Protein–RNA interactions for Protein: P28356

HOXD9, Homeobox protein Hox-D9, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 352 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD9P28356 DUSP8P3-201ENST00000399571 1760 ntBASIC22.71■■□□□ 1.23
HOXD9P28356 DNAAF3-203ENST00000524407 2059 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
HOXD9P28356 PCYT2-201ENST00000331285 2147 ntTSL 2 BASIC22.71■■□□□ 1.23
HOXD9P28356 PPM1N-207ENST00000451287 1293 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.71■■□□□ 1.23
HOXD9P28356 MCRIP1-205ENST00000572645 1038 ntTSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
HOXD9P28356 CTBP1-203ENST00000382952 2467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
HOXD9P28356 EGR3-203ENST00000519492 1500 ntTSL 5 BASIC22.71■■□□□ 1.23
HOXD9P28356 FAM110A-206ENST00000541082 1614 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.71■■□□□ 1.23
HOXD9P28356 VPS53-211ENST00000571805 2356 ntTSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
HOXD9P28356 FBXO45-201ENST00000311630 5899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
HOXD9P28356 ARMC10-208ENST00000441711 2524 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
HOXD9P28356 GLTPD2-201ENST00000331264 1023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
HOXD9P28356 AC010203.1-202ENST00000550096 695 ntTSL 3 BASIC22.7■■□□□ 1.22
HOXD9P28356 CFP-202ENST00000377005 1435 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
HOXD9P28356 KRTAP5-7-201ENST00000398536 1408 ntAPPRIS P1 BASIC22.7■■□□□ 1.22
HOXD9P28356 PHF10-202ENST00000366780 1589 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.7■■□□□ 1.22
HOXD9P28356 USP36-218ENST00000590546 1771 ntTSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
HOXD9P28356 EID2B-201ENST00000326282 1865 ntAPPRIS P1 BASIC22.7■■□□□ 1.22
HOXD9P28356 OAZ2-201ENST00000326005 1934 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.7■■□□□ 1.22
HOXD9P28356 RBPMS2-201ENST00000300069 2008 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
HOXD9P28356 FJX1-201ENST00000317811 2450 ntAPPRIS P1 BASIC22.69■■□□□ 1.22
HOXD9P28356 IGF2-AS-201ENST00000381361 2063 ntTSL 2 BASIC22.69■■□□□ 1.22
HOXD9P28356 CCDC151-203ENST00000591179 1943 ntTSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
HOXD9P28356 C3orf58-207ENST00000495414 1876 ntTSL 2 BASIC22.69■■□□□ 1.22
HOXD9P28356 C11orf96-201ENST00000339446 1308 ntTSL 5 BASIC22.69■■□□□ 1.22
HOXD9P28356 CEP104-201ENST00000378223 1121 ntTSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
HOXD9P28356 CCDC115-202ENST00000409127 1247 ntTSL 2 BASIC22.69■■□□□ 1.22
HOXD9P28356 GALNS-211ENST00000568311 703 ntTSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
HOXD9P28356 MIR6821-201ENST00000617625 74 ntBASIC22.69■■□□□ 1.22
HOXD9P28356 SIAH2-201ENST00000312960 2517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
HOXD9P28356 GBX2-201ENST00000306318 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
HOXD9P28356 CORO1A-201ENST00000219150 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
HOXD9P28356 IKZF1-207ENST00000413698 1808 ntTSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
HOXD9P28356 CTU2-201ENST00000312060 1672 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
HOXD9P28356 FAM167A-204ENST00000528897 1620 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
HOXD9P28356 HMGA2-205ENST00000425208 1444 ntTSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
HOXD9P28356 ALKAL2-204ENST00000403610 1389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
HOXD9P28356 D2HGDH-203ENST00000403782 2208 ntTSL 2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
HOXD9P28356 PRMT2-204ENST00000397628 954 ntTSL 2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
HOXD9P28356 AC097381.1-201ENST00000429019 1296 ntBASIC22.68■■□□□ 1.22
HOXD9P28356 AP005435.1-201ENST00000529293 1178 ntBASIC22.68■■□□□ 1.22
HOXD9P28356 AC010999.2-201ENST00000621974 596 ntTSL 2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
HOXD9P28356 NFE2L3P1-201ENST00000588207 1959 ntBASIC22.68■■□□□ 1.22
HOXD9P28356 SPAG7-205ENST00000573366 1668 ntTSL 3 BASIC22.68■■□□□ 1.22
HOXD9P28356 KCNS1-202ENST00000537075 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
HOXD9P28356 NABP2-202ENST00000341463 1411 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.67■■□□□ 1.22
HOXD9P28356 NKIRAS2-206ENST00000393885 1909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
HOXD9P28356 PCDH1-204ENST00000503492 2373 ntTSL 5 BASIC22.67■■□□□ 1.22
HOXD9P28356 MVD-201ENST00000301012 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
HOXD9P28356 DLL3-201ENST00000205143 2332 ntTSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
HOXD9P28356 AES-207ENST00000586839 942 ntTSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
HOXD9P28356 SRPK3-203ENST00000370104 1753 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
HOXD9P28356 C1orf122-202ENST00000373043 2229 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
HOXD9P28356 LEF1-AS1-207ENST00000512637 1675 ntTSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
HOXD9P28356 MRPS2-202ENST00000371785 1640 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.67■■□□□ 1.22
HOXD9P28356 AC096677.1-201ENST00000454651 1516 ntTSL 2 BASIC22.67■■□□□ 1.22
HOXD9P28356 PRSS29P-202ENST00000568091 1864 ntTSL 5 BASIC22.66■■□□□ 1.22
HOXD9P28356 SPINT2-201ENST00000301244 1802 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
HOXD9P28356 FAM136A-201ENST00000037869 1810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
HOXD9P28356 EXOG-203ENST00000422077 1317 ntTSL 2 BASIC22.66■■□□□ 1.22
HOXD9P28356 LINC00454-202ENST00000430978 1327 ntTSL 5 BASIC22.66■■□□□ 1.22
HOXD9P28356 ATP5C1-202ENST00000356708 1163 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
HOXD9P28356 MIR572-201ENST00000384983 95 ntBASIC22.66■■□□□ 1.22
HOXD9P28356 NDUFAF8-201ENST00000431388 615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
HOXD9P28356 ORAI3-202ENST00000562699 628 ntTSL 2 BASIC22.66■■□□□ 1.22
HOXD9P28356 AIPL1-206ENST00000571740 1202 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
HOXD9P28356 UCHL5-201ENST00000367448 1534 ntTSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
HOXD9P28356 NFKBID-201ENST00000396901 1834 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
HOXD9P28356 NFKBID-211ENST00000641389 1834 ntAPPRIS ALT2 BASIC22.66■■□□□ 1.22
HOXD9P28356 IRX5-201ENST00000320990 2061 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
HOXD9P28356 AMZ2-202ENST00000359904 2402 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.65■■□□□ 1.22
HOXD9P28356 METTL23-201ENST00000341249 1155 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
HOXD9P28356 PRDX4-202ENST00000379341 1005 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
HOXD9P28356 ZFYVE28-207ENST00000509171 1135 ntTSL 2 BASIC22.65■■□□□ 1.22
HOXD9P28356 FAM222B-208ENST00000581381 556 ntTSL 4 BASIC22.65■■□□□ 1.22
HOXD9P28356 AC011446.1-201ENST00000591825 458 ntTSL 2 BASIC22.65■■□□□ 1.22
HOXD9P28356 AL138963.3-201ENST00000610057 588 ntTSL 4 BASIC22.65■■□□□ 1.22
HOXD9P28356 CASK-201ENST00000378154 2494 ntTSL 5 BASIC22.65■■□□□ 1.22
HOXD9P28356 ABHD6-205ENST00000478253 2482 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.65■■□□□ 1.22
HOXD9P28356 MAP2K5-204ENST00000395476 1689 ntTSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
HOXD9P28356 KDELR1-203ENST00000597017 1594 ntTSL 2 BASIC22.64■■□□□ 1.22
HOXD9P28356 ASPSCR1-208ENST00000580534 1776 ntTSL 2 BASIC22.64■■□□□ 1.22
HOXD9P28356 IMPA2-201ENST00000269159 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
HOXD9P28356 RPL8-201ENST00000262584 1041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
HOXD9P28356 HSD17B14-201ENST00000263278 1238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
HOXD9P28356 LINC01167-201ENST00000423232 604 ntTSL 3 BASIC22.64■■□□□ 1.21
HOXD9P28356 SSPN-204ENST00000535504 419 ntTSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
HOXD9P28356 TUNAR-203ENST00000554321 767 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC22.64■■□□□ 1.21
HOXD9P28356 AC005775.1-201ENST00000592413 850 ntTSL 5 BASIC22.64■■□□□ 1.21
HOXD9P28356 SP2-202ENST00000613139 908 ntTSL 5 BASIC22.64■■□□□ 1.21
HOXD9P28356 ST3GAL4-202ENST00000356132 1745 ntTSL 5 BASIC22.64■■□□□ 1.21
HOXD9P28356 IL15RA-204ENST00000379977 1626 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
HOXD9P28356 ANKRD53-204ENST00000457410 1671 ntTSL 5 BASIC22.63■■□□□ 1.21
HOXD9P28356 MRPL37-202ENST00000360840 1483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
HOXD9P28356 AK1-201ENST00000223836 736 ntTSL 3 BASIC22.63■■□□□ 1.21
HOXD9P28356 INS-202ENST00000381330 597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
HOXD9P28356 CKLF-205ENST00000417030 628 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC22.63■■□□□ 1.21
HOXD9P28356 OTUB1-212ENST00000543988 1259 ntTSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
HOXD9P28356 ACYP1-205ENST00000555463 789 ntTSL 2 BASIC22.63■■□□□ 1.21
HOXD9P28356 AC087623.3-201ENST00000607047 1098 ntBASIC22.63■■□□□ 1.21
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29.3 ms