Protein–RNA interactions for Protein: Q9UHB6

LIMA1, LIM domain and actin-binding protein 1, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 759 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMA1Q9UHB6 AC144652.1-201ENST00000609974 1624 ntBASIC24.46■■□□□ 1.51
LIMA1Q9UHB6 CBWD3-213ENST00000618217 1611 ntTSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
LIMA1Q9UHB6 NOTUM-201ENST00000409678 2329 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
LIMA1Q9UHB6 NELFCD-213ENST00000602795 2305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
LIMA1Q9UHB6 IRX4-201ENST00000231357 2221 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
LIMA1Q9UHB6 SLC35A3-204ENST00000427993 2062 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.46■■□□□ 1.51
LIMA1Q9UHB6 GRM6-202ENST00000517717 2673 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.46■■□□□ 1.51
LIMA1Q9UHB6 MT2A-201ENST00000245185 786 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
LIMA1Q9UHB6 FAM120C-203ENST00000477084 1140 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
LIMA1Q9UHB6 AC119427.1-201ENST00000633182 556 ntTSL 4 BASIC24.46■■□□□ 1.51
LIMA1Q9UHB6 AC064853.4-201ENST00000641394 363 ntAPPRIS P1 BASIC24.46■■□□□ 1.51
LIMA1Q9UHB6 XBP1-201ENST00000216037 1850 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
LIMA1Q9UHB6 ADAD2-201ENST00000268624 2283 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.46■■□□□ 1.51
LIMA1Q9UHB6 SLC25A47-202ENST00000557052 1552 ntTSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
LIMA1Q9UHB6 NR0B1-202ENST00000378970 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.51
LIMA1Q9UHB6 CREB1-205ENST00000430624 2005 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.45■■□□□ 1.51
LIMA1Q9UHB6 SRSF11-203ENST00000370951 2385 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.51
LIMA1Q9UHB6 TMEM179-204ENST00000556573 1430 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.45■■□□□ 1.51
LIMA1Q9UHB6 OPN3-201ENST00000366554 2620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
LIMA1Q9UHB6 BRI3-201ENST00000297290 780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
LIMA1Q9UHB6 IGFBP6-201ENST00000301464 1169 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
LIMA1Q9UHB6 PROSER2-202ENST00000379200 1232 ntAPPRIS ALT2 BASIC24.45■■□□□ 1.5
LIMA1Q9UHB6 UBFD1-208ENST00000567264 642 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.45■■□□□ 1.5
LIMA1Q9UHB6 FARP2-223ENST00000627550 2122 ntTSL 2 BASIC24.45■■□□□ 1.5
LIMA1Q9UHB6 BLOC1S4-201ENST00000320776 1617 ntAPPRIS P1 BASIC24.45■■□□□ 1.5
LIMA1Q9UHB6 HTRA2-202ENST00000352222 1450 ntTSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
LIMA1Q9UHB6 ZNF428-201ENST00000300811 1412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
LIMA1Q9UHB6 MIR222HG-201ENST00000602461 1379 ntTSL 5 BASIC24.44■■□□□ 1.5
LIMA1Q9UHB6 SIGMAR1-201ENST00000277010 1656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
LIMA1Q9UHB6 AC139530.1-201ENST00000575312 1977 ntBASIC24.44■■□□□ 1.5
LIMA1Q9UHB6 MRGPRF-203ENST00000441623 2282 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.44■■□□□ 1.5
LIMA1Q9UHB6 NHLH1-201ENST00000302101 2563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
LIMA1Q9UHB6 TK2-202ENST00000417693 1046 ntTSL 2 BASIC24.44■■□□□ 1.5
LIMA1Q9UHB6 QDPR-208ENST00000513615 1188 ntTSL 2 BASIC24.44■■□□□ 1.5
LIMA1Q9UHB6 PKNOX2-AS1-201ENST00000532316 586 ntTSL 3 BASIC24.44■■□□□ 1.5
LIMA1Q9UHB6 CTDSP2-203ENST00000547701 988 ntTSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
LIMA1Q9UHB6 AC103724.3-201ENST00000564481 992 ntBASIC24.44■■□□□ 1.5
LIMA1Q9UHB6 AC012354.3-201ENST00000623734 483 ntBASIC24.44■■□□□ 1.5
LIMA1Q9UHB6 CHADL-201ENST00000216241 2533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
LIMA1Q9UHB6 DAZAP1-211ENST00000592522 2157 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.44■■□□□ 1.5
LIMA1Q9UHB6 GAS2L1-206ENST00000610653 2238 ntTSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
LIMA1Q9UHB6 TMEM165-201ENST00000381334 1928 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
LIMA1Q9UHB6 PICK1-202ENST00000404072 2164 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.43■■□□□ 1.5
LIMA1Q9UHB6 CACNG6-203ENST00000352529 1635 ntTSL 5 BASIC24.43■■□□□ 1.5
LIMA1Q9UHB6 CD63-201ENST00000257857 1070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
LIMA1Q9UHB6 SENP5-202ENST00000419026 973 ntTSL 3 BASIC24.43■■□□□ 1.5
LIMA1Q9UHB6 SARDH-203ENST00000371868 2266 ntTSL 2 BASIC24.43■■□□□ 1.5
LIMA1Q9UHB6 EFCAB1-202ENST00000433756 2286 ntTSL 2 BASIC24.43■■□□□ 1.5
LIMA1Q9UHB6 RNF39-202ENST00000376751 1970 ntTSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
LIMA1Q9UHB6 HSD11B1L-217ENST00000581521 1884 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.43■■□□□ 1.5
LIMA1Q9UHB6 WRNIP1-203ENST00000380771 2595 ntTSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
LIMA1Q9UHB6 C7orf25-203ENST00000431882 1645 ntTSL 2 BASIC24.43■■□□□ 1.5
LIMA1Q9UHB6 CCM2-206ENST00000474617 1532 ntTSL 5 BASIC24.42■■□□□ 1.5
LIMA1Q9UHB6 LMTK3-201ENST00000270238 4972 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
LIMA1Q9UHB6 STMN4-201ENST00000265770 1250 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
LIMA1Q9UHB6 EIF3J-203ENST00000535391 925 ntTSL 2 BASIC24.42■■□□□ 1.5
LIMA1Q9UHB6 AC137630.3-201ENST00000607245 391 ntBASIC24.42■■□□□ 1.5
LIMA1Q9UHB6 TANGO2-210ENST00000432883 2084 ntTSL 2 BASIC24.42■■□□□ 1.5
LIMA1Q9UHB6 POLR2J3-220ENST00000613744 2096 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
LIMA1Q9UHB6 SMG7-AS1-201ENST00000421703 2220 ntTSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
LIMA1Q9UHB6 MFSD7-202ENST00000347950 1599 ntTSL 2 BASIC24.42■■□□□ 1.5
LIMA1Q9UHB6 NEUROG3-201ENST00000242462 1376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
LIMA1Q9UHB6 ASCC1-204ENST00000394915 1510 ntTSL 5 BASIC24.41■■□□□ 1.5
LIMA1Q9UHB6 PPT2-244ENST00000324816 2053 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
LIMA1Q9UHB6 ST7L-201ENST00000343210 1866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
LIMA1Q9UHB6 AKT2-234ENST00000579047 2029 ntTSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
LIMA1Q9UHB6 TMEM147-203ENST00000392205 767 ntTSL 2 BASIC24.41■■□□□ 1.5
LIMA1Q9UHB6 DSG2-202ENST00000585206 1081 ntTSL 2 BASIC24.41■■□□□ 1.5
LIMA1Q9UHB6 SEC11C-204ENST00000587834 1202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
LIMA1Q9UHB6 AC243829.1-202ENST00000618848 486 ntTSL 3 BASIC24.41■■□□□ 1.5
LIMA1Q9UHB6 BIN1-209ENST00000393040 2293 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
LIMA1Q9UHB6 AC087742.1-201ENST00000575880 1738 ntBASIC24.41■■□□□ 1.5
LIMA1Q9UHB6 SLC35D3-201ENST00000331858 2359 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
LIMA1Q9UHB6 AC012645.1-201ENST00000515455 1650 ntTSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
LIMA1Q9UHB6 LMF1-202ENST00000543238 2103 ntTSL 2 BASIC24.4■■□□□ 1.5
LIMA1Q9UHB6 ATMIN-201ENST00000299575 4884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
LIMA1Q9UHB6 CACNB1-203ENST00000394310 1753 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
LIMA1Q9UHB6 RFLNA-202ENST00000338359 652 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
LIMA1Q9UHB6 VSTM2L-201ENST00000373459 831 ntTSL 3 BASIC24.4■■□□□ 1.5
LIMA1Q9UHB6 EPM2A-202ENST00000435470 1278 ntTSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
LIMA1Q9UHB6 AL033527.3-201ENST00000566366 1196 ntBASIC24.4■■□□□ 1.5
LIMA1Q9UHB6 SESN3-202ENST00000416495 1408 ntTSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
LIMA1Q9UHB6 PRKACA-201ENST00000308677 2677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
LIMA1Q9UHB6 GUSB-201ENST00000304895 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
LIMA1Q9UHB6 CLN6-201ENST00000249806 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.5
LIMA1Q9UHB6 NHLRC4-202ENST00000540585 2071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.5
LIMA1Q9UHB6 GADD45GIP1-201ENST00000316939 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.5
LIMA1Q9UHB6 ODF3L2-201ENST00000315489 1604 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.5
LIMA1Q9UHB6 C6orf89-201ENST00000355190 1309 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.5
LIMA1Q9UHB6 TDRKH-205ENST00000368827 2318 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.5
LIMA1Q9UHB6 WWC2-AS2-201ENST00000578387 2183 ntBASIC24.39■■□□□ 1.5
LIMA1Q9UHB6 CACNB1-201ENST00000344140 1889 ntTSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.5
LIMA1Q9UHB6 SNAI3-AS1-203ENST00000565633 829 ntTSL 5 BASIC24.39■■□□□ 1.49
LIMA1Q9UHB6 AC093390.2-201ENST00000638628 1007 ntTSL 5 BASIC24.39■■□□□ 1.49
LIMA1Q9UHB6 CACYBP-201ENST00000367679 2766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
LIMA1Q9UHB6 PRPSAP2-201ENST00000268835 1910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
LIMA1Q9UHB6 U2AF2-202ENST00000450554 3022 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
LIMA1Q9UHB6 WRNIP1-204ENST00000380773 2670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
LIMA1Q9UHB6 ORAI1-202ENST00000617316 2138 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
LIMA1Q9UHB6 ZCCHC2-201ENST00000269499 5959 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.38■■□□□ 1.49
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 24.6 ms