Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y6I4

USP3, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 3, humanhuman

Predictions only

Length 520 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP3Q9Y6I4 CERS4-205ENST00000558331 1803 ntTSL 5 BASIC23.12■■□□□ 1.29
USP3Q9Y6I4 CIC-201ENST00000160740 6111 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.11■■□□□ 1.29
USP3Q9Y6I4 STOML1-201ENST00000316900 2169 ntTSL 2 BASIC23.11■■□□□ 1.29
USP3Q9Y6I4 PLEKHJ1-206ENST00000587962 1311 ntTSL 2 BASIC23.11■■□□□ 1.29
USP3Q9Y6I4 CCDC154-201ENST00000389176 2212 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC23.11■■□□□ 1.29
USP3Q9Y6I4 HES3-201ENST00000377898 697 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.11■■□□□ 1.29
USP3Q9Y6I4 RASGEF1B-208ENST00000510780 539 ntTSL 3 BASIC23.11■■□□□ 1.29
USP3Q9Y6I4 RASGEF1B-209ENST00000512343 498 ntTSL 3 BASIC23.11■■□□□ 1.29
USP3Q9Y6I4 AP003419.1-201ENST00000535922 470 ntTSL 3 BASIC23.11■■□□□ 1.29
USP3Q9Y6I4 OSCAR-201ENST00000284648 2055 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
USP3Q9Y6I4 IMPA2-201ENST00000269159 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
USP3Q9Y6I4 CEBPD-201ENST00000408965 2178 ntAPPRIS P1 BASIC23.11■■□□□ 1.29
USP3Q9Y6I4 DMRT2-209ENST00000635183 2190 ntTSL 5 BASIC23.11■■□□□ 1.29
USP3Q9Y6I4 RCN2-201ENST00000320963 1750 ntTSL 5 BASIC23.11■■□□□ 1.29
USP3Q9Y6I4 FAM110A-206ENST00000541082 1614 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.11■■□□□ 1.29
USP3Q9Y6I4 SPOCK3-222ENST00000512681 1457 ntTSL 2 BASIC23.11■■□□□ 1.29
USP3Q9Y6I4 KLHL36-201ENST00000258157 1974 ntTSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
USP3Q9Y6I4 VGLL2-201ENST00000326274 2212 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
USP3Q9Y6I4 LEF1-AS1-207ENST00000512637 1675 ntTSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
USP3Q9Y6I4 HMGA2-205ENST00000425208 1444 ntTSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
USP3Q9Y6I4 CROT-202ENST00000412227 1213 ntTSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
USP3Q9Y6I4 RBM38-205ENST00000440234 686 ntTSL 2 BASIC23.1■■□□□ 1.29
USP3Q9Y6I4 GALNS-211ENST00000568311 703 ntTSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
USP3Q9Y6I4 FIZ1-205ENST00000592585 489 ntTSL 5 BASIC23.1■■□□□ 1.29
USP3Q9Y6I4 AC133561.1-201ENST00000568600 2415 ntBASIC23.1■■□□□ 1.29
USP3Q9Y6I4 AKT1-201ENST00000349310 2866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
USP3Q9Y6I4 HAS1-201ENST00000222115 2087 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
USP3Q9Y6I4 CCSER2-202ENST00000359979 2066 ntTSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
USP3Q9Y6I4 GUK1-205ENST00000366722 850 ntTSL 3 BASIC23.09■■□□□ 1.29
USP3Q9Y6I4 PRMT2-204ENST00000397628 954 ntTSL 2 BASIC23.09■■□□□ 1.29
USP3Q9Y6I4 IGHV3-19-201ENST00000521488 291 ntBASIC23.09■■□□□ 1.29
USP3Q9Y6I4 AICDA-202ENST00000537228 667 ntTSL 5 BASIC23.09■■□□□ 1.29
USP3Q9Y6I4 CASP9-203ENST00000375890 1351 ntTSL 2 BASIC23.09■■□□□ 1.29
USP3Q9Y6I4 FPGS-204ENST00000393706 2230 ntTSL 2 BASIC23.09■■□□□ 1.29
USP3Q9Y6I4 ZNF76-203ENST00000373953 2716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
USP3Q9Y6I4 TANGO2-201ENST00000327374 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
USP3Q9Y6I4 ACP1-201ENST00000272065 1549 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
USP3Q9Y6I4 EPCAM-202ENST00000405271 1530 ntTSL 5 BASIC23.08■■□□□ 1.29
USP3Q9Y6I4 DDN-AS1-202ENST00000547866 2114 ntTSL 3 BASIC23.08■■□□□ 1.29
USP3Q9Y6I4 LINGO3-201ENST00000585527 2241 ntAPPRIS P1 BASIC23.08■■□□□ 1.29
USP3Q9Y6I4 ZEB1-AS1-201ENST00000423714 456 ntTSL 3 BASIC23.08■■□□□ 1.29
USP3Q9Y6I4 SIRT3-215ENST00000532956 1235 ntTSL 2 BASIC23.08■■□□□ 1.29
USP3Q9Y6I4 ATP10A-207ENST00000619904 988 ntTSL 5 BASIC23.08■■□□□ 1.29
USP3Q9Y6I4 FNTA-208ENST00000529687 1950 ntTSL 2 BASIC23.08■■□□□ 1.29
USP3Q9Y6I4 UCHL5-201ENST00000367448 1534 ntTSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.28
USP3Q9Y6I4 KRTAP5-7-201ENST00000398536 1408 ntAPPRIS P1 BASIC23.08■■□□□ 1.28
USP3Q9Y6I4 CCDC115-202ENST00000409127 1247 ntTSL 2 BASIC23.07■■□□□ 1.28
USP3Q9Y6I4 AC008443.4-201ENST00000503314 456 ntTSL 4 BASIC23.07■■□□□ 1.28
USP3Q9Y6I4 AC068587.7-201ENST00000641602 218 ntBASIC23.07■■□□□ 1.28
USP3Q9Y6I4 GFRA3-202ENST00000378362 1837 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
USP3Q9Y6I4 ARPC5L-201ENST00000259477 1325 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
USP3Q9Y6I4 TSPY26P-201ENST00000476365 1326 ntBASIC23.07■■□□□ 1.28
USP3Q9Y6I4 CRTAC1-202ENST00000370591 2348 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.07■■□□□ 1.28
USP3Q9Y6I4 BFSP1-202ENST00000377873 2207 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
USP3Q9Y6I4 GCA-201ENST00000233612 1694 ntTSL 2 BASIC23.06■■□□□ 1.28
USP3Q9Y6I4 LYPLA1-201ENST00000316963 2585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
USP3Q9Y6I4 MAL2-204ENST00000614891 2818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
USP3Q9Y6I4 ABHD6-201ENST00000295962 2393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
USP3Q9Y6I4 TRAF4-205ENST00000444415 1456 ntTSL 5 BASIC23.06■■□□□ 1.28
USP3Q9Y6I4 ZNF668-205ENST00000426488 2282 ntTSL 5 BASIC23.06■■□□□ 1.28
USP3Q9Y6I4 POLR3GL-201ENST00000369313 818 ntTSL 2 BASIC23.06■■□□□ 1.28
USP3Q9Y6I4 SLC26A1-203ENST00000398520 1111 ntTSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
USP3Q9Y6I4 NGEF-203ENST00000409079 1022 ntTSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
USP3Q9Y6I4 LINC01574-201ENST00000512115 560 ntTSL 2 BASIC23.06■■□□□ 1.28
USP3Q9Y6I4 RHOF-204ENST00000537265 699 ntTSL 2 BASIC23.06■■□□□ 1.28
USP3Q9Y6I4 MCRIP1-205ENST00000572645 1038 ntTSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
USP3Q9Y6I4 GSX2-205ENST00000611459 1262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
USP3Q9Y6I4 MADCAM1-208ENST00000621286 1203 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.06■■□□□ 1.28
USP3Q9Y6I4 LHX2-201ENST00000373615 2554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
USP3Q9Y6I4 EI24-211ENST00000534546 1544 ntTSL 2 BASIC23.06■■□□□ 1.28
USP3Q9Y6I4 IGFBP1-201ENST00000275525 1653 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
USP3Q9Y6I4 AC012676.1-201ENST00000574705 1949 ntBASIC23.06■■□□□ 1.28
USP3Q9Y6I4 SLC2A8-203ENST00000373371 2172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
USP3Q9Y6I4 MIS18A-201ENST00000290130 1575 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
USP3Q9Y6I4 AC233992.2-201ENST00000531225 1596 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.06■■□□□ 1.28
USP3Q9Y6I4 HTATIP2-204ENST00000451739 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
USP3Q9Y6I4 PLEKHF1-204ENST00000592810 1357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
USP3Q9Y6I4 P2RX2-202ENST00000348800 1222 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
USP3Q9Y6I4 P2RX2-204ENST00000351222 1140 ntTSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
USP3Q9Y6I4 P2RX2-207ENST00000449132 1113 ntTSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
USP3Q9Y6I4 RBM4B-203ENST00000525754 2339 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.05■■□□□ 1.28
USP3Q9Y6I4 ARRDC1-AS1-201ENST00000371417 1409 ntTSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
USP3Q9Y6I4 STK32C-201ENST00000298630 2086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
USP3Q9Y6I4 HMGA2-203ENST00000393578 1993 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
USP3Q9Y6I4 SYT6-209ENST00000610222 1707 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.05■■□□□ 1.28
USP3Q9Y6I4 SLC39A14-202ENST00000289952 2137 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.05■■□□□ 1.28
USP3Q9Y6I4 POMZP3-202ENST00000310842 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
USP3Q9Y6I4 ZPBP2-201ENST00000348931 1543 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
USP3Q9Y6I4 TMEM44-211ENST00000473092 1508 ntTSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
USP3Q9Y6I4 IRS3P-201ENST00000223076 1006 ntBASIC23.04■■□□□ 1.28
USP3Q9Y6I4 CKLF-205ENST00000417030 628 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC23.04■■□□□ 1.28
USP3Q9Y6I4 SLC52A2-211ENST00000532887 2147 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.04■■□□□ 1.28
USP3Q9Y6I4 ARHGAP27-207ENST00000528273 2319 ntTSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
USP3Q9Y6I4 C7orf25-203ENST00000431882 1645 ntTSL 2 BASIC23.04■■□□□ 1.28
USP3Q9Y6I4 RNF4-207ENST00000506706 2098 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
USP3Q9Y6I4 NRG2-201ENST00000289409 2535 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.04■■□□□ 1.28
USP3Q9Y6I4 ST3GAL5-268ENST00000640982 2465 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.03■■□□□ 1.28
USP3Q9Y6I4 LBX2-202ENST00000377566 1186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
USP3Q9Y6I4 INS-202ENST00000381330 597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
USP3Q9Y6I4 LINC00472-204ENST00000436803 667 ntTSL 5 BASIC23.03■■□□□ 1.28
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 117.8 ms