Protein–RNA interactions for Protein: Q3LFD5

USP41, Putative ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 41, humanhuman

Predictions only

Length 358 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP41Q3LFD5 TPRG1LP1-201ENST00000598702 760 ntBASIC23.43■■□□□ 1.34
USP41Q3LFD5 CORO1A-201ENST00000219150 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
USP41Q3LFD5 PLEKHB1-201ENST00000227214 2016 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
USP41Q3LFD5 PPA1-202ENST00000373232 1295 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
USP41Q3LFD5 NDUFB2-207ENST00000465506 1101 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
USP41Q3LFD5 TMEM218-207ENST00000528724 1117 ntTSL 5 BASIC23.42■■□□□ 1.34
USP41Q3LFD5 TMEM218-214ENST00000532156 954 ntTSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
USP41Q3LFD5 AC011825.4-201ENST00000582233 473 ntTSL 2 BASIC23.42■■□□□ 1.34
USP41Q3LFD5 AC007773.1-201ENST00000592680 972 ntTSL 2 BASIC23.42■■□□□ 1.34
USP41Q3LFD5 MIS18A-201ENST00000290130 1575 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
USP41Q3LFD5 TTC39A-203ENST00000371747 1876 ntTSL 2 BASIC23.42■■□□□ 1.34
USP41Q3LFD5 MPST-205ENST00000404802 1453 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.42■■□□□ 1.34
USP41Q3LFD5 SEC22C-207ENST00000423701 1458 ntTSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
USP41Q3LFD5 KREMEN2-204ENST00000572045 2339 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
USP41Q3LFD5 AZIN2-204ENST00000373443 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
USP41Q3LFD5 UBE3C-209ENST00000611269 1866 ntTSL 2 BASIC23.41■■□□□ 1.34
USP41Q3LFD5 PCSK6-218ENST00000619160 3093 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
USP41Q3LFD5 NUDT14-202ENST00000392568 845 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
USP41Q3LFD5 AL137779.2-201ENST00000554859 448 ntTSL 2 BASIC23.41■■□□□ 1.34
USP41Q3LFD5 AC012313.1-203ENST00000597980 570 ntTSL 4 BASIC23.41■■□□□ 1.34
USP41Q3LFD5 DISC1-224ENST00000639374 1071 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
USP41Q3LFD5 FAM120B-204ENST00000625626 1794 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.41■■□□□ 1.34
USP41Q3LFD5 AC009506.1-201ENST00000418474 1494 ntTSL 2 BASIC23.41■■□□□ 1.34
USP41Q3LFD5 HSD11B2-201ENST00000326152 1900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
USP41Q3LFD5 MEIS3-201ENST00000331559 2104 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.41■■□□□ 1.34
USP41Q3LFD5 IL15RA-204ENST00000379977 1626 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
USP41Q3LFD5 BX005040.4-201ENST00000637145 1518 ntBASIC23.4■■□□□ 1.34
USP41Q3LFD5 PTP4A3-204ENST00000521578 1717 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.4■■□□□ 1.34
USP41Q3LFD5 PPCS-202ENST00000372560 793 ntTSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
USP41Q3LFD5 TUSC3-209ENST00000509380 1266 ntTSL 5 BASIC23.4■■□□□ 1.34
USP41Q3LFD5 DLX3-202ENST00000512495 834 ntTSL 2 BASIC23.4■■□□□ 1.34
USP41Q3LFD5 AC011511.3-201ENST00000587088 355 ntTSL 2 BASIC23.4■■□□□ 1.34
USP41Q3LFD5 RNF114-202ENST00000622920 1284 ntTSL 5 BASIC23.4■■□□□ 1.34
USP41Q3LFD5 RAB28-208ENST00000630951 1679 ntTSL 5 BASIC23.4■■□□□ 1.34
USP41Q3LFD5 SLC35B2-201ENST00000393810 1898 ntTSL 2 BASIC23.4■■□□□ 1.34
USP41Q3LFD5 THRA-202ENST00000394121 2260 ntTSL 2 BASIC23.4■■□□□ 1.34
USP41Q3LFD5 LYRM1-201ENST00000219168 1626 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.4■■□□□ 1.34
USP41Q3LFD5 CCNG2-201ENST00000316355 5526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
USP41Q3LFD5 NKX2-3-201ENST00000344586 2097 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.39■■□□□ 1.34
USP41Q3LFD5 NFKBIB-201ENST00000313582 1159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
USP41Q3LFD5 UBE2D3-201ENST00000321805 1087 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.39■■□□□ 1.33
USP41Q3LFD5 AC140479.5-201ENST00000568189 735 ntTSL 3 BASIC23.39■■□□□ 1.33
USP41Q3LFD5 SPON2-222ENST00000617421 2156 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.39■■□□□ 1.33
USP41Q3LFD5 KCTD15-207ENST00000589786 1625 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.39■■□□□ 1.33
USP41Q3LFD5 AC099805.1-201ENST00000523987 1797 ntTSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
USP41Q3LFD5 CASP9-203ENST00000375890 1351 ntTSL 2 BASIC23.39■■□□□ 1.33
USP41Q3LFD5 ZNF511-202ENST00000361518 1520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
USP41Q3LFD5 OSCAR-209ENST00000616215 2016 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.38■■□□□ 1.33
USP41Q3LFD5 MME-202ENST00000382989 1319 ntTSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
USP41Q3LFD5 UQCR11-203ENST00000591899 1324 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
USP41Q3LFD5 RNF223-201ENST00000453464 1902 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.38■■□□□ 1.33
USP41Q3LFD5 AIDA-202ENST00000355727 1072 ntTSL 5 BASIC23.38■■□□□ 1.33
USP41Q3LFD5 AC243773.2-201ENST00000616341 490 ntTSL 2 BASIC23.38■■□□□ 1.33
USP41Q3LFD5 TMEM182-210ENST00000639249 1025 ntTSL 5 BASIC23.38■■□□□ 1.33
USP41Q3LFD5 NIPSNAP2-201ENST00000322090 1999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
USP41Q3LFD5 ST7-201ENST00000265437 2899 ntTSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
USP41Q3LFD5 VSTM4-201ENST00000298454 2170 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.37■■□□□ 1.33
USP41Q3LFD5 BIN1-203ENST00000346226 2401 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
USP41Q3LFD5 ME3-201ENST00000323418 1068 ntTSL 5 BASIC23.37■■□□□ 1.33
USP41Q3LFD5 AC062017.1-203ENST00000413029 455 ntTSL 2 BASIC23.37■■□□□ 1.33
USP41Q3LFD5 AC073343.2-201ENST00000413182 548 ntTSL 4 BASIC23.37■■□□□ 1.33
USP41Q3LFD5 PGAP3-204ENST00000429199 970 ntTSL 2 BASIC23.37■■□□□ 1.33
USP41Q3LFD5 ARHGAP24-206ENST00000503995 1273 ntTSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
USP41Q3LFD5 NPAS3-201ENST00000346562 5847 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
USP41Q3LFD5 ARG2-201ENST00000261783 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
USP41Q3LFD5 TBX1-202ENST00000332710 2084 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
USP41Q3LFD5 CYHR1-201ENST00000306145 1409 ntTSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
USP41Q3LFD5 MLNR-201ENST00000218721 1239 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
USP41Q3LFD5 ACYP2-201ENST00000303536 789 ntTSL 2 BASIC23.36■■□□□ 1.33
USP41Q3LFD5 CAMKMT-202ENST00000402247 665 ntTSL 2 BASIC23.36■■□□□ 1.33
USP41Q3LFD5 FNDC3B-204ENST00000421757 946 ntTSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
USP41Q3LFD5 AC068385.1-201ENST00000533218 409 ntTSL 3 BASIC23.36■■□□□ 1.33
USP41Q3LFD5 VPS53-216ENST00000574029 585 ntTSL 4 BASIC23.36■■□□□ 1.33
USP41Q3LFD5 SMUG1P1-201ENST00000590640 811 ntBASIC23.36■■□□□ 1.33
USP41Q3LFD5 TRIM2-212ENST00000632856 656 ntTSL 3 BASIC23.36■■□□□ 1.33
USP41Q3LFD5 NPHS2-201ENST00000367615 1855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
USP41Q3LFD5 HTATIP2-204ENST00000451739 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
USP41Q3LFD5 ID4-201ENST00000378700 2344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
USP41Q3LFD5 ZCCHC2-201ENST00000269499 5959 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.36■■□□□ 1.33
USP41Q3LFD5 SEPT4-205ENST00000426861 1906 ntTSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
USP41Q3LFD5 ASPSCR1-208ENST00000580534 1776 ntTSL 2 BASIC23.35■■□□□ 1.33
USP41Q3LFD5 TMEM102-201ENST00000323206 1973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
USP41Q3LFD5 TMEM102-202ENST00000396568 1962 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.35■■□□□ 1.33
USP41Q3LFD5 VGLL4-208ENST00000424529 1025 ntTSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
USP41Q3LFD5 IDNK-204ENST00000454393 1210 ntTSL 3 BASIC23.35■■□□□ 1.33
USP41Q3LFD5 GALNS-213ENST00000569433 723 ntTSL 3 BASIC23.35■■□□□ 1.33
USP41Q3LFD5 PARP9-207ENST00000492382 1837 ntTSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
USP41Q3LFD5 C5orf49-201ENST00000399810 2385 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
USP41Q3LFD5 EGR4-201ENST00000436467 2377 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
USP41Q3LFD5 PLEKHJ1-206ENST00000587962 1311 ntTSL 2 BASIC23.34■■□□□ 1.33
USP41Q3LFD5 OXCT2P1-201ENST00000447263 1535 ntBASIC23.34■■□□□ 1.33
USP41Q3LFD5 TUBG1-201ENST00000251413 1611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
USP41Q3LFD5 PREB-202ENST00000406567 1910 ntTSL 5 BASIC23.34■■□□□ 1.33
USP41Q3LFD5 TESC-201ENST00000335209 1041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
USP41Q3LFD5 MPRIP-203ENST00000395806 527 ntTSL 3 BASIC23.34■■□□□ 1.33
USP41Q3LFD5 AC012414.4-201ENST00000560839 1074 ntTSL 5 BASIC23.34■■□□□ 1.33
USP41Q3LFD5 CTAG1A-201ENST00000593606 993 ntTSL 5 BASIC23.34■■□□□ 1.33
USP41Q3LFD5 AC060814.5-201ENST00000630916 1074 ntTSL 2 BASIC23.34■■□□□ 1.33
USP41Q3LFD5 SMUG1-215ENST00000508394 1697 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.34■■□□□ 1.33
USP41Q3LFD5 RNF19B-203ENST00000373456 2560 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 26.4 ms