Protein–RNA interactions for Protein: P34896

SHMT1, Serine hydroxymethyltransferase, cytosolic, humanhuman

Predictions only

Length 483 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SHMT1P34896 GET4-201ENST00000265857 2090 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
SHMT1P34896 PDLIM3-203ENST00000284771 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.73
SHMT1P34896 IGFBP1-201ENST00000275525 1653 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.73
SHMT1P34896 MEIOB-202ENST00000397344 1792 ntTSL 5 BASIC25.82■■□□□ 1.72
SHMT1P34896 NR2F6-201ENST00000291442 2404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
SHMT1P34896 BCL2L12-201ENST00000246784 990 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
SHMT1P34896 C1QL1-201ENST00000253407 1295 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
SHMT1P34896 TESC-201ENST00000335209 1041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
SHMT1P34896 PGAP3-204ENST00000429199 970 ntTSL 2 BASIC25.82■■□□□ 1.72
SHMT1P34896 LGI4-206ENST00000591633 1113 ntTSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
SHMT1P34896 AC087239.1-201ENST00000622671 572 ntBASIC25.82■■□□□ 1.72
SHMT1P34896 AVPR2-203ENST00000370049 1307 ntTSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
SHMT1P34896 CACNB1-203ENST00000394310 1753 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
SHMT1P34896 SPINT2-201ENST00000301244 1802 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
SHMT1P34896 CNTD2-202ENST00000430325 1817 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC25.81■■□□□ 1.72
SHMT1P34896 LSR-201ENST00000347609 1880 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
SHMT1P34896 LSR-213ENST00000605618 1885 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
SHMT1P34896 CEBPD-201ENST00000408965 2178 ntAPPRIS P1 BASIC25.81■■□□□ 1.72
SHMT1P34896 TPSG1-201ENST00000234798 1108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
SHMT1P34896 AC004528.2-201ENST00000610701 440 ntTSL 5 BASIC25.81■■□□□ 1.72
SHMT1P34896 UBE2Q2P2-204ENST00000618775 648 ntTSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
SHMT1P34896 OXCT2P1-201ENST00000447263 1535 ntBASIC25.81■■□□□ 1.72
SHMT1P34896 MVD-201ENST00000301012 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
SHMT1P34896 MCUB-201ENST00000394650 2278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
SHMT1P34896 AL391650.1-201ENST00000448923 1468 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.8■■□□□ 1.72
SHMT1P34896 BX005040.4-201ENST00000637145 1518 ntBASIC25.8■■□□□ 1.72
SHMT1P34896 TCTEX1D4-201ENST00000339355 763 ntAPPRIS P1 BASIC25.8■■□□□ 1.72
SHMT1P34896 PPCS-202ENST00000372560 793 ntTSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
SHMT1P34896 AC024267.6-201ENST00000580603 583 ntTSL 3 BASIC25.8■■□□□ 1.72
SHMT1P34896 SKOR2-203ENST00000620245 3048 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.8■■□□□ 1.72
SHMT1P34896 UTS2R-201ENST00000313135 1357 ntAPPRIS P1 BASIC25.8■■□□□ 1.72
SHMT1P34896 POLDIP2-201ENST00000540200 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
SHMT1P34896 CDC16-203ENST00000356221 2203 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
SHMT1P34896 GALNT12-201ENST00000375011 2735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
SHMT1P34896 PCSK1N-201ENST00000218230 1050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
SHMT1P34896 UCN-201ENST00000296099 795 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
SHMT1P34896 ASMT-202ENST00000381233 989 ntTSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
SHMT1P34896 AC092675.2-201ENST00000413274 541 ntTSL 4 BASIC25.79■■□□□ 1.72
SHMT1P34896 RNF114-202ENST00000622920 1284 ntTSL 5 BASIC25.79■■□□□ 1.72
SHMT1P34896 CCDC47-204ENST00000582252 1719 ntTSL 2 BASIC25.79■■□□□ 1.72
SHMT1P34896 TMSB15B-202ENST00000436583 2186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
SHMT1P34896 MPST-205ENST00000404802 1453 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.79■■□□□ 1.72
SHMT1P34896 VGLL2-201ENST00000326274 2212 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
SHMT1P34896 ZFPL1-203ENST00000525509 478 ntTSL 2 BASIC25.78■■□□□ 1.72
SHMT1P34896 CTAG1A-201ENST00000593606 993 ntTSL 5 BASIC25.78■■□□□ 1.72
SHMT1P34896 IMPA2-212ENST00000625802 500 ntTSL 2 BASIC25.78■■□□□ 1.72
SHMT1P34896 TMEM182-210ENST00000639249 1025 ntTSL 5 BASIC25.78■■□□□ 1.72
SHMT1P34896 MME-202ENST00000382989 1319 ntTSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
SHMT1P34896 UQCR11-203ENST00000591899 1324 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
SHMT1P34896 PRSS29P-202ENST00000568091 1864 ntTSL 5 BASIC25.78■■□□□ 1.72
SHMT1P34896 CBLN2-209ENST00000585159 2406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
SHMT1P34896 NKX2-3-202ENST00000622383 1986 ntTSL 5 BASIC25.78■■□□□ 1.72
SHMT1P34896 ENTPD5-206ENST00000556242 1437 ntTSL 5 BASIC25.78■■□□□ 1.72
SHMT1P34896 ZNF511-202ENST00000361518 1520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
SHMT1P34896 CDC16-206ENST00000375310 2156 ntTSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
SHMT1P34896 PRSS56-201ENST00000449534 2157 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.78■■□□□ 1.72
SHMT1P34896 PRSS56-203ENST00000617714 2158 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC25.78■■□□□ 1.72
SHMT1P34896 SRPK3-203ENST00000370104 1753 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
SHMT1P34896 HRH3-202ENST00000340177 2659 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
SHMT1P34896 MTMR14-202ENST00000351233 2105 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
SHMT1P34896 AC073343.2-201ENST00000413182 548 ntTSL 4 BASIC25.77■■□□□ 1.72
SHMT1P34896 SDHAP3-201ENST00000436493 736 ntTSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
SHMT1P34896 PTH1R-207ENST00000449590 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
SHMT1P34896 DDN-AS1-202ENST00000547866 2114 ntTSL 3 BASIC25.77■■□□□ 1.72
SHMT1P34896 SUZ12P1-202ENST00000578070 929 ntTSL 5 BASIC25.77■■□□□ 1.72
SHMT1P34896 AC011511.3-201ENST00000587088 355 ntTSL 2 BASIC25.77■■□□□ 1.72
SHMT1P34896 AL137784.2-201ENST00000607332 1000 ntBASIC25.77■■□□□ 1.72
SHMT1P34896 DISC1-224ENST00000639374 1071 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
SHMT1P34896 PICK1-202ENST00000404072 2164 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.76■■□□□ 1.71
SHMT1P34896 IL15RA-201ENST00000379971 588 ntTSL 3 BASIC25.76■■□□□ 1.71
SHMT1P34896 AL137779.2-201ENST00000554859 448 ntTSL 2 BASIC25.76■■□□□ 1.71
SHMT1P34896 AC011825.4-201ENST00000582233 473 ntTSL 2 BASIC25.76■■□□□ 1.71
SHMT1P34896 AC012313.1-203ENST00000597980 570 ntTSL 4 BASIC25.76■■□□□ 1.71
SHMT1P34896 AP001160.5-201ENST00000636508 485 ntAPPRIS P1 BASIC25.76■■□□□ 1.71
SHMT1P34896 DECR2-201ENST00000219481 1615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
SHMT1P34896 AC090377.1-201ENST00000585691 1762 ntTSL 3 BASIC25.76■■□□□ 1.71
SHMT1P34896 MFSD7-201ENST00000322224 2123 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
SHMT1P34896 PAPD7-201ENST00000230859 5459 ntTSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
SHMT1P34896 IKZF1-207ENST00000413698 1808 ntTSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
SHMT1P34896 PYCR3-203ENST00000433751 1000 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.75■■□□□ 1.71
SHMT1P34896 BTBD7-201ENST00000298896 2621 ntTSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
SHMT1P34896 GFOD1-204ENST00000603223 2388 ntTSL 2 BASIC25.75■■□□□ 1.71
SHMT1P34896 DCAF15-201ENST00000254337 2278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
SHMT1P34896 CPLX1-203ENST00000505203 2011 ntTSL 2 BASIC25.75■■□□□ 1.71
SHMT1P34896 KCNQ3-202ENST00000519445 2801 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.74■■□□□ 1.71
SHMT1P34896 ZPBP2-201ENST00000348931 1543 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
SHMT1P34896 GZMM-201ENST00000264553 940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
SHMT1P34896 GXYLT1P2-201ENST00000433312 1230 ntBASIC25.74■■□□□ 1.71
SHMT1P34896 NDUFB2-207ENST00000465506 1101 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
SHMT1P34896 TUSC3-209ENST00000509380 1266 ntTSL 5 BASIC25.74■■□□□ 1.71
SHMT1P34896 AC093323.1-202ENST00000635031 2045 ntBASIC25.74■■□□□ 1.71
SHMT1P34896 ARSB-202ENST00000396151 2316 ntTSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
SHMT1P34896 PRR7-201ENST00000323249 1480 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
SHMT1P34896 HOXC8-201ENST00000040584 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
SHMT1P34896 AC135048.1-201ENST00000566056 1318 ntTSL 2 BASIC25.73■■□□□ 1.71
SHMT1P34896 FAM136A-201ENST00000037869 1810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
SHMT1P34896 ACYP2-201ENST00000303536 789 ntTSL 2 BASIC25.73■■□□□ 1.71
SHMT1P34896 ME3-201ENST00000323418 1068 ntTSL 5 BASIC25.73■■□□□ 1.71
SHMT1P34896 KRTAP17-1-201ENST00000334202 779 ntAPPRIS P1 BASIC25.73■■□□□ 1.71
SHMT1P34896 RARRES2P11-201ENST00000635158 484 ntBASIC25.73■■□□□ 1.71
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 51.2 ms