Protein–RNA interactions for Protein: Q96PN7

TRERF1, Transcriptional-regulating factor 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,200 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRERF1Q96PN7 HSPBP1-206ENST00000587922 1449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
TRERF1Q96PN7 FAM43A-201ENST00000329759 2494 ntAPPRIS P1 BASIC25.63■■□□□ 1.69
TRERF1Q96PN7 SCAMP3-202ENST00000355379 1537 ntTSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
TRERF1Q96PN7 ZEB1-AS1-201ENST00000423714 456 ntTSL 3 BASIC25.63■■□□□ 1.69
TRERF1Q96PN7 DISC1-220ENST00000602873 1553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
TRERF1Q96PN7 C1QTNF4-201ENST00000302514 1664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
TRERF1Q96PN7 AL139125.2-201ENST00000623134 1869 ntBASIC25.63■■□□□ 1.69
TRERF1Q96PN7 WRNIP1-205ENST00000618555 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
TRERF1Q96PN7 LAYN-209ENST00000533265 1703 ntTSL 5 BASIC25.63■■□□□ 1.69
TRERF1Q96PN7 RNASEH2B-201ENST00000336617 1629 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
TRERF1Q96PN7 SH3RF3-AS1-201ENST00000567491 1604 ntBASIC25.63■■□□□ 1.69
TRERF1Q96PN7 ST3GAL5-269ENST00000640992 2292 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.62■■□□□ 1.69
TRERF1Q96PN7 AC004812.2-201ENST00000611079 2094 ntBASIC25.62■■□□□ 1.69
TRERF1Q96PN7 RPL8-201ENST00000262584 1041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.62■■□□□ 1.69
TRERF1Q96PN7 AC010525.1-201ENST00000585559 441 ntBASIC25.62■■□□□ 1.69
TRERF1Q96PN7 AC006538.2-201ENST00000586572 543 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC25.62■■□□□ 1.69
TRERF1Q96PN7 AC010999.2-201ENST00000621974 596 ntTSL 2 BASIC25.62■■□□□ 1.69
TRERF1Q96PN7 SMOX-201ENST00000278795 2164 ntTSL 1 (best) BASIC25.62■■□□□ 1.69
TRERF1Q96PN7 PRMT5-213ENST00000553897 1857 ntTSL 2 BASIC25.62■■□□□ 1.69
TRERF1Q96PN7 NUDT18-202ENST00000613958 1754 ntTSL 2 BASIC25.61■■□□□ 1.69
TRERF1Q96PN7 PHF10-202ENST00000366780 1589 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.61■■□□□ 1.69
TRERF1Q96PN7 GRIN2D-201ENST00000263269 5093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
TRERF1Q96PN7 PLEKHA8-202ENST00000396257 1907 ntTSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
TRERF1Q96PN7 RAB40B-201ENST00000269347 2189 ntTSL 2 BASIC25.61■■□□□ 1.69
TRERF1Q96PN7 ALKAL2-204ENST00000403610 1389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
TRERF1Q96PN7 PYCARD-201ENST00000247470 990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
TRERF1Q96PN7 PCMT1-201ENST00000367378 1293 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
TRERF1Q96PN7 UBE2E2-203ENST00000425792 1248 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.61■■□□□ 1.69
TRERF1Q96PN7 AICDA-202ENST00000537228 667 ntTSL 5 BASIC25.61■■□□□ 1.69
TRERF1Q96PN7 SP2-202ENST00000613139 908 ntTSL 5 BASIC25.61■■□□□ 1.69
TRERF1Q96PN7 NIPSNAP2-205ENST00000446778 1882 ntTSL 2 BASIC25.61■■□□□ 1.69
TRERF1Q96PN7 SLC22A31-206ENST00000614943 1860 ntTSL 5 BASIC25.61■■□□□ 1.69
TRERF1Q96PN7 NAB1-202ENST00000409581 2360 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC25.61■■□□□ 1.69
TRERF1Q96PN7 H2AFY-217ENST00000511689 2789 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
TRERF1Q96PN7 FAM53B-201ENST00000280780 1568 ntTSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
TRERF1Q96PN7 DTNB-211ENST00000407661 2420 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
TRERF1Q96PN7 LSR-204ENST00000361790 2210 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
TRERF1Q96PN7 PTH1R-201ENST00000313049 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
TRERF1Q96PN7 SLC25A5-AS1-202ENST00000445759 1616 ntTSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
TRERF1Q96PN7 POU2F2-215ENST00000560398 1788 ntTSL 5 BASIC25.6■■□□□ 1.69
TRERF1Q96PN7 NDUFB2-201ENST00000247866 504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
TRERF1Q96PN7 PHLPP1-201ENST00000262719 6390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
TRERF1Q96PN7 AC010203.1-202ENST00000550096 695 ntTSL 3 BASIC25.6■■□□□ 1.69
TRERF1Q96PN7 AC104564.3-201ENST00000582367 638 ntBASIC25.6■■□□□ 1.69
TRERF1Q96PN7 AES-207ENST00000586839 942 ntTSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
TRERF1Q96PN7 NKX3-2-201ENST00000382438 2801 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
TRERF1Q96PN7 NABP2-202ENST00000341463 1411 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.6■■□□□ 1.69
TRERF1Q96PN7 ABHD8-201ENST00000247706 2090 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
TRERF1Q96PN7 SDC3-202ENST00000339394 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
TRERF1Q96PN7 MAGI2-201ENST00000354212 6880 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
TRERF1Q96PN7 TSKS-202ENST00000358830 1367 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
TRERF1Q96PN7 STARD3NL-202ENST00000396013 1365 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.59■■□□□ 1.69
TRERF1Q96PN7 ENTPD4-201ENST00000356206 2097 ntTSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
TRERF1Q96PN7 CHST6-202ENST00000390664 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
TRERF1Q96PN7 ENTPD4-203ENST00000417069 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
TRERF1Q96PN7 KCNN1-204ENST00000615435 1691 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.59■■□□□ 1.69
TRERF1Q96PN7 HOMER3-206ENST00000594439 982 ntTSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
TRERF1Q96PN7 C11orf96-201ENST00000339446 1308 ntTSL 5 BASIC25.59■■□□□ 1.69
TRERF1Q96PN7 LINC00454-202ENST00000430978 1327 ntTSL 5 BASIC25.59■■□□□ 1.69
TRERF1Q96PN7 LRRC73-201ENST00000372441 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
TRERF1Q96PN7 GFRA3-202ENST00000378362 1837 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
TRERF1Q96PN7 AK1-201ENST00000223836 736 ntTSL 3 BASIC25.58■■□□□ 1.69
TRERF1Q96PN7 AURKAIP1-204ENST00000378853 875 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.58■■□□□ 1.69
TRERF1Q96PN7 OR2I1P-207ENST00000453522 948 ntBASIC25.58■■□□□ 1.69
TRERF1Q96PN7 RAB6B-203ENST00000469959 500 ntTSL 3 BASIC25.58■■□□□ 1.69
TRERF1Q96PN7 IGHV3-19-201ENST00000521488 291 ntBASIC25.58■■□□□ 1.69
TRERF1Q96PN7 AL138963.3-201ENST00000610057 588 ntTSL 4 BASIC25.58■■□□□ 1.69
TRERF1Q96PN7 SLC12A5-217ENST00000626937 1224 ntTSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
TRERF1Q96PN7 MAGI2-217ENST00000629359 6704 ntTSL 5 BASIC25.58■■□□□ 1.69
TRERF1Q96PN7 NKIRAS2-204ENST00000393880 1644 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.58■■□□□ 1.69
TRERF1Q96PN7 ZNF767P-202ENST00000472212 2100 ntTSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
TRERF1Q96PN7 PMS1-205ENST00000409985 1882 ntTSL 2 BASIC25.57■■□□□ 1.68
TRERF1Q96PN7 U2AF2-202ENST00000450554 3022 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
TRERF1Q96PN7 ADIPOR1-201ENST00000340990 2177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
TRERF1Q96PN7 AP003419.1-201ENST00000535922 470 ntTSL 3 BASIC25.57■■□□□ 1.68
TRERF1Q96PN7 MLF2-206ENST00000539187 1110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
TRERF1Q96PN7 AC008105.3-201ENST00000586376 844 ntTSL 3 BASIC25.57■■□□□ 1.68
TRERF1Q96PN7 POMZP3-202ENST00000310842 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
TRERF1Q96PN7 ZFYVE28-202ENST00000503000 1874 ntTSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
TRERF1Q96PN7 HEXDC-202ENST00000337014 2285 ntTSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
TRERF1Q96PN7 SPRED3-204ENST00000587013 1539 ntTSL 5 BASIC25.57■■□□□ 1.68
TRERF1Q96PN7 MESP2-201ENST00000341735 1552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
TRERF1Q96PN7 HOMER2-201ENST00000304231 1990 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC25.56■■□□□ 1.68
TRERF1Q96PN7 KCNIP2-206ENST00000356640 1989 ntTSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
TRERF1Q96PN7 MAGI2-208ENST00000522391 4878 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.56■■□□□ 1.68
TRERF1Q96PN7 UXS1-201ENST00000283148 2099 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC25.56■■□□□ 1.68
TRERF1Q96PN7 TBC1D22A-202ENST00000355704 1886 ntTSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
TRERF1Q96PN7 LRRC34-206ENST00000522526 1899 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
TRERF1Q96PN7 TRAF4-205ENST00000444415 1456 ntTSL 5 BASIC25.56■■□□□ 1.68
TRERF1Q96PN7 AL162430.1-201ENST00000480705 870 ntBASIC25.56■■□□□ 1.68
TRERF1Q96PN7 MCRIP1-205ENST00000572645 1038 ntTSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
TRERF1Q96PN7 CLDN5-201ENST00000403084 2357 ntBASIC25.56■■□□□ 1.68
TRERF1Q96PN7 P2RX4-211ENST00000543171 1777 ntTSL 5 BASIC25.56■■□□□ 1.68
TRERF1Q96PN7 IRF3-201ENST00000309877 1691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
TRERF1Q96PN7 SIRT7-201ENST00000328666 1743 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
TRERF1Q96PN7 ACP1-201ENST00000272065 1549 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
TRERF1Q96PN7 CCDC28B-201ENST00000373602 1089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
TRERF1Q96PN7 CCDC115-202ENST00000409127 1247 ntTSL 2 BASIC25.55■■□□□ 1.68
TRERF1Q96PN7 LINC01167-201ENST00000423232 604 ntTSL 3 BASIC25.55■■□□□ 1.68
TRERF1Q96PN7 MYD88-205ENST00000424893 1279 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 17.2 ms