Protein–RNA interactions for Protein: P03956

MMP1, Interstitial collagenase, humanhuman

Predictions only

Length 469 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
MMP1P03956 IPO9-AS1-201ENST00000413035 839 ntTSL 3 BASIC25.34■■□□□ 1.65
MMP1P03956 TMEM235-205ENST00000586400 2272 ntTSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
MMP1P03956 DPF1-206ENST00000420980 2227 ntTSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
MMP1P03956 PNMA6A-201ENST00000421798 2209 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.33■■□□□ 1.65
MMP1P03956 ZPBP2-201ENST00000348931 1543 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
MMP1P03956 HNRNPM-202ENST00000348943 2568 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
MMP1P03956 MESP2-201ENST00000341735 1552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
MMP1P03956 STK19-202ENST00000375333 1557 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
MMP1P03956 PLPP5-209ENST00000529359 2185 ntTSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
MMP1P03956 ZNF584-205ENST00000596281 575 ntTSL 2 BASIC25.33■■□□□ 1.65
MMP1P03956 CDKN1C-202ENST00000414822 2051 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
MMP1P03956 GADD45GIP1-201ENST00000316939 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
MMP1P03956 MYCBPAP-202ENST00000419930 1640 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
MMP1P03956 SOX10-201ENST00000360880 2861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.64
MMP1P03956 SOX10-202ENST00000396884 2879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.64
MMP1P03956 NRL-203ENST00000397002 1976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.64
MMP1P03956 DPH1-203ENST00000570477 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.32■■□□□ 1.64
MMP1P03956 NKX2-4-201ENST00000351817 2238 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.32■■□□□ 1.64
MMP1P03956 KLC3-204ENST00000585434 1764 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
MMP1P03956 YTHDF1-201ENST00000370334 747 ntTSL 3 BASIC25.32■■□□□ 1.64
MMP1P03956 KDELR3-202ENST00000409006 931 ntTSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
MMP1P03956 AL121749.1-201ENST00000635993 1768 ntTSL 5 BASIC25.31■■□□□ 1.64
MMP1P03956 CNTD2-202ENST00000430325 1817 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC25.31■■□□□ 1.64
MMP1P03956 DCTPP1-201ENST00000319285 1222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
MMP1P03956 CARD19-201ENST00000375464 855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
MMP1P03956 VAMP2-204ENST00000488857 874 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC25.31■■□□□ 1.64
MMP1P03956 UQCR11-202ENST00000589880 504 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.31■■□□□ 1.64
MMP1P03956 KRTAP5-4-202ENST00000616115 660 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.31■■□□□ 1.64
MMP1P03956 RNF39-201ENST00000244360 2206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
MMP1P03956 RHCE-204ENST00000349320 1810 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.3■■□□□ 1.64
MMP1P03956 BIN1-209ENST00000393040 2293 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
MMP1P03956 HOXC8-201ENST00000040584 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
MMP1P03956 IGFBP1-201ENST00000275525 1653 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
MMP1P03956 C2orf82-201ENST00000331342 465 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
MMP1P03956 PDS5A-202ENST00000503396 2685 ntTSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
MMP1P03956 EPCAM-202ENST00000405271 1530 ntTSL 5 BASIC25.3■■□□□ 1.64
MMP1P03956 C8orf82-202ENST00000524821 2476 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
MMP1P03956 CELF5-201ENST00000292672 1854 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
MMP1P03956 TIMM50-201ENST00000314349 1612 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
MMP1P03956 OAZ2-201ENST00000326005 1934 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.29■■□□□ 1.64
MMP1P03956 FAHD1-201ENST00000382666 1964 ntTSL 2 BASIC25.29■■□□□ 1.64
MMP1P03956 ASRGL1-202ENST00000415229 2270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
MMP1P03956 SERBP1P1-201ENST00000396021 1160 ntBASIC25.29■■□□□ 1.64
MMP1P03956 KRTAP5-4-201ENST00000399682 1181 ntAPPRIS P5 BASIC25.29■■□□□ 1.64
MMP1P03956 PTCHD3P2-201ENST00000424937 1205 ntBASIC25.29■■□□□ 1.64
MMP1P03956 HIST1H2AL-201ENST00000613174 393 ntAPPRIS P1 BASIC25.29■■□□□ 1.64
MMP1P03956 TARBP2-201ENST00000266987 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
MMP1P03956 ZNF444-201ENST00000337080 2042 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
MMP1P03956 CBR3-201ENST00000290354 1169 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
MMP1P03956 FOXB2-201ENST00000376708 1299 ntAPPRIS P1 BASIC25.28■■□□□ 1.64
MMP1P03956 PRICKLE4-201ENST00000394259 939 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.28■■□□□ 1.64
MMP1P03956 MYL5-208ENST00000511290 781 ntTSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
MMP1P03956 CAPNS1-205ENST00000588780 1035 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.28■■□□□ 1.64
MMP1P03956 CCDC166-201ENST00000542437 1320 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.28■■□□□ 1.64
MMP1P03956 PLEKHJ1-206ENST00000587962 1311 ntTSL 2 BASIC25.28■■□□□ 1.64
MMP1P03956 DGAT2-201ENST00000228027 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
MMP1P03956 LRRC34-201ENST00000446859 1718 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.28■■□□□ 1.64
MMP1P03956 HAUS7-202ENST00000370211 1363 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
MMP1P03956 AC090377.1-201ENST00000585691 1762 ntTSL 3 BASIC25.28■■□□□ 1.64
MMP1P03956 DPH7-201ENST00000277540 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
MMP1P03956 NIPA2-205ENST00000539711 1412 ntTSL 2 BASIC25.28■■□□□ 1.64
MMP1P03956 ST7L-201ENST00000343210 1866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
MMP1P03956 AL391650.1-201ENST00000448923 1468 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.28■■□□□ 1.64
MMP1P03956 DISC1-223ENST00000628350 2363 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
MMP1P03956 NPY4R-201ENST00000374312 1956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
MMP1P03956 NPY4R2-201ENST00000576178 1956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
MMP1P03956 SIMC1-202ENST00000341199 2056 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC25.27■■□□□ 1.64
MMP1P03956 ECEL1P1-201ENST00000373592 1742 ntBASIC25.27■■□□□ 1.64
MMP1P03956 GUK1-205ENST00000366722 850 ntTSL 3 BASIC25.27■■□□□ 1.64
MMP1P03956 LINC01632-201ENST00000615763 496 ntTSL 3 BASIC25.27■■□□□ 1.64
MMP1P03956 AP004608.1-202ENST00000533390 1863 ntTSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
MMP1P03956 ABHD16B-201ENST00000369916 1491 ntAPPRIS P1 BASIC25.27■■□□□ 1.64
MMP1P03956 SYT6-210ENST00000641643 1587 ntBASIC25.27■■□□□ 1.64
MMP1P03956 TSSK1B-201ENST00000390666 2478 ntAPPRIS P1 BASIC25.26■■□□□ 1.63
MMP1P03956 AC242852.2-201ENST00000615738 1807 ntBASIC25.26■■□□□ 1.63
MMP1P03956 TPM4-201ENST00000300933 2666 ntTSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
MMP1P03956 AC080038.3-201ENST00000623346 1952 ntBASIC25.26■■□□□ 1.63
MMP1P03956 YJEFN3-201ENST00000436027 878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
MMP1P03956 FAM66C-205ENST00000456135 1216 ntTSL 5 BASIC25.26■■□□□ 1.63
MMP1P03956 DUX4L19-201ENST00000557448 1267 ntBASIC25.26■■□□□ 1.63
MMP1P03956 PYGO2-201ENST00000368456 1306 ntTSL 2 BASIC25.26■■□□□ 1.63
MMP1P03956 EP400NL-214ENST00000641289 2402 ntBASIC25.26■■□□□ 1.63
MMP1P03956 EEF1D-201ENST00000317198 1458 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.26■■□□□ 1.63
MMP1P03956 WISP2-203ENST00000372868 1600 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.26■■□□□ 1.63
MMP1P03956 ST7L-221ENST00000490067 1780 ntTSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
MMP1P03956 IER2-201ENST00000292433 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
MMP1P03956 ADAD2-201ENST00000268624 2283 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC25.25■■□□□ 1.63
MMP1P03956 EBPL-204ENST00000378272 766 ntTSL 3 BASIC25.25■■□□□ 1.63
MMP1P03956 HES6-206ENST00000409574 738 ntTSL 2 BASIC25.25■■□□□ 1.63
MMP1P03956 MYD88-205ENST00000424893 1279 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
MMP1P03956 AL138724.1-201ENST00000606771 1088 ntBASIC25.25■■□□□ 1.63
MMP1P03956 AC096887.1-203ENST00000607203 768 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.25■■□□□ 1.63
MMP1P03956 AC091982.4-201ENST00000623943 726 ntTSL 2 BASIC25.25■■□□□ 1.63
MMP1P03956 SNUPN-201ENST00000308588 1513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
MMP1P03956 HEXB-201ENST00000261416 1901 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
MMP1P03956 AC079834.2-201ENST00000609776 1949 ntBASIC25.25■■□□□ 1.63
MMP1P03956 LSR-203ENST00000360798 1963 ntTSL 2 BASIC25.25■■□□□ 1.63
MMP1P03956 UHRF1BP1L-202ENST00000356828 2023 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
MMP1P03956 PLEKHO1-201ENST00000369124 2050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
MMP1P03956 NBL1-202ENST00000375136 2172 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 20.3 ms