Protein–RNA interactions for Protein: Q15465

SHH, Sonic hedgehog protein, humanhuman

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Length 462 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SHHQ15465 SHF-207ENST00000560540 2062 ntTSL 5 BASIC23.96■■□□□ 1.43
SHHQ15465 NIPSNAP2-205ENST00000446778 1882 ntTSL 2 BASIC23.96■■□□□ 1.43
SHHQ15465 LINC01529-204ENST00000636474 1715 ntBASIC23.96■■□□□ 1.43
SHHQ15465 SPRED3-204ENST00000587013 1539 ntTSL 5 BASIC23.95■■□□□ 1.43
SHHQ15465 NOXA1-202ENST00000392815 1464 ntTSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
SHHQ15465 ABHD14A-204ENST00000491470 674 ntTSL 3 BASIC23.95■■□□□ 1.42
SHHQ15465 C7orf25-203ENST00000431882 1645 ntTSL 2 BASIC23.95■■□□□ 1.42
SHHQ15465 OAZ2-201ENST00000326005 1934 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.94■■□□□ 1.42
SHHQ15465 CADM4-201ENST00000222374 2178 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
SHHQ15465 TESC-201ENST00000335209 1041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
SHHQ15465 RAC1-202ENST00000356142 907 ntTSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
SHHQ15465 PARP1-202ENST00000366792 553 ntTSL 3 BASIC23.94■■□□□ 1.42
SHHQ15465 ZNF295-AS1-201ENST00000412906 952 ntTSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
SHHQ15465 AF201337.1-201ENST00000520239 748 ntBASIC23.94■■□□□ 1.42
SHHQ15465 CHTF8-210ENST00000523421 766 ntTSL 3 BASIC23.94■■□□□ 1.42
SHHQ15465 EDA-210ENST00000527388 927 ntTSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
SHHQ15465 ULK4P1-204ENST00000565949 721 ntTSL 4 BASIC23.94■■□□□ 1.42
SHHQ15465 C19orf25-213ENST00000592872 1287 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.94■■□□□ 1.42
SHHQ15465 RCC1L-201ENST00000610322 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
SHHQ15465 MPND-202ENST00000359935 1475 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.94■■□□□ 1.42
SHHQ15465 CEBPA-AS1-201ENST00000592982 2198 ntBASIC23.93■■□□□ 1.42
SHHQ15465 MEX3D-201ENST00000402693 2850 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
SHHQ15465 MAPK13-201ENST00000211287 2052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
SHHQ15465 MBNL3-202ENST00000370844 1643 ntTSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
SHHQ15465 WIPI2-202ENST00000382384 1948 ntTSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
SHHQ15465 SNRNP25-202ENST00000383018 1085 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
SHHQ15465 RARRES1-204ENST00000479756 839 ntTSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
SHHQ15465 NMRAL1-212ENST00000574425 1240 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.93■■□□□ 1.42
SHHQ15465 AC005786.3-201ENST00000589360 565 ntTSL 3 BASIC23.93■■□□□ 1.42
SHHQ15465 AC104187.1-201ENST00000607510 612 ntBASIC23.93■■□□□ 1.42
SHHQ15465 PSIP1-202ENST00000380716 1889 ntTSL 5 BASIC23.93■■□□□ 1.42
SHHQ15465 DCAF4-206ENST00000509153 1521 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.93■■□□□ 1.42
SHHQ15465 C6orf201-202ENST00000380175 1834 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
SHHQ15465 DNAJC21-201ENST00000342382 2309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
SHHQ15465 TRIOBP-203ENST00000403663 2324 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
SHHQ15465 LGALS7-201ENST00000378626 466 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
SHHQ15465 LYRM9-201ENST00000379102 501 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.92■■□□□ 1.42
SHHQ15465 LINC02531-201ENST00000404689 593 ntTSL 5 BASIC23.92■■□□□ 1.42
SHHQ15465 NAA60-204ENST00000421765 1045 ntTSL 2 BASIC23.92■■□□□ 1.42
SHHQ15465 LYRM9-206ENST00000508862 807 ntTSL 3 BASIC23.92■■□□□ 1.42
SHHQ15465 RNA5SP413-201ENST00000516373 109 ntBASIC23.92■■□□□ 1.42
SHHQ15465 C17orf107-202ENST00000521575 1275 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
SHHQ15465 AC105036.2-201ENST00000569468 176 ntBASIC23.92■■□□□ 1.42
SHHQ15465 C19orf84-201ENST00000570516 788 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
SHHQ15465 UBE2DNL-204ENST00000602536 740 ntBASIC23.92■■□□□ 1.42
SHHQ15465 IGFBP3-211ENST00000615754 792 ntTSL 5 BASIC23.92■■□□□ 1.42
SHHQ15465 AL365295.1-202ENST00000456100 562 ntTSL 4 BASIC23.91■■□□□ 1.42
SHHQ15465 ZNF346-203ENST00000503425 1191 ntTSL 2 BASIC23.91■■□□□ 1.42
SHHQ15465 MAGIX-202ENST00000595224 1238 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.91■■□□□ 1.42
SHHQ15465 PLEKHF1-204ENST00000592810 1357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
SHHQ15465 EPCAM-202ENST00000405271 1530 ntTSL 5 BASIC23.9■■□□□ 1.42
SHHQ15465 BAMBI-201ENST00000375533 1877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
SHHQ15465 AGAP1-202ENST00000336665 5427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
SHHQ15465 AC084116.4-201ENST00000524320 484 ntTSL 2 BASIC23.9■■□□□ 1.42
SHHQ15465 DEUP1-206ENST00000530273 410 ntTSL 3 BASIC23.9■■□□□ 1.42
SHHQ15465 PSME3-210ENST00000590720 998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
SHHQ15465 FEZF2-202ENST00000475839 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
SHHQ15465 AC012645.1-201ENST00000515455 1650 ntTSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.42
SHHQ15465 C12orf42-208ENST00000548883 1336 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.42
SHHQ15465 AC144652.1-201ENST00000609974 1624 ntBASIC23.89■■□□□ 1.42
SHHQ15465 MRPL12-201ENST00000333676 1028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.41
SHHQ15465 C16orf86-201ENST00000403458 1267 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.41
SHHQ15465 C19orf81-201ENST00000425202 765 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.89■■□□□ 1.41
SHHQ15465 RAPSN-205ENST00000529341 1408 ntTSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.41
SHHQ15465 OSCAR-211ENST00000617140 1547 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.89■■□□□ 1.41
SHHQ15465 EXOC3L4-201ENST00000380069 2293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.41
SHHQ15465 FRAT2-201ENST00000371019 2213 ntAPPRIS P1 BASIC23.88■■□□□ 1.41
SHHQ15465 WNT11-201ENST00000322563 1930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
SHHQ15465 COA6-202ENST00000366613 641 ntTSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
SHHQ15465 SFTPC-205ENST00000521315 1046 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
SHHQ15465 AC005697.1-201ENST00000582441 582 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC23.88■■□□□ 1.41
SHHQ15465 SYNGR3-201ENST00000248121 2051 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
SHHQ15465 SLC25A5-AS1-202ENST00000445759 1616 ntTSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
SHHQ15465 IHH-201ENST00000295731 2023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
SHHQ15465 LINC02043-201ENST00000419745 1832 ntTSL 2 BASIC23.87■■□□□ 1.41
SHHQ15465 TMEM202-AS1-202ENST00000565181 2325 ntBASIC23.87■■□□□ 1.41
SHHQ15465 C2orf82-203ENST00000409533 561 ntAPPRIS P2 TSL 4 BASIC23.87■■□□□ 1.41
SHHQ15465 AC098590.1-201ENST00000468126 897 ntBASIC23.87■■□□□ 1.41
SHHQ15465 AC133552.2-202ENST00000575694 574 ntBASIC23.87■■□□□ 1.41
SHHQ15465 CIRBP-214ENST00000587896 1081 ntTSL 2 BASIC23.87■■□□□ 1.41
SHHQ15465 AP006294.2-201ENST00000641667 209 ntBASIC23.87■■□□□ 1.41
SHHQ15465 MRPS7-203ENST00000579002 1638 ntTSL 2 BASIC23.87■■□□□ 1.41
SHHQ15465 PNLIPRP2-204ENST00000591655 1456 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.87■■□□□ 1.41
SHHQ15465 SNHG7-204ENST00000447221 2157 ntTSL 2 BASIC23.86■■□□□ 1.41
SHHQ15465 ANTXR2-202ENST00000346652 1343 ntTSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
SHHQ15465 ZFAND6-224ENST00000618205 1659 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.86■■□□□ 1.41
SHHQ15465 FZD2-201ENST00000315323 2112 ntAPPRIS P1 BASIC23.86■■□□□ 1.41
SHHQ15465 OSR2-210ENST00000523368 1519 ntTSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
SHHQ15465 CAVIN3-203ENST00000530979 957 ntTSL 2 BASIC23.86■■□□□ 1.41
SHHQ15465 BRI3-207ENST00000539286 699 ntTSL 2 BASIC23.86■■□□□ 1.41
SHHQ15465 MVB12A-212ENST00000543795 1154 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.86■■□□□ 1.41
SHHQ15465 BTBD17-201ENST00000375366 1805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
SHHQ15465 AC011498.4-201ENST00000586020 1803 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.85■■□□□ 1.41
SHHQ15465 ANO8-204ENST00000630631 1905 ntTSL 5 BASIC23.85■■□□□ 1.41
SHHQ15465 EFNA2-201ENST00000215368 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
SHHQ15465 COX5B-201ENST00000258424 712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
SHHQ15465 DUSP5P2-201ENST00000426873 1033 ntBASIC23.85■■□□□ 1.41
SHHQ15465 RHEB-204ENST00000472642 900 ntTSL 3 BASIC23.85■■□□□ 1.41
SHHQ15465 PTGER2-202ENST00000557436 643 ntTSL 3 BASIC23.85■■□□□ 1.41
SHHQ15465 TNNI3-207ENST00000588882 669 ntTSL 2 BASIC23.85■■□□□ 1.41
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