Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3X0

CCDC9, Coiled-coil domain-containing protein 9, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 531 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC9Q9Y3X0 KCNQ2-201ENST00000344425 1426 ntTSL 1 (best) BASIC29.42■■■□□ 2.3
CCDC9Q9Y3X0 SYNGR3-201ENST00000248121 2051 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.41■■■□□ 2.3
CCDC9Q9Y3X0 MRAP2-201ENST00000257776 2153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.41■■■□□ 2.3
CCDC9Q9Y3X0 IPO13-201ENST00000372339 1201 ntTSL 2 BASIC29.41■■■□□ 2.3
CCDC9Q9Y3X0 CHTF8-210ENST00000523421 766 ntTSL 3 BASIC29.41■■■□□ 2.3
CCDC9Q9Y3X0 AC104187.1-201ENST00000607510 612 ntBASIC29.41■■■□□ 2.3
CCDC9Q9Y3X0 NOXA1-202ENST00000392815 1464 ntTSL 1 (best) BASIC29.41■■■□□ 2.3
CCDC9Q9Y3X0 PLEKHF1-204ENST00000592810 1357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.4■■■□□ 2.3
CCDC9Q9Y3X0 CYHR1-201ENST00000306145 1409 ntTSL 1 (best) BASIC29.4■■■□□ 2.3
CCDC9Q9Y3X0 PHPT1-201ENST00000247665 890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.4■■■□□ 2.3
CCDC9Q9Y3X0 SSNA1-201ENST00000322310 896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.4■■■□□ 2.3
CCDC9Q9Y3X0 TESC-201ENST00000335209 1041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.4■■■□□ 2.3
CCDC9Q9Y3X0 RNA5SP413-201ENST00000516373 109 ntBASIC29.4■■■□□ 2.3
CCDC9Q9Y3X0 AF201337.1-201ENST00000520239 748 ntBASIC29.4■■■□□ 2.3
CCDC9Q9Y3X0 OVCH1-AS1-203ENST00000551108 963 ntTSL 2 BASIC29.4■■■□□ 2.3
CCDC9Q9Y3X0 C17orf97-203ENST00000571106 736 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.4■■■□□ 2.3
CCDC9Q9Y3X0 IGFBP3-211ENST00000615754 792 ntTSL 5 BASIC29.4■■■□□ 2.3
CCDC9Q9Y3X0 SLC25A5-AS1-202ENST00000445759 1616 ntTSL 1 (best) BASIC29.4■■■□□ 2.3
CCDC9Q9Y3X0 AC144652.1-201ENST00000609974 1624 ntBASIC29.4■■■□□ 2.3
CCDC9Q9Y3X0 C6orf201-202ENST00000380175 1834 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.4■■■□□ 2.3
CCDC9Q9Y3X0 UBTD1-201ENST00000370664 1706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.4■■■□□ 2.3
CCDC9Q9Y3X0 RAC1-202ENST00000356142 907 ntTSL 1 (best) BASIC29.39■■■□□ 2.3
CCDC9Q9Y3X0 RAMP1-203ENST00000404910 857 ntTSL 2 BASIC29.39■■■□□ 2.3
CCDC9Q9Y3X0 AC105036.2-201ENST00000569468 176 ntBASIC29.39■■■□□ 2.3
CCDC9Q9Y3X0 UBE2DNL-204ENST00000602536 740 ntBASIC29.39■■■□□ 2.3
CCDC9Q9Y3X0 ARRB2-210ENST00000572457 1660 ntTSL 5 BASIC29.39■■■□□ 2.3
CCDC9Q9Y3X0 PRORSD1P-201ENST00000295112 541 ntBASIC29.38■■■□□ 2.29
CCDC9Q9Y3X0 LGALS7-201ENST00000378626 466 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.38■■■□□ 2.29
CCDC9Q9Y3X0 UPK3B-203ENST00000394849 1041 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.38■■■□□ 2.29
CCDC9Q9Y3X0 C16orf86-201ENST00000403458 1267 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.38■■■□□ 2.29
CCDC9Q9Y3X0 RORB-AS1-201ENST00000417576 1178 ntTSL 5 BASIC29.38■■■□□ 2.29
CCDC9Q9Y3X0 ABHD14A-204ENST00000491470 674 ntTSL 3 BASIC29.38■■■□□ 2.29
CCDC9Q9Y3X0 PRORSD1P-203ENST00000579162 626 ntTSL 5 BASIC29.38■■■□□ 2.29
CCDC9Q9Y3X0 MSANTD2-201ENST00000239614 2495 ntTSL 2 BASIC29.38■■■□□ 2.29
CCDC9Q9Y3X0 FBXW5-201ENST00000325285 2274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.38■■■□□ 2.29
CCDC9Q9Y3X0 SPHK1-210ENST00000592299 1821 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.38■■■□□ 2.29
CCDC9Q9Y3X0 ANO8-204ENST00000630631 1905 ntTSL 5 BASIC29.37■■■□□ 2.29
CCDC9Q9Y3X0 ATG101-201ENST00000336854 1439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.37■■■□□ 2.29
CCDC9Q9Y3X0 EDA-210ENST00000527388 927 ntTSL 1 (best) BASIC29.37■■■□□ 2.29
CCDC9Q9Y3X0 PTOV1-201ENST00000391842 1875 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.36■■■□□ 2.29
CCDC9Q9Y3X0 LYRM9-201ENST00000379102 501 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.36■■■□□ 2.29
CCDC9Q9Y3X0 LINC02531-201ENST00000404689 593 ntTSL 5 BASIC29.36■■■□□ 2.29
CCDC9Q9Y3X0 ZNF295-AS1-201ENST00000412906 952 ntTSL 1 (best) BASIC29.36■■■□□ 2.29
CCDC9Q9Y3X0 DLEU2-203ENST00000425586 1267 ntTSL 1 (best) BASIC29.36■■■□□ 2.29
CCDC9Q9Y3X0 RPS2P52-201ENST00000469610 820 ntBASIC29.36■■■□□ 2.29
CCDC9Q9Y3X0 ZNF346-203ENST00000503425 1191 ntTSL 2 BASIC29.36■■■□□ 2.29
CCDC9Q9Y3X0 LYRM9-206ENST00000508862 807 ntTSL 3 BASIC29.36■■■□□ 2.29
CCDC9Q9Y3X0 C19orf84-201ENST00000570516 788 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.36■■■□□ 2.29
CCDC9Q9Y3X0 AC005786.3-201ENST00000589360 565 ntTSL 3 BASIC29.36■■■□□ 2.29
CCDC9Q9Y3X0 MAGIX-202ENST00000595224 1238 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC29.36■■■□□ 2.29
CCDC9Q9Y3X0 ARHGEF9-210ENST00000623517 2143 ntTSL 2 BASIC29.36■■■□□ 2.29
CCDC9Q9Y3X0 AC011498.4-201ENST00000586020 1803 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.36■■■□□ 2.29
CCDC9Q9Y3X0 ALG2-203ENST00000476832 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.36■■■□□ 2.29
CCDC9Q9Y3X0 PHF23-205ENST00000571362 1768 ntTSL 2 BASIC29.35■■■□□ 2.29
CCDC9Q9Y3X0 PRDX1-201ENST00000262746 1234 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.35■■■□□ 2.29
CCDC9Q9Y3X0 MRPL12-201ENST00000333676 1028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.35■■■□□ 2.29
CCDC9Q9Y3X0 C2orf82-203ENST00000409533 561 ntAPPRIS P2 TSL 4 BASIC29.35■■■□□ 2.29
CCDC9Q9Y3X0 RARRES1-204ENST00000479756 839 ntTSL 1 (best) BASIC29.35■■■□□ 2.29
CCDC9Q9Y3X0 AC084116.4-201ENST00000524320 484 ntTSL 2 BASIC29.35■■■□□ 2.29
CCDC9Q9Y3X0 ZNF219-201ENST00000360947 3071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.35■■■□□ 2.29
CCDC9Q9Y3X0 FAHD1-203ENST00000427358 1974 ntAPPRIS P1 BASIC29.35■■■□□ 2.29
CCDC9Q9Y3X0 C8orf58-206ENST00000614574 1955 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.35■■■□□ 2.29
CCDC9Q9Y3X0 KLC1-225ENST00000557575 2188 ntTSL 5 BASIC29.35■■■□□ 2.29
CCDC9Q9Y3X0 FNTA-201ENST00000302279 1840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.34■■■□□ 2.29
CCDC9Q9Y3X0 BTBD17-201ENST00000375366 1805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.34■■■□□ 2.29
CCDC9Q9Y3X0 SLC35B2-202ENST00000393812 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.34■■■□□ 2.29
CCDC9Q9Y3X0 NAA60-204ENST00000421765 1045 ntTSL 2 BASIC29.34■■■□□ 2.29
CCDC9Q9Y3X0 AC073210.2-201ENST00000430369 194 ntBASIC29.34■■■□□ 2.29
CCDC9Q9Y3X0 IL34-204ENST00000566361 1001 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.34■■■□□ 2.29
CCDC9Q9Y3X0 ANTXR2-202ENST00000346652 1343 ntTSL 1 (best) BASIC29.34■■■□□ 2.29
CCDC9Q9Y3X0 CADPS-215ENST00000490353 2669 ntTSL 5 BASIC29.34■■■□□ 2.29
CCDC9Q9Y3X0 MBNL3-202ENST00000370844 1643 ntTSL 1 (best) BASIC29.34■■■□□ 2.29
CCDC9Q9Y3X0 KRT72-203ENST00000537672 1813 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.34■■■□□ 2.29
CCDC9Q9Y3X0 OSBP-201ENST00000263847 5083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.33■■■□□ 2.29
CCDC9Q9Y3X0 C19orf25-213ENST00000592872 1287 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.33■■■□□ 2.29
CCDC9Q9Y3X0 EI24-211ENST00000534546 1544 ntTSL 2 BASIC29.33■■■□□ 2.29
CCDC9Q9Y3X0 SMUG1-215ENST00000508394 1697 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.33■■■□□ 2.29
CCDC9Q9Y3X0 IFFO2-203ENST00000455833 6188 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.33■■■□□ 2.29
CCDC9Q9Y3X0 FEZ2-203ENST00000379245 2097 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.33■■■□□ 2.29
CCDC9Q9Y3X0 ZFPM1-201ENST00000319555 5380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.33■■■□□ 2.29
CCDC9Q9Y3X0 UFD1-201ENST00000263202 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.32■■■□□ 2.28
CCDC9Q9Y3X0 SGMS1-210ENST00000619438 1680 ntTSL 5 BASIC29.32■■■□□ 2.28
CCDC9Q9Y3X0 EPCAM-202ENST00000405271 1530 ntTSL 5 BASIC29.32■■■□□ 2.28
CCDC9Q9Y3X0 FAM185A-201ENST00000409231 1446 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.32■■■□□ 2.28
CCDC9Q9Y3X0 C12orf42-208ENST00000548883 1336 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.32■■■□□ 2.28
CCDC9Q9Y3X0 EFNA2-201ENST00000215368 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.32■■■□□ 2.28
CCDC9Q9Y3X0 COA6-202ENST00000366613 641 ntTSL 1 (best) BASIC29.32■■■□□ 2.28
CCDC9Q9Y3X0 C19orf81-201ENST00000425202 765 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC29.32■■■□□ 2.28
CCDC9Q9Y3X0 C17orf107-202ENST00000521575 1275 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.32■■■□□ 2.28
CCDC9Q9Y3X0 PSME3-210ENST00000590720 998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.32■■■□□ 2.28
CCDC9Q9Y3X0 NR2F1-AS1-214ENST00000607831 1963 ntTSL 2 BASIC29.32■■■□□ 2.28
CCDC9Q9Y3X0 PTP4A3-204ENST00000521578 1717 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.31■■■□□ 2.28
CCDC9Q9Y3X0 ZDHHC7-203ENST00000564466 1488 ntTSL 5 BASIC29.31■■■□□ 2.28
CCDC9Q9Y3X0 SBK2-201ENST00000344158 1056 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.31■■■□□ 2.28
CCDC9Q9Y3X0 SBK2-202ENST00000413299 1085 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.31■■■□□ 2.28
CCDC9Q9Y3X0 SFTPC-205ENST00000521315 1046 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC29.31■■■□□ 2.28
CCDC9Q9Y3X0 BRI3-207ENST00000539286 699 ntTSL 2 BASIC29.31■■■□□ 2.28
CCDC9Q9Y3X0 AC005697.1-201ENST00000582441 582 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC29.31■■■□□ 2.28
CCDC9Q9Y3X0 TNNI3-207ENST00000588882 669 ntTSL 2 BASIC29.31■■■□□ 2.28
CCDC9Q9Y3X0 FSD1-201ENST00000221856 1831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.31■■■□□ 2.28
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 78.6 ms