Protein–RNA interactions for Protein: P39880

CUX1, Homeobox protein cut-like 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,505 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CUX1P39880 APTR-205ENST00000447009 902 ntTSL 2 BASIC37.33■■■■□ 3.57
CUX1P39880 TOR2A-201ENST00000336067 1370 ntTSL 2 BASIC37.33■■■■□ 3.57
CUX1P39880 RHOD-201ENST00000308831 1129 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.32■■■■□ 3.57
CUX1P39880 CFD-201ENST00000327726 1201 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC37.32■■■■□ 3.57
CUX1P39880 MRPL37-201ENST00000336230 1179 ntTSL 1 (best) BASIC37.32■■■■□ 3.57
CUX1P39880 C19orf73-201ENST00000408991 744 ntAPPRIS P1 BASIC37.32■■■■□ 3.57
CUX1P39880 CDH18-AS1-201ENST00000513573 424 ntTSL 2 BASIC37.32■■■■□ 3.57
CUX1P39880 PMS1-205ENST00000409985 1882 ntTSL 2 BASIC37.32■■■■□ 3.56
CUX1P39880 HIST1H2AM-201ENST00000359611 393 ntAPPRIS P1 BASIC37.31■■■■□ 3.56
CUX1P39880 AC079140.4-201ENST00000507448 529 ntBASIC37.31■■■■□ 3.56
CUX1P39880 AC018730.2-201ENST00000598623 443 ntTSL 5 BASIC37.31■■■■□ 3.56
CUX1P39880 TBXA2R-202ENST00000411851 1494 ntTSL 2 BASIC37.31■■■■□ 3.56
CUX1P39880 RARA-204ENST00000394089 2024 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC37.31■■■■□ 3.56
CUX1P39880 RAB28-203ENST00000338176 1787 ntTSL 3 BASIC37.31■■■■□ 3.56
CUX1P39880 AC142381.3-201ENST00000568208 1670 ntBASIC37.31■■■■□ 3.56
CUX1P39880 GSTM3-202ENST00000361066 1565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.31■■■■□ 3.56
CUX1P39880 GMPPA-201ENST00000313597 1544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.31■■■■□ 3.56
CUX1P39880 STX4-201ENST00000313843 1481 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.31■■■■□ 3.56
CUX1P39880 TRNT1-207ENST00000420393 854 ntTSL 3 BASIC37.31■■■■□ 3.56
CUX1P39880 TRAPPC5-203ENST00000595985 411 ntTSL 3 BASIC37.31■■■■□ 3.56
CUX1P39880 UBE3C-209ENST00000611269 1866 ntTSL 2 BASIC37.3■■■■□ 3.56
CUX1P39880 EED-207ENST00000528180 1745 ntTSL 5 BASIC37.3■■■■□ 3.56
CUX1P39880 TMPO-201ENST00000261210 820 ntTSL 1 (best) BASIC37.3■■■■□ 3.56
CUX1P39880 GPX1P1-201ENST00000388829 606 ntBASIC37.3■■■■□ 3.56
CUX1P39880 EXD3-208ENST00000479452 962 ntTSL 1 (best) BASIC37.3■■■■□ 3.56
CUX1P39880 SFTPC-205ENST00000521315 1046 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC37.3■■■■□ 3.56
CUX1P39880 MAZ-216ENST00000616501 991 ntTSL 5 BASIC37.3■■■■□ 3.56
CUX1P39880 SCAMP3-202ENST00000355379 1537 ntTSL 1 (best) BASIC37.29■■■■□ 3.56
CUX1P39880 RAMP1-203ENST00000404910 857 ntTSL 2 BASIC37.29■■■■□ 3.56
CUX1P39880 TESC-206ENST00000541210 936 ntTSL 3 BASIC37.29■■■■□ 3.56
CUX1P39880 IGFALS-203ENST00000568221 730 ntTSL 4 BASIC37.29■■■■□ 3.56
CUX1P39880 GPS1-204ENST00000392358 2276 ntTSL 1 (best) BASIC37.29■■■■□ 3.56
CUX1P39880 CFAP99-207ENST00000635017 2298 ntTSL 5 BASIC37.28■■■■□ 3.56
CUX1P39880 AC074212.1-201ENST00000559756 1402 ntTSL 3 BASIC37.28■■■■□ 3.56
CUX1P39880 MOB2-201ENST00000329957 1207 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC37.28■■■■□ 3.56
CUX1P39880 NAGLU-201ENST00000225927 2544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.27■■■■□ 3.56
CUX1P39880 ZNF205-201ENST00000219091 1947 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC37.27■■■■□ 3.56
CUX1P39880 TUSC3-209ENST00000509380 1266 ntTSL 5 BASIC37.27■■■■□ 3.56
CUX1P39880 AC027307.1-201ENST00000590252 457 ntTSL 5 BASIC37.27■■■■□ 3.56
CUX1P39880 MAP2K5-204ENST00000395476 1689 ntTSL 1 (best) BASIC37.27■■■■□ 3.56
CUX1P39880 CERKL-203ENST00000374969 1330 ntTSL 1 (best) BASIC37.27■■■■□ 3.56
CUX1P39880 MBD3-202ENST00000434436 2439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.26■■■■□ 3.56
CUX1P39880 CLPTM1L-201ENST00000320895 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.26■■■■□ 3.56
CUX1P39880 EPCAM-202ENST00000405271 1530 ntTSL 5 BASIC37.26■■■■□ 3.55
CUX1P39880 FITM1-201ENST00000267426 1194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.26■■■■□ 3.55
CUX1P39880 HMCES-203ENST00000417226 1490 ntTSL 1 (best) BASIC37.25■■■■□ 3.55
CUX1P39880 CAMTA1-216ENST00000557126 486 ntTSL 2 BASIC37.25■■■■□ 3.55
CUX1P39880 METTL15-202ENST00000403099 795 ntTSL 5 BASIC37.24■■■■□ 3.55
CUX1P39880 DUX4L16-201ENST00000555130 1264 ntBASIC37.24■■■■□ 3.55
CUX1P39880 HERC2P5-204ENST00000569697 1214 ntTSL 2 BASIC37.24■■■■□ 3.55
CUX1P39880 LITAF-205ENST00000570904 1118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.24■■■■□ 3.55
CUX1P39880 UBE2DNL-204ENST00000602536 740 ntBASIC37.24■■■■□ 3.55
CUX1P39880 SLC35B2-201ENST00000393810 1898 ntTSL 2 BASIC37.23■■■■□ 3.55
CUX1P39880 PICALM-224ENST00000630913 2261 ntTSL 5 BASIC37.23■■■■□ 3.55
CUX1P39880 C19orf67-203ENST00000548523 1427 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC37.23■■■■□ 3.55
CUX1P39880 SNRNP25-202ENST00000383018 1085 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC37.23■■■■□ 3.55
CUX1P39880 JDP2-202ENST00000419727 972 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC37.23■■■■□ 3.55
CUX1P39880 TSPY6P-201ENST00000448518 926 ntBASIC37.23■■■■□ 3.55
CUX1P39880 CD99P1-205ENST00000527459 561 ntBASIC37.23■■■■□ 3.55
CUX1P39880 AC087239.1-201ENST00000622671 572 ntBASIC37.23■■■■□ 3.55
CUX1P39880 CTU2-201ENST00000312060 1672 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC37.23■■■■□ 3.55
CUX1P39880 CPLX1-201ENST00000304062 2181 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.23■■■■□ 3.55
CUX1P39880 KRT87P-202ENST00000534226 1464 ntBASIC37.23■■■■□ 3.55
CUX1P39880 SMOX-201ENST00000278795 2164 ntTSL 1 (best) BASIC37.22■■■■□ 3.55
CUX1P39880 ASCC1-204ENST00000394915 1510 ntTSL 5 BASIC37.22■■■■□ 3.55
CUX1P39880 BHLHA15-201ENST00000314018 706 ntAPPRIS P1 BASIC37.22■■■■□ 3.55
CUX1P39880 AC104187.1-201ENST00000607510 612 ntBASIC37.22■■■■□ 3.55
CUX1P39880 BHLHA15-202ENST00000609256 796 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC37.22■■■■□ 3.55
CUX1P39880 POU2F3-206ENST00000543440 1953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.22■■■■□ 3.55
CUX1P39880 MCHR1-202ENST00000381433 1219 ntTSL 1 (best) BASIC37.21■■■■□ 3.55
CUX1P39880 HAGH-203ENST00000455446 1276 ntTSL 2 BASIC37.21■■■■□ 3.55
CUX1P39880 ZNF717-203ENST00000477374 1169 ntTSL 2 BASIC37.21■■■■□ 3.55
CUX1P39880 AC007216.1-201ENST00000570197 601 ntTSL 4 BASIC37.21■■■■□ 3.55
CUX1P39880 UCK2-201ENST00000367879 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.21■■■■□ 3.55
CUX1P39880 IRF3-201ENST00000309877 1691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.21■■■■□ 3.55
CUX1P39880 FOSL1-201ENST00000312562 1669 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.21■■■■□ 3.55
CUX1P39880 HSF1-204ENST00000528838 2142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.21■■■■□ 3.55
CUX1P39880 UBE2C-203ENST00000352551 665 ntTSL 2 BASIC37.2■■■■□ 3.55
CUX1P39880 AC016888.1-201ENST00000585285 565 ntTSL 3 BASIC37.2■■■■□ 3.55
CUX1P39880 AC005224.4-201ENST00000583262 1652 ntBASIC37.2■■■■□ 3.55
CUX1P39880 ACBD4-214ENST00000591859 1998 ntTSL 1 (best) BASIC37.2■■■■□ 3.55
CUX1P39880 TMEM230-205ENST00000379279 1636 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC37.2■■■■□ 3.55
CUX1P39880 SDR39U1-208ENST00000554698 1364 ntTSL 1 (best) BASIC37.2■■■■□ 3.55
CUX1P39880 MIR4651-201ENST00000582622 73 ntBASIC37.2■■■■□ 3.55
CUX1P39880 CHST6-202ENST00000390664 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.19■■■■□ 3.54
CUX1P39880 WDR86-201ENST00000334493 2023 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC37.19■■■■□ 3.54
CUX1P39880 ZIC2-201ENST00000376335 2983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.19■■■■□ 3.54
CUX1P39880 BX088645.1-201ENST00000636699 1728 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC37.19■■■■□ 3.54
CUX1P39880 RAB6B-203ENST00000469959 500 ntTSL 3 BASIC37.19■■■■□ 3.54
CUX1P39880 MDK-213ENST00000617138 635 ntTSL 2 BASIC37.19■■■■□ 3.54
CUX1P39880 TFG-210ENST00000620299 1289 ntTSL 5 BASIC37.19■■■■□ 3.54
CUX1P39880 TMEM191A-211ENST00000637163 1067 ntBASIC37.19■■■■□ 3.54
CUX1P39880 RITA1-203ENST00000552495 1898 ntTSL 2 BASIC37.19■■■■□ 3.54
CUX1P39880 AL591684.2-201ENST00000605970 1594 ntTSL 5 BASIC37.18■■■■□ 3.54
CUX1P39880 PNLIPRP2-204ENST00000591655 1456 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC37.18■■■■□ 3.54
CUX1P39880 CHTF8-210ENST00000523421 766 ntTSL 3 BASIC37.18■■■■□ 3.54
CUX1P39880 TRIQK-221ENST00000524107 737 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC37.18■■■■□ 3.54
CUX1P39880 AC098934.4-201ENST00000564127 592 ntBASIC37.18■■■■□ 3.54
CUX1P39880 AL121832.2-201ENST00000610979 668 ntBASIC37.18■■■■□ 3.54
CUX1P39880 TTBK2-207ENST00000567840 1961 ntTSL 1 (best) BASIC37.17■■■■□ 3.54
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 30 ms