Protein–RNA interactions for Protein: P12109

COL6A1, Collagen alpha-1(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,028 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A1P12109 AL845552.2-201ENST00000553301 553 ntTSL 4 BASIC24.49■■□□□ 1.51
COL6A1P12109 CTAG1A-201ENST00000593606 993 ntTSL 5 BASIC24.49■■□□□ 1.51
COL6A1P12109 PLEKHF1-204ENST00000592810 1357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
COL6A1P12109 SPOCK3-222ENST00000512681 1457 ntTSL 2 BASIC24.49■■□□□ 1.51
COL6A1P12109 INPP5J-206ENST00000404453 1613 ntTSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
COL6A1P12109 SPHK1-210ENST00000592299 1821 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
COL6A1P12109 FOXG1-201ENST00000313071 4890 ntAPPRIS P1 BASIC24.49■■□□□ 1.51
COL6A1P12109 NOXA1-202ENST00000392815 1464 ntTSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
COL6A1P12109 AC007322.1-201ENST00000426983 750 ntBASIC24.48■■□□□ 1.51
COL6A1P12109 KHDRBS1-204ENST00000492989 1215 ntTSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
COL6A1P12109 HMX1-202ENST00000506970 651 ntTSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
COL6A1P12109 AC105219.1-201ENST00000531565 1963 ntTSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
COL6A1P12109 AC011498.4-201ENST00000586020 1803 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.48■■□□□ 1.51
COL6A1P12109 AL512625.3-202ENST00000591993 1091 ntTSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
COL6A1P12109 PFKL-212ENST00000628044 129 ntTSL 3 BASIC24.48■■□□□ 1.51
COL6A1P12109 AC068587.7-201ENST00000641602 218 ntBASIC24.48■■□□□ 1.51
COL6A1P12109 ZNF276-202ENST00000443381 2267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
COL6A1P12109 SBK2-201ENST00000344158 1056 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.47■■□□□ 1.51
COL6A1P12109 SNRNP25-202ENST00000383018 1085 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
COL6A1P12109 SLC29A4P1-201ENST00000398760 971 ntBASIC24.47■■□□□ 1.51
COL6A1P12109 SBK2-202ENST00000413299 1085 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.47■■□□□ 1.51
COL6A1P12109 BX890604.1-207ENST00000486571 904 ntTSL 5 BASIC24.47■■□□□ 1.51
COL6A1P12109 CHTF8-210ENST00000523421 766 ntTSL 3 BASIC24.47■■□□□ 1.51
COL6A1P12109 NCAPD3-204ENST00000526422 1060 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.47■■□□□ 1.51
COL6A1P12109 PEA15-201ENST00000360472 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
COL6A1P12109 C7orf25-203ENST00000431882 1645 ntTSL 2 BASIC24.46■■□□□ 1.51
COL6A1P12109 POU3F3-201ENST00000361360 3064 ntAPPRIS P1 BASIC24.46■■□□□ 1.51
COL6A1P12109 AC022211.4-201ENST00000625094 2161 ntBASIC24.46■■□□□ 1.51
COL6A1P12109 XXYLT1-202ENST00000356740 564 ntTSL 2 BASIC24.46■■□□□ 1.51
COL6A1P12109 NOXO1-203ENST00000397280 1147 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
COL6A1P12109 EIF5A-205ENST00000419711 1271 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
COL6A1P12109 SFTPC-205ENST00000521315 1046 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
COL6A1P12109 IGFALS-203ENST00000568221 730 ntTSL 4 BASIC24.46■■□□□ 1.51
COL6A1P12109 TBCB-214ENST00000629269 413 ntTSL 5 BASIC24.46■■□□□ 1.51
COL6A1P12109 PDIA6-201ENST00000272227 2338 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.51
COL6A1P12109 MAZ-203ENST00000545521 2333 ntTSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.51
COL6A1P12109 P2RX4-211ENST00000543171 1777 ntTSL 5 BASIC24.45■■□□□ 1.5
COL6A1P12109 ACOT1-201ENST00000311148 1713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
COL6A1P12109 C16orf86-201ENST00000403458 1267 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
COL6A1P12109 COX6C-208ENST00000522940 694 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.45■■□□□ 1.5
COL6A1P12109 MBD3L1-202ENST00000595891 872 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.45■■□□□ 1.5
COL6A1P12109 ARFRP1-202ENST00000607873 1061 ntTSL 2 BASIC24.45■■□□□ 1.5
COL6A1P12109 SAMD8-202ENST00000372690 1654 ntTSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
COL6A1P12109 POLD2-207ENST00000452185 1659 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
COL6A1P12109 HSD11B1L-206ENST00000423665 1525 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
COL6A1P12109 GTPBP3-203ENST00000361619 1894 ntTSL 2 BASIC24.45■■□□□ 1.5
COL6A1P12109 VIL1-204ENST00000440053 1454 ntTSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
COL6A1P12109 BTBD17-201ENST00000375366 1805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
COL6A1P12109 AP2M1-202ENST00000382456 2091 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
COL6A1P12109 FAM181A-204ENST00000557000 1652 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
COL6A1P12109 B3GAT3-201ENST00000265471 1641 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
COL6A1P12109 GUK1-201ENST00000312726 1084 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
COL6A1P12109 CMTM8-202ENST00000458535 996 ntTSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
COL6A1P12109 ABHD14A-204ENST00000491470 674 ntTSL 3 BASIC24.44■■□□□ 1.5
COL6A1P12109 NDUFS3-207ENST00000529276 558 ntTSL 2 BASIC24.44■■□□□ 1.5
COL6A1P12109 TRAPPC6A-205ENST00000592647 514 ntTSL 2 BASIC24.44■■□□□ 1.5
COL6A1P12109 AC133041.1-202ENST00000642053 222 ntBASIC24.44■■□□□ 1.5
COL6A1P12109 IRF3-228ENST00000601291 1556 ntTSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
COL6A1P12109 EI24-211ENST00000534546 1544 ntTSL 2 BASIC24.44■■□□□ 1.5
COL6A1P12109 SMARCB1-201ENST00000263121 1690 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
COL6A1P12109 ZFAND6-224ENST00000618205 1659 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.43■■□□□ 1.5
COL6A1P12109 AC034102.6-201ENST00000550947 559 ntTSL 4 BASIC24.43■■□□□ 1.5
COL6A1P12109 JADE2-211ENST00000612830 1251 ntTSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
COL6A1P12109 CACNG7-203ENST00000391767 2688 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.43■■□□□ 1.5
COL6A1P12109 FAM185A-201ENST00000409231 1446 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.43■■□□□ 1.5
COL6A1P12109 GAS2L1-201ENST00000406549 1803 ntTSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
COL6A1P12109 NFKBIB-204ENST00000572515 1929 ntTSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
COL6A1P12109 CAPN10-202ENST00000270364 1267 ntTSL 2 BASIC24.42■■□□□ 1.5
COL6A1P12109 MDK-205ENST00000405308 1166 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.42■■□□□ 1.5
COL6A1P12109 NDUFB10-204ENST00000569148 628 ntTSL 2 BASIC24.42■■□□□ 1.5
COL6A1P12109 C19orf84-201ENST00000570516 788 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
COL6A1P12109 AC104187.1-201ENST00000607510 612 ntBASIC24.42■■□□□ 1.5
COL6A1P12109 PTMS-207ENST00000619580 1150 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
COL6A1P12109 PON2-218ENST00000633531 1653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
COL6A1P12109 ACOT8-201ENST00000217455 1168 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
COL6A1P12109 FAM229A-204ENST00000432622 699 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.41■■□□□ 1.5
COL6A1P12109 AC010141.3-201ENST00000456659 717 ntBASIC24.41■■□□□ 1.5
COL6A1P12109 AC099522.1-201ENST00000505955 881 ntTSL 3 BASIC24.41■■□□□ 1.5
COL6A1P12109 AC106820.5-201ENST00000566085 789 ntTSL 3 BASIC24.41■■□□□ 1.5
COL6A1P12109 AC005789.1-201ENST00000585411 297 ntTSL 3 BASIC24.41■■□□□ 1.5
COL6A1P12109 ARRDC1-AS1-201ENST00000371417 1409 ntTSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
COL6A1P12109 LMO2-201ENST00000257818 2294 ntTSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
COL6A1P12109 C4orf19-202ENST00000381980 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
COL6A1P12109 PTP4A3-204ENST00000521578 1717 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.41■■□□□ 1.5
COL6A1P12109 EI24-213ENST00000618552 1747 ntTSL 5 BASIC24.41■■□□□ 1.5
COL6A1P12109 ZBTB10-204ENST00000455036 5458 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.41■■□□□ 1.5
COL6A1P12109 ZNF219-201ENST00000360947 3071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
COL6A1P12109 AC009506.1-201ENST00000418474 1494 ntTSL 2 BASIC24.4■■□□□ 1.5
COL6A1P12109 PNLIPRP2-204ENST00000591655 1456 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.4■■□□□ 1.5
COL6A1P12109 SUGCT-201ENST00000335693 1645 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
COL6A1P12109 LHX3-201ENST00000371746 2403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
COL6A1P12109 FAM120B-204ENST00000625626 1794 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.4■■□□□ 1.5
COL6A1P12109 ANKRD10-202ENST00000310847 1193 ntTSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
COL6A1P12109 POU5F1P3-201ENST00000428824 1078 ntBASIC24.4■■□□□ 1.5
COL6A1P12109 EDA-210ENST00000527388 927 ntTSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
COL6A1P12109 SNAP23-210ENST00000564153 775 ntTSL 2 BASIC24.4■■□□□ 1.5
COL6A1P12109 ARL16-209ENST00000573715 763 ntTSL 3 BASIC24.4■■□□□ 1.5
COL6A1P12109 ARL16-211ENST00000576135 694 ntTSL 3 BASIC24.4■■□□□ 1.5
COL6A1P12109 DM1-AS-203ENST00000590076 730 ntTSL 4 BASIC24.4■■□□□ 1.5
COL6A1P12109 UBE2DNL-204ENST00000602536 740 ntBASIC24.4■■□□□ 1.5
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 27 ms