Protein–RNA interactions for Protein: Q9P1Q0

VPS54, Vacuolar protein sorting-associated protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 977 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS54Q9P1Q0 CEBPB-AS1-201ENST00000613921 2648 ntTSL 3 BASIC25.2■■□□□ 1.62
VPS54Q9P1Q0 HMGA2-205ENST00000425208 1444 ntTSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
VPS54Q9P1Q0 PLEKHF1-204ENST00000592810 1357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
VPS54Q9P1Q0 DOC2A-218ENST00000616445 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
VPS54Q9P1Q0 DPH7-201ENST00000277540 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
VPS54Q9P1Q0 SYT8-201ENST00000341958 1556 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.19■■□□□ 1.62
VPS54Q9P1Q0 LSM14B-201ENST00000279068 2548 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.19■■□□□ 1.62
VPS54Q9P1Q0 RDX-204ENST00000528498 2511 ntTSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
VPS54Q9P1Q0 HRH3-203ENST00000611492 900 ntTSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
VPS54Q9P1Q0 AC137767.1-201ENST00000602918 1920 ntBASIC25.19■■□□□ 1.62
VPS54Q9P1Q0 PDLIM3-203ENST00000284771 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
VPS54Q9P1Q0 ADAD2-201ENST00000268624 2283 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC25.19■■□□□ 1.62
VPS54Q9P1Q0 GFRA3-202ENST00000378362 1837 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
VPS54Q9P1Q0 RBMS1-205ENST00000409972 1815 ntTSL 5 BASIC25.19■■□□□ 1.62
VPS54Q9P1Q0 RHBDL3-204ENST00000538145 1338 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
VPS54Q9P1Q0 STAP2-206ENST00000600324 1508 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC25.18■■□□□ 1.62
VPS54Q9P1Q0 KAT5-201ENST00000341318 2296 ntTSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
VPS54Q9P1Q0 AC009506.1-201ENST00000418474 1494 ntTSL 2 BASIC25.18■■□□□ 1.62
VPS54Q9P1Q0 POLR3GL-201ENST00000369313 818 ntTSL 2 BASIC25.18■■□□□ 1.62
VPS54Q9P1Q0 MIR638-201ENST00000385237 100 ntBASIC25.18■■□□□ 1.62
VPS54Q9P1Q0 AC099791.1-201ENST00000416440 715 ntBASIC25.18■■□□□ 1.62
VPS54Q9P1Q0 AC009097.2-201ENST00000562763 465 ntTSL 2 BASIC25.18■■□□□ 1.62
VPS54Q9P1Q0 MGAT5B-207ENST00000565675 872 ntTSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
VPS54Q9P1Q0 AC133561.4-201ENST00000566112 224 ntBASIC25.18■■□□□ 1.62
VPS54Q9P1Q0 SRRM2-231ENST00000630499 1207 ntTSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
VPS54Q9P1Q0 UHRF1BP1L-202ENST00000356828 2023 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
VPS54Q9P1Q0 MFSD7-203ENST00000404286 1826 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
VPS54Q9P1Q0 GAL3ST1-202ENST00000401975 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
VPS54Q9P1Q0 TRH-201ENST00000302649 1978 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
VPS54Q9P1Q0 DTNB-201ENST00000288642 2464 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.17■■□□□ 1.62
VPS54Q9P1Q0 DTNB-208ENST00000406818 2474 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
VPS54Q9P1Q0 MIR939-201ENST00000401314 82 ntBASIC25.17■■□□□ 1.62
VPS54Q9P1Q0 SUDS3P1-201ENST00000505831 966 ntBASIC25.17■■□□□ 1.62
VPS54Q9P1Q0 CA15P2-201ENST00000611168 834 ntBASIC25.17■■□□□ 1.62
VPS54Q9P1Q0 HEXB-201ENST00000261416 1901 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
VPS54Q9P1Q0 RHCE-204ENST00000349320 1810 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.16■■□□□ 1.62
VPS54Q9P1Q0 FZD8-201ENST00000374694 4030 ntAPPRIS P1 BASIC25.16■■□□□ 1.62
VPS54Q9P1Q0 ZNHIT2-201ENST00000310597 1306 ntAPPRIS P1 BASIC25.16■■□□□ 1.62
VPS54Q9P1Q0 HTATIP2-201ENST00000419348 1477 ntTSL 2 BASIC25.16■■□□□ 1.62
VPS54Q9P1Q0 DECR2-201ENST00000219481 1615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
VPS54Q9P1Q0 NOXO1-201ENST00000354249 1618 ntTSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
VPS54Q9P1Q0 TOX2-201ENST00000341197 1880 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.16■■□□□ 1.62
VPS54Q9P1Q0 RAB6A-204ENST00000536566 1267 ntTSL 5 BASIC25.16■■□□□ 1.62
VPS54Q9P1Q0 GJD3-201ENST00000578689 885 ntAPPRIS P1 BASIC25.16■■□□□ 1.62
VPS54Q9P1Q0 GOLGA6L9-202ENST00000618348 1710 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.16■■□□□ 1.62
VPS54Q9P1Q0 SYNGR3-206ENST00000618464 1213 ntTSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
VPS54Q9P1Q0 AL136967.2-201ENST00000623968 743 ntBASIC25.16■■□□□ 1.62
VPS54Q9P1Q0 EFCAB1-202ENST00000433756 2286 ntTSL 2 BASIC25.16■■□□□ 1.62
VPS54Q9P1Q0 ACP1-201ENST00000272065 1549 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
VPS54Q9P1Q0 IER2-201ENST00000292433 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
VPS54Q9P1Q0 SMIM19-203ENST00000417410 1466 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.15■■□□□ 1.62
VPS54Q9P1Q0 CCDC107-205ENST00000421582 1324 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.15■■□□□ 1.62
VPS54Q9P1Q0 RTL8C-201ENST00000257013 1181 ntAPPRIS P1 BASIC25.15■■□□□ 1.62
VPS54Q9P1Q0 AC027682.1-201ENST00000562846 899 ntBASIC25.15■■□□□ 1.62
VPS54Q9P1Q0 AC005837.3-201ENST00000612163 286 ntBASIC25.15■■□□□ 1.62
VPS54Q9P1Q0 AL117328.2-201ENST00000624617 1940 ntBASIC25.15■■□□□ 1.62
VPS54Q9P1Q0 AC005906.2-202ENST00000638821 2168 ntTSL 5 BASIC25.15■■□□□ 1.62
VPS54Q9P1Q0 AVPR2-201ENST00000337474 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
VPS54Q9P1Q0 KREMEN2-203ENST00000571007 1877 ntTSL 2 BASIC25.15■■□□□ 1.62
VPS54Q9P1Q0 PTP4A3-204ENST00000521578 1717 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.15■■□□□ 1.62
VPS54Q9P1Q0 MMEL1-206ENST00000502556 1943 ntTSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
VPS54Q9P1Q0 LAMTOR1-201ENST00000278671 1179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
VPS54Q9P1Q0 CTAG2-202ENST00000369585 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
VPS54Q9P1Q0 GALNS-211ENST00000568311 703 ntTSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
VPS54Q9P1Q0 AC126544.1-201ENST00000580842 1059 ntBASIC25.14■■□□□ 1.62
VPS54Q9P1Q0 FIZ1-205ENST00000592585 489 ntTSL 5 BASIC25.14■■□□□ 1.62
VPS54Q9P1Q0 MYDGF-203ENST00000599630 713 ntTSL 2 BASIC25.14■■□□□ 1.62
VPS54Q9P1Q0 GAS2L1-206ENST00000610653 2238 ntTSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.61
VPS54Q9P1Q0 DPH1-203ENST00000570477 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.14■■□□□ 1.61
VPS54Q9P1Q0 ANKHD1-221ENST00000616482 2064 ntTSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.61
VPS54Q9P1Q0 MAIP1-201ENST00000295079 1495 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC25.14■■□□□ 1.61
VPS54Q9P1Q0 BARX2-201ENST00000281437 1813 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.61
VPS54Q9P1Q0 CNEP1R1-202ENST00000427478 2117 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
VPS54Q9P1Q0 GPR143-203ENST00000467482 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
VPS54Q9P1Q0 HTATSF1-201ENST00000218364 2775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
VPS54Q9P1Q0 G6PD-202ENST00000393562 2631 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
VPS54Q9P1Q0 G6PD-211ENST00000621232 2631 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
VPS54Q9P1Q0 ZDHHC16-205ENST00000370846 1280 ntTSL 3 BASIC25.13■■□□□ 1.61
VPS54Q9P1Q0 AP005435.1-201ENST00000529293 1178 ntBASIC25.13■■□□□ 1.61
VPS54Q9P1Q0 AC068587.7-201ENST00000641602 218 ntBASIC25.13■■□□□ 1.61
VPS54Q9P1Q0 PWWP2A-205ENST00000523662 1819 ntTSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
VPS54Q9P1Q0 INPP1-201ENST00000322522 1919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
VPS54Q9P1Q0 MCMBP-202ENST00000369077 2465 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
VPS54Q9P1Q0 DACT1-201ENST00000335867 2571 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
VPS54Q9P1Q0 LMF1-202ENST00000543238 2103 ntTSL 2 BASIC25.13■■□□□ 1.61
VPS54Q9P1Q0 RNF39-201ENST00000244360 2206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
VPS54Q9P1Q0 CDK5-204ENST00000485972 1758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
VPS54Q9P1Q0 CHODL-201ENST00000299295 2548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
VPS54Q9P1Q0 CXCL14-201ENST00000337225 1971 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
VPS54Q9P1Q0 AC080112.2-201ENST00000578774 2094 ntTSL 4 BASIC25.13■■□□□ 1.61
VPS54Q9P1Q0 NBL1-202ENST00000375136 2172 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
VPS54Q9P1Q0 TMEM268-202ENST00000374049 4578 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.12■■□□□ 1.61
VPS54Q9P1Q0 SOX10-201ENST00000360880 2861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
VPS54Q9P1Q0 SOX10-202ENST00000396884 2879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
VPS54Q9P1Q0 SMARCD2-201ENST00000225742 1800 ntTSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
VPS54Q9P1Q0 GPRC5B-210ENST00000569847 1830 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC25.12■■□□□ 1.61
VPS54Q9P1Q0 GPR6-202ENST00000414000 1945 ntTSL 2 BASIC25.12■■□□□ 1.61
VPS54Q9P1Q0 MRPL41-201ENST00000371443 1262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
VPS54Q9P1Q0 AL161908.1-203ENST00000425370 506 ntTSL 2 BASIC25.12■■□□□ 1.61
VPS54Q9P1Q0 KBTBD13-201ENST00000432196 1377 ntAPPRIS P1 BASIC25.12■■□□□ 1.61
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 16.2 ms