Protein–RNA interactions for Protein: Q13107

USP4, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 4, humanhuman

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Length 963 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP4Q13107 CRB3-202ENST00000356762 733 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
USP4Q13107 MFSD14C-201ENST00000375223 619 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.93■■□□□ 1.26
USP4Q13107 LHPP-203ENST00000392757 840 ntTSL 3 BASIC22.93■■□□□ 1.26
USP4Q13107 KRT18P5-201ENST00000436075 1291 ntBASIC22.93■■□□□ 1.26
USP4Q13107 AL355877.1-204ENST00000451482 1078 ntTSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
USP4Q13107 KCNMA1-224ENST00000618048 1269 ntTSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
USP4Q13107 PON2-217ENST00000633192 1876 ntTSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
USP4Q13107 CCKBR-206ENST00000532715 1734 ntTSL 3 BASIC22.93■■□□□ 1.26
USP4Q13107 NDUFAF1-201ENST00000260361 1461 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
USP4Q13107 HOXD9-201ENST00000249499 1870 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
USP4Q13107 ARSB-202ENST00000396151 2316 ntTSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
USP4Q13107 ZFAND2B-202ENST00000409097 1765 ntTSL 2 BASIC22.92■■□□□ 1.26
USP4Q13107 CYP2A13-201ENST00000330436 1739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
USP4Q13107 PRR25-201ENST00000301698 1209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
USP4Q13107 YIF1B-202ENST00000337679 1257 ntTSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
USP4Q13107 SPOCK2-203ENST00000412663 1284 ntTSL 5 BASIC22.92■■□□□ 1.26
USP4Q13107 AC093817.1-201ENST00000507296 812 ntTSL 3 BASIC22.92■■□□□ 1.26
USP4Q13107 ERI3-201ENST00000372257 1684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
USP4Q13107 AL591684.2-201ENST00000605970 1594 ntTSL 5 BASIC22.92■■□□□ 1.26
USP4Q13107 NPAS3-201ENST00000346562 5847 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
USP4Q13107 CDX1-201ENST00000231656 1758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
USP4Q13107 FPGS-202ENST00000373228 1383 ntTSL 5 BASIC22.91■■□□□ 1.26
USP4Q13107 UBALD1-208ENST00000591401 1305 ntTSL 5 BASIC22.91■■□□□ 1.26
USP4Q13107 MPC1-202ENST00000360961 962 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.91■■□□□ 1.26
USP4Q13107 SLC26A1-203ENST00000398520 1111 ntTSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
USP4Q13107 SLC25A45-206ENST00000526432 894 ntTSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
USP4Q13107 DUSP8P5-201ENST00000422884 1815 ntBASIC22.91■■□□□ 1.26
USP4Q13107 PTH1R-207ENST00000449590 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
USP4Q13107 LRRC75A-201ENST00000409083 2656 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.9■■□□□ 1.26
USP4Q13107 SPI1-201ENST00000227163 1168 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.9■■□□□ 1.26
USP4Q13107 GUK1-207ENST00000366726 873 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC22.9■■□□□ 1.26
USP4Q13107 AC108002.2-201ENST00000519782 340 ntTSL 4 BASIC22.9■■□□□ 1.26
USP4Q13107 POLR2E-214ENST00000619917 932 ntTSL 5 BASIC22.9■■□□□ 1.26
USP4Q13107 SLC35A2-212ENST00000634665 486 ntTSL 4 BASIC22.9■■□□□ 1.26
USP4Q13107 BBC3-202ENST00000341983 1538 ntTSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
USP4Q13107 HACD3-205ENST00000562901 1797 ntTSL 5 BASIC22.9■■□□□ 1.26
USP4Q13107 BLOC1S4-201ENST00000320776 1617 ntAPPRIS P1 BASIC22.9■■□□□ 1.26
USP4Q13107 MTX2-201ENST00000249442 1364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.26
USP4Q13107 RAP2A-201ENST00000245304 5487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.26
USP4Q13107 H1FX-201ENST00000333762 1507 ntAPPRIS P1 BASIC22.89■■□□□ 1.26
USP4Q13107 EIF6-203ENST00000374450 1289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
USP4Q13107 CDKN2AIPNL-201ENST00000395009 800 ntTSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
USP4Q13107 CCDC92B-201ENST00000575506 885 ntBASIC22.89■■□□□ 1.25
USP4Q13107 AL133516.1-201ENST00000633012 540 ntTSL 5 BASIC22.89■■□□□ 1.25
USP4Q13107 IQCJ-SCHIP1-202ENST00000460298 1884 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
USP4Q13107 CDCP1-202ENST00000425231 1416 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
USP4Q13107 C7orf26-202ENST00000359073 1762 ntTSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
USP4Q13107 HSF1-201ENST00000400780 2105 ntTSL 5 BASIC22.88■■□□□ 1.25
USP4Q13107 AK8-201ENST00000298545 2072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
USP4Q13107 PDIA2-201ENST00000219406 1698 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
USP4Q13107 ZMYND11-210ENST00000403354 1664 ntTSL 5 BASIC22.88■■□□□ 1.25
USP4Q13107 LEF1-AS1-207ENST00000512637 1675 ntTSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
USP4Q13107 CENPVL3-201ENST00000417339 864 ntAPPRIS P1 BASIC22.88■■□□□ 1.25
USP4Q13107 RPLP2-207ENST00000530797 637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
USP4Q13107 FIZ1-205ENST00000592585 489 ntTSL 5 BASIC22.88■■□□□ 1.25
USP4Q13107 AL831711.1-201ENST00000636824 569 ntTSL 4 BASIC22.88■■□□□ 1.25
USP4Q13107 FAM167A-204ENST00000528897 1620 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.88■■□□□ 1.25
USP4Q13107 ODC1-201ENST00000234111 2653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
USP4Q13107 H2AFY-217ENST00000511689 2789 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
USP4Q13107 KCNIP1-203ENST00000390656 2249 ntTSL 5 BASIC22.88■■□□□ 1.25
USP4Q13107 UBA5-208ENST00000473651 1513 ntTSL 5 BASIC22.87■■□□□ 1.25
USP4Q13107 ME2-208ENST00000638937 2471 ntTSL 5 BASIC22.87■■□□□ 1.25
USP4Q13107 CBWD5-207ENST00000382405 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
USP4Q13107 CCSER2-202ENST00000359979 2066 ntTSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
USP4Q13107 ZC3H14-219ENST00000556945 2075 ntTSL 5 BASIC22.87■■□□□ 1.25
USP4Q13107 HSD17B14-201ENST00000263278 1238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
USP4Q13107 LRRC37A17P-202ENST00000570478 572 ntTSL 4 BASIC22.87■■□□□ 1.25
USP4Q13107 AP001005.4-202ENST00000575325 560 ntTSL 4 BASIC22.87■■□□□ 1.25
USP4Q13107 CAPG-201ENST00000263867 1442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
USP4Q13107 CLN3-207ENST00000395653 1430 ntTSL 5 BASIC22.87■■□□□ 1.25
USP4Q13107 MAGI2-208ENST00000522391 4878 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.87■■□□□ 1.25
USP4Q13107 UCHL5-201ENST00000367448 1534 ntTSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
USP4Q13107 AC007326.4-201ENST00000638240 1669 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.87■■□□□ 1.25
USP4Q13107 TRIM14-202ENST00000342043 1479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
USP4Q13107 MAPK8IP1P2-201ENST00000580257 1472 ntBASIC22.86■■□□□ 1.25
USP4Q13107 GALK1-201ENST00000225614 1445 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.86■■□□□ 1.25
USP4Q13107 GP9-201ENST00000307395 889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
USP4Q13107 POLR3GL-201ENST00000369313 818 ntTSL 2 BASIC22.86■■□□□ 1.25
USP4Q13107 PRKCQ-AS1-202ENST00000445427 1133 ntTSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
USP4Q13107 ATOX1-207ENST00000524142 749 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.86■■□□□ 1.25
USP4Q13107 LINC02136-201ENST00000567469 530 ntTSL 4 BASIC22.86■■□□□ 1.25
USP4Q13107 TERF1P2-201ENST00000583350 1212 ntBASIC22.86■■□□□ 1.25
USP4Q13107 AC105233.4-201ENST00000642045 216 ntBASIC22.86■■□□□ 1.25
USP4Q13107 POU2F3-206ENST00000543440 1953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
USP4Q13107 BTBD17-201ENST00000375366 1805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
USP4Q13107 IMPA2-201ENST00000269159 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
USP4Q13107 STRBP-202ENST00000360998 2990 ntTSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
USP4Q13107 BIN1-202ENST00000316724 2693 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
USP4Q13107 RAB24-201ENST00000303251 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
USP4Q13107 MPST-204ENST00000404393 1329 ntTSL 5 BASIC22.85■■□□□ 1.25
USP4Q13107 CFP-202ENST00000377005 1435 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
USP4Q13107 PEBP1-201ENST00000261313 1697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
USP4Q13107 PRKCZ-AS1-201ENST00000333854 1253 ntTSL 2 BASIC22.85■■□□□ 1.25
USP4Q13107 GLI4-210ENST00000523522 1297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
USP4Q13107 MRM1-203ENST00000612760 1284 ntTSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
USP4Q13107 NPAS1-208ENST00000602212 2117 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
USP4Q13107 AC096541.1-201ENST00000445070 1807 ntTSL 2 BASIC22.85■■□□□ 1.25
USP4Q13107 AC004687.1-201ENST00000579003 1625 ntBASIC22.84■■□□□ 1.25
USP4Q13107 UBE2J2-203ENST00000360466 1047 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.84■■□□□ 1.25
USP4Q13107 GADD45G-202ENST00000375769 977 ntTSL 2 BASIC22.84■■□□□ 1.25
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