Protein–RNA interactions for Protein: O75379

VAMP4, Vesicle-associated membrane protein 4, humanhuman

Predictions only

Length 141 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VAMP4O75379 IRF3-207ENST00000593922 1494 ntTSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
VAMP4O75379 IQCJ-SCHIP1-203ENST00000476809 1780 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.4■■■□□ 2.14
VAMP4O75379 STK19-201ENST00000375331 1663 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
VAMP4O75379 AC068580.1-201ENST00000446489 252 ntTSL 3 BASIC28.4■■■□□ 2.14
VAMP4O75379 CAMTA1-208ENST00000473578 567 ntTSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
VAMP4O75379 CERS4-205ENST00000558331 1803 ntTSL 5 BASIC28.4■■■□□ 2.14
VAMP4O75379 GRK4-206ENST00000504933 1971 ntTSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
VAMP4O75379 PAPD7-201ENST00000230859 5459 ntTSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
VAMP4O75379 ADSS-201ENST00000366535 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.39■■■□□ 2.14
VAMP4O75379 HOXD1-201ENST00000331462 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.39■■■□□ 2.14
VAMP4O75379 CCDC7-201ENST00000277657 1899 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.39■■■□□ 2.14
VAMP4O75379 LKAAEAR1-201ENST00000302096 761 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.39■■■□□ 2.14
VAMP4O75379 DONSON-201ENST00000303071 2170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.39■■■□□ 2.14
VAMP4O75379 LKAAEAR1-202ENST00000308906 868 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.39■■■□□ 2.14
VAMP4O75379 SYT8-201ENST00000341958 1556 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.39■■■□□ 2.14
VAMP4O75379 IGHV3-20-201ENST00000390606 415 ntAPPRIS P1 BASIC28.39■■■□□ 2.14
VAMP4O75379 BX842568.3-201ENST00000418104 571 ntBASIC28.39■■■□□ 2.14
VAMP4O75379 ACAP1-206ENST00000571471 320 ntTSL 2 BASIC28.39■■■□□ 2.14
VAMP4O75379 MAG-206ENST00000597035 542 ntTSL 4 BASIC28.39■■■□□ 2.14
VAMP4O75379 ERI3-201ENST00000372257 1684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
VAMP4O75379 MIR939-201ENST00000401314 82 ntBASIC28.38■■■□□ 2.13
VAMP4O75379 AC009097.2-201ENST00000562763 465 ntTSL 2 BASIC28.38■■■□□ 2.13
VAMP4O75379 ZDHHC16-203ENST00000353979 1647 ntTSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
VAMP4O75379 HSD11B1L-217ENST00000581521 1884 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC28.38■■■□□ 2.13
VAMP4O75379 PIP4K2B-204ENST00000619039 5734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
VAMP4O75379 PGF-206ENST00000555567 1927 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.37■■■□□ 2.13
VAMP4O75379 ASPSCR1-201ENST00000306729 2123 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.37■■■□□ 2.13
VAMP4O75379 PHC2-202ENST00000373418 2550 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.37■■■□□ 2.13
VAMP4O75379 FAM167A-204ENST00000528897 1620 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.37■■■□□ 2.13
VAMP4O75379 LAMTOR1-201ENST00000278671 1179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.37■■■□□ 2.13
VAMP4O75379 HRH3-203ENST00000611492 900 ntTSL 1 (best) BASIC28.37■■■□□ 2.13
VAMP4O75379 IGSF21-201ENST00000251296 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.37■■■□□ 2.13
VAMP4O75379 SH3YL1-201ENST00000356150 1763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.37■■■□□ 2.13
VAMP4O75379 TGIF1-206ENST00000405385 1689 ntTSL 2 BASIC28.36■■■□□ 2.13
VAMP4O75379 SLC39A14-202ENST00000289952 2137 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.36■■■□□ 2.13
VAMP4O75379 AF213884.3-201ENST00000563833 479 ntBASIC28.36■■■□□ 2.13
VAMP4O75379 AC093249.6-202ENST00000568500 1142 ntTSL 2 BASIC28.36■■■□□ 2.13
VAMP4O75379 AC233992.3-201ENST00000607491 485 ntBASIC28.36■■■□□ 2.13
VAMP4O75379 PRR35-201ENST00000409413 2216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.36■■■□□ 2.13
VAMP4O75379 PRELID2-201ENST00000334744 2140 ntTSL 2 BASIC28.36■■■□□ 2.13
VAMP4O75379 TSKS-202ENST00000358830 1367 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.36■■■□□ 2.13
VAMP4O75379 TANGO2-210ENST00000432883 2084 ntTSL 2 BASIC28.35■■■□□ 2.13
VAMP4O75379 CREB3L2-203ENST00000452463 1105 ntTSL 1 (best) BASIC28.35■■■□□ 2.13
VAMP4O75379 STOML1-201ENST00000316900 2169 ntTSL 2 BASIC28.35■■■□□ 2.13
VAMP4O75379 SLC35F4-206ENST00000556826 1908 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.35■■■□□ 2.13
VAMP4O75379 COMT-203ENST00000403184 2217 ntTSL 2 BASIC28.35■■■□□ 2.13
VAMP4O75379 SPNS1-207ENST00000565975 1979 ntTSL 1 (best) BASIC28.35■■■□□ 2.13
VAMP4O75379 HTATIP2-204ENST00000451739 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.35■■■□□ 2.13
VAMP4O75379 FAM185A-201ENST00000409231 1446 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.35■■■□□ 2.13
VAMP4O75379 HSD17B14-201ENST00000263278 1238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
VAMP4O75379 FEZ1-205ENST00000524435 750 ntTSL 2 BASIC28.34■■■□□ 2.13
VAMP4O75379 FBXO33-202ENST00000554190 534 ntTSL 3 BASIC28.34■■■□□ 2.13
VAMP4O75379 AC008764.7-201ENST00000593779 1081 ntBASIC28.34■■■□□ 2.13
VAMP4O75379 PLEKHJ1-206ENST00000587962 1311 ntTSL 2 BASIC28.34■■■□□ 2.13
VAMP4O75379 PNKP-201ENST00000322344 2041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
VAMP4O75379 EPS8L1-205ENST00000586329 2130 ntTSL 5 BASIC28.33■■■□□ 2.13
VAMP4O75379 IGFBP1-201ENST00000275525 1653 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
VAMP4O75379 AC084116.4-201ENST00000524320 484 ntTSL 2 BASIC28.33■■■□□ 2.13
VAMP4O75379 AL031602.1-201ENST00000633169 911 ntBASIC28.33■■■□□ 2.13
VAMP4O75379 ARHGAP27-207ENST00000528273 2319 ntTSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
VAMP4O75379 CNTD2-202ENST00000430325 1817 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC28.33■■■□□ 2.13
VAMP4O75379 CCDC107-205ENST00000421582 1324 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.33■■■□□ 2.13
VAMP4O75379 C12orf75-208ENST00000612117 1329 ntTSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
VAMP4O75379 CACNB1-201ENST00000344140 1889 ntTSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
VAMP4O75379 HAS1-201ENST00000222115 2087 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
VAMP4O75379 TMEM44-211ENST00000473092 1508 ntTSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
VAMP4O75379 C7orf25-203ENST00000431882 1645 ntTSL 2 BASIC28.32■■■□□ 2.12
VAMP4O75379 NKX6-3-202ENST00000524115 1683 ntTSL 2 BASIC28.32■■■□□ 2.12
VAMP4O75379 COG8-201ENST00000562081 1731 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.32■■■□□ 2.12
VAMP4O75379 ZDHHC16-205ENST00000370846 1280 ntTSL 3 BASIC28.32■■■□□ 2.12
VAMP4O75379 NRG2-201ENST00000289409 2535 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.32■■■□□ 2.12
VAMP4O75379 IMPA2-201ENST00000269159 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
VAMP4O75379 AC233992.2-201ENST00000531225 1596 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.32■■■□□ 2.12
VAMP4O75379 LEF1-AS1-207ENST00000512637 1675 ntTSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
VAMP4O75379 POLR2J2-202ENST00000358438 2065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
VAMP4O75379 AURKAIP1-204ENST00000378853 875 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.31■■■□□ 2.12
VAMP4O75379 AC099791.1-201ENST00000416440 715 ntBASIC28.31■■■□□ 2.12
VAMP4O75379 AP001107.5-202ENST00000533759 948 ntTSL 5 BASIC28.31■■■□□ 2.12
VAMP4O75379 ACYP1-205ENST00000555463 789 ntTSL 2 BASIC28.31■■■□□ 2.12
VAMP4O75379 C17orf74-202ENST00000574034 1287 ntTSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
VAMP4O75379 RHBDL3-204ENST00000538145 1338 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
VAMP4O75379 FAM110A-206ENST00000541082 1614 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.31■■■□□ 2.12
VAMP4O75379 SRPK3-202ENST00000370101 1958 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
VAMP4O75379 DMRT2-209ENST00000635183 2190 ntTSL 5 BASIC28.31■■■□□ 2.12
VAMP4O75379 LINGO3-201ENST00000585527 2241 ntAPPRIS P1 BASIC28.31■■■□□ 2.12
VAMP4O75379 C1orf229-201ENST00000623686 2258 ntBASIC28.31■■■□□ 2.12
VAMP4O75379 EFCC1-201ENST00000436022 2691 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.31■■■□□ 2.12
VAMP4O75379 LHX2-201ENST00000373615 2554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.3■■■□□ 2.12
VAMP4O75379 FAM102B-202ENST00000405454 1585 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.3■■■□□ 2.12
VAMP4O75379 EPCAM-202ENST00000405271 1530 ntTSL 5 BASIC28.3■■■□□ 2.12
VAMP4O75379 STX10-202ENST00000343587 1128 ntTSL 1 (best) BASIC28.3■■■□□ 2.12
VAMP4O75379 CTAG2-202ENST00000369585 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.3■■■□□ 2.12
VAMP4O75379 SRM-201ENST00000376957 1266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.3■■■□□ 2.12
VAMP4O75379 MGAT5B-207ENST00000565675 872 ntTSL 1 (best) BASIC28.3■■■□□ 2.12
VAMP4O75379 GJD3-201ENST00000578689 885 ntAPPRIS P1 BASIC28.3■■■□□ 2.12
VAMP4O75379 RALB-201ENST00000272519 2344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.3■■■□□ 2.12
VAMP4O75379 HOXC8-201ENST00000040584 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
VAMP4O75379 ASPSCR1-202ENST00000306739 1843 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
VAMP4O75379 CPOX-201ENST00000264193 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
VAMP4O75379 UCHL5-201ENST00000367448 1534 ntTSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 15.9 ms