Protein–RNA interactions for Protein: Q9NRJ3

CCL28, C-C motif chemokine 28, humanhuman

Predictions only

Length 127 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCL28Q9NRJ3 RUNDC3B-207ENST00000493037 2020 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
CCL28Q9NRJ3 POLD2-207ENST00000452185 1659 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
CCL28Q9NRJ3 KIF12-202ENST00000468460 2162 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.16■□□□□ 0.5
CCL28Q9NRJ3 VSTM2L-201ENST00000373459 831 ntTSL 3 BASIC18.16■□□□□ 0.5
CCL28Q9NRJ3 PROSER2-202ENST00000379200 1232 ntAPPRIS ALT2 BASIC18.16■□□□□ 0.5
CCL28Q9NRJ3 FAM120C-203ENST00000477084 1140 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
CCL28Q9NRJ3 ST3GAL6-AS1-203ENST00000488132 769 ntTSL 3 BASIC18.16■□□□□ 0.5
CCL28Q9NRJ3 AL033527.3-201ENST00000566366 1196 ntBASIC18.16■□□□□ 0.5
CCL28Q9NRJ3 AC137630.3-201ENST00000607245 391 ntBASIC18.16■□□□□ 0.5
CCL28Q9NRJ3 CCDC85B-201ENST00000312579 1524 ntAPPRIS P1 BASIC18.16■□□□□ 0.5
CCL28Q9NRJ3 ADORA2A-AS1-203ENST00000427813 2027 ntTSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
CCL28Q9NRJ3 SLC25A27-202ENST00000411689 2526 ntTSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
CCL28Q9NRJ3 AC011498.4-201ENST00000586020 1803 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.16■□□□□ 0.5
CCL28Q9NRJ3 SRP68-201ENST00000307877 2649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
CCL28Q9NRJ3 LRRC34-201ENST00000446859 1718 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.15■□□□□ 0.5
CCL28Q9NRJ3 MSL1-204ENST00000578648 2267 ntTSL 5 BASIC18.15■□□□□ 0.5
CCL28Q9NRJ3 HOMEZ-201ENST00000357460 4971 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
CCL28Q9NRJ3 PLEKHO1-201ENST00000369124 2050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
CCL28Q9NRJ3 RBM38-203ENST00000356208 2382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
CCL28Q9NRJ3 YBX1P4-201ENST00000392794 808 ntBASIC18.15■□□□□ 0.5
CCL28Q9NRJ3 AC105935.1-201ENST00000424174 422 ntTSL 3 BASIC18.15■□□□□ 0.5
CCL28Q9NRJ3 EPM2A-202ENST00000435470 1278 ntTSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
CCL28Q9NRJ3 ELOC-207ENST00000522337 816 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.15■□□□□ 0.5
CCL28Q9NRJ3 AC133065.2-201ENST00000573379 2147 ntTSL 2 BASIC18.15■□□□□ 0.5
CCL28Q9NRJ3 MYL12B-203ENST00000581193 1249 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.15■□□□□ 0.5
CCL28Q9NRJ3 AC012354.3-201ENST00000623734 483 ntBASIC18.15■□□□□ 0.5
CCL28Q9NRJ3 AC093390.2-201ENST00000638628 1007 ntTSL 5 BASIC18.15■□□□□ 0.5
CCL28Q9NRJ3 ICAM5-201ENST00000221980 3000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
CCL28Q9NRJ3 AC005703.6-201ENST00000623265 1329 ntBASIC18.15■□□□□ 0.5
CCL28Q9NRJ3 SNUPN-207ENST00000567134 1641 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.15■□□□□ 0.5
CCL28Q9NRJ3 SCLY-201ENST00000254663 2562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
CCL28Q9NRJ3 PHACTR3-202ENST00000359926 2252 ntTSL 2 BASIC18.15■□□□□ 0.5
CCL28Q9NRJ3 FP325331.1-202ENST00000623531 1380 ntBASIC18.15■□□□□ 0.5
CCL28Q9NRJ3 MEGF6-202ENST00000356575 5455 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
CCL28Q9NRJ3 UPF3A-202ENST00000375299 2387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
CCL28Q9NRJ3 ZNF503-AS2-202ENST00000466942 1430 ntTSL 2 BASIC18.15■□□□□ 0.5
CCL28Q9NRJ3 MAGIX-207ENST00000615915 1757 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.14■□□□□ 0.5
CCL28Q9NRJ3 LGR4-202ENST00000389858 5163 ntTSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
CCL28Q9NRJ3 AC112229.4-201ENST00000488671 1528 ntTSL 2 BASIC18.14■□□□□ 0.49
CCL28Q9NRJ3 PTGER3-204ENST00000356595 1943 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
CCL28Q9NRJ3 PTGER3-207ENST00000370931 1914 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
CCL28Q9NRJ3 LTK-201ENST00000263800 3046 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
CCL28Q9NRJ3 AVPR2-201ENST00000337474 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
CCL28Q9NRJ3 ASB1-202ENST00000409297 878 ntTSL 5 BASIC18.14■□□□□ 0.49
CCL28Q9NRJ3 QDPR-208ENST00000513615 1188 ntTSL 2 BASIC18.14■□□□□ 0.49
CCL28Q9NRJ3 TK2-216ENST00000564917 1156 ntTSL 3 BASIC18.14■□□□□ 0.49
CCL28Q9NRJ3 SNAI3-AS1-203ENST00000565633 829 ntTSL 5 BASIC18.14■□□□□ 0.49
CCL28Q9NRJ3 DSG2-202ENST00000585206 1081 ntTSL 2 BASIC18.14■□□□□ 0.49
CCL28Q9NRJ3 KLHL26-202ENST00000595182 522 ntTSL 4 BASIC18.14■□□□□ 0.49
CCL28Q9NRJ3 AC018755.3-201ENST00000598755 664 ntTSL 2 BASIC18.14■□□□□ 0.49
CCL28Q9NRJ3 ILDR2-206ENST00000528703 2446 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.14■□□□□ 0.49
CCL28Q9NRJ3 MFSD7-203ENST00000404286 1826 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
CCL28Q9NRJ3 TOX2-201ENST00000341197 1880 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.14■□□□□ 0.49
CCL28Q9NRJ3 HOXC8-201ENST00000040584 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
CCL28Q9NRJ3 SH3RF3-201ENST00000309415 5803 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.13■□□□□ 0.49
CCL28Q9NRJ3 ILDR2-204ENST00000525740 2242 ntTSL 5 BASIC18.13■□□□□ 0.49
CCL28Q9NRJ3 CBWD1-203ENST00000377400 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
CCL28Q9NRJ3 IQCJ-SCHIP1-203ENST00000476809 1780 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.13■□□□□ 0.49
CCL28Q9NRJ3 CLTA-204ENST00000433436 1235 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
CCL28Q9NRJ3 CLTA-209ENST00000538225 1181 ntTSL 2 BASIC18.13■□□□□ 0.49
CCL28Q9NRJ3 CLTA-210ENST00000540080 989 ntTSL 2 BASIC18.13■□□□□ 0.49
CCL28Q9NRJ3 TMEM240-203ENST00000624426 796 ntTSL 3 BASIC18.13■□□□□ 0.49
CCL28Q9NRJ3 JUNB-201ENST00000302754 1820 ntAPPRIS P1 BASIC18.13■□□□□ 0.49
CCL28Q9NRJ3 DNAJB11-202ENST00000439351 2398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
CCL28Q9NRJ3 TARBP2-201ENST00000266987 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
CCL28Q9NRJ3 LINC01116-201ENST00000295549 1407 ntTSL 2 BASIC18.13■□□□□ 0.49
CCL28Q9NRJ3 PLPP7-202ENST00000372264 2095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
CCL28Q9NRJ3 CTU2-201ENST00000312060 1672 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.12■□□□□ 0.49
CCL28Q9NRJ3 NISCH-201ENST00000345716 5238 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
CCL28Q9NRJ3 LINC01960-201ENST00000563759 1884 ntBASIC18.12■□□□□ 0.49
CCL28Q9NRJ3 KREMEN2-203ENST00000571007 1877 ntTSL 2 BASIC18.12■□□□□ 0.49
CCL28Q9NRJ3 SUSD3-202ENST00000375472 1195 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
CCL28Q9NRJ3 KRTAP5-5-201ENST00000399676 933 ntAPPRIS P1 BASIC18.12■□□□□ 0.49
CCL28Q9NRJ3 CTDSP2-203ENST00000547701 988 ntTSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
CCL28Q9NRJ3 MIR663AHG-227ENST00000608084 765 ntTSL 5 BASIC18.12■□□□□ 0.49
CCL28Q9NRJ3 AL590094.1-201ENST00000635581 706 ntTSL 2 BASIC18.12■□□□□ 0.49
CCL28Q9NRJ3 DENND2D-202ENST00000369752 1894 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.12■□□□□ 0.49
CCL28Q9NRJ3 NFS1-204ENST00000397425 1956 ntTSL 5 BASIC18.11■□□□□ 0.49
CCL28Q9NRJ3 ANKRD19P-205ENST00000473204 2370 ntTSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
CCL28Q9NRJ3 BAZ1A-202ENST00000360310 6010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
CCL28Q9NRJ3 TTC7A-201ENST00000319190 5157 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.11■□□□□ 0.49
CCL28Q9NRJ3 TBC1D12-201ENST00000225235 5272 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
CCL28Q9NRJ3 BRSK2-212ENST00000531197 3163 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
CCL28Q9NRJ3 DENND4B-201ENST00000361217 5706 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
CCL28Q9NRJ3 RAB33A-201ENST00000257017 1258 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
CCL28Q9NRJ3 MIR6722-201ENST00000617286 78 ntBASIC18.11■□□□□ 0.49
CCL28Q9NRJ3 ARL6IP4-201ENST00000315580 1644 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
CCL28Q9NRJ3 CDK5-204ENST00000485972 1758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
CCL28Q9NRJ3 MXRA8-203ENST00000445648 2001 ntTSL 2 BASIC18.11■□□□□ 0.49
CCL28Q9NRJ3 LCK-214ENST00000619559 2099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
CCL28Q9NRJ3 DRAM2-201ENST00000286692 2246 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
CCL28Q9NRJ3 SLC35A3-210ENST00000638371 2298 ntTSL 5 BASIC18.11■□□□□ 0.49
CCL28Q9NRJ3 MESP1-201ENST00000300057 2369 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
CCL28Q9NRJ3 TBC1D22A-206ENST00000407381 1949 ntTSL 5 BASIC18.1■□□□□ 0.49
CCL28Q9NRJ3 SNRNP70-201ENST00000221448 1603 ntTSL 2 BASIC18.1■□□□□ 0.49
CCL28Q9NRJ3 RPP38-201ENST00000378197 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
CCL28Q9NRJ3 COMT-206ENST00000407537 1457 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.1■□□□□ 0.49
CCL28Q9NRJ3 AMZ2-219ENST00000612294 1498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
CCL28Q9NRJ3 FGF22-201ENST00000215530 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
CCL28Q9NRJ3 NPW-201ENST00000329610 498 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 46.4 ms