Protein–RNA interactions for Protein: Q96JC1

VPS39, Vam6/Vps39-like protein, humanhuman

Predictions only

Length 886 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS39Q96JC1 UBA5-208ENST00000473651 1513 ntTSL 5 BASIC21.94■■□□□ 1.1
VPS39Q96JC1 SLC35A2-210ENST00000616181 1614 ntTSL 2 BASIC21.94■■□□□ 1.1
VPS39Q96JC1 LRRC34-201ENST00000446859 1718 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.94■■□□□ 1.1
VPS39Q96JC1 SIMC1-204ENST00000430704 1925 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.94■■□□□ 1.1
VPS39Q96JC1 YAP1-202ENST00000345877 5284 ntTSL 5 BASIC21.93■■□□□ 1.1
VPS39Q96JC1 ZBED3-201ENST00000255198 6172 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
VPS39Q96JC1 PLEKHO1-201ENST00000369124 2050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
VPS39Q96JC1 ACVRL1-201ENST00000388922 1971 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
VPS39Q96JC1 YWHAZ-205ENST00000395956 2974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
VPS39Q96JC1 MRPS34-202ENST00000397375 1024 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
VPS39Q96JC1 SDHAP1-204ENST00000427415 559 ntTSL 4 BASIC21.93■■□□□ 1.1
VPS39Q96JC1 AL451085.2-201ENST00000605085 799 ntBASIC21.93■■□□□ 1.1
VPS39Q96JC1 ORAI1-202ENST00000617316 2138 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
VPS39Q96JC1 FAM83D-202ENST00000619850 2361 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
VPS39Q96JC1 C17orf82-201ENST00000623772 1530 ntBASIC21.93■■□□□ 1.1
VPS39Q96JC1 RNF149-201ENST00000295317 2458 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
VPS39Q96JC1 EEFSEC-201ENST00000254730 2232 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
VPS39Q96JC1 SLC12A5-AS1-202ENST00000535913 1957 ntTSL 2 BASIC21.92■■□□□ 1.1
VPS39Q96JC1 TOX2-201ENST00000341197 1880 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.92■■□□□ 1.1
VPS39Q96JC1 H1FX-201ENST00000333762 1507 ntAPPRIS P1 BASIC21.92■■□□□ 1.1
VPS39Q96JC1 GRIK4-205ENST00000527524 5861 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.92■■□□□ 1.1
VPS39Q96JC1 PKIG-206ENST00000372892 1338 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.92■■□□□ 1.1
VPS39Q96JC1 PLPP5-203ENST00000424479 2130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
VPS39Q96JC1 MMEL1-206ENST00000502556 1943 ntTSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
VPS39Q96JC1 ACAD8-202ENST00000374752 1797 ntTSL 2 BASIC21.92■■□□□ 1.1
VPS39Q96JC1 AVPR2-201ENST00000337474 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
VPS39Q96JC1 TMEM25-205ENST00000411589 2442 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.91■■□□□ 1.1
VPS39Q96JC1 TMEM198B-205ENST00000487582 1581 ntTSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
VPS39Q96JC1 ZNF584-203ENST00000593920 2187 ntTSL 2 BASIC21.91■■□□□ 1.1
VPS39Q96JC1 CFP-202ENST00000377005 1435 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
VPS39Q96JC1 MPST-202ENST00000397225 2116 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.91■■□□□ 1.1
VPS39Q96JC1 OPN3-201ENST00000366554 2620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
VPS39Q96JC1 VGLL3-201ENST00000383698 2475 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
VPS39Q96JC1 ING1-201ENST00000333219 5119 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
VPS39Q96JC1 AC004687.1-201ENST00000579003 1625 ntBASIC21.91■■□□□ 1.1
VPS39Q96JC1 MOGS-202ENST00000409065 2668 ntTSL 5 BASIC21.91■■□□□ 1.1
VPS39Q96JC1 CERS5-201ENST00000317551 2051 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.91■■□□□ 1.1
VPS39Q96JC1 ZPBP2-201ENST00000348931 1543 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
VPS39Q96JC1 TSPAN17-207ENST00000508164 2457 ntTSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
VPS39Q96JC1 DCTD-201ENST00000357067 1931 ntTSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
VPS39Q96JC1 DNAJC25-201ENST00000313525 2268 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
VPS39Q96JC1 FUS-210ENST00000568685 1785 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.9■■□□□ 1.1
VPS39Q96JC1 RASGRP2-210ENST00000394430 2174 ntTSL 2 BASIC21.9■■□□□ 1.1
VPS39Q96JC1 ASAP2-202ENST00000315273 5582 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
VPS39Q96JC1 TST-201ENST00000249042 1211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
VPS39Q96JC1 MLF2-206ENST00000539187 1110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
VPS39Q96JC1 RALGPS1-207ENST00000394022 1672 ntTSL 2 BASIC21.9■■□□□ 1.1
VPS39Q96JC1 SMURF1-202ENST00000361368 5581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
VPS39Q96JC1 KCNK12-201ENST00000327876 6227 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
VPS39Q96JC1 PRPSAP2-201ENST00000268835 1910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
VPS39Q96JC1 C14orf80-206ENST00000392527 1476 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
VPS39Q96JC1 CERS4-205ENST00000558331 1803 ntTSL 5 BASIC21.9■■□□□ 1.1
VPS39Q96JC1 KLC3-204ENST00000585434 1764 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.1
VPS39Q96JC1 CAMK2N2-201ENST00000296238 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.1
VPS39Q96JC1 SMOX-212ENST00000621355 2322 ntTSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.1
VPS39Q96JC1 POTED-202ENST00000620442 1988 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
VPS39Q96JC1 VGF-203ENST00000611537 1622 ntTSL 5 BASIC21.89■■□□□ 1.09
VPS39Q96JC1 PSPH-202ENST00000395471 2178 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
VPS39Q96JC1 MAPK9-202ENST00000347470 1509 ntTSL 5 BASIC21.89■■□□□ 1.09
VPS39Q96JC1 HSPBP1-206ENST00000587922 1449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
VPS39Q96JC1 FAHD1-201ENST00000382666 1964 ntTSL 2 BASIC21.88■■□□□ 1.09
VPS39Q96JC1 TMEM8B-203ENST00000377996 2473 ntTSL 2 BASIC21.88■■□□□ 1.09
VPS39Q96JC1 ABCG4-204ENST00000615496 2459 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.88■■□□□ 1.09
VPS39Q96JC1 HOXC8-201ENST00000040584 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
VPS39Q96JC1 BTBD17-201ENST00000375366 1805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
VPS39Q96JC1 HOMEZ-201ENST00000357460 4971 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
VPS39Q96JC1 DUX4-203ENST00000565211 1710 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
VPS39Q96JC1 AL391650.1-201ENST00000448923 1468 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.88■■□□□ 1.09
VPS39Q96JC1 KREMEN2-203ENST00000571007 1877 ntTSL 2 BASIC21.88■■□□□ 1.09
VPS39Q96JC1 UBTF-213ENST00000533177 3011 ntTSL 5 BASIC21.88■■□□□ 1.09
VPS39Q96JC1 MANEAL-203ENST00000397631 2327 ntTSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
VPS39Q96JC1 FBRS-202ENST00000356166 5200 ntTSL 5 BASIC21.87■■□□□ 1.09
VPS39Q96JC1 RBM38-203ENST00000356208 2382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
VPS39Q96JC1 SRSF11-203ENST00000370951 2385 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
VPS39Q96JC1 SIRT7-201ENST00000328666 1743 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
VPS39Q96JC1 ZNF410-206ENST00000540593 1722 ntTSL 2 BASIC21.87■■□□□ 1.09
VPS39Q96JC1 PNMT-201ENST00000269582 1253 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
VPS39Q96JC1 ANKHD1-205ENST00000394723 2135 ntTSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
VPS39Q96JC1 SH2B1-204ENST00000395532 2529 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.87■■□□□ 1.09
VPS39Q96JC1 PANK1-201ENST00000307534 6976 ntTSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
VPS39Q96JC1 SLC18A3-201ENST00000374115 2420 ntAPPRIS P1 BASIC21.87■■□□□ 1.09
VPS39Q96JC1 FAM19A5-202ENST00000358295 2638 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.87■■□□□ 1.09
VPS39Q96JC1 KCNK15-201ENST00000372861 2599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
VPS39Q96JC1 NPY4R-201ENST00000374312 1956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
VPS39Q96JC1 NPY4R2-201ENST00000576178 1956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
VPS39Q96JC1 METTL21A-210ENST00000458426 1366 ntTSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
VPS39Q96JC1 LAYN-209ENST00000533265 1703 ntTSL 5 BASIC21.86■■□□□ 1.09
VPS39Q96JC1 ZSWIM7-201ENST00000399277 2008 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
VPS39Q96JC1 PCSK6-220ENST00000622483 3132 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
VPS39Q96JC1 HSPE1-201ENST00000233893 950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
VPS39Q96JC1 PYCARD-201ENST00000247470 990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
VPS39Q96JC1 SPAG16-201ENST00000272898 1059 ntTSL 5 BASIC21.86■■□□□ 1.09
VPS39Q96JC1 PRELID1-203ENST00000503216 1171 ntTSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
VPS39Q96JC1 UNC93B8-201ENST00000511903 705 ntBASIC21.86■■□□□ 1.09
VPS39Q96JC1 MIR6724-1-201ENST00000616420 92 ntBASIC21.86■■□□□ 1.09
VPS39Q96JC1 MIR6724-2-201ENST00000616483 92 ntBASIC21.86■■□□□ 1.09
VPS39Q96JC1 MIR6724-4-201ENST00000617390 92 ntBASIC21.86■■□□□ 1.09
VPS39Q96JC1 MIR6724-3-201ENST00000622482 92 ntBASIC21.86■■□□□ 1.09
VPS39Q96JC1 GPR143-203ENST00000467482 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
VPS39Q96JC1 FAM83D-201ENST00000619304 2475 ntTSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 31.3 ms