Protein–RNA interactions for Protein: Q8NB14

USP38, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 38, humanhuman

Predictions only

Length 1,042 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP38Q8NB14 NAE1-204ENST00000394074 1654 ntTSL 5 BASIC24.46■■□□□ 1.51
USP38Q8NB14 AC144652.1-201ENST00000609974 1624 ntBASIC24.46■■□□□ 1.51
USP38Q8NB14 HTATIP2-201ENST00000419348 1477 ntTSL 2 BASIC24.46■■□□□ 1.51
USP38Q8NB14 TRAF4-205ENST00000444415 1456 ntTSL 5 BASIC24.46■■□□□ 1.51
USP38Q8NB14 DCAF8-211ENST00000475733 1426 ntTSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
USP38Q8NB14 DOHH-201ENST00000427575 2031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
USP38Q8NB14 MCRIP1-205ENST00000572645 1038 ntTSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
USP38Q8NB14 TMEM230-210ENST00000612323 1231 ntTSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
USP38Q8NB14 MIR6084-201ENST00000622012 110 ntBASIC24.46■■□□□ 1.51
USP38Q8NB14 AL121749.1-201ENST00000635993 1768 ntTSL 5 BASIC24.46■■□□□ 1.51
USP38Q8NB14 PON2-218ENST00000633531 1653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
USP38Q8NB14 B3GAT3-201ENST00000265471 1641 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
USP38Q8NB14 B3GNT4-201ENST00000324189 1642 ntTSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
USP38Q8NB14 NAAA-204ENST00000507187 1750 ntTSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
USP38Q8NB14 RHBDL3-204ENST00000538145 1338 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
USP38Q8NB14 PCSK1N-201ENST00000218230 1050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
USP38Q8NB14 C2orf82-201ENST00000331342 465 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
USP38Q8NB14 SLC35A2-205ENST00000376529 865 ntTSL 3 BASIC24.45■■□□□ 1.5
USP38Q8NB14 CKLF-205ENST00000417030 628 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC24.45■■□□□ 1.5
USP38Q8NB14 POLE4-205ENST00000483063 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
USP38Q8NB14 AC012414.1-201ENST00000556676 535 ntBASIC24.45■■□□□ 1.5
USP38Q8NB14 UQCR11-202ENST00000589880 504 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.45■■□□□ 1.5
USP38Q8NB14 RAP2CP1-201ENST00000605103 478 ntBASIC24.45■■□□□ 1.5
USP38Q8NB14 AC080038.1-201ENST00000611274 1154 ntBASIC24.45■■□□□ 1.5
USP38Q8NB14 PKIB-204ENST00000368448 1561 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.45■■□□□ 1.5
USP38Q8NB14 POMZP3-202ENST00000310842 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
USP38Q8NB14 MAP6D1-201ENST00000318631 2111 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
USP38Q8NB14 LRRC73-201ENST00000372441 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
USP38Q8NB14 LAYN-209ENST00000533265 1703 ntTSL 5 BASIC24.44■■□□□ 1.5
USP38Q8NB14 STARD3NL-202ENST00000396013 1365 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.44■■□□□ 1.5
USP38Q8NB14 C1QTNF4-201ENST00000302514 1664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
USP38Q8NB14 NMI-201ENST00000243346 1623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
USP38Q8NB14 TNFRSF18-202ENST00000379265 705 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
USP38Q8NB14 MYD88-205ENST00000424893 1279 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
USP38Q8NB14 CDH18-AS1-201ENST00000513573 424 ntTSL 2 BASIC24.44■■□□□ 1.5
USP38Q8NB14 AP005435.1-201ENST00000529293 1178 ntBASIC24.44■■□□□ 1.5
USP38Q8NB14 AC104771.1-201ENST00000603335 964 ntBASIC24.44■■□□□ 1.5
USP38Q8NB14 BFSP1-202ENST00000377873 2207 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
USP38Q8NB14 ACP1-201ENST00000272065 1549 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
USP38Q8NB14 PCYT2-201ENST00000331285 2147 ntTSL 2 BASIC24.44■■□□□ 1.5
USP38Q8NB14 ZNF205-201ENST00000219091 1947 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.43■■□□□ 1.5
USP38Q8NB14 FAM53B-201ENST00000280780 1568 ntTSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
USP38Q8NB14 GRK4-202ENST00000398051 2068 ntTSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
USP38Q8NB14 MLF2-206ENST00000539187 1110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
USP38Q8NB14 AL032819.3-201ENST00000640283 925 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.43■■□□□ 1.5
USP38Q8NB14 PXK-202ENST00000356151 2037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
USP38Q8NB14 SH3RF3-AS1-201ENST00000567491 1604 ntBASIC24.43■■□□□ 1.5
USP38Q8NB14 SDC3-202ENST00000339394 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
USP38Q8NB14 C2CD4B-201ENST00000380392 1579 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.42■■□□□ 1.5
USP38Q8NB14 RUNDC3A-202ENST00000426726 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
USP38Q8NB14 AC079834.2-201ENST00000609776 1949 ntBASIC24.42■■□□□ 1.5
USP38Q8NB14 FITM1-201ENST00000267426 1194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
USP38Q8NB14 NFKBIB-201ENST00000313582 1159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
USP38Q8NB14 OLFM1-206ENST00000371799 961 ntTSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
USP38Q8NB14 LY6E-202ENST00000429120 1173 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
USP38Q8NB14 GLI4-210ENST00000523522 1297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
USP38Q8NB14 AC012645.1-201ENST00000515455 1650 ntTSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
USP38Q8NB14 ZC3H14-223ENST00000557607 1983 ntTSL 5 BASIC24.42■■□□□ 1.5
USP38Q8NB14 MESP2-201ENST00000341735 1552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
USP38Q8NB14 BOP1-205ENST00000569669 2303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
USP38Q8NB14 CCDC151-203ENST00000591179 1943 ntTSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
USP38Q8NB14 NINJ1-201ENST00000375446 1281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
USP38Q8NB14 RASGRP2-203ENST00000377486 667 ntTSL 3 BASIC24.41■■□□□ 1.5
USP38Q8NB14 SLC26A1-203ENST00000398520 1111 ntTSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
USP38Q8NB14 POLR2H-204ENST00000438240 994 ntTSL 3 BASIC24.41■■□□□ 1.5
USP38Q8NB14 AL355877.1-204ENST00000451482 1078 ntTSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
USP38Q8NB14 PRKCQ-AS1-204ENST00000455810 920 ntTSL 2 BASIC24.41■■□□□ 1.5
USP38Q8NB14 PDXDC2P-202ENST00000527016 543 ntTSL 3 BASIC24.41■■□□□ 1.5
USP38Q8NB14 Z97986.1-201ENST00000565879 476 ntTSL 5 BASIC24.41■■□□□ 1.5
USP38Q8NB14 TNFRSF11A-207ENST00000639222 855 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.41■■□□□ 1.5
USP38Q8NB14 RILP-201ENST00000301336 1771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
USP38Q8NB14 LDB1-201ENST00000361198 2285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
USP38Q8NB14 NKX6-3-202ENST00000524115 1683 ntTSL 2 BASIC24.4■■□□□ 1.5
USP38Q8NB14 SLC39A4-202ENST00000301305 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
USP38Q8NB14 CAMK2N1-201ENST00000375078 2336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
USP38Q8NB14 PPP1R1B-201ENST00000254079 1845 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
USP38Q8NB14 STRBP-202ENST00000360998 2990 ntTSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
USP38Q8NB14 NFE2L3P1-201ENST00000588207 1959 ntBASIC24.4■■□□□ 1.5
USP38Q8NB14 RNASEH2B-201ENST00000336617 1629 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
USP38Q8NB14 SLC35A2-210ENST00000616181 1614 ntTSL 2 BASIC24.4■■□□□ 1.5
USP38Q8NB14 CDKN2AIPNL-201ENST00000395009 800 ntTSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
USP38Q8NB14 AC010525.1-201ENST00000585559 441 ntBASIC24.4■■□□□ 1.5
USP38Q8NB14 AC007773.1-201ENST00000592680 972 ntTSL 2 BASIC24.4■■□□□ 1.5
USP38Q8NB14 PON2-217ENST00000633192 1876 ntTSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
USP38Q8NB14 C9orf163-202ENST00000624034 2573 ntBASIC24.4■■□□□ 1.5
USP38Q8NB14 ECE2-202ENST00000357474 2667 ntTSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.5
USP38Q8NB14 KCNIP1-203ENST00000390656 2249 ntTSL 5 BASIC24.39■■□□□ 1.5
USP38Q8NB14 IFNGR2-202ENST00000381995 1742 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.39■■□□□ 1.5
USP38Q8NB14 LHPP-203ENST00000392757 840 ntTSL 3 BASIC24.39■■□□□ 1.49
USP38Q8NB14 AL355802.2-201ENST00000402069 882 ntBASIC24.39■■□□□ 1.49
USP38Q8NB14 AC037459.4-201ENST00000517384 585 ntTSL 4 BASIC24.39■■□□□ 1.49
USP38Q8NB14 GALNS-211ENST00000568311 703 ntTSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
USP38Q8NB14 AC011825.4-201ENST00000582233 473 ntTSL 2 BASIC24.39■■□□□ 1.49
USP38Q8NB14 TMEM102-201ENST00000323206 1973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
USP38Q8NB14 ARF1-213ENST00000540651 1972 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.39■■□□□ 1.49
USP38Q8NB14 HIRA-202ENST00000340170 3395 ntTSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
USP38Q8NB14 DLL3-201ENST00000205143 2332 ntTSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
USP38Q8NB14 NKIRAS2-204ENST00000393880 1644 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.39■■□□□ 1.49
USP38Q8NB14 IRF3-207ENST00000593922 1494 ntTSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
USP38Q8NB14 BCL2L12-212ENST00000616144 1854 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 23.3 ms