Protein–RNA interactions for Protein: Q9UHB6

LIMA1, LIM domain and actin-binding protein 1, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 759 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMA1Q9UHB6 ANKRD19P-205ENST00000473204 2370 ntTSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
LIMA1Q9UHB6 MEF2A-207ENST00000558812 2186 ntTSL 2 BASIC24.08■■□□□ 1.45
LIMA1Q9UHB6 AC073111.5-204ENST00000498682 1167 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.08■■□□□ 1.45
LIMA1Q9UHB6 AC138207.2-201ENST00000583377 492 ntTSL 2 BASIC24.08■■□□□ 1.45
LIMA1Q9UHB6 MIR222HG-202ENST00000602507 1758 ntTSL 5 BASIC24.08■■□□□ 1.44
LIMA1Q9UHB6 CFP-202ENST00000377005 1435 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.44
LIMA1Q9UHB6 MTNR1B-201ENST00000257068 1565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.44
LIMA1Q9UHB6 JUNB-201ENST00000302754 1820 ntAPPRIS P1 BASIC24.07■■□□□ 1.44
LIMA1Q9UHB6 ST3GAL4-215ENST00000532243 1825 ntTSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
LIMA1Q9UHB6 AC092490.1-203ENST00000514568 1972 ntTSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
LIMA1Q9UHB6 MXRA8-203ENST00000445648 2001 ntTSL 2 BASIC24.07■■□□□ 1.44
LIMA1Q9UHB6 TRIM7-202ENST00000334421 1228 ntTSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
LIMA1Q9UHB6 RNF146-205ENST00000477776 762 ntTSL 3 BASIC24.07■■□□□ 1.44
LIMA1Q9UHB6 RNPEP-201ENST00000295640 2427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
LIMA1Q9UHB6 PSMD7-201ENST00000219313 1670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
LIMA1Q9UHB6 NPY4R-201ENST00000374312 1956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
LIMA1Q9UHB6 NPY4R2-201ENST00000576178 1956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
LIMA1Q9UHB6 AC004687.1-201ENST00000579003 1625 ntBASIC24.06■■□□□ 1.44
LIMA1Q9UHB6 PWWP2A-205ENST00000523662 1819 ntTSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
LIMA1Q9UHB6 C16orf58-209ENST00000567994 1845 ntTSL 5 BASIC24.06■■□□□ 1.44
LIMA1Q9UHB6 HMX3-201ENST00000357878 1173 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.06■■□□□ 1.44
LIMA1Q9UHB6 NAA30-202ENST00000554703 795 ntTSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
LIMA1Q9UHB6 NAA30-203ENST00000555166 1294 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.06■■□□□ 1.44
LIMA1Q9UHB6 CA15P2-201ENST00000611168 834 ntBASIC24.06■■□□□ 1.44
LIMA1Q9UHB6 GDF6-202ENST00000620978 973 ntTSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
LIMA1Q9UHB6 LAT-217ENST00000630764 610 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.06■■□□□ 1.44
LIMA1Q9UHB6 ALDH16A1-202ENST00000455361 2470 ntTSL 2 BASIC24.06■■□□□ 1.44
LIMA1Q9UHB6 IRF3-207ENST00000593922 1494 ntTSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
LIMA1Q9UHB6 FAM193A-211ENST00000637812 4885 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.06■■□□□ 1.44
LIMA1Q9UHB6 BTBD17-201ENST00000375366 1805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
LIMA1Q9UHB6 VGF-202ENST00000445482 2477 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.05■■□□□ 1.44
LIMA1Q9UHB6 ZSCAN18-217ENST00000601144 2190 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
LIMA1Q9UHB6 EPDR1-202ENST00000423717 638 ntTSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
LIMA1Q9UHB6 Z92544.1-202ENST00000571933 1220 ntBASIC24.05■■□□□ 1.44
LIMA1Q9UHB6 SIMC1-204ENST00000430704 1925 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.05■■□□□ 1.44
LIMA1Q9UHB6 LRRC61-205ENST00000493307 1456 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.05■■□□□ 1.44
LIMA1Q9UHB6 CCNG2-204ENST00000502280 1459 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.05■■□□□ 1.44
LIMA1Q9UHB6 C2orf72-201ENST00000373640 3657 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.05■■□□□ 1.44
LIMA1Q9UHB6 NANOS2-201ENST00000341294 1657 ntAPPRIS P1 BASIC24.05■■□□□ 1.44
LIMA1Q9UHB6 RUNDC3B-207ENST00000493037 2020 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
LIMA1Q9UHB6 SLC41A3-202ENST00000346785 1705 ntTSL 2 BASIC24.04■■□□□ 1.44
LIMA1Q9UHB6 TMEM9B-205ENST00000534025 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
LIMA1Q9UHB6 ACAD8-202ENST00000374752 1797 ntTSL 2 BASIC24.04■■□□□ 1.44
LIMA1Q9UHB6 PEX10-202ENST00000447513 1997 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
LIMA1Q9UHB6 HES6-204ENST00000409182 863 ntTSL 2 BASIC24.04■■□□□ 1.44
LIMA1Q9UHB6 CNTD2-202ENST00000430325 1817 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.04■■□□□ 1.44
LIMA1Q9UHB6 PHACTR3-202ENST00000359926 2252 ntTSL 2 BASIC24.04■■□□□ 1.44
LIMA1Q9UHB6 WDR86-207ENST00000621812 1542 ntTSL 5 BASIC24.04■■□□□ 1.44
LIMA1Q9UHB6 GTPBP6-201ENST00000326153 1907 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
LIMA1Q9UHB6 AC010542.4-201ENST00000563151 1910 ntBASIC24.04■■□□□ 1.44
LIMA1Q9UHB6 TMEM259-202ENST00000356663 2748 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
LIMA1Q9UHB6 ILDR2-204ENST00000525740 2242 ntTSL 5 BASIC24.03■■□□□ 1.44
LIMA1Q9UHB6 HSPBP1-206ENST00000587922 1449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
LIMA1Q9UHB6 MALT1-201ENST00000345724 2866 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
LIMA1Q9UHB6 USP21-202ENST00000368001 2095 ntTSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
LIMA1Q9UHB6 KPTN-201ENST00000338134 1691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
LIMA1Q9UHB6 MDK-203ENST00000395566 828 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
LIMA1Q9UHB6 MLF2-206ENST00000539187 1110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
LIMA1Q9UHB6 TMEM170A-202ENST00000561878 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
LIMA1Q9UHB6 SIRT7-201ENST00000328666 1743 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
LIMA1Q9UHB6 C17orf82-201ENST00000623772 1530 ntBASIC24.03■■□□□ 1.44
LIMA1Q9UHB6 TRH-201ENST00000302649 1978 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
LIMA1Q9UHB6 ATP8A1-207ENST00000510289 2238 ntTSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
LIMA1Q9UHB6 FADS6-204ENST00000614223 2044 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.03■■□□□ 1.44
LIMA1Q9UHB6 C11orf63-201ENST00000227349 3147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
LIMA1Q9UHB6 VPS9D1-AS1-202ENST00000562866 1753 ntTSL 2 BASIC24.02■■□□□ 1.44
LIMA1Q9UHB6 FUS-210ENST00000568685 1785 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.02■■□□□ 1.44
LIMA1Q9UHB6 PYCARD-201ENST00000247470 990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
LIMA1Q9UHB6 CD72-202ENST00000378430 585 ntTSL 3 BASIC24.02■■□□□ 1.44
LIMA1Q9UHB6 NKIRAS2-209ENST00000479407 992 ntTSL 3 BASIC24.02■■□□□ 1.44
LIMA1Q9UHB6 LCK-214ENST00000619559 2099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
LIMA1Q9UHB6 ILDR2-206ENST00000528703 2446 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.02■■□□□ 1.44
LIMA1Q9UHB6 FNDC11-204ENST00000615526 2954 ntAPPRIS P1 BASIC24.02■■□□□ 1.44
LIMA1Q9UHB6 GPR6-202ENST00000414000 1945 ntTSL 2 BASIC24.02■■□□□ 1.44
LIMA1Q9UHB6 AC009126.1-201ENST00000501338 2245 ntTSL 2 BASIC24.02■■□□□ 1.44
LIMA1Q9UHB6 TMEM9B-201ENST00000309134 1659 ntTSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
LIMA1Q9UHB6 CHST7-201ENST00000276055 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
LIMA1Q9UHB6 FAM107A-203ENST00000447756 1432 ntTSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
LIMA1Q9UHB6 AL137060.1-201ENST00000618151 2648 ntBASIC24.01■■□□□ 1.43
LIMA1Q9UHB6 PUF60-203ENST00000453551 1842 ntTSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
LIMA1Q9UHB6 FBXW11-203ENST00000393802 2181 ntTSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
LIMA1Q9UHB6 ZDHHC20-203ENST00000400590 1869 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.01■■□□□ 1.43
LIMA1Q9UHB6 USP48-205ENST00000421625 2818 ntTSL 2 BASIC24.01■■□□□ 1.43
LIMA1Q9UHB6 KRT125P-201ENST00000546827 989 ntBASIC24.01■■□□□ 1.43
LIMA1Q9UHB6 MTDHP2-201ENST00000601468 714 ntBASIC24.01■■□□□ 1.43
LIMA1Q9UHB6 IGFBP1-201ENST00000275525 1653 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
LIMA1Q9UHB6 AC090377.1-201ENST00000585691 1762 ntTSL 3 BASIC24.01■■□□□ 1.43
LIMA1Q9UHB6 MPPED1-203ENST00000443721 2507 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.01■■□□□ 1.43
LIMA1Q9UHB6 KIF12-202ENST00000468460 2162 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.01■■□□□ 1.43
LIMA1Q9UHB6 MRPS2-202ENST00000371785 1640 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24■■□□□ 1.43
LIMA1Q9UHB6 VGF-203ENST00000611537 1622 ntTSL 5 BASIC24■■□□□ 1.43
LIMA1Q9UHB6 GAS2L1-207ENST00000611648 2482 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24■■□□□ 1.43
LIMA1Q9UHB6 TMEM64-203ENST00000458549 4997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
LIMA1Q9UHB6 PAQR6-202ENST00000335852 2117 ntTSL 2 BASIC24■■□□□ 1.43
LIMA1Q9UHB6 MIR4787-201ENST00000607364 84 ntBASIC24■■□□□ 1.43
LIMA1Q9UHB6 EXOG-217ENST00000630638 197 ntTSL 5 BASIC24■■□□□ 1.43
LIMA1Q9UHB6 LAYN-209ENST00000533265 1703 ntTSL 5 BASIC24■■□□□ 1.43
LIMA1Q9UHB6 DRAM2-201ENST00000286692 2246 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
LIMA1Q9UHB6 PHLDB3-207ENST00000599242 2286 ntTSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
LIMA1Q9UHB6 SPN-202ENST00000395389 1935 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 87.9 ms