Protein–RNA interactions for Protein: P0DPA3

SNHG28, Putative uncharacterized protein SNHG28, humanhuman

Predictions only

Length 235 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SNHG28P0DPA3 PCK2-201ENST00000216780 2357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
SNHG28P0DPA3 AZIN2-204ENST00000373443 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
SNHG28P0DPA3 CT47B1-201ENST00000371311 1328 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.42■■□□□ 1.66
SNHG28P0DPA3 TMEM150C-201ENST00000449862 1990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
SNHG28P0DPA3 DECR2-201ENST00000219481 1615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
SNHG28P0DPA3 METTL23-201ENST00000341249 1155 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
SNHG28P0DPA3 KLRG2-202ENST00000393039 1148 ntTSL 5 BASIC25.42■■□□□ 1.66
SNHG28P0DPA3 AC123595.1-201ENST00000440769 1046 ntBASIC25.42■■□□□ 1.66
SNHG28P0DPA3 AL355877.1-204ENST00000451482 1078 ntTSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
SNHG28P0DPA3 MIR5787-201ENST00000611784 55 ntBASIC25.42■■□□□ 1.66
SNHG28P0DPA3 CCDC7-201ENST00000277657 1899 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
SNHG28P0DPA3 BRD3-202ENST00000371834 2529 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
SNHG28P0DPA3 FPGS-204ENST00000393706 2230 ntTSL 2 BASIC25.41■■□□□ 1.66
SNHG28P0DPA3 ZNF419-203ENST00000354197 1569 ntTSL 5 BASIC25.41■■□□□ 1.66
SNHG28P0DPA3 GPIHBP1-201ENST00000622500 2282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
SNHG28P0DPA3 KLHL36-201ENST00000258157 1974 ntTSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
SNHG28P0DPA3 ERF-201ENST00000222329 2698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
SNHG28P0DPA3 DUSP8P5-201ENST00000422884 1815 ntBASIC25.41■■□□□ 1.66
SNHG28P0DPA3 STK32C-201ENST00000298630 2086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
SNHG28P0DPA3 ACTL10-201ENST00000330271 2028 ntAPPRIS P1 BASIC25.41■■□□□ 1.66
SNHG28P0DPA3 SEC22C-207ENST00000423701 1458 ntTSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
SNHG28P0DPA3 LINC01960-201ENST00000563759 1884 ntBASIC25.4■■□□□ 1.66
SNHG28P0DPA3 KHSRP-201ENST00000398148 2993 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
SNHG28P0DPA3 PRKCZ-AS1-201ENST00000333854 1253 ntTSL 2 BASIC25.4■■□□□ 1.66
SNHG28P0DPA3 RTCA-202ENST00000370126 538 ntTSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
SNHG28P0DPA3 ZFAS1-206ENST00000450535 1075 ntTSL 3 BASIC25.4■■□□□ 1.66
SNHG28P0DPA3 SMUG1P1-201ENST00000590640 811 ntBASIC25.4■■□□□ 1.66
SNHG28P0DPA3 SH3YL1-201ENST00000356150 1763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
SNHG28P0DPA3 TBR1-202ENST00000410035 1454 ntTSL 2 BASIC25.4■■□□□ 1.66
SNHG28P0DPA3 TANGO2-210ENST00000432883 2084 ntTSL 2 BASIC25.4■■□□□ 1.66
SNHG28P0DPA3 ANKRD11-217ENST00000613312 1584 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.39■■□□□ 1.66
SNHG28P0DPA3 MPST-204ENST00000404393 1329 ntTSL 5 BASIC25.39■■□□□ 1.66
SNHG28P0DPA3 SMUG1-215ENST00000508394 1697 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.39■■□□□ 1.66
SNHG28P0DPA3 C1QTNF5-203ENST00000530681 1046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.66
SNHG28P0DPA3 FRMD8-208ENST00000531296 366 ntTSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.66
SNHG28P0DPA3 RAB43-208ENST00000615093 783 ntTSL 5 BASIC25.39■■□□□ 1.66
SNHG28P0DPA3 HOXA4-201ENST00000360046 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.65
SNHG28P0DPA3 AMZ2-202ENST00000359904 2402 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.38■■□□□ 1.65
SNHG28P0DPA3 CAPG-201ENST00000263867 1442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
SNHG28P0DPA3 NHLRC4-201ENST00000424439 2097 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.38■■□□□ 1.65
SNHG28P0DPA3 HOXA10-206ENST00000613671 2175 ntTSL 5 BASIC25.38■■□□□ 1.65
SNHG28P0DPA3 CTBP1-203ENST00000382952 2467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
SNHG28P0DPA3 URAD-201ENST00000332715 931 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.38■■□□□ 1.65
SNHG28P0DPA3 FAM219A-202ENST00000379078 770 ntTSL 3 BASIC25.38■■□□□ 1.65
SNHG28P0DPA3 FAM219A-205ENST00000379084 893 ntTSL 5 BASIC25.38■■□□□ 1.65
SNHG28P0DPA3 AP2S1-203ENST00000593442 636 ntTSL 2 BASIC25.38■■□□□ 1.65
SNHG28P0DPA3 KCNIP1-201ENST00000328939 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
SNHG28P0DPA3 FAHD1-201ENST00000382666 1964 ntTSL 2 BASIC25.37■■□□□ 1.65
SNHG28P0DPA3 GRK4-206ENST00000504933 1971 ntTSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
SNHG28P0DPA3 TMEM61-201ENST00000371268 1097 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
SNHG28P0DPA3 MRPL14-201ENST00000372014 959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
SNHG28P0DPA3 MFF-208ENST00000409616 1247 ntTSL 5 BASIC25.37■■□□□ 1.65
SNHG28P0DPA3 AC093817.1-201ENST00000507296 812 ntTSL 3 BASIC25.37■■□□□ 1.65
SNHG28P0DPA3 PTGDR-202ENST00000553372 1216 ntTSL 3 BASIC25.37■■□□□ 1.65
SNHG28P0DPA3 PRELID2-201ENST00000334744 2140 ntTSL 2 BASIC25.37■■□□□ 1.65
SNHG28P0DPA3 FAM86JP-203ENST00000485843 2012 ntTSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
SNHG28P0DPA3 KCNQ4-204ENST00000509682 1926 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.37■■□□□ 1.65
SNHG28P0DPA3 SLC35F4-206ENST00000556826 1908 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.37■■□□□ 1.65
SNHG28P0DPA3 DVL1-201ENST00000378888 3239 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.37■■□□□ 1.65
SNHG28P0DPA3 ARHGEF7-206ENST00000375741 5525 ntTSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
SNHG28P0DPA3 TESC-201ENST00000335209 1041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
SNHG28P0DPA3 ASPDH-202ENST00000389208 1040 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.36■■□□□ 1.65
SNHG28P0DPA3 PRKCQ-AS1-202ENST00000445427 1133 ntTSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
SNHG28P0DPA3 BCAP29-209ENST00000465919 942 ntTSL 2 BASIC25.36■■□□□ 1.65
SNHG28P0DPA3 CTAG1A-201ENST00000593606 993 ntTSL 5 BASIC25.36■■□□□ 1.65
SNHG28P0DPA3 ANKRD20A6P-201ENST00000618763 204 ntBASIC25.36■■□□□ 1.65
SNHG28P0DPA3 ATAD3B-201ENST00000308647 2448 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
SNHG28P0DPA3 PFKFB3-201ENST00000317350 1999 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.36■■□□□ 1.65
SNHG28P0DPA3 STAP2-206ENST00000600324 1508 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC25.36■■□□□ 1.65
SNHG28P0DPA3 AL391650.1-201ENST00000448923 1468 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.35■■□□□ 1.65
SNHG28P0DPA3 BASP1-203ENST00000616743 1711 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.35■■□□□ 1.65
SNHG28P0DPA3 NPY4R-201ENST00000374312 1956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
SNHG28P0DPA3 NPY4R2-201ENST00000576178 1956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
SNHG28P0DPA3 NXT1-201ENST00000254998 1123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
SNHG28P0DPA3 MOSPD3-202ENST00000379527 1016 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.35■■□□□ 1.65
SNHG28P0DPA3 CDKN2AIPNL-201ENST00000395009 800 ntTSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
SNHG28P0DPA3 RILPL1-205ENST00000636882 2258 ntTSL 5 BASIC25.35■■□□□ 1.65
SNHG28P0DPA3 GALK1-201ENST00000225614 1445 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.35■■□□□ 1.65
SNHG28P0DPA3 CKMT1B-207ENST00000441322 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
SNHG28P0DPA3 PITX2-209ENST00000557119 1889 ntTSL 2 BASIC25.34■■□□□ 1.65
SNHG28P0DPA3 EPM2A-209ENST00000638262 2679 ntTSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
SNHG28P0DPA3 PCSK1N-201ENST00000218230 1050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
SNHG28P0DPA3 PYY-201ENST00000360085 1053 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
SNHG28P0DPA3 BHLHA9-201ENST00000391429 902 ntAPPRIS P1 BASIC25.34■■□□□ 1.65
SNHG28P0DPA3 NT5C3AP1-201ENST00000394500 1012 ntBASIC25.34■■□□□ 1.65
SNHG28P0DPA3 VGLL4-208ENST00000424529 1025 ntTSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
SNHG28P0DPA3 TPRG1LP1-201ENST00000598702 760 ntBASIC25.34■■□□□ 1.65
SNHG28P0DPA3 MRM1-203ENST00000612760 1284 ntTSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
SNHG28P0DPA3 CDCP1-202ENST00000425231 1416 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
SNHG28P0DPA3 PEX10-204ENST00000507596 1941 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.33■■□□□ 1.65
SNHG28P0DPA3 POLR2J2-202ENST00000358438 2065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
SNHG28P0DPA3 IQCJ-SCHIP1-201ENST00000412423 2067 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
SNHG28P0DPA3 MFSD14C-201ENST00000375223 619 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.33■■□□□ 1.65
SNHG28P0DPA3 ORMDL1-202ENST00000392349 1137 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
SNHG28P0DPA3 NUDT14-202ENST00000392568 845 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
SNHG28P0DPA3 PEX5-205ENST00000420616 2477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
SNHG28P0DPA3 TERF1P2-201ENST00000583350 1212 ntBASIC25.33■■□□□ 1.65
SNHG28P0DPA3 SLC12A5-217ENST00000626937 1224 ntTSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
SNHG28P0DPA3 UQCR11-203ENST00000591899 1324 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.64
SNHG28P0DPA3 PEX11G-203ENST00000593942 1345 ntTSL 5 BASIC25.33■■□□□ 1.64
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 32.5 ms