Protein–RNA interactions for Protein: P12109

COL6A1, Collagen alpha-1(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,028 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A1P12109 ITM2C-210ENST00000620962 501 ntBASIC24.4■■□□□ 1.5
COL6A1P12109 AP004608.1-201ENST00000531319 1402 ntTSL 2 BASIC24.4■■□□□ 1.5
COL6A1P12109 MAP2K2-201ENST00000262948 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
COL6A1P12109 DALRD3-206ENST00000441576 1706 ntTSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
COL6A1P12109 ZNF837-201ENST00000427624 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
COL6A1P12109 AJAP1-201ENST00000378190 2383 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.39■■□□□ 1.5
COL6A1P12109 TMEM221-201ENST00000341130 1930 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.39■■□□□ 1.5
COL6A1P12109 AKT1S1-203ENST00000391831 2025 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.39■■□□□ 1.5
COL6A1P12109 MIS18A-201ENST00000290130 1575 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.5
COL6A1P12109 ARHGEF35-201ENST00000378115 2431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.5
COL6A1P12109 PARP1-202ENST00000366792 553 ntTSL 3 BASIC24.39■■□□□ 1.49
COL6A1P12109 LYRM9-201ENST00000379102 501 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.39■■□□□ 1.49
COL6A1P12109 RORB-AS1-201ENST00000417576 1178 ntTSL 5 BASIC24.39■■□□□ 1.49
COL6A1P12109 LYRM9-206ENST00000508862 807 ntTSL 3 BASIC24.39■■□□□ 1.49
COL6A1P12109 AC098934.4-201ENST00000564127 592 ntBASIC24.39■■□□□ 1.49
COL6A1P12109 ADSSL1-202ENST00000332972 1969 ntTSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
COL6A1P12109 GGTLC1-202ENST00000286890 1028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
COL6A1P12109 AL355102.2-201ENST00000553811 600 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.38■■□□□ 1.49
COL6A1P12109 FGF13-208ENST00000626909 1039 ntTSL 2 BASIC24.38■■□□□ 1.49
COL6A1P12109 H1FX-201ENST00000333762 1507 ntAPPRIS P1 BASIC24.38■■□□□ 1.49
COL6A1P12109 LMTK3-202ENST00000600059 5113 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.38■■□□□ 1.49
COL6A1P12109 ZDHHC7-203ENST00000564466 1488 ntTSL 5 BASIC24.38■■□□□ 1.49
COL6A1P12109 BBC3-203ENST00000439096 1838 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
COL6A1P12109 SRPK3-205ENST00000393786 1900 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
COL6A1P12109 SMUG1-215ENST00000508394 1697 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.37■■□□□ 1.49
COL6A1P12109 ZBTB42-202ENST00000555360 1411 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
COL6A1P12109 EPCAM-202ENST00000405271 1530 ntTSL 5 BASIC24.37■■□□□ 1.49
COL6A1P12109 MVB12A-212ENST00000543795 1154 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.37■■□□□ 1.49
COL6A1P12109 HHEX-201ENST00000282728 1727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
COL6A1P12109 TLX1-203ENST00000467928 1838 ntTSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
COL6A1P12109 GPS1-204ENST00000392358 2276 ntTSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
COL6A1P12109 MPND-202ENST00000359935 1475 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.37■■□□□ 1.49
COL6A1P12109 MYCL-201ENST00000372815 1944 ntTSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
COL6A1P12109 PXK-202ENST00000356151 2037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
COL6A1P12109 NMI-201ENST00000243346 1623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
COL6A1P12109 SNHG6-203ENST00000520944 638 ntTSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
COL6A1P12109 AC133552.2-202ENST00000575694 574 ntBASIC24.36■■□□□ 1.49
COL6A1P12109 AC005697.1-201ENST00000582441 582 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC24.36■■□□□ 1.49
COL6A1P12109 AC016888.1-201ENST00000585285 565 ntTSL 3 BASIC24.36■■□□□ 1.49
COL6A1P12109 AC087239.1-201ENST00000622671 572 ntBASIC24.36■■□□□ 1.49
COL6A1P12109 AC068987.5-201ENST00000642069 987 ntAPPRIS P1 BASIC24.36■■□□□ 1.49
COL6A1P12109 SIX2-201ENST00000303077 2205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
COL6A1P12109 CENPN-201ENST00000299572 1398 ntTSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
COL6A1P12109 KRT87P-202ENST00000534226 1464 ntBASIC24.36■■□□□ 1.49
COL6A1P12109 CDH23-206ENST00000398842 1759 ntTSL 5 BASIC24.36■■□□□ 1.49
COL6A1P12109 RAPSN-205ENST00000529341 1408 ntTSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
COL6A1P12109 PACRGL-201ENST00000295290 1937 ntTSL 5 BASIC24.35■■□□□ 1.49
COL6A1P12109 CREM-210ENST00000374721 2020 ntTSL 5 BASIC24.35■■□□□ 1.49
COL6A1P12109 LRRC73-201ENST00000372441 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
COL6A1P12109 BCL7C-202ENST00000380317 2409 ntTSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
COL6A1P12109 EFNA2-201ENST00000215368 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
COL6A1P12109 MAL-201ENST00000309988 1112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
COL6A1P12109 AF201337.1-201ENST00000520239 748 ntBASIC24.35■■□□□ 1.49
COL6A1P12109 STMN4-204ENST00000519997 1623 ntTSL 2 BASIC24.35■■□□□ 1.49
COL6A1P12109 ATG101-201ENST00000336854 1439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
COL6A1P12109 ANTXR2-202ENST00000346652 1343 ntTSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
COL6A1P12109 ASL-203ENST00000380839 1765 ntTSL 5 BASIC24.34■■□□□ 1.49
COL6A1P12109 UCK2-201ENST00000367879 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
COL6A1P12109 SDR39U1-208ENST00000554698 1364 ntTSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
COL6A1P12109 PRORSD1P-201ENST00000295112 541 ntBASIC24.34■■□□□ 1.49
COL6A1P12109 ZNF295-AS1-201ENST00000412906 952 ntTSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
COL6A1P12109 CNN2P6-201ENST00000439038 900 ntBASIC24.34■■□□□ 1.49
COL6A1P12109 NMRAL1-212ENST00000574425 1240 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.34■■□□□ 1.49
COL6A1P12109 PRORSD1P-203ENST00000579162 626 ntTSL 5 BASIC24.34■■□□□ 1.49
COL6A1P12109 MYCNOS-205ENST00000641950 531 ntBASIC24.34■■□□□ 1.49
COL6A1P12109 UBA5-208ENST00000473651 1513 ntTSL 5 BASIC24.34■■□□□ 1.49
COL6A1P12109 CBWD5-207ENST00000382405 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
COL6A1P12109 HMCES-203ENST00000417226 1490 ntTSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
COL6A1P12109 C19orf81-201ENST00000425202 765 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.33■■□□□ 1.49
COL6A1P12109 AL731577.2-201ENST00000508096 555 ntTSL 2 BASIC24.33■■□□□ 1.49
COL6A1P12109 BRI3-207ENST00000539286 699 ntTSL 2 BASIC24.33■■□□□ 1.49
COL6A1P12109 LIMD2-205ENST00000578402 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
COL6A1P12109 CFAP99-207ENST00000635017 2298 ntTSL 5 BASIC24.33■■□□□ 1.49
COL6A1P12109 AC142381.3-201ENST00000568208 1670 ntBASIC24.33■■□□□ 1.49
COL6A1P12109 PRDM13-202ENST00000369215 2429 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.48
COL6A1P12109 OXCT2P1-201ENST00000447263 1535 ntBASIC24.32■■□□□ 1.48
COL6A1P12109 AC007326.4-201ENST00000638240 1669 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.32■■□□□ 1.48
COL6A1P12109 IPO13-201ENST00000372339 1201 ntTSL 2 BASIC24.32■■□□□ 1.48
COL6A1P12109 AC027451.1-201ENST00000530667 553 ntTSL 4 BASIC24.32■■□□□ 1.48
COL6A1P12109 OVCH1-AS1-203ENST00000551108 963 ntTSL 2 BASIC24.32■■□□□ 1.48
COL6A1P12109 ULK4P1-204ENST00000565949 721 ntTSL 4 BASIC24.32■■□□□ 1.48
COL6A1P12109 KCNG1-201ENST00000371571 2211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
COL6A1P12109 AC135731.1-201ENST00000569415 2548 ntBASIC24.32■■□□□ 1.48
COL6A1P12109 HTATIP2-204ENST00000451739 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
COL6A1P12109 AC004687.1-201ENST00000579003 1625 ntBASIC24.32■■□□□ 1.48
COL6A1P12109 OSR2-210ENST00000523368 1519 ntTSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
COL6A1P12109 FOSL1-201ENST00000312562 1669 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
COL6A1P12109 MEIS2-204ENST00000397620 2295 ntTSL 2 BASIC24.31■■□□□ 1.48
COL6A1P12109 PRDX1-201ENST00000262746 1234 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.31■■□□□ 1.48
COL6A1P12109 TRIM54-201ENST00000296098 2027 ntTSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
COL6A1P12109 GUK1-209ENST00000366730 937 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC24.31■■□□□ 1.48
COL6A1P12109 KRT18P29-201ENST00000397031 1267 ntBASIC24.31■■□□□ 1.48
COL6A1P12109 ARL6IP4-205ENST00000412505 818 ntTSL 5 BASIC24.31■■□□□ 1.48
COL6A1P12109 AC105036.2-201ENST00000569468 176 ntBASIC24.31■■□□□ 1.48
COL6A1P12109 CIRBP-214ENST00000587896 1081 ntTSL 2 BASIC24.31■■□□□ 1.48
COL6A1P12109 PLEKHJ1-206ENST00000587962 1311 ntTSL 2 BASIC24.31■■□□□ 1.48
COL6A1P12109 AC005224.4-201ENST00000583262 1652 ntBASIC24.3■■□□□ 1.48
COL6A1P12109 AKT1S1-204ENST00000391832 1911 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
COL6A1P12109 KCNQ2-201ENST00000344425 1426 ntTSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
COL6A1P12109 C17orf107-202ENST00000521575 1275 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 28.4 ms