Protein–RNA interactions for Protein: P48059

LIMS1, LIM and senescent cell antigen-like-containing domain protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 325 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMS1P48059 ZNF568-208ENST00000586353 1902 ntTSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
LIMS1P48059 SLC12A5-AS1-202ENST00000535913 1957 ntTSL 2 BASIC20.49■□□□□ 0.87
LIMS1P48059 RAB4B-203ENST00000594800 1173 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.49■□□□□ 0.87
LIMS1P48059 AC074183.2-201ENST00000623112 922 ntBASIC20.49■□□□□ 0.87
LIMS1P48059 ST7L-201ENST00000343210 1866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
LIMS1P48059 PSPH-202ENST00000395471 2178 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
LIMS1P48059 AL117348.2-201ENST00000432920 1625 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.49■□□□□ 0.87
LIMS1P48059 BIN1-209ENST00000393040 2293 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
LIMS1P48059 TLX2-201ENST00000233638 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
LIMS1P48059 SH2B1-204ENST00000395532 2529 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.48■□□□□ 0.87
LIMS1P48059 CNPY3-202ENST00000394142 954 ntTSL 5 BASIC20.48■□□□□ 0.87
LIMS1P48059 VSTM2A-202ENST00000402613 1076 ntTSL 2 BASIC20.48■□□□□ 0.87
LIMS1P48059 CDCA5-202ENST00000404147 1012 ntTSL 2 BASIC20.48■□□□□ 0.87
LIMS1P48059 USF2-207ENST00000595068 1612 ntTSL 5 BASIC20.48■□□□□ 0.87
LIMS1P48059 VSX1-205ENST00000429762 1977 ntTSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
LIMS1P48059 YWHAZ-205ENST00000395956 2974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
LIMS1P48059 NR5A1-204ENST00000620110 2975 ntTSL 5 BASIC20.48■□□□□ 0.87
LIMS1P48059 RHOT1-205ENST00000545287 2516 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC20.48■□□□□ 0.87
LIMS1P48059 SPG21-202ENST00000416889 1533 ntTSL 2 BASIC20.48■□□□□ 0.87
LIMS1P48059 LGALS9C-201ENST00000328114 1730 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
LIMS1P48059 SLC35F5-203ENST00000409342 2284 ntTSL 2 BASIC20.47■□□□□ 0.87
LIMS1P48059 VGLL3-201ENST00000383698 2475 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
LIMS1P48059 GADD45GIP1-201ENST00000316939 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
LIMS1P48059 CXCL14-201ENST00000337225 1971 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
LIMS1P48059 GBX1-201ENST00000297537 1092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
LIMS1P48059 TNFRSF12A-201ENST00000326577 1033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
LIMS1P48059 BEX3-202ENST00000372634 753 ntTSL 2 BASIC20.47■□□□□ 0.87
LIMS1P48059 ENHO-201ENST00000399775 1082 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.47■□□□□ 0.87
LIMS1P48059 AL033527.3-201ENST00000566366 1196 ntBASIC20.47■□□□□ 0.87
LIMS1P48059 THA1P-201ENST00000590384 1145 ntBASIC20.47■□□□□ 0.87
LIMS1P48059 BHLHE23-202ENST00000612929 1109 ntBASIC20.47■□□□□ 0.87
LIMS1P48059 KLF16-204ENST00000617223 1133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
LIMS1P48059 AC092053.2-201ENST00000640557 1818 ntBASIC20.47■□□□□ 0.87
LIMS1P48059 RITA1-202ENST00000549621 2041 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.47■□□□□ 0.87
LIMS1P48059 SLC18A3-201ENST00000374115 2420 ntAPPRIS P1 BASIC20.47■□□□□ 0.87
LIMS1P48059 STEAP2-207ENST00000402625 1372 ntTSL 5 BASIC20.46■□□□□ 0.87
LIMS1P48059 TANGO2-210ENST00000432883 2084 ntTSL 2 BASIC20.46■□□□□ 0.87
LIMS1P48059 REEP5-202ENST00000379638 3326 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
LIMS1P48059 ASPSCR1-208ENST00000580534 1776 ntTSL 2 BASIC20.46■□□□□ 0.87
LIMS1P48059 GSX2-201ENST00000326902 1812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
LIMS1P48059 FAM66C-208ENST00000541558 2087 ntTSL 2 BASIC20.46■□□□□ 0.87
LIMS1P48059 RASSF5-202ENST00000579436 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
LIMS1P48059 SYNGR3-202ENST00000562045 1743 ntTSL 2 BASIC20.45■□□□□ 0.86
LIMS1P48059 AC087742.1-201ENST00000575880 1738 ntBASIC20.45■□□□□ 0.86
LIMS1P48059 NRL-203ENST00000397002 1976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
LIMS1P48059 AC080038.3-201ENST00000623346 1952 ntBASIC20.45■□□□□ 0.86
LIMS1P48059 ARL13B-205ENST00000471138 2206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
LIMS1P48059 HAGHL-205ENST00000561546 1041 ntTSL 2 BASIC20.45■□□□□ 0.86
LIMS1P48059 C11orf96-202ENST00000528572 1834 ntBASIC20.45■□□□□ 0.86
LIMS1P48059 MYCN-201ENST00000281043 2602 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.45■□□□□ 0.86
LIMS1P48059 SEPT5-201ENST00000383045 1588 ntTSL 5 BASIC20.45■□□□□ 0.86
LIMS1P48059 SIGLEC15-201ENST00000389474 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
LIMS1P48059 DHRS11-215ENST00000618403 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
LIMS1P48059 MPST-202ENST00000397225 2116 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.45■□□□□ 0.86
LIMS1P48059 CNEP1R1-202ENST00000427478 2117 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
LIMS1P48059 RBPJL-202ENST00000372741 1636 ntTSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
LIMS1P48059 IL15RA-204ENST00000379977 1626 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
LIMS1P48059 NKX6-3-201ENST00000518699 1352 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.45■□□□□ 0.86
LIMS1P48059 AC145124.1-201ENST00000528514 1361 ntTSL 2 BASIC20.45■□□□□ 0.86
LIMS1P48059 SIMC1-202ENST00000341199 2056 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC20.44■□□□□ 0.86
LIMS1P48059 PITX1-201ENST00000265340 2406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
LIMS1P48059 PLPP5-203ENST00000424479 2130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
LIMS1P48059 ABCG4-204ENST00000615496 2459 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.44■□□□□ 0.86
LIMS1P48059 PICK1-202ENST00000404072 2164 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.44■□□□□ 0.86
LIMS1P48059 DMPK-220ENST00000618091 2503 ntTSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
LIMS1P48059 C9orf147-202ENST00000457681 561 ntTSL 2 BASIC20.44■□□□□ 0.86
LIMS1P48059 ERO1A-211ENST00000629528 998 ntTSL 5 BASIC20.44■□□□□ 0.86
LIMS1P48059 SLC25A1-201ENST00000215882 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
LIMS1P48059 JAGN1-201ENST00000307768 1693 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
LIMS1P48059 MAP3K5-201ENST00000359015 5197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
LIMS1P48059 CDKN1C-202ENST00000414822 2051 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
LIMS1P48059 HSF4-225ENST00000584272 1549 ntTSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
LIMS1P48059 HEXB-201ENST00000261416 1901 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
LIMS1P48059 TMEM259-202ENST00000356663 2748 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
LIMS1P48059 PDLIM2-216ENST00000464275 1995 ntTSL 2 BASIC20.43■□□□□ 0.86
LIMS1P48059 TMEM230-205ENST00000379279 1636 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.43■□□□□ 0.86
LIMS1P48059 EPB41L4B-202ENST00000374566 5800 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
LIMS1P48059 PRELID1-201ENST00000303204 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
LIMS1P48059 AC009511.2-201ENST00000545904 679 ntTSL 2 BASIC20.43■□□□□ 0.86
LIMS1P48059 MCRIP1-210ENST00000576431 577 ntTSL 5 BASIC20.43■□□□□ 0.86
LIMS1P48059 AC010980.1-201ENST00000587192 1142 ntBASIC20.43■□□□□ 0.86
LIMS1P48059 H2AFB1-201ENST00000620016 587 ntAPPRIS P1 BASIC20.43■□□□□ 0.86
LIMS1P48059 DYRK1B-204ENST00000593685 2724 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC20.43■□□□□ 0.86
LIMS1P48059 TRIM54-202ENST00000380075 1967 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
LIMS1P48059 GPR137B-202ENST00000366592 2042 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
LIMS1P48059 C7orf25-203ENST00000431882 1645 ntTSL 2 BASIC20.42■□□□□ 0.86
LIMS1P48059 LSM14B-201ENST00000279068 2548 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.42■□□□□ 0.86
LIMS1P48059 TSPY13P-201ENST00000338964 914 ntBASIC20.42■□□□□ 0.86
LIMS1P48059 NDUFA10-204ENST00000407129 699 ntTSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
LIMS1P48059 QDPR-208ENST00000513615 1188 ntTSL 2 BASIC20.42■□□□□ 0.86
LIMS1P48059 EFS-203ENST00000429593 2610 ntTSL 2 BASIC20.42■□□□□ 0.86
LIMS1P48059 MARCH2-201ENST00000215555 1376 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.42■□□□□ 0.86
LIMS1P48059 C1orf35-201ENST00000272139 1427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
LIMS1P48059 CCDC106-205ENST00000588740 1404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
LIMS1P48059 CRHR1-202ENST00000314537 2535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
LIMS1P48059 RANBP10-202ENST00000448631 2232 ntTSL 2 BASIC20.41■□□□□ 0.86
LIMS1P48059 AC078883.1-201ENST00000442417 950 ntTSL 3 BASIC20.41■□□□□ 0.86
LIMS1P48059 AC010913.1-201ENST00000608612 420 ntTSL 2 BASIC20.41■□□□□ 0.86
LIMS1P48059 UBTF-213ENST00000533177 3011 ntTSL 5 BASIC20.41■□□□□ 0.86
LIMS1P48059 TMEM44-211ENST00000473092 1508 ntTSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 31.2 ms