Protein–RNA interactions for Protein: Q13428

TCOF1, Treacle protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,488 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TCOF1Q13428 RASL12-202ENST00000421977 1523 ntTSL 2 BASIC33.22■■■□□ 2.91
TCOF1Q13428 PRR7-201ENST00000323249 1480 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.22■■■□□ 2.91
TCOF1Q13428 TMEM185A-208ENST00000611119 2662 ntTSL 2 BASIC33.22■■■□□ 2.91
TCOF1Q13428 GZMM-201ENST00000264553 940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.22■■■□□ 2.91
TCOF1Q13428 CAMKMT-202ENST00000402247 665 ntTSL 2 BASIC33.22■■■□□ 2.91
TCOF1Q13428 NTF6G-201ENST00000591094 616 ntBASIC33.22■■■□□ 2.91
TCOF1Q13428 USP36-218ENST00000590546 1771 ntTSL 1 (best) BASIC33.22■■■□□ 2.91
TCOF1Q13428 PTH1R-207ENST00000449590 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.21■■■□□ 2.91
TCOF1Q13428 C11orf63-201ENST00000227349 3147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.21■■■□□ 2.91
TCOF1Q13428 CAPN10-207ENST00000391984 2644 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC33.21■■■□□ 2.91
TCOF1Q13428 AC092675.2-201ENST00000413274 541 ntTSL 4 BASIC33.21■■■□□ 2.91
TCOF1Q13428 RAB11FIP1-203ENST00000522727 1866 ntTSL 1 (best) BASIC33.21■■■□□ 2.91
TCOF1Q13428 AC093323.1-202ENST00000635031 2045 ntBASIC33.21■■■□□ 2.91
TCOF1Q13428 UCN-201ENST00000296099 795 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.2■■■□□ 2.91
TCOF1Q13428 PPCS-202ENST00000372560 793 ntTSL 1 (best) BASIC33.2■■■□□ 2.91
TCOF1Q13428 MBNL3-202ENST00000370844 1643 ntTSL 1 (best) BASIC33.2■■■□□ 2.91
TCOF1Q13428 ZYX-201ENST00000322764 2493 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC33.2■■■□□ 2.9
TCOF1Q13428 RAB28-208ENST00000630951 1679 ntTSL 5 BASIC33.2■■■□□ 2.9
TCOF1Q13428 AC092171.1-201ENST00000455866 753 ntTSL 2 BASIC33.19■■■□□ 2.9
TCOF1Q13428 ATP6V0B-205ENST00000472174 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.19■■■□□ 2.9
TCOF1Q13428 AC127029.2-201ENST00000577329 502 ntTSL 3 BASIC33.19■■■□□ 2.9
TCOF1Q13428 TSEN15-201ENST00000361641 1960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.19■■■□□ 2.9
TCOF1Q13428 MSANTD3-207ENST00000622639 1748 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC33.19■■■□□ 2.9
TCOF1Q13428 GXYLT1P2-201ENST00000433312 1230 ntBASIC33.18■■■□□ 2.9
TCOF1Q13428 MMP25-204ENST00000612971 1017 ntTSL 5 BASIC33.18■■■□□ 2.9
TCOF1Q13428 CPT2-209ENST00000636935 803 ntTSL 5 BASIC33.18■■■□□ 2.9
TCOF1Q13428 VGLL2-201ENST00000326274 2212 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.18■■■□□ 2.9
TCOF1Q13428 AC099681.3-201ENST00000421500 939 ntTSL 4 BASIC33.18■■■□□ 2.9
TCOF1Q13428 SDHAP3-201ENST00000436493 736 ntTSL 1 (best) BASIC33.18■■■□□ 2.9
TCOF1Q13428 TUSC3-209ENST00000509380 1266 ntTSL 5 BASIC33.18■■■□□ 2.9
TCOF1Q13428 TMSB15B-202ENST00000436583 2186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.18■■■□□ 2.9
TCOF1Q13428 HOXC8-201ENST00000040584 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.17■■■□□ 2.9
TCOF1Q13428 HIST1H2AM-201ENST00000359611 393 ntAPPRIS P1 BASIC33.17■■■□□ 2.9
TCOF1Q13428 AC012414.4-201ENST00000560839 1074 ntTSL 5 BASIC33.17■■■□□ 2.9
TCOF1Q13428 AC060814.5-201ENST00000630916 1074 ntTSL 2 BASIC33.17■■■□□ 2.9
TCOF1Q13428 DDX42-201ENST00000359353 2783 ntTSL 5 BASIC33.17■■■□□ 2.9
TCOF1Q13428 HOXA4-201ENST00000360046 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.17■■■□□ 2.9
TCOF1Q13428 CDC16-206ENST00000375310 2156 ntTSL 1 (best) BASIC33.16■■■□□ 2.9
TCOF1Q13428 LINC01960-201ENST00000563759 1884 ntBASIC33.16■■■□□ 2.9
TCOF1Q13428 AC135048.1-201ENST00000566056 1318 ntTSL 2 BASIC33.16■■■□□ 2.9
TCOF1Q13428 BSPRY-201ENST00000374183 2339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.16■■■□□ 2.9
TCOF1Q13428 FOSL1-201ENST00000312562 1669 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.16■■■□□ 2.9
TCOF1Q13428 TMEM256-PLSCR3-204ENST00000573331 2557 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC33.16■■■□□ 2.9
TCOF1Q13428 PRSS56-201ENST00000449534 2157 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC33.16■■■□□ 2.9
TCOF1Q13428 PRSS56-203ENST00000617714 2158 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC33.16■■■□□ 2.9
TCOF1Q13428 NT5C-201ENST00000245552 954 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.16■■■□□ 2.9
TCOF1Q13428 JSRP1-201ENST00000300961 1138 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC33.16■■■□□ 2.9
TCOF1Q13428 TMEM41B-205ENST00000533723 723 ntTSL 2 BASIC33.16■■■□□ 2.9
TCOF1Q13428 IDH2-203ENST00000559482 1278 ntTSL 5 BASIC33.16■■■□□ 2.9
TCOF1Q13428 TMEM230-210ENST00000612323 1231 ntTSL 1 (best) BASIC33.16■■■□□ 2.9
TCOF1Q13428 AL032819.3-201ENST00000640283 925 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC33.16■■■□□ 2.9
TCOF1Q13428 NKX2-3-202ENST00000622383 1986 ntTSL 5 BASIC33.16■■■□□ 2.9
TCOF1Q13428 MAIP1-201ENST00000295079 1495 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC33.15■■■□□ 2.9
TCOF1Q13428 AP004607.4-201ENST00000530158 1459 ntBASIC33.15■■■□□ 2.9
TCOF1Q13428 POLDIP2-201ENST00000540200 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.15■■■□□ 2.9
TCOF1Q13428 KLC3-204ENST00000585434 1764 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC33.15■■■□□ 2.9
TCOF1Q13428 STYXL1-204ENST00000360591 1127 ntTSL 5 BASIC33.15■■■□□ 2.9
TCOF1Q13428 TMEM54-202ENST00000373463 999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.15■■■□□ 2.9
TCOF1Q13428 AC006015.1-201ENST00000429970 570 ntBASIC33.15■■■□□ 2.9
TCOF1Q13428 FGF12-AS2-201ENST00000443165 580 ntTSL 4 BASIC33.15■■■□□ 2.9
TCOF1Q13428 AL137779.2-201ENST00000554859 448 ntTSL 2 BASIC33.15■■■□□ 2.9
TCOF1Q13428 NDUFV2-AS1-201ENST00000582375 770 ntTSL 2 BASIC33.15■■■□□ 2.9
TCOF1Q13428 AC007773.1-201ENST00000592680 972 ntTSL 2 BASIC33.15■■■□□ 2.9
TCOF1Q13428 AC004854.2-201ENST00000608450 1441 ntBASIC33.15■■■□□ 2.9
TCOF1Q13428 PDLIM2-202ENST00000308354 2236 ntTSL 1 (best) BASIC33.15■■■□□ 2.9
TCOF1Q13428 PDLIM2-203ENST00000339162 2226 ntTSL 1 (best) BASIC33.15■■■□□ 2.9
TCOF1Q13428 EML2-209ENST00000587152 2763 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC33.15■■■□□ 2.9
TCOF1Q13428 MTMR14-202ENST00000351233 2105 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.15■■■□□ 2.9
TCOF1Q13428 DCAF15-201ENST00000254337 2278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.15■■■□□ 2.9
TCOF1Q13428 SRPK3-204ENST00000370108 1863 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC33.15■■■□□ 2.9
TCOF1Q13428 NOXA1-202ENST00000392815 1464 ntTSL 1 (best) BASIC33.15■■■□□ 2.9
TCOF1Q13428 ZDHHC7-203ENST00000564466 1488 ntTSL 5 BASIC33.15■■■□□ 2.9
TCOF1Q13428 CERKL-204ENST00000374970 1392 ntTSL 1 (best) BASIC33.14■■■□□ 2.9
TCOF1Q13428 TPSG1-201ENST00000234798 1108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.14■■■□□ 2.9
TCOF1Q13428 AP003071.3-201ENST00000562506 366 ntTSL 3 BASIC33.14■■■□□ 2.9
TCOF1Q13428 AC091138.1-202ENST00000578967 457 ntTSL 2 BASIC33.14■■■□□ 2.9
TCOF1Q13428 ASPSCR1-211ENST00000581647 720 ntTSL 2 BASIC33.14■■■□□ 2.9
TCOF1Q13428 ACTL10-201ENST00000330271 2028 ntAPPRIS P1 BASIC33.14■■■□□ 2.9
TCOF1Q13428 FAIM-201ENST00000338446 1622 ntTSL 5 BASIC33.14■■■□□ 2.9
TCOF1Q13428 NKIRAS2-206ENST00000393885 1909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.14■■■□□ 2.9
TCOF1Q13428 SPAG7-205ENST00000573366 1668 ntTSL 3 BASIC33.14■■■□□ 2.9
TCOF1Q13428 ADAP2-204ENST00000580525 1598 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.13■■■□□ 2.89
TCOF1Q13428 NFKBIB-201ENST00000313582 1159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.13■■■□□ 2.89
TCOF1Q13428 ABHD14A-202ENST00000458031 1113 ntTSL 5 BASIC33.13■■■□□ 2.89
TCOF1Q13428 NDUFA6-AS1-207ENST00000595777 833 ntTSL 5 BASIC33.13■■■□□ 2.89
TCOF1Q13428 IGSF21-201ENST00000251296 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.13■■■□□ 2.89
TCOF1Q13428 FAHD1-201ENST00000382666 1964 ntTSL 2 BASIC33.13■■■□□ 2.89
TCOF1Q13428 STAP2-206ENST00000600324 1508 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC33.13■■■□□ 2.89
TCOF1Q13428 SMAD1-201ENST00000302085 1966 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.12■■■□□ 2.89
TCOF1Q13428 ATPIF1-204ENST00000497986 599 ntTSL 2 BASIC33.12■■■□□ 2.89
TCOF1Q13428 AC012313.1-203ENST00000597980 570 ntTSL 4 BASIC33.12■■■□□ 2.89
TCOF1Q13428 CPLX1-203ENST00000505203 2011 ntTSL 2 BASIC33.12■■■□□ 2.89
TCOF1Q13428 RABGGTA-202ENST00000399409 2265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.12■■■□□ 2.89
TCOF1Q13428 MFSD7-201ENST00000322224 2123 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC33.12■■■□□ 2.89
TCOF1Q13428 AP004608.1-201ENST00000531319 1402 ntTSL 2 BASIC33.12■■■□□ 2.89
TCOF1Q13428 AP002748.1-201ENST00000504911 580 ntTSL 3 BASIC33.12■■■□□ 2.89
TCOF1Q13428 AC104771.1-201ENST00000603335 964 ntBASIC33.12■■■□□ 2.89
TCOF1Q13428 PGF-206ENST00000555567 1927 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC33.12■■■□□ 2.89
TCOF1Q13428 WDR86-208ENST00000628331 1905 ntTSL 5 BASIC33.12■■■□□ 2.89
TCOF1Q13428 PINK1-201ENST00000321556 2660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.11■■■□□ 2.89
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