Protein–RNA interactions for Protein: P08670

VIM, Vimentin, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 466 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VIMP08670 EPDR1-201ENST00000199448 2599 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
VIMP08670 AC026202.3-201ENST00000600805 1127 ntBASIC22.13■■□□□ 1.13
VIMP08670 FGFR2-224ENST00000613048 4369 ntTSL 5 BASIC22.13■■□□□ 1.13
VIMP08670 PDIA2-201ENST00000219406 1698 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
VIMP08670 GPR162-201ENST00000311268 2768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
VIMP08670 ARHGEF4-202ENST00000355771 1872 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
VIMP08670 CLEC11A-201ENST00000250340 1419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
VIMP08670 RASSF5-202ENST00000579436 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
VIMP08670 SNX27-204ENST00000458013 6403 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.13■■□□□ 1.13
VIMP08670 ECE2-203ENST00000359140 3147 ntTSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
VIMP08670 DPH7-201ENST00000277540 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
VIMP08670 CFAP97-205ENST00000514798 2895 ntTSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
VIMP08670 AP000662.2-202ENST00000530595 2790 ntTSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
VIMP08670 NUDT10-201ENST00000356450 1917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
VIMP08670 CERS5-201ENST00000317551 2051 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
VIMP08670 BANF1-208ENST00000533166 1135 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
VIMP08670 SSSCA1-AS1-201ENST00000567594 614 ntBASIC22.12■■□□□ 1.13
VIMP08670 DAZAP2-201ENST00000412716 2598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
VIMP08670 ACHE-203ENST00000411582 2179 ntTSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
VIMP08670 MAPT-203ENST00000340799 5724 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
VIMP08670 CDK5R2-201ENST00000302625 2508 ntAPPRIS P1 BASIC22.12■■□□□ 1.13
VIMP08670 SEC61A2-205ENST00000379033 2462 ntTSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
VIMP08670 DEXI-202ENST00000469379 1393 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
VIMP08670 PDXK-205ENST00000398081 2251 ntTSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
VIMP08670 RBM34-201ENST00000408888 2054 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
VIMP08670 SPRED3-204ENST00000587013 1539 ntTSL 5 BASIC22.11■■□□□ 1.13
VIMP08670 DCK-201ENST00000286648 2716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
VIMP08670 KLHDC1-201ENST00000359332 2691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
VIMP08670 NMI-201ENST00000243346 1623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
VIMP08670 RIPPLY2-202ENST00000369689 664 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
VIMP08670 FLVCR1-AS1-203ENST00000426161 892 ntTSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
VIMP08670 C16orf95-205ENST00000567970 1031 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.11■■□□□ 1.13
VIMP08670 RHOBTB3-206ENST00000506817 1432 ntTSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
VIMP08670 EFHD2-201ENST00000375980 2419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
VIMP08670 PBX4-201ENST00000251203 1724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
VIMP08670 FGF2-201ENST00000264498 6775 ntTSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
VIMP08670 ST8SIA2-201ENST00000268164 5708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
VIMP08670 NR5A1-202ENST00000373588 3104 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
VIMP08670 FAM19A4-201ENST00000295569 2292 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
VIMP08670 EPHA6-202ENST00000470610 2058 ntTSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
VIMP08670 LRRC14-201ENST00000292524 5328 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
VIMP08670 S1PR5-202ENST00000439028 2191 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
VIMP08670 E4F1-204ENST00000564139 2493 ntTSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
VIMP08670 AC007029.1-201ENST00000604183 313 ntBASIC22.1■■□□□ 1.13
VIMP08670 PNMA2-204ENST00000522362 4965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
VIMP08670 SPTBN4-203ENST00000392023 2419 ntTSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
VIMP08670 MED25-211ENST00000617849 1548 ntTSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
VIMP08670 AGMAT-201ENST00000375826 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
VIMP08670 RHOBTB3-201ENST00000379982 5537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
VIMP08670 SOX21-201ENST00000376945 2778 ntAPPRIS P1 BASIC22.1■■□□□ 1.13
VIMP08670 ST3GAL4-202ENST00000356132 1745 ntTSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
VIMP08670 STRADB-201ENST00000194530 2293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
VIMP08670 ZFYVE19-201ENST00000299173 1555 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
VIMP08670 LOR-201ENST00000368742 1230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
VIMP08670 MCAT-201ENST00000290429 2056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
VIMP08670 ATP6AP1-201ENST00000369762 2099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
VIMP08670 AOC1-202ENST00000416793 2453 ntTSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
VIMP08670 ZNF668-209ENST00000539836 2469 ntTSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
VIMP08670 HOMER3-201ENST00000221222 1384 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
VIMP08670 ARRB2-201ENST00000269260 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
VIMP08670 POTED-202ENST00000620442 1988 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
VIMP08670 FBXO25-202ENST00000350302 2229 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
VIMP08670 AC010542.4-201ENST00000563151 1910 ntBASIC22.08■■□□□ 1.13
VIMP08670 MPZL1-201ENST00000359523 5010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
VIMP08670 RALGPS1-207ENST00000394022 1672 ntTSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.13
VIMP08670 NES-201ENST00000368223 5558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
VIMP08670 FAM72B-202ENST00000369390 2396 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
VIMP08670 ARL6IP4-208ENST00000439686 796 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC22.08■■□□□ 1.13
VIMP08670 GFER-205ENST00000569451 517 ntTSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.13
VIMP08670 SHOX2-203ENST00000441443 3038 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.12
VIMP08670 DOK3-201ENST00000312943 2292 ntTSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
VIMP08670 NSUN2-206ENST00000506139 2619 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.12
VIMP08670 AL353803.4-201ENST00000565882 1934 ntBASIC22.08■■□□□ 1.12
VIMP08670 PSMD7-201ENST00000219313 1670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
VIMP08670 TMEM9B-201ENST00000309134 1659 ntTSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
VIMP08670 FBXO7-206ENST00000452138 1535 ntTSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
VIMP08670 KCTD13-207ENST00000568000 2528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
VIMP08670 C1QL4-201ENST00000334221 2071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
VIMP08670 C7orf25-203ENST00000431882 1645 ntTSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
VIMP08670 AC087742.1-201ENST00000575880 1738 ntBASIC22.07■■□□□ 1.12
VIMP08670 OPRD1-202ENST00000621425 1217 ntTSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
VIMP08670 FGF2-202ENST00000608478 3880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
VIMP08670 CLK3-202ENST00000395066 2621 ntTSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
VIMP08670 PICK1-202ENST00000404072 2164 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
VIMP08670 IRF3-227ENST00000600911 1637 ntTSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
VIMP08670 LINC00092-201ENST00000412122 1726 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
VIMP08670 BX088645.1-201ENST00000636699 1728 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
VIMP08670 SHANK1-203ENST00000391813 4785 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
VIMP08670 NTHL1-201ENST00000219066 1067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
VIMP08670 AC016575.1-201ENST00000607026 382 ntBASIC22.06■■□□□ 1.12
VIMP08670 NOS3-204ENST00000467517 2377 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
VIMP08670 GSPT1-203ENST00000439887 2509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
VIMP08670 C16orf58-209ENST00000567994 1845 ntTSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
VIMP08670 DALRD3-206ENST00000441576 1706 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
VIMP08670 AC131274.2-201ENST00000580697 1507 ntBASIC22.06■■□□□ 1.12
VIMP08670 EPHA10-202ENST00000373048 5425 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.05■■□□□ 1.12
VIMP08670 NRXN1-202ENST00000342183 3315 ntTSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
VIMP08670 ZNF510-203ENST00000375231 5616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
VIMP08670 SAMD8-202ENST00000372690 1654 ntTSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
VIMP08670 LZTS3-201ENST00000329152 5257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 17.6 ms