntBASIC25.71■■□□□ 1.71
LIMCH1Q9UPQ0 CCDC194-202ENST00000636079 705 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.71■■□□□ 1.71
LIMCH1Q9UPQ0 PHACTR3-202ENST00000359926 2252 ntTSL 2 BASIC25.71■■□□□ 1.71
LIMCH1Q9UPQ0 OAZ2-201ENST00000326005 1934 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.71■■□□□ 1.71
LIMCH1Q9UPQ0 LINC01140-202ENST00000467438 2375 ntTSL 2 BASIC25.7■■□□□ 1.71
LIMCH1Q9UPQ0 RCE1-202ENST00000524506 1379 ntTSL 5 BASIC25.7■■□□□ 1.71
LIMCH1Q9UPQ0 PLD4-201ENST00000392593 6515 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.71
LIMCH1Q9UPQ0 AL359710.1-201ENST00000427039 1544 ntTSL 2 BASIC25.7■■□□□ 1.7
LIMCH1Q9UPQ0 AC133637.1-201ENST00000624115 1537 ntBASIC25.7■■□□□ 1.7
LIMCH1Q9UPQ0 RNPEP-201ENST00000295640 2427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.7
LIMCH1Q9UPQ0 NEURL3-201ENST00000310865 1710 ntTSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.7
LIMCH1Q9UPQ0 PRKAA1-202ENST00000354209 1918 ntTSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.7
LIMCH1Q9UPQ0 SH2D5-202ENST00000444387 1934 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.7■■□□□ 1.7
LIMCH1Q9UPQ0 LEFTY1-201ENST00000272134 1626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.7
LIMCH1Q9UPQ0 AC092384.1-201ENST00000378347 1812 ntTSL 2 BASIC25.7■■□□□ 1.7
LIMCH1Q9UPQ0 GPR27-201ENST00000304411 2447 ntAPPRIS P1 BASIC25.69■■□□□ 1.7
LIMCH1Q9UPQ0 SSX2IP-203ENST00000437941 5843 ntTSL 2 BASIC25.69■■□□□ 1.7
LIMCH1Q9UPQ0 GLRX3-201ENST00000331244 1302 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
LIMCH1Q9UPQ0 STAP2-206ENST00000600324 1508 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC25.69■■□□□ 1.7
LIMCH1Q9UPQ0 AC010542.4-201ENST00000563151 1910 ntBASIC25.69■■□□□ 1.7
LIMCH1Q9UPQ0 ZNRF1-205ENST00000566250 1069 ntTSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
LIMCH1Q9UPQ0 ZNRF1-206ENST00000567962 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
LIMCH1Q9UPQ0 MIR3621-201ENST00000580529 85 ntBASIC25.69■■□□□ 1.7
LIMCH1Q9UPQ0 pRNA.6-201ENST00000610482 90 ntBASIC25.69■■□□□ 1.7
LIMCH1Q9UPQ0 pRNA.5-201ENST00000612139 90 ntBASIC25.69■■□□□ 1.7
LIMCH1Q9UPQ0 pRNA.11-201ENST00000618423 90 ntBASIC25.69■■□□□ 1.7
LIMCH1Q9UPQ0 pRNA.13-201ENST00000619112 90 ntBASIC25.69■■□□□ 1.7
LIMCH1Q9UPQ0 UCHL5-205ENST00000367454 1815 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
LIMCH1Q9UPQ0 BICDL2-201ENST00000389347 1811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
LIMCH1Q9UPQ0 SNX21-212ENST00000491381 1607 ntTSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
LIMCH1Q9UPQ0 FAM185A-201ENST00000409231 1446 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.69■■□□□ 1.7
LIMCH1Q9UPQ0 DPP7-201ENST00000371579 1590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
LIMCH1Q9UPQ0 UBALD1-206ENST00000590965 1462 ntTSL 2 BASIC25.68■■□□□ 1.7
LIMCH1Q9UPQ0 NOXO1-201ENST00000354249 1618 ntTSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
LIMCH1Q9UPQ0 UBE2J2-203ENST00000360466 1047 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.68■■□□□ 1.7
LIMCH1Q9UPQ0 KISS1-201ENST00000367194 709 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
LIMCH1Q9UPQ0 PEMT-202ENST00000395781 1050 ntTSL 2 BASIC25.68■■□□□ 1.7
LIMCH1Q9UPQ0 MEIS1-AS3-201ENST00000454167 707 ntTSL 4 BASIC25.68■■□□□ 1.7
LIMCH1Q9UPQ0 AC010336.5-201ENST00000594308 317 ntTSL 3 BASIC25.68■■□□□ 1.7
LIMCH1Q9UPQ0 AC099791.2-201ENST00000605725 427 ntBASIC25.68■■□□□ 1.7
LIMCH1Q9UPQ0 AL031602.1-201ENST00000633169 911 ntBASIC25.68■■□□□ 1.7
LIMCH1Q9UPQ0 GTPBP6-201ENST00000326153 1907 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
LIMCH1Q9UPQ0 RASGRP2-207ENST00000377497 2221 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
LIMCH1Q9UPQ0 GRK4-201ENST00000345167 2013 ntTSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
LIMCH1Q9UPQ0 GATM-206ENST00000558336 1522 ntTSL 2 BASIC25.68■■□□□ 1.7
LIMCH1Q9UPQ0 PEX10-202ENST00000447513 1997 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
LIMCH1Q9UPQ0 GMDS-202ENST00000380815 1752 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
LIMCH1Q9UPQ0 MIR17HG-201ENST00000400282 931 ntTSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
LIMCH1Q9UPQ0 AC019163.1-201ENST00000512634 610 ntTSL 2 BASIC25.67■■□□□ 1.7
LIMCH1Q9UPQ0 TMEM80-207ENST00000608174 800 ntTSL 5 BASIC25.67■■□□□ 1.7
LIMCH1Q9UPQ0 RASSF1-AS1-201ENST00000629828 790 ntBASIC25.67■■□□□ 1.7
LIMCH1Q9UPQ0 DSG2-201ENST00000261590 5831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
LIMCH1Q9UPQ0 BARX2-201ENST00000281437 1813 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
LIMCH1Q9UPQ0 JUNB-201ENST00000302754 1820 ntAPPRIS P1 BASIC25.67■■□□□ 1.7
LIMCH1Q9UPQ0 GSX2-201ENST00000326902 1812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
LIMCH1Q9UPQ0 ECHDC1-203ENST00000368291 1354 ntTSL 2 BASIC25.67■■□□□ 1.7
LIMCH1Q9UPQ0 MPPED1-203ENST00000443721 2507 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.67■■□□□ 1.7
LIMCH1Q9UPQ0 CLDND1-202ENST00000394180 2228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
LIMCH1Q9UPQ0 VPS9D1-AS1-202ENST00000562866 1753 ntTSL 2 BASIC25.67■■□□□ 1.7
LIMCH1Q9UPQ0 RNF180-201ENST00000296615 1727 ntTSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
LIMCH1Q9UPQ0 LRRC75A-201ENST00000409083 2656 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC25.66■■□□□ 1.7
LIMCH1Q9UPQ0 MESP1-201ENST00000300057 2369 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
LIMCH1Q9UPQ0 CDC14B-202ENST00000375241 5589 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
LIMCH1Q9UPQ0 DRAP1-201ENST00000312515 989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
LIMCH1Q9UPQ0 IPO9-AS1-201ENST00000413035 839 ntTSL 3 BASIC25.66■■□□□ 1.7
LIMCH1Q9UPQ0 ARFIP2-205ENST00000525235 852 ntTSL 2 BASIC25.66■■□□□ 1.7
LIMCH1Q9UPQ0 PABPN1-207ENST00000556821 1220 ntTSL 2 BASIC25.66■■□□□ 1.7
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 16.5 ms