Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEM0

MCPH1, Microcephalin, humanhuman

Predictions only

Length 835 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
MCPH1Q8NEM0 AMZ2-202ENST00000359904 2402 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.3■■□□□ 1.48
MCPH1Q8NEM0 ARRDC1-AS1-201ENST00000371417 1409 ntTSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
MCPH1Q8NEM0 GBX2-201ENST00000306318 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
MCPH1Q8NEM0 NGEF-203ENST00000409079 1022 ntTSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
MCPH1Q8NEM0 ZEB1-AS1-201ENST00000423714 456 ntTSL 3 BASIC24.3■■□□□ 1.48
MCPH1Q8NEM0 AC087239.1-201ENST00000622671 572 ntBASIC24.3■■□□□ 1.48
MCPH1Q8NEM0 CEBPD-201ENST00000408965 2178 ntAPPRIS P1 BASIC24.3■■□□□ 1.48
MCPH1Q8NEM0 TGIF1-206ENST00000405385 1689 ntTSL 2 BASIC24.3■■□□□ 1.48
MCPH1Q8NEM0 FPGS-204ENST00000393706 2230 ntTSL 2 BASIC24.3■■□□□ 1.48
MCPH1Q8NEM0 SYT6-209ENST00000610222 1707 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.3■■□□□ 1.48
MCPH1Q8NEM0 MIS18A-201ENST00000290130 1575 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
MCPH1Q8NEM0 GFRA3-202ENST00000378362 1837 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
MCPH1Q8NEM0 CKLF-205ENST00000417030 628 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC24.29■■□□□ 1.48
MCPH1Q8NEM0 MCRIP1-205ENST00000572645 1038 ntTSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
MCPH1Q8NEM0 STX4-201ENST00000313843 1481 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
MCPH1Q8NEM0 GPIHBP1-201ENST00000622500 2282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
MCPH1Q8NEM0 PFKFB3-201ENST00000317350 1999 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.29■■□□□ 1.48
MCPH1Q8NEM0 CLDN5-203ENST00000413119 1760 ntTSL 2 BASIC24.29■■□□□ 1.48
MCPH1Q8NEM0 FAM86JP-203ENST00000485843 2012 ntTSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
MCPH1Q8NEM0 CTBP1-203ENST00000382952 2467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
MCPH1Q8NEM0 PITX2-209ENST00000557119 1889 ntTSL 2 BASIC24.28■■□□□ 1.48
MCPH1Q8NEM0 IRS3P-201ENST00000223076 1006 ntBASIC24.28■■□□□ 1.48
MCPH1Q8NEM0 P2RX2-202ENST00000348800 1222 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
MCPH1Q8NEM0 P2RX2-204ENST00000351222 1140 ntTSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
MCPH1Q8NEM0 SLC26A1-203ENST00000398520 1111 ntTSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
MCPH1Q8NEM0 P2RX2-207ENST00000449132 1113 ntTSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
MCPH1Q8NEM0 RHOF-204ENST00000537265 699 ntTSL 2 BASIC24.28■■□□□ 1.48
MCPH1Q8NEM0 TRAF4-217ENST00000618771 543 ntTSL 5 BASIC24.28■■□□□ 1.48
MCPH1Q8NEM0 AC090377.1-201ENST00000585691 1762 ntTSL 3 BASIC24.28■■□□□ 1.48
MCPH1Q8NEM0 MRPL37-202ENST00000360840 1483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
MCPH1Q8NEM0 ANO1-202ENST00000355303 4790 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
MCPH1Q8NEM0 FAM120B-204ENST00000625626 1794 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.27■■□□□ 1.48
MCPH1Q8NEM0 ARMC10-204ENST00000425331 2443 ntTSL 2 BASIC24.27■■□□□ 1.48
MCPH1Q8NEM0 KCNQ4-204ENST00000509682 1926 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.27■■□□□ 1.48
MCPH1Q8NEM0 VSX1-205ENST00000429762 1977 ntTSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
MCPH1Q8NEM0 SH3YL1-201ENST00000356150 1763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
MCPH1Q8NEM0 AC009506.1-201ENST00000418474 1494 ntTSL 2 BASIC24.26■■□□□ 1.47
MCPH1Q8NEM0 CNTD2-202ENST00000430325 1817 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.26■■□□□ 1.47
MCPH1Q8NEM0 LINC01960-201ENST00000563759 1884 ntBASIC24.26■■□□□ 1.47
MCPH1Q8NEM0 HSD11B1L-217ENST00000581521 1884 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.26■■□□□ 1.47
MCPH1Q8NEM0 IGSF21-201ENST00000251296 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
MCPH1Q8NEM0 ZDHHC16-203ENST00000353979 1647 ntTSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
MCPH1Q8NEM0 USP45-205ENST00000472914 1617 ntTSL 5 BASIC24.26■■□□□ 1.47
MCPH1Q8NEM0 AC010141.3-201ENST00000456659 717 ntBASIC24.26■■□□□ 1.47
MCPH1Q8NEM0 PRSS22-203ENST00000571228 1037 ntTSL 2 BASIC24.26■■□□□ 1.47
MCPH1Q8NEM0 HTATIP2-204ENST00000451739 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
MCPH1Q8NEM0 TRIM14-202ENST00000342043 1479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
MCPH1Q8NEM0 FJX1-201ENST00000317811 2450 ntAPPRIS P1 BASIC24.25■■□□□ 1.47
MCPH1Q8NEM0 DOHH-201ENST00000427575 2031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
MCPH1Q8NEM0 KDELR1-203ENST00000597017 1594 ntTSL 2 BASIC24.25■■□□□ 1.47
MCPH1Q8NEM0 KLC3-204ENST00000585434 1764 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
MCPH1Q8NEM0 POLR3GL-201ENST00000369313 818 ntTSL 2 BASIC24.25■■□□□ 1.47
MCPH1Q8NEM0 LBX2-202ENST00000377566 1186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
MCPH1Q8NEM0 INS-202ENST00000381330 597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
MCPH1Q8NEM0 LGR4-203ENST00000480977 492 ntTSL 2 BASIC24.25■■□□□ 1.47
MCPH1Q8NEM0 C11orf96-201ENST00000339446 1308 ntTSL 5 BASIC24.25■■□□□ 1.47
MCPH1Q8NEM0 TRAF4-205ENST00000444415 1456 ntTSL 5 BASIC24.25■■□□□ 1.47
MCPH1Q8NEM0 CCDC7-201ENST00000277657 1899 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
MCPH1Q8NEM0 HOXC8-201ENST00000040584 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
MCPH1Q8NEM0 KLHL36-201ENST00000258157 1974 ntTSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
MCPH1Q8NEM0 GRK4-206ENST00000504933 1971 ntTSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
MCPH1Q8NEM0 MIR572-201ENST00000384983 95 ntBASIC24.24■■□□□ 1.47
MCPH1Q8NEM0 HES6-202ENST00000409002 1286 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
MCPH1Q8NEM0 ZFYVE28-207ENST00000509171 1135 ntTSL 2 BASIC24.24■■□□□ 1.47
MCPH1Q8NEM0 AC010203.1-202ENST00000550096 695 ntTSL 3 BASIC24.24■■□□□ 1.47
MCPH1Q8NEM0 AC006538.2-201ENST00000586572 543 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC24.24■■□□□ 1.47
MCPH1Q8NEM0 CPLX1-201ENST00000304062 2181 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
MCPH1Q8NEM0 TGFBRAP1-202ENST00000393359 5979 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
MCPH1Q8NEM0 CASK-201ENST00000378154 2494 ntTSL 5 BASIC24.24■■□□□ 1.47
MCPH1Q8NEM0 PEX5-205ENST00000420616 2477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
MCPH1Q8NEM0 PEX10-204ENST00000507596 1941 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.23■■□□□ 1.47
MCPH1Q8NEM0 WDR86-208ENST00000628331 1905 ntTSL 5 BASIC24.23■■□□□ 1.47
MCPH1Q8NEM0 RNF4-207ENST00000506706 2098 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
MCPH1Q8NEM0 TSPY4-201ENST00000383008 1143 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.23■■□□□ 1.47
MCPH1Q8NEM0 MOSPD3-203ENST00000393950 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
MCPH1Q8NEM0 AC061979.1-201ENST00000532061 434 ntTSL 5 BASIC24.23■■□□□ 1.47
MCPH1Q8NEM0 EXOG-203ENST00000422077 1317 ntTSL 2 BASIC24.23■■□□□ 1.47
MCPH1Q8NEM0 POMZP3-202ENST00000310842 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
MCPH1Q8NEM0 ACSF2-203ENST00000502667 2098 ntTSL 2 BASIC24.23■■□□□ 1.47
MCPH1Q8NEM0 ABHD6-205ENST00000478253 2482 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.23■■□□□ 1.47
MCPH1Q8NEM0 LINC00454-202ENST00000430978 1327 ntTSL 5 BASIC24.22■■□□□ 1.47
MCPH1Q8NEM0 SETD9-211ENST00000628593 1306 ntTSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
MCPH1Q8NEM0 PHPT1-201ENST00000247665 890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
MCPH1Q8NEM0 POLR2F-203ENST00000407936 582 ntTSL 3 BASIC24.22■■□□□ 1.47
MCPH1Q8NEM0 LINC00472-204ENST00000436803 667 ntTSL 5 BASIC24.22■■□□□ 1.47
MCPH1Q8NEM0 POLR2F-207ENST00000460648 518 ntTSL 4 BASIC24.22■■□□□ 1.47
MCPH1Q8NEM0 KCTD8-201ENST00000360029 2587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
MCPH1Q8NEM0 CTDSPL-206ENST00000443503 4640 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
MCPH1Q8NEM0 PGF-206ENST00000555567 1927 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
MCPH1Q8NEM0 HOXA4-201ENST00000360046 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
MCPH1Q8NEM0 PTP4A3-204ENST00000521578 1717 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.21■■□□□ 1.47
MCPH1Q8NEM0 KREMEN2-204ENST00000572045 2339 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
MCPH1Q8NEM0 GLTPD2-201ENST00000331264 1023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
MCPH1Q8NEM0 LHPP-203ENST00000392757 840 ntTSL 3 BASIC24.21■■□□□ 1.47
MCPH1Q8NEM0 OTUB1-212ENST00000543988 1259 ntTSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
MCPH1Q8NEM0 RARA-203ENST00000394086 2008 ntTSL 2 BASIC24.21■■□□□ 1.47
MCPH1Q8NEM0 SRPK3-202ENST00000370101 1958 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
MCPH1Q8NEM0 ARMC10-208ENST00000441711 2524 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
MCPH1Q8NEM0 CRTAC1-202ENST00000370591 2348 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.21■■□□□ 1.47
MCPH1Q8NEM0 ZNF517-207ENST00000531720 1615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 31.3 ms