Protein–RNA interactions for Protein: Q96CF2

CHMP4C, Charged multivesicular body protein 4c, humanhuman

Predictions only

Length 233 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP4CQ96CF2 SRXN1-201ENST00000381962 2698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.4■■□□□ 1.82
CHMP4CQ96CF2 MYCBPAP-202ENST00000419930 1640 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.39■■□□□ 1.82
CHMP4CQ96CF2 THRA-201ENST00000264637 2538 ntTSL 1 (best) BASIC26.39■■□□□ 1.82
CHMP4CQ96CF2 RUNX2-210ENST00000576263 2256 ntTSL 5 BASIC26.39■■□□□ 1.82
CHMP4CQ96CF2 PRSS22-201ENST00000161006 1386 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.39■■□□□ 1.82
CHMP4CQ96CF2 LIN7B-202ENST00000391864 582 ntTSL 3 BASIC26.39■■□□□ 1.82
CHMP4CQ96CF2 TMEM218-209ENST00000529583 848 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.39■■□□□ 1.82
CHMP4CQ96CF2 AC106739.1-201ENST00000617035 715 ntBASIC26.39■■□□□ 1.82
CHMP4CQ96CF2 SPG21-202ENST00000416889 1533 ntTSL 2 BASIC26.39■■□□□ 1.81
CHMP4CQ96CF2 PHLPP1-201ENST00000262719 6390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.39■■□□□ 1.81
CHMP4CQ96CF2 LINC01116-201ENST00000295549 1407 ntTSL 2 BASIC26.39■■□□□ 1.81
CHMP4CQ96CF2 GLRX3-201ENST00000331244 1302 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.39■■□□□ 1.81
CHMP4CQ96CF2 AC135279.3-201ENST00000610945 1311 ntBASIC26.39■■□□□ 1.81
CHMP4CQ96CF2 POU2F3-206ENST00000543440 1953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.38■■□□□ 1.81
CHMP4CQ96CF2 PRSS29P-202ENST00000568091 1864 ntTSL 5 BASIC26.38■■□□□ 1.81
CHMP4CQ96CF2 SERBP1P1-201ENST00000396021 1160 ntBASIC26.38■■□□□ 1.81
CHMP4CQ96CF2 GATA2-AS1-201ENST00000464242 1163 ntTSL 2 BASIC26.38■■□□□ 1.81
CHMP4CQ96CF2 LEFTY1-201ENST00000272134 1626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.38■■□□□ 1.81
CHMP4CQ96CF2 CCSER2-202ENST00000359979 2066 ntTSL 1 (best) BASIC26.38■■□□□ 1.81
CHMP4CQ96CF2 CCDC106-205ENST00000588740 1404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.38■■□□□ 1.81
CHMP4CQ96CF2 HSF1-201ENST00000400780 2105 ntTSL 5 BASIC26.38■■□□□ 1.81
CHMP4CQ96CF2 SYT6-210ENST00000641643 1587 ntBASIC26.37■■□□□ 1.81
CHMP4CQ96CF2 EID2B-201ENST00000326282 1865 ntAPPRIS P1 BASIC26.37■■□□□ 1.81
CHMP4CQ96CF2 CLPSL2-202ENST00000403376 405 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.37■■□□□ 1.81
CHMP4CQ96CF2 AC079305.3-201ENST00000455416 218 ntTSL 5 BASIC26.37■■□□□ 1.81
CHMP4CQ96CF2 AC009097.2-201ENST00000562763 465 ntTSL 2 BASIC26.37■■□□□ 1.81
CHMP4CQ96CF2 PCP4L1-201ENST00000504449 1424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.37■■□□□ 1.81
CHMP4CQ96CF2 TIGD5-201ENST00000504548 5390 ntAPPRIS P1 BASIC26.36■■□□□ 1.81
CHMP4CQ96CF2 ODF3L2-201ENST00000315489 1604 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.36■■□□□ 1.81
CHMP4CQ96CF2 SAMD4B-208ENST00000598913 2877 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.36■■□□□ 1.81
CHMP4CQ96CF2 EZH2-208ENST00000483967 2466 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC26.36■■□□□ 1.81
CHMP4CQ96CF2 NANOS2-201ENST00000341294 1657 ntAPPRIS P1 BASIC26.36■■□□□ 1.81
CHMP4CQ96CF2 ZNF32-202ENST00000395797 1201 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.36■■□□□ 1.81
CHMP4CQ96CF2 SRRM2-231ENST00000630499 1207 ntTSL 1 (best) BASIC26.36■■□□□ 1.81
CHMP4CQ96CF2 FAM136A-201ENST00000037869 1810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.36■■□□□ 1.81
CHMP4CQ96CF2 ARF1-213ENST00000540651 1972 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.36■■□□□ 1.81
CHMP4CQ96CF2 SETD9-201ENST00000285947 1619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.36■■□□□ 1.81
CHMP4CQ96CF2 TMEM151B-202ENST00000451188 4895 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC26.36■■□□□ 1.81
CHMP4CQ96CF2 LLGL2-202ENST00000375227 1374 ntTSL 1 (best) BASIC26.35■■□□□ 1.81
CHMP4CQ96CF2 EGR3-203ENST00000519492 1500 ntTSL 5 BASIC26.35■■□□□ 1.81
CHMP4CQ96CF2 METTL9-202ENST00000396014 1817 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.35■■□□□ 1.81
CHMP4CQ96CF2 BAZ1A-201ENST00000358716 5920 ntTSL 1 (best) BASIC26.35■■□□□ 1.81
CHMP4CQ96CF2 HOMER3-204ENST00000539827 1979 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.35■■□□□ 1.81
CHMP4CQ96CF2 RNF19B-203ENST00000373456 2560 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.35■■□□□ 1.81
CHMP4CQ96CF2 NKX2-1-201ENST00000354822 2191 ntTSL 1 (best) BASIC26.35■■□□□ 1.81
CHMP4CQ96CF2 DLK2-201ENST00000357338 2038 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC26.35■■□□□ 1.81
CHMP4CQ96CF2 MIR935-201ENST00000401179 91 ntBASIC26.35■■□□□ 1.81
CHMP4CQ96CF2 PTCHD3P2-201ENST00000424937 1205 ntBASIC26.35■■□□□ 1.81
CHMP4CQ96CF2 AL355987.3-201ENST00000456614 735 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC26.35■■□□□ 1.81
CHMP4CQ96CF2 NEDD4L-237ENST00000617539 728 ntTSL 2 BASIC26.35■■□□□ 1.81
CHMP4CQ96CF2 IMPDH1-210ENST00000480861 1765 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC26.35■■□□□ 1.81
CHMP4CQ96CF2 SLC30A5-201ENST00000380860 1317 ntTSL 1 (best) BASIC26.35■■□□□ 1.81
CHMP4CQ96CF2 DENND1B-204ENST00000367396 2177 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.34■■□□□ 1.81
CHMP4CQ96CF2 CEBPD-201ENST00000408965 2178 ntAPPRIS P1 BASIC26.34■■□□□ 1.81
CHMP4CQ96CF2 GABBR2-201ENST00000259455 5788 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.34■■□□□ 1.81
CHMP4CQ96CF2 PCK2-201ENST00000216780 2357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.34■■□□□ 1.81
CHMP4CQ96CF2 DISC1-220ENST00000602873 1553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.34■■□□□ 1.81
CHMP4CQ96CF2 AL591684.2-201ENST00000605970 1594 ntTSL 5 BASIC26.34■■□□□ 1.81
CHMP4CQ96CF2 H19-210ENST00000439725 1929 ntTSL 2 BASIC26.34■■□□□ 1.81
CHMP4CQ96CF2 RCN2-201ENST00000320963 1750 ntTSL 5 BASIC26.34■■□□□ 1.81
CHMP4CQ96CF2 AC092902.2-206ENST00000625484 846 ntTSL 5 BASIC26.34■■□□□ 1.81
CHMP4CQ96CF2 SRI-201ENST00000265729 2010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.34■■□□□ 1.81
CHMP4CQ96CF2 HYAL2-207ENST00000442581 2318 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.33■■□□□ 1.81
CHMP4CQ96CF2 PFKFB3-201ENST00000317350 1999 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC26.33■■□□□ 1.81
CHMP4CQ96CF2 AL122058.1-201ENST00000412321 1166 ntTSL 1 (best) BASIC26.33■■□□□ 1.81
CHMP4CQ96CF2 PRELID1-203ENST00000503216 1171 ntTSL 1 (best) BASIC26.33■■□□□ 1.81
CHMP4CQ96CF2 MYL5-208ENST00000511290 781 ntTSL 1 (best) BASIC26.33■■□□□ 1.81
CHMP4CQ96CF2 TGFBR3L-202ENST00000565886 1260 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.33■■□□□ 1.81
CHMP4CQ96CF2 PDIA2-201ENST00000219406 1698 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.33■■□□□ 1.81
CHMP4CQ96CF2 DALRD3-206ENST00000441576 1706 ntTSL 1 (best) BASIC26.33■■□□□ 1.81
CHMP4CQ96CF2 CCDC85B-201ENST00000312579 1524 ntAPPRIS P1 BASIC26.33■■□□□ 1.81
CHMP4CQ96CF2 CDC16-206ENST00000375310 2156 ntTSL 1 (best) BASIC26.33■■□□□ 1.81
CHMP4CQ96CF2 SRPK3-203ENST00000370104 1753 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.33■■□□□ 1.8
CHMP4CQ96CF2 METTL21A-210ENST00000458426 1366 ntTSL 1 (best) BASIC26.33■■□□□ 1.8
CHMP4CQ96CF2 ARRDC1-AS1-203ENST00000623970 2210 ntTSL 5 BASIC26.33■■□□□ 1.8
CHMP4CQ96CF2 KAT2B-201ENST00000263754 4833 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.32■■□□□ 1.8
CHMP4CQ96CF2 ST7-201ENST00000265437 2899 ntTSL 1 (best) BASIC26.32■■□□□ 1.8
CHMP4CQ96CF2 MSANTD3-207ENST00000622639 1748 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.32■■□□□ 1.8
CHMP4CQ96CF2 ASB1-202ENST00000409297 878 ntTSL 5 BASIC26.32■■□□□ 1.8
CHMP4CQ96CF2 AC142381.2-201ENST00000566120 298 ntBASIC26.32■■□□□ 1.8
CHMP4CQ96CF2 SLC35A3-216ENST00000639221 1032 ntTSL 5 BASIC26.32■■□□□ 1.8
CHMP4CQ96CF2 CDC20-202ENST00000372462 1777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.32■■□□□ 1.8
CHMP4CQ96CF2 FAIM-201ENST00000338446 1622 ntTSL 5 BASIC26.32■■□□□ 1.8
CHMP4CQ96CF2 STOML1-201ENST00000316900 2169 ntTSL 2 BASIC26.31■■□□□ 1.8
CHMP4CQ96CF2 HNRNPD-202ENST00000352301 1667 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.31■■□□□ 1.8
CHMP4CQ96CF2 MIR4767-201ENST00000582827 78 ntBASIC26.31■■□□□ 1.8
CHMP4CQ96CF2 AL031432.3-201ENST00000607698 485 ntBASIC26.31■■□□□ 1.8
CHMP4CQ96CF2 PYGO2-201ENST00000368456 1306 ntTSL 2 BASIC26.31■■□□□ 1.8
CHMP4CQ96CF2 CACNA1H-210ENST00000638323 8048 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.31■■□□□ 1.8
CHMP4CQ96CF2 IRF2BP1-201ENST00000302165 2564 ntAPPRIS P1 BASIC26.31■■□□□ 1.8
CHMP4CQ96CF2 GPIHBP1-201ENST00000622500 2282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.31■■□□□ 1.8
CHMP4CQ96CF2 OAS3-205ENST00000548514 1392 ntTSL 2 BASIC26.31■■□□□ 1.8
CHMP4CQ96CF2 SLC35C1-202ENST00000442528 1756 ntTSL 1 (best) BASIC26.3■■□□□ 1.8
CHMP4CQ96CF2 VAMP2-204ENST00000488857 874 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC26.3■■□□□ 1.8
CHMP4CQ96CF2 WDR86-AS1-204ENST00000489632 751 ntTSL 3 BASIC26.3■■□□□ 1.8
CHMP4CQ96CF2 AC010336.5-201ENST00000594308 317 ntTSL 3 BASIC26.3■■□□□ 1.8
CHMP4CQ96CF2 AC009086.3-201ENST00000623486 1008 ntBASIC26.3■■□□□ 1.8
CHMP4CQ96CF2 FMR1-AS1-201ENST00000594922 2005 ntTSL 1 (best) BASIC26.3■■□□□ 1.8
CHMP4CQ96CF2 ASF1B-201ENST00000263382 2059 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.3■■□□□ 1.8
CHMP4CQ96CF2 FRS3-202ENST00000373018 2174 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.3■■□□□ 1.8
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 24.4 ms