Protein–RNA interactions for Protein: Q8WW32

HMGB4, High mobility group protein B4, humanhuman

Predictions only

Length 186 aa.

Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HMGB4Q8WW32 AZIN2-201ENST00000294517 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
HMGB4Q8WW32 GALK1-201ENST00000225614 1445 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.42■■□□□ 1.18
HMGB4Q8WW32 ESR2-202ENST00000341099 2060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
HMGB4Q8WW32 LINC02228-203ENST00000641970 1355 ntBASIC22.42■■□□□ 1.18
HMGB4Q8WW32 AIDA-202ENST00000355727 1072 ntTSL 5 BASIC22.42■■□□□ 1.18
HMGB4Q8WW32 MELTF-AS1-202ENST00000415244 951 ntTSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
HMGB4Q8WW32 MLF2-206ENST00000539187 1110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
HMGB4Q8WW32 C17orf49-202ENST00000546495 996 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.42■■□□□ 1.18
HMGB4Q8WW32 UQCR11-202ENST00000589880 504 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.42■■□□□ 1.18
HMGB4Q8WW32 MRM1-203ENST00000612760 1284 ntTSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
HMGB4Q8WW32 XBP1-201ENST00000216037 1850 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
HMGB4Q8WW32 ACSS1-203ENST00000432802 2438 ntTSL 2 BASIC22.42■■□□□ 1.18
HMGB4Q8WW32 EI24-213ENST00000618552 1747 ntTSL 5 BASIC22.42■■□□□ 1.18
HMGB4Q8WW32 LINC01529-204ENST00000636474 1715 ntBASIC22.42■■□□□ 1.18
HMGB4Q8WW32 HDGFL2-210ENST00000621835 2255 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
HMGB4Q8WW32 C1QTNF4-201ENST00000302514 1664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
HMGB4Q8WW32 PON2-218ENST00000633531 1653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
HMGB4Q8WW32 MESP2-201ENST00000341735 1552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
HMGB4Q8WW32 KDELR1-203ENST00000597017 1594 ntTSL 2 BASIC22.42■■□□□ 1.18
HMGB4Q8WW32 IRF3-228ENST00000601291 1556 ntTSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
HMGB4Q8WW32 MRPL37-202ENST00000360840 1483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
HMGB4Q8WW32 RILP-201ENST00000301336 1771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
HMGB4Q8WW32 NAAA-204ENST00000507187 1750 ntTSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
HMGB4Q8WW32 PYCR3-203ENST00000433751 1000 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.41■■□□□ 1.18
HMGB4Q8WW32 PRKCQ-AS1-202ENST00000445427 1133 ntTSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
HMGB4Q8WW32 GALNS-211ENST00000568311 703 ntTSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
HMGB4Q8WW32 ADPRHL2-201ENST00000373178 1668 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
HMGB4Q8WW32 STK19-201ENST00000375331 1663 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
HMGB4Q8WW32 AC012645.1-201ENST00000515455 1650 ntTSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
HMGB4Q8WW32 RNASEH2B-201ENST00000336617 1629 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
HMGB4Q8WW32 AC144652.1-201ENST00000609974 1624 ntBASIC22.41■■□□□ 1.18
HMGB4Q8WW32 C1QL2-201ENST00000272520 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
HMGB4Q8WW32 SLBP-206ENST00000489418 1977 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
HMGB4Q8WW32 AC138932.3-201ENST00000567634 1902 ntBASIC22.41■■□□□ 1.18
HMGB4Q8WW32 RHBDL3-204ENST00000538145 1338 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
HMGB4Q8WW32 ARF1-213ENST00000540651 1972 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.4■■□□□ 1.18
HMGB4Q8WW32 MIR31HG-201ENST00000304425 745 ntTSL 2 BASIC22.4■■□□□ 1.18
HMGB4Q8WW32 TNFRSF18-202ENST00000379265 705 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
HMGB4Q8WW32 NT5C3AP1-201ENST00000394500 1012 ntBASIC22.4■■□□□ 1.18
HMGB4Q8WW32 PRMT2-204ENST00000397628 954 ntTSL 2 BASIC22.4■■□□□ 1.18
HMGB4Q8WW32 ARIH2OS-201ENST00000408959 1598 ntAPPRIS P1 BASIC22.4■■□□□ 1.18
HMGB4Q8WW32 LIMD2-205ENST00000578402 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
HMGB4Q8WW32 USF3-203ENST00000491165 2133 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
HMGB4Q8WW32 XBP1-207ENST00000611155 1794 ntTSL 5 BASIC22.4■■□□□ 1.18
HMGB4Q8WW32 IRF3-207ENST00000593922 1494 ntTSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
HMGB4Q8WW32 CCM2L-201ENST00000262659 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.18
HMGB4Q8WW32 HNRNPL-201ENST00000221419 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.18
HMGB4Q8WW32 B3GNT4-201ENST00000324189 1642 ntTSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.18
HMGB4Q8WW32 FAM110A-206ENST00000541082 1614 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.39■■□□□ 1.18
HMGB4Q8WW32 SETD9-211ENST00000628593 1306 ntTSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.18
HMGB4Q8WW32 HIST2H2AC-201ENST00000331380 390 ntAPPRIS P1 BASIC22.39■■□□□ 1.17
HMGB4Q8WW32 DLX3-202ENST00000512495 834 ntTSL 2 BASIC22.39■■□□□ 1.17
HMGB4Q8WW32 AP005435.1-201ENST00000529293 1178 ntBASIC22.39■■□□□ 1.17
HMGB4Q8WW32 ASRGL1-210ENST00000534571 639 ntTSL 2 BASIC22.39■■□□□ 1.17
HMGB4Q8WW32 TERF1P2-201ENST00000583350 1212 ntBASIC22.39■■□□□ 1.17
HMGB4Q8WW32 ELANE-202ENST00000590230 1028 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.39■■□□□ 1.17
HMGB4Q8WW32 NDUFAF1-201ENST00000260361 1461 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
HMGB4Q8WW32 SAMD8-202ENST00000372690 1654 ntTSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
HMGB4Q8WW32 HMGA2-205ENST00000425208 1444 ntTSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
HMGB4Q8WW32 GOLGA7-201ENST00000357743 2027 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
HMGB4Q8WW32 MPST-204ENST00000404393 1329 ntTSL 5 BASIC22.38■■□□□ 1.17
HMGB4Q8WW32 HHEX-201ENST00000282728 1727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
HMGB4Q8WW32 RNF208-201ENST00000391553 1077 ntAPPRIS P1 BASIC22.38■■□□□ 1.17
HMGB4Q8WW32 RNF208-202ENST00000392827 1135 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.38■■□□□ 1.17
HMGB4Q8WW32 AC062017.1-203ENST00000413029 455 ntTSL 2 BASIC22.38■■□□□ 1.17
HMGB4Q8WW32 BRD2-214ENST00000496118 735 ntTSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
HMGB4Q8WW32 TNFRSF11A-207ENST00000639222 855 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.38■■□□□ 1.17
HMGB4Q8WW32 AC105233.4-201ENST00000642045 216 ntBASIC22.38■■□□□ 1.17
HMGB4Q8WW32 OTUD5-201ENST00000156084 2740 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
HMGB4Q8WW32 PICALM-224ENST00000630913 2261 ntTSL 5 BASIC22.38■■□□□ 1.17
HMGB4Q8WW32 MTX2-201ENST00000249442 1364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
HMGB4Q8WW32 TBR1-202ENST00000410035 1454 ntTSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
HMGB4Q8WW32 PPP1R1B-201ENST00000254079 1845 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
HMGB4Q8WW32 PPA1-202ENST00000373232 1295 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
HMGB4Q8WW32 RASGRP2-203ENST00000377486 667 ntTSL 3 BASIC22.37■■□□□ 1.17
HMGB4Q8WW32 IL15RA-201ENST00000379971 588 ntTSL 3 BASIC22.37■■□□□ 1.17
HMGB4Q8WW32 AP2S1-203ENST00000593442 636 ntTSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
HMGB4Q8WW32 NMI-201ENST00000243346 1623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
HMGB4Q8WW32 SLC25A5-AS1-202ENST00000445759 1616 ntTSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
HMGB4Q8WW32 AC142381.3-201ENST00000568208 1670 ntBASIC22.36■■□□□ 1.17
HMGB4Q8WW32 USP25-203ENST00000351097 2158 ntTSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
HMGB4Q8WW32 GAS2L1-201ENST00000406549 1803 ntTSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
HMGB4Q8WW32 GLI4-201ENST00000340042 1341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
HMGB4Q8WW32 CPNE1-202ENST00000352393 2147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
HMGB4Q8WW32 LGI4-206ENST00000591633 1113 ntTSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
HMGB4Q8WW32 SIRT7-201ENST00000328666 1743 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
HMGB4Q8WW32 GNPTG-201ENST00000204679 1983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
HMGB4Q8WW32 TTBK2-207ENST00000567840 1961 ntTSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
HMGB4Q8WW32 FKBP8-209ENST00000597960 1781 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.35■■□□□ 1.17
HMGB4Q8WW32 MED17-227ENST00000640521 2047 ntTSL 5 BASIC22.35■■□□□ 1.17
HMGB4Q8WW32 NIPSNAP2-205ENST00000446778 1882 ntTSL 2 BASIC22.35■■□□□ 1.17
HMGB4Q8WW32 MBD3-202ENST00000434436 2439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
HMGB4Q8WW32 PRKCZ-AS1-201ENST00000333854 1253 ntTSL 2 BASIC22.35■■□□□ 1.17
HMGB4Q8WW32 SLC35A3-213ENST00000638988 1286 ntTSL 5 BASIC22.35■■□□□ 1.17
HMGB4Q8WW32 OTUD5-202ENST00000376488 2692 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
HMGB4Q8WW32 BBC3-202ENST00000341983 1538 ntTSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
HMGB4Q8WW32 PLBD2-202ENST00000545182 2321 ntTSL 2 BASIC22.35■■□□□ 1.17
HMGB4Q8WW32 AL391650.1-201ENST00000448923 1468 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
HMGB4Q8WW32 MAPK8IP1P2-201ENST00000580257 1472 ntBASIC22.34■■□□□ 1.17
HMGB4Q8WW32 IFNGR2-202ENST00000381995 1742 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.34■■□□□ 1.17
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 35.3 ms