Protein–RNA interactions for Protein: Q53GS9

USP39, U4/U6.U5 tri-snRNP-associated protein 2, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 565 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP39Q53GS9 LHPP-201ENST00000368839 1522 ntTSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
USP39Q53GS9 ST7L-221ENST00000490067 1780 ntTSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
USP39Q53GS9 HSPBP1-206ENST00000587922 1449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
USP39Q53GS9 HAUS7-202ENST00000370211 1363 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.22
USP39Q53GS9 LINC01124-201ENST00000409786 2117 ntBASIC22.64■■□□□ 1.22
USP39Q53GS9 USF2-207ENST00000595068 1612 ntTSL 5 BASIC22.64■■□□□ 1.22
USP39Q53GS9 TSNARE1-208ENST00000524325 1963 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.64■■□□□ 1.21
USP39Q53GS9 UBE2C-202ENST00000335046 737 ntTSL 2 BASIC22.64■■□□□ 1.21
USP39Q53GS9 EIF6-203ENST00000374450 1289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
USP39Q53GS9 ZEB1-AS1-201ENST00000423714 456 ntTSL 3 BASIC22.64■■□□□ 1.21
USP39Q53GS9 AC012313.1-204ENST00000444227 462 ntTSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
USP39Q53GS9 LRRC37A17P-202ENST00000570478 572 ntTSL 4 BASIC22.64■■□□□ 1.21
USP39Q53GS9 SUZ12P1-202ENST00000578070 929 ntTSL 5 BASIC22.64■■□□□ 1.21
USP39Q53GS9 AL133516.1-201ENST00000633012 540 ntTSL 5 BASIC22.64■■□□□ 1.21
USP39Q53GS9 PLEKHA8-202ENST00000396257 1907 ntTSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
USP39Q53GS9 ANKRD53-204ENST00000457410 1671 ntTSL 5 BASIC22.64■■□□□ 1.21
USP39Q53GS9 EPM2A-209ENST00000638262 2679 ntTSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
USP39Q53GS9 CD37-213ENST00000598095 1598 ntTSL 2 BASIC22.63■■□□□ 1.21
USP39Q53GS9 AC141586.4-201ENST00000624558 1573 ntBASIC22.63■■□□□ 1.21
USP39Q53GS9 SLC35C1-202ENST00000442528 1756 ntTSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
USP39Q53GS9 AZIN2-201ENST00000294517 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
USP39Q53GS9 ZNHIT2-201ENST00000310597 1306 ntAPPRIS P1 BASIC22.63■■□□□ 1.21
USP39Q53GS9 C11orf96-201ENST00000339446 1308 ntTSL 5 BASIC22.63■■□□□ 1.21
USP39Q53GS9 C12orf75-208ENST00000612117 1329 ntTSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
USP39Q53GS9 NRL-202ENST00000396997 1517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
USP39Q53GS9 GTSE1-AS1-202ENST00000623117 1518 ntBASIC22.63■■□□□ 1.21
USP39Q53GS9 TSEN54-201ENST00000333213 1944 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
USP39Q53GS9 KRT10-201ENST00000269576 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
USP39Q53GS9 SYNGR3-201ENST00000248121 2051 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
USP39Q53GS9 CTNNAL1-202ENST00000374593 761 ntTSL 3 BASIC22.63■■□□□ 1.21
USP39Q53GS9 MFSD14C-201ENST00000375223 619 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.63■■□□□ 1.21
USP39Q53GS9 AC123595.1-201ENST00000440769 1046 ntBASIC22.63■■□□□ 1.21
USP39Q53GS9 LRRK1-208ENST00000532029 1241 ntTSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
USP39Q53GS9 AP001107.5-202ENST00000533759 948 ntTSL 5 BASIC22.63■■□□□ 1.21
USP39Q53GS9 AL583722.4-201ENST00000555524 716 ntTSL 3 BASIC22.63■■□□□ 1.21
USP39Q53GS9 AC006538.2-201ENST00000586572 543 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC22.63■■□□□ 1.21
USP39Q53GS9 AL031602.1-201ENST00000633169 911 ntBASIC22.63■■□□□ 1.21
USP39Q53GS9 ZNF503-AS2-201ENST00000425916 2026 ntTSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
USP39Q53GS9 SPI1-202ENST00000378538 1403 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
USP39Q53GS9 ZFYVE19-201ENST00000299173 1555 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
USP39Q53GS9 AF117829.1-201ENST00000519655 1398 ntTSL 5 BASIC22.63■■□□□ 1.21
USP39Q53GS9 SLC22A31-206ENST00000614943 1860 ntTSL 5 BASIC22.62■■□□□ 1.21
USP39Q53GS9 DENND5A-201ENST00000328194 5031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
USP39Q53GS9 NOCT-201ENST00000280614 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
USP39Q53GS9 GUK1-207ENST00000366726 873 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC22.62■■□□□ 1.21
USP39Q53GS9 PRDX4-202ENST00000379341 1005 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
USP39Q53GS9 KRTAP5-2-201ENST00000412090 1118 ntAPPRIS P1 BASIC22.62■■□□□ 1.21
USP39Q53GS9 NDUFAF8-201ENST00000431388 615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
USP39Q53GS9 GLI4-210ENST00000523522 1297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
USP39Q53GS9 NKX2-3-201ENST00000344586 2097 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.62■■□□□ 1.21
USP39Q53GS9 MSX2-201ENST00000239243 2241 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
USP39Q53GS9 PPAN-201ENST00000253107 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
USP39Q53GS9 ODF3L2-201ENST00000315489 1604 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
USP39Q53GS9 UXS1-201ENST00000283148 2099 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.61■■□□□ 1.21
USP39Q53GS9 FEZ2-203ENST00000379245 2097 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
USP39Q53GS9 AC027612.3-201ENST00000413684 1047 ntBASIC22.61■■□□□ 1.21
USP39Q53GS9 TANGO2-207ENST00000420290 1859 ntTSL 2 BASIC22.61■■□□□ 1.21
USP39Q53GS9 AP003419.1-201ENST00000535922 470 ntTSL 3 BASIC22.61■■□□□ 1.21
USP39Q53GS9 TUNAR-203ENST00000554321 767 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC22.61■■□□□ 1.21
USP39Q53GS9 DUX4L2-201ENST00000561772 1275 ntBASIC22.61■■□□□ 1.21
USP39Q53GS9 DUX4-206ENST00000616166 1275 ntAPPRIS P2 BASIC22.61■■□□□ 1.21
USP39Q53GS9 DUX4L6-201ENST00000626483 1275 ntBASIC22.61■■□□□ 1.21
USP39Q53GS9 DUX4L1-201ENST00000627662 1275 ntBASIC22.61■■□□□ 1.21
USP39Q53GS9 DUX4L8-201ENST00000629013 1275 ntBASIC22.61■■□□□ 1.21
USP39Q53GS9 DUX4L3-201ENST00000630187 1275 ntBASIC22.61■■□□□ 1.21
USP39Q53GS9 DUX4L7-201ENST00000630678 1275 ntBASIC22.61■■□□□ 1.21
USP39Q53GS9 DUX4L5-201ENST00000630834 1275 ntBASIC22.61■■□□□ 1.21
USP39Q53GS9 AL831711.1-201ENST00000636824 569 ntTSL 4 BASIC22.61■■□□□ 1.21
USP39Q53GS9 DGCR6-208ENST00000608842 1837 ntTSL 2 BASIC22.61■■□□□ 1.21
USP39Q53GS9 LENG1-201ENST00000222224 1542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
USP39Q53GS9 CAPN10-207ENST00000391984 2644 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
USP39Q53GS9 IDH2-202ENST00000540499 1453 ntTSL 2 BASIC22.6■■□□□ 1.21
USP39Q53GS9 CDIPT-210ENST00000570016 1346 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.6■■□□□ 1.21
USP39Q53GS9 TMEM51-205ENST00000434578 1861 ntTSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
USP39Q53GS9 PTRH1-205ENST00000423807 1570 ntTSL 2 BASIC22.6■■□□□ 1.21
USP39Q53GS9 SLBP-206ENST00000489418 1977 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
USP39Q53GS9 MPC1-202ENST00000360961 962 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.6■■□□□ 1.21
USP39Q53GS9 CCDC115-202ENST00000409127 1247 ntTSL 2 BASIC22.6■■□□□ 1.21
USP39Q53GS9 ABHD8-201ENST00000247706 2090 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
USP39Q53GS9 GALNT12-201ENST00000375011 2735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
USP39Q53GS9 SLC9A3-201ENST00000264938 2584 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
USP39Q53GS9 RCC2-201ENST00000375433 2030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
USP39Q53GS9 SLC22A18-201ENST00000312221 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
USP39Q53GS9 MEIS3-201ENST00000331559 2104 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.6■■□□□ 1.21
USP39Q53GS9 ARHGEF9-210ENST00000623517 2143 ntTSL 2 BASIC22.6■■□□□ 1.21
USP39Q53GS9 CYB561D2-205ENST00000425346 1319 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
USP39Q53GS9 GP1BB-201ENST00000366425 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
USP39Q53GS9 TMEM202-AS1-202ENST00000565181 2325 ntBASIC22.59■■□□□ 1.21
USP39Q53GS9 NR2F1-AS1-210ENST00000606739 1431 ntTSL 2 BASIC22.59■■□□□ 1.21
USP39Q53GS9 RABGGTA-202ENST00000399409 2265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
USP39Q53GS9 AIDA-202ENST00000355727 1072 ntTSL 5 BASIC22.59■■□□□ 1.21
USP39Q53GS9 AC019068.1-201ENST00000415226 552 ntTSL 4 BASIC22.59■■□□□ 1.21
USP39Q53GS9 IGHV3-19-201ENST00000521488 291 ntBASIC22.59■■□□□ 1.21
USP39Q53GS9 AL117348.2-201ENST00000432920 1625 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.59■■□□□ 1.21
USP39Q53GS9 SYNGR3-202ENST00000562045 1743 ntTSL 2 BASIC22.59■■□□□ 1.21
USP39Q53GS9 EML2-209ENST00000587152 2763 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.59■■□□□ 1.21
USP39Q53GS9 RAB11FIP1-203ENST00000522727 1866 ntTSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
USP39Q53GS9 P4HA3-201ENST00000331597 2274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
USP39Q53GS9 CD47-202ENST00000361309 1285 ntTSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
USP39Q53GS9 FAM219A-202ENST00000379078 770 ntTSL 3 BASIC22.58■■□□□ 1.21
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 32.6 ms