Protein–RNA interactions for Protein: Q96RU2

USP28, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 28, humanhuman

Predictions only

Length 1,077 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP28Q96RU2 WRNIP1-203ENST00000380771 2595 ntTSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
USP28Q96RU2 RHCE-204ENST00000349320 1810 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.4■■□□□ 1.66
USP28Q96RU2 PRKACA-201ENST00000308677 2677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
USP28Q96RU2 SLC25A47-202ENST00000557052 1552 ntTSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.66
USP28Q96RU2 DDN-AS1-202ENST00000547866 2114 ntTSL 3 BASIC25.39■■□□□ 1.66
USP28Q96RU2 STEAP2-204ENST00000394626 2456 ntTSL 2 BASIC25.39■■□□□ 1.66
USP28Q96RU2 HES6-204ENST00000409182 863 ntTSL 2 BASIC25.39■■□□□ 1.66
USP28Q96RU2 AC138207.2-201ENST00000583377 492 ntTSL 2 BASIC25.39■■□□□ 1.66
USP28Q96RU2 CTDSPL-206ENST00000443503 4640 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.66
USP28Q96RU2 FP325331.1-202ENST00000623531 1380 ntBASIC25.39■■□□□ 1.65
USP28Q96RU2 C14orf80-201ENST00000329886 1947 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.65
USP28Q96RU2 CBWD2-203ENST00000416503 1665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.65
USP28Q96RU2 C6orf136-201ENST00000293604 1978 ntTSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
USP28Q96RU2 CXCL14-201ENST00000337225 1971 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
USP28Q96RU2 RBM42-203ENST00000588161 1609 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
USP28Q96RU2 AC009102.2-201ENST00000606772 1639 ntBASIC25.38■■□□□ 1.65
USP28Q96RU2 TMEM200B-201ENST00000420504 2553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
USP28Q96RU2 WRNIP1-204ENST00000380773 2670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
USP28Q96RU2 FEZ1-202ENST00000366139 1053 ntTSL 2 BASIC25.38■■□□□ 1.65
USP28Q96RU2 AC239859.2-201ENST00000444165 318 ntBASIC25.38■■□□□ 1.65
USP28Q96RU2 AC009299.2-201ENST00000482477 511 ntBASIC25.38■■□□□ 1.65
USP28Q96RU2 AL451085.2-201ENST00000605085 799 ntBASIC25.38■■□□□ 1.65
USP28Q96RU2 IRX4-201ENST00000231357 2221 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
USP28Q96RU2 NOTUM-201ENST00000409678 2329 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
USP28Q96RU2 IGSF21-201ENST00000251296 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
USP28Q96RU2 PIKFYVE-203ENST00000392202 2039 ntTSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
USP28Q96RU2 RDX-204ENST00000528498 2511 ntTSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
USP28Q96RU2 MYB-221ENST00000527615 2381 ntTSL 5 BASIC25.37■■□□□ 1.65
USP28Q96RU2 SIMC1-202ENST00000341199 2056 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC25.37■■□□□ 1.65
USP28Q96RU2 NHLRC4-202ENST00000540585 2071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
USP28Q96RU2 GADD45GIP1-201ENST00000316939 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
USP28Q96RU2 AC007326.4-201ENST00000638240 1669 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.37■■□□□ 1.65
USP28Q96RU2 PKIB-204ENST00000368448 1561 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.37■■□□□ 1.65
USP28Q96RU2 PFKFB4-202ENST00000383734 1491 ntTSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
USP28Q96RU2 TRIM7-202ENST00000334421 1228 ntTSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
USP28Q96RU2 CD72-202ENST00000378430 585 ntTSL 3 BASIC25.37■■□□□ 1.65
USP28Q96RU2 LSM14B-201ENST00000279068 2548 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.37■■□□□ 1.65
USP28Q96RU2 BRWD1-202ENST00000341322 2495 ntTSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
USP28Q96RU2 SH2D3A-201ENST00000245908 2296 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
USP28Q96RU2 AL353743.1-201ENST00000637846 1769 ntTSL 5 BASIC25.36■■□□□ 1.65
USP28Q96RU2 CNEP1R1-202ENST00000427478 2117 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
USP28Q96RU2 NR0B1-202ENST00000378970 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
USP28Q96RU2 BCS1L-210ENST00000431802 2015 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.36■■□□□ 1.65
USP28Q96RU2 RITA1-202ENST00000549621 2041 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.36■■□□□ 1.65
USP28Q96RU2 ZCCHC2-201ENST00000269499 5959 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC25.36■■□□□ 1.65
USP28Q96RU2 GPRC5B-210ENST00000569847 1830 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC25.36■■□□□ 1.65
USP28Q96RU2 NKIRAS2-209ENST00000479407 992 ntTSL 3 BASIC25.36■■□□□ 1.65
USP28Q96RU2 MTDHP2-201ENST00000601468 714 ntBASIC25.36■■□□□ 1.65
USP28Q96RU2 NKILA-201ENST00000613231 537 ntTSL 4 BASIC25.36■■□□□ 1.65
USP28Q96RU2 MRGPRF-203ENST00000441623 2282 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.36■■□□□ 1.65
USP28Q96RU2 ARL6IP4-201ENST00000315580 1644 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
USP28Q96RU2 SLC35A3-204ENST00000427993 2062 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.36■■□□□ 1.65
USP28Q96RU2 TMEM44-211ENST00000473092 1508 ntTSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
USP28Q96RU2 ZNF843-201ENST00000315678 2137 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC25.36■■□□□ 1.65
USP28Q96RU2 LMTK3-201ENST00000270238 4972 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
USP28Q96RU2 SMG7-AS1-201ENST00000421703 2220 ntTSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
USP28Q96RU2 AC092343.1-201ENST00000500224 729 ntTSL 3 BASIC25.35■■□□□ 1.65
USP28Q96RU2 HEXB-201ENST00000261416 1901 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
USP28Q96RU2 REPIN1-214ENST00000489432 2058 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.35■■□□□ 1.65
USP28Q96RU2 CRTC2-203ENST00000368633 2644 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
USP28Q96RU2 CHADL-201ENST00000216241 2533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
USP28Q96RU2 LRIG1-202ENST00000383703 5283 ntTSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
USP28Q96RU2 STK19-201ENST00000375331 1663 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
USP28Q96RU2 AC073111.5-204ENST00000498682 1167 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.34■■□□□ 1.65
USP28Q96RU2 DUX4L4-201ENST00000566884 1269 ntBASIC25.34■■□□□ 1.65
USP28Q96RU2 TLX2-201ENST00000233638 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
USP28Q96RU2 P4HTM-201ENST00000343546 2268 ntTSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
USP28Q96RU2 SARDH-203ENST00000371868 2266 ntTSL 2 BASIC25.34■■□□□ 1.65
USP28Q96RU2 AP004608.1-202ENST00000533390 1863 ntTSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
USP28Q96RU2 PKIG-206ENST00000372892 1338 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.34■■□□□ 1.65
USP28Q96RU2 SOAT2-201ENST00000301466 2044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
USP28Q96RU2 ANKHD1-204ENST00000394722 2035 ntTSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
USP28Q96RU2 RMI2-201ENST00000312499 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
USP28Q96RU2 RNASEH2B-201ENST00000336617 1629 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
USP28Q96RU2 ZNF568-208ENST00000586353 1902 ntTSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
USP28Q96RU2 C1QTNF4-201ENST00000302514 1664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
USP28Q96RU2 LSM4-201ENST00000252816 986 ntTSL 2 BASIC25.33■■□□□ 1.65
USP28Q96RU2 GUSB-201ENST00000304895 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
USP28Q96RU2 ZDHHC20-203ENST00000400590 1869 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.33■■□□□ 1.65
USP28Q96RU2 EPDR1-202ENST00000423717 638 ntTSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
USP28Q96RU2 CACNB3-205ENST00000547392 2237 ntTSL 5 BASIC25.33■■□□□ 1.65
USP28Q96RU2 U2AF2-202ENST00000450554 3022 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
USP28Q96RU2 WDR86-201ENST00000334493 2023 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.32■■□□□ 1.64
USP28Q96RU2 UHRF1BP1L-202ENST00000356828 2023 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
USP28Q96RU2 LYSMD2-202ENST00000454181 1228 ntTSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
USP28Q96RU2 NAA30-202ENST00000554703 795 ntTSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
USP28Q96RU2 AC010997.5-201ENST00000609182 354 ntBASIC25.32■■□□□ 1.64
USP28Q96RU2 EXOG-217ENST00000630638 197 ntTSL 5 BASIC25.32■■□□□ 1.64
USP28Q96RU2 KHDRBS2-201ENST00000281156 2332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
USP28Q96RU2 CTU2-201ENST00000312060 1672 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC25.32■■□□□ 1.64
USP28Q96RU2 C2orf72-201ENST00000373640 3657 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.32■■□□□ 1.64
USP28Q96RU2 YWHAZ-205ENST00000395956 2974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
USP28Q96RU2 PPT2-244ENST00000324816 2053 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
USP28Q96RU2 TMUB1-201ENST00000297533 1353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
USP28Q96RU2 CLDN15-201ENST00000308344 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
USP28Q96RU2 SLC29A1-207ENST00000393841 2485 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.31■■□□□ 1.64
USP28Q96RU2 SLC35A2-210ENST00000616181 1614 ntTSL 2 BASIC25.31■■□□□ 1.64
USP28Q96RU2 DPH7-201ENST00000277540 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
USP28Q96RU2 TMEM25-205ENST00000411589 2442 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.31■■□□□ 1.64
USP28Q96RU2 HSPE1-201ENST00000233893 950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 50.5 ms