Protein–RNA interactions for Protein: Q9HBJ7

USP29, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 29, humanhuman

Predictions only

Length 922 aa.

Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP29Q9HBJ7 MMEL1-206ENST00000502556 1943 ntTSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
USP29Q9HBJ7 AC137767.1-201ENST00000602918 1920 ntBASIC22.52■■□□□ 1.2
USP29Q9HBJ7 POTED-202ENST00000620442 1988 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
USP29Q9HBJ7 SH3GLB2-203ENST00000372564 2982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
USP29Q9HBJ7 AC135279.3-201ENST00000610945 1311 ntBASIC22.52■■□□□ 1.2
USP29Q9HBJ7 KHDRBS2-201ENST00000281156 2332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
USP29Q9HBJ7 BIN1-202ENST00000316724 2693 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
USP29Q9HBJ7 FDFT1-201ENST00000220584 2176 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
USP29Q9HBJ7 HAGHL-212ENST00000564537 1667 ntTSL 2 BASIC22.52■■□□□ 1.2
USP29Q9HBJ7 GPR143-203ENST00000467482 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
USP29Q9HBJ7 THOC6-202ENST00000326266 1419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
USP29Q9HBJ7 ZNF584-203ENST00000593920 2187 ntTSL 2 BASIC22.51■■□□□ 1.19
USP29Q9HBJ7 EDA-201ENST00000338901 1233 ntBASIC22.51■■□□□ 1.19
USP29Q9HBJ7 IL20RA-202ENST00000367746 1244 ntTSL 2 BASIC22.51■■□□□ 1.19
USP29Q9HBJ7 AC019163.1-201ENST00000512634 610 ntTSL 2 BASIC22.51■■□□□ 1.19
USP29Q9HBJ7 TMEM218-209ENST00000529583 848 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.51■■□□□ 1.19
USP29Q9HBJ7 DUX4L19-201ENST00000557448 1267 ntBASIC22.51■■□□□ 1.19
USP29Q9HBJ7 GPR137B-202ENST00000366592 2042 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
USP29Q9HBJ7 TMEM25-205ENST00000411589 2442 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.51■■□□□ 1.19
USP29Q9HBJ7 SRP68-201ENST00000307877 2649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
USP29Q9HBJ7 KREMEN2-203ENST00000571007 1877 ntTSL 2 BASIC22.51■■□□□ 1.19
USP29Q9HBJ7 GLRX3-201ENST00000331244 1302 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
USP29Q9HBJ7 ANO1-202ENST00000355303 4790 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
USP29Q9HBJ7 PRKACA-201ENST00000308677 2677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
USP29Q9HBJ7 OAS3-205ENST00000548514 1392 ntTSL 2 BASIC22.5■■□□□ 1.19
USP29Q9HBJ7 OLIG2-202ENST00000382357 2578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
USP29Q9HBJ7 AVPR2-201ENST00000337474 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
USP29Q9HBJ7 NKIRAS2-204ENST00000393880 1644 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.5■■□□□ 1.19
USP29Q9HBJ7 POLD2-218ENST00000610533 1619 ntTSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
USP29Q9HBJ7 SMOX-212ENST00000621355 2322 ntTSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
USP29Q9HBJ7 PPP3CC-202ENST00000289963 2135 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
USP29Q9HBJ7 CDKN2D-201ENST00000335766 1086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
USP29Q9HBJ7 KRTAP5-4-202ENST00000616115 660 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.5■■□□□ 1.19
USP29Q9HBJ7 ORAI1-202ENST00000617316 2138 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
USP29Q9HBJ7 AC241377.3-202ENST00000626088 1088 ntBASIC22.5■■□□□ 1.19
USP29Q9HBJ7 AC241585.3-202ENST00000628937 1088 ntBASIC22.5■■□□□ 1.19
USP29Q9HBJ7 AC245100.8-202ENST00000629247 1058 ntBASIC22.5■■□□□ 1.19
USP29Q9HBJ7 SHISA9-205ENST00000639941 1135 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.5■■□□□ 1.19
USP29Q9HBJ7 GATM-206ENST00000558336 1522 ntTSL 2 BASIC22.5■■□□□ 1.19
USP29Q9HBJ7 CCDC166-201ENST00000542437 1320 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.5■■□□□ 1.19
USP29Q9HBJ7 PRKAR1B-211ENST00000537384 2533 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.5■■□□□ 1.19
USP29Q9HBJ7 ADCK2-203ENST00000476491 2092 ntTSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
USP29Q9HBJ7 WRNIP1-203ENST00000380771 2595 ntTSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
USP29Q9HBJ7 HADH-201ENST00000309522 1912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
USP29Q9HBJ7 GUK1-205ENST00000366722 850 ntTSL 3 BASIC22.49■■□□□ 1.19
USP29Q9HBJ7 SMARCA5-AS1-201ENST00000500800 945 ntTSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
USP29Q9HBJ7 CA15P2-201ENST00000611168 834 ntBASIC22.49■■□□□ 1.19
USP29Q9HBJ7 BARHL1-201ENST00000263610 2341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
USP29Q9HBJ7 TDRKH-205ENST00000368827 2318 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
USP29Q9HBJ7 PLEKHJ1-206ENST00000587962 1311 ntTSL 2 BASIC22.49■■□□□ 1.19
USP29Q9HBJ7 PLPP5-203ENST00000424479 2130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
USP29Q9HBJ7 H2AFY-217ENST00000511689 2789 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
USP29Q9HBJ7 SARDH-203ENST00000371868 2266 ntTSL 2 BASIC22.48■■□□□ 1.19
USP29Q9HBJ7 ILDR2-205ENST00000526687 2299 ntTSL 5 BASIC22.48■■□□□ 1.19
USP29Q9HBJ7 FXYD3-201ENST00000344013 1404 ntTSL 5 BASIC22.48■■□□□ 1.19
USP29Q9HBJ7 CDK5-204ENST00000485972 1758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
USP29Q9HBJ7 AC090377.1-201ENST00000585691 1762 ntTSL 3 BASIC22.48■■□□□ 1.19
USP29Q9HBJ7 CERS5-201ENST00000317551 2051 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.48■■□□□ 1.19
USP29Q9HBJ7 DYRK1B-204ENST00000593685 2724 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.48■■□□□ 1.19
USP29Q9HBJ7 C11orf96-202ENST00000528572 1834 ntBASIC22.48■■□□□ 1.19
USP29Q9HBJ7 AC006455.2-201ENST00000429931 906 ntBASIC22.48■■□□□ 1.19
USP29Q9HBJ7 GATA2-AS1-201ENST00000464242 1163 ntTSL 2 BASIC22.48■■□□□ 1.19
USP29Q9HBJ7 LRRK1-208ENST00000532029 1241 ntTSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
USP29Q9HBJ7 PHLDB3-207ENST00000599242 2286 ntTSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
USP29Q9HBJ7 GUSB-201ENST00000304895 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
USP29Q9HBJ7 RCE1-202ENST00000524506 1379 ntTSL 5 BASIC22.48■■□□□ 1.19
USP29Q9HBJ7 KCNMA1-283ENST00000640523 5425 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.48■■□□□ 1.19
USP29Q9HBJ7 PWWP2A-205ENST00000523662 1819 ntTSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
USP29Q9HBJ7 RBM38-203ENST00000356208 2382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
USP29Q9HBJ7 RNF149-201ENST00000295317 2458 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
USP29Q9HBJ7 USP21-202ENST00000368001 2095 ntTSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
USP29Q9HBJ7 RALGPS1-207ENST00000394022 1672 ntTSL 2 BASIC22.47■■□□□ 1.19
USP29Q9HBJ7 NDUFV2-201ENST00000318388 930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
USP29Q9HBJ7 AC092171.4-201ENST00000609130 632 ntBASIC22.47■■□□□ 1.19
USP29Q9HBJ7 HIST1H2AL-201ENST00000613174 393 ntAPPRIS P1 BASIC22.47■■□□□ 1.19
USP29Q9HBJ7 AL355001.2-201ENST00000620617 1191 ntBASIC22.47■■□□□ 1.19
USP29Q9HBJ7 ECHDC1-203ENST00000368291 1354 ntTSL 2 BASIC22.47■■□□□ 1.19
USP29Q9HBJ7 NR2F1-AS1-210ENST00000606739 1431 ntTSL 2 BASIC22.47■■□□□ 1.19
USP29Q9HBJ7 ABHD16B-201ENST00000369916 1491 ntAPPRIS P1 BASIC22.47■■□□□ 1.19
USP29Q9HBJ7 TRH-201ENST00000302649 1978 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
USP29Q9HBJ7 AC138028.2-201ENST00000440406 1539 ntTSL 2 BASIC22.47■■□□□ 1.19
USP29Q9HBJ7 AC133065.2-201ENST00000573379 2147 ntTSL 2 BASIC22.46■■□□□ 1.19
USP29Q9HBJ7 WWC2-AS2-201ENST00000578387 2183 ntBASIC22.46■■□□□ 1.19
USP29Q9HBJ7 DBP-201ENST00000222122 2229 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
USP29Q9HBJ7 ZNF410-206ENST00000540593 1722 ntTSL 2 BASIC22.46■■□□□ 1.19
USP29Q9HBJ7 DUX4-203ENST00000565211 1710 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
USP29Q9HBJ7 CHADL-201ENST00000216241 2533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
USP29Q9HBJ7 RHOT1-205ENST00000545287 2516 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC22.46■■□□□ 1.19
USP29Q9HBJ7 FOXB2-201ENST00000376708 1299 ntAPPRIS P1 BASIC22.46■■□□□ 1.19
USP29Q9HBJ7 SUDS3P1-201ENST00000505831 966 ntBASIC22.46■■□□□ 1.19
USP29Q9HBJ7 SF1-220ENST00000626028 704 ntTSL 2 BASIC22.46■■□□□ 1.19
USP29Q9HBJ7 TBC1D22A-206ENST00000407381 1949 ntTSL 5 BASIC22.46■■□□□ 1.19
USP29Q9HBJ7 ACVRL1-201ENST00000388922 1971 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
USP29Q9HBJ7 SLC30A5-201ENST00000380860 1317 ntTSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
USP29Q9HBJ7 LRRC75A-201ENST00000409083 2656 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.46■■□□□ 1.19
USP29Q9HBJ7 IRF3-207ENST00000593922 1494 ntTSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
USP29Q9HBJ7 DNAJC25-201ENST00000313525 2268 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
USP29Q9HBJ7 EPCAM-202ENST00000405271 1530 ntTSL 5 BASIC22.46■■□□□ 1.19
USP29Q9HBJ7 PLPP1-201ENST00000264775 1550 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
USP29Q9HBJ7 BRSK2-212ENST00000531197 3163 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 43.7 ms