Protein–RNA interactions for Protein: Q13428

TCOF1, Treacle protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,488 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TCOF1Q13428 ENSA-208ENST00000369014 2085 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
TCOF1Q13428 SMUG1-220ENST00000513838 2119 ntTSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
TCOF1Q13428 CCAR2-202ENST00000389279 3980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
TCOF1Q13428 ELL-201ENST00000262809 4027 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
TCOF1Q13428 SIGLEC16-202ENST00000602139 2510 ntTSL 5 BASIC20.31■□□□□ 0.84
TCOF1Q13428 NR2C2AP-201ENST00000331552 1293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
TCOF1Q13428 USMG5-205ENST00000369825 789 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.31■□□□□ 0.84
TCOF1Q13428 NR2C2AP-202ENST00000420605 859 ntTSL 2 BASIC20.31■□□□□ 0.84
TCOF1Q13428 FRGCA-201ENST00000424933 422 ntTSL 3 BASIC20.31■□□□□ 0.84
TCOF1Q13428 AP005273.1-201ENST00000444862 522 ntTSL 3 BASIC20.31■□□□□ 0.84
TCOF1Q13428 B9D1-206ENST00000461069 923 ntTSL 2 BASIC20.31■□□□□ 0.84
TCOF1Q13428 AC114812.4-201ENST00000506676 757 ntBASIC20.31■□□□□ 0.84
TCOF1Q13428 IGHVII-74-1-201ENST00000517572 241 ntBASIC20.31■□□□□ 0.84
TCOF1Q13428 TNFRSF10A-204ENST00000613472 978 ntTSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
TCOF1Q13428 ERAS-202ENST00000636362 826 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.31■□□□□ 0.84
TCOF1Q13428 DHX16-201ENST00000376437 1933 ntTSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
TCOF1Q13428 SMYD5-202ENST00000389501 2593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
TCOF1Q13428 LIMS1-204ENST00000409441 1627 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
TCOF1Q13428 NIPAL2-201ENST00000341166 4581 ntTSL 2 BASIC20.31■□□□□ 0.84
TCOF1Q13428 CRKL-201ENST00000354336 5325 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
TCOF1Q13428 OLAH-203ENST00000378228 1675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
TCOF1Q13428 AP002414.2-201ENST00000591780 3365 ntBASIC20.31■□□□□ 0.84
TCOF1Q13428 MSNP1-201ENST00000511640 1732 ntBASIC20.31■□□□□ 0.84
TCOF1Q13428 DYRK1B-202ENST00000348817 2448 ntTSL 5 BASIC20.31■□□□□ 0.84
TCOF1Q13428 PHKG1-210ENST00000537360 2139 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
TCOF1Q13428 SEPT10-208ENST00000437928 1782 ntTSL 5 BASIC20.31■□□□□ 0.84
TCOF1Q13428 AP003555.1-202ENST00000511013 1755 ntTSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
TCOF1Q13428 LINC02347-203ENST00000540774 1442 ntTSL 5 BASIC20.31■□□□□ 0.84
TCOF1Q13428 AC041040.2-201ENST00000622926 2899 ntBASIC20.31■□□□□ 0.84
TCOF1Q13428 AP000787.1-205ENST00000536683 1485 ntTSL 5 BASIC20.31■□□□□ 0.84
TCOF1Q13428 SLC25A27-201ENST00000371347 2963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
TCOF1Q13428 CALCOCO1-218ENST00000550804 2291 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
TCOF1Q13428 BHLHE41-201ENST00000242728 3837 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
TCOF1Q13428 ARHGAP36-201ENST00000276211 3083 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.31■□□□□ 0.84
TCOF1Q13428 SOX30-202ENST00000311371 2716 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
TCOF1Q13428 ZFYVE27-202ENST00000357540 2765 ntTSL 2 BASIC20.31■□□□□ 0.84
TCOF1Q13428 ZFYVE27-204ENST00000370610 2769 ntTSL 2 BASIC20.31■□□□□ 0.84
TCOF1Q13428 PWP2-201ENST00000291576 3297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
TCOF1Q13428 PTCHD3-201ENST00000438700 2529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
TCOF1Q13428 MRPL55-207ENST00000366733 834 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.3■□□□□ 0.84
TCOF1Q13428 AC015691.1-201ENST00000394793 535 ntTSL 3 BASIC20.3■□□□□ 0.84
TCOF1Q13428 KCNK15-AS1-202ENST00000427303 528 ntTSL 5 BASIC20.3■□□□□ 0.84
TCOF1Q13428 FDPSP7-201ENST00000429043 1054 ntBASIC20.3■□□□□ 0.84
TCOF1Q13428 AC092295.1-201ENST00000446262 434 ntTSL 3 BASIC20.3■□□□□ 0.84
TCOF1Q13428 CTB-178M22.2-201ENST00000519795 503 ntTSL 4 BASIC20.3■□□□□ 0.84
TCOF1Q13428 AC008622.3-201ENST00000621170 600 ntBASIC20.3■□□□□ 0.84
TCOF1Q13428 ARHGEF26-AS1-204ENST00000491862 2598 ntTSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
TCOF1Q13428 NAMA-207ENST00000605707 1748 ntTSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
TCOF1Q13428 GPR45-201ENST00000258456 1307 ntAPPRIS P1 BASIC20.3■□□□□ 0.84
TCOF1Q13428 NRG1-211ENST00000520502 1330 ntTSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
TCOF1Q13428 ECI2-201ENST00000361538 1380 ntTSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
TCOF1Q13428 TP63-206ENST00000392463 1386 ntTSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
TCOF1Q13428 KCNAB2-219ENST00000602612 2396 ntTSL 2 BASIC20.3■□□□□ 0.84
TCOF1Q13428 LINC01285-204ENST00000634601 1947 ntTSL 5 BASIC20.3■□□□□ 0.84
TCOF1Q13428 RAB40A-201ENST00000304236 1969 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.3■□□□□ 0.84
TCOF1Q13428 ARF4-201ENST00000303436 1660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
TCOF1Q13428 DDX11L1-202ENST00000456328 1657 ntTSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
TCOF1Q13428 DDX11L10-202ENST00000513886 1652 ntTSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
TCOF1Q13428 DDX11L9-203ENST00000562189 1652 ntTSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
TCOF1Q13428 MEGF6-201ENST00000294599 4501 ntTSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
TCOF1Q13428 EIF3J-AS1-201ENST00000313807 2863 ntTSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
TCOF1Q13428 POU5F1-204ENST00000471529 1723 ntTSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
TCOF1Q13428 AGAP12P-201ENST00000585227 2359 ntBASIC20.3■□□□□ 0.84
TCOF1Q13428 PML-208ENST00000436891 3010 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.3■□□□□ 0.84
TCOF1Q13428 RCSD1-202ENST00000367854 3135 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
TCOF1Q13428 GLRX2-202ENST00000367440 1131 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
TCOF1Q13428 DBNDD2-207ENST00000372722 1202 ntTSL 3 BASIC20.3■□□□□ 0.84
TCOF1Q13428 PITHD1-202ENST00000374524 1292 ntTSL 3 BASIC20.3■□□□□ 0.84
TCOF1Q13428 REG3G-202ENST00000393897 856 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
TCOF1Q13428 KRT8P6-201ENST00000399259 1207 ntBASIC20.3■□□□□ 0.84
TCOF1Q13428 SNRPCP15-201ENST00000424055 192 ntBASIC20.3■□□□□ 0.84
TCOF1Q13428 LINC01502-203ENST00000447907 880 ntTSL 3 BASIC20.3■□□□□ 0.84
TCOF1Q13428 CDK7-211ENST00000514676 1164 ntTSL 5 BASIC20.3■□□□□ 0.84
TCOF1Q13428 GRAMD4P6-201ENST00000556999 244 ntBASIC20.3■□□□□ 0.84
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TCOF1Q13428 AC091588.3-201ENST00000583442 770 ntTSL 3 BASIC20.3■□□□□ 0.84
TCOF1Q13428 AL591926.3-201ENST00000611630 238 ntBASIC20.3■□□□□ 0.84
TCOF1Q13428 LINC01398-202ENST00000634819 1292 ntTSL 5 BASIC20.3■□□□□ 0.84
TCOF1Q13428 FCGR3A-208ENST00000638849 873 ntTSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
TCOF1Q13428 AC008038.1-201ENST00000634247 1314 ntBASIC20.3■□□□□ 0.84
TCOF1Q13428 AC005154.3-201ENST00000419639 1393 ntBASIC20.3■□□□□ 0.84
TCOF1Q13428 ARMC7-201ENST00000245543 2126 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
TCOF1Q13428 SSTR5-AS1-204ENST00000569832 2864 ntTSL 2 BASIC20.29■□□□□ 0.84
TCOF1Q13428 LRRC41-208ENST00000617760 2158 ntTSL 5 BASIC20.29■□□□□ 0.84
TCOF1Q13428 PALLD-215ENST00000512127 2958 ntTSL 2 BASIC20.29■□□□□ 0.84
TCOF1Q13428 DOC2B-203ENST00000613549 6048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
TCOF1Q13428 FUT4-201ENST00000358752 6059 ntAPPRIS P1 BASIC20.29■□□□□ 0.84
TCOF1Q13428 MAGI3-204ENST00000369617 3911 ntTSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
TCOF1Q13428 ZCCHC7-209ENST00000534928 2828 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
TCOF1Q13428 DDC-201ENST00000357936 1938 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
TCOF1Q13428 LRRC17-202ENST00000339431 1963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
TCOF1Q13428 PPP3CA-207ENST00000512215 4007 ntTSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
TCOF1Q13428 LINC01168-201ENST00000461291 5254 ntTSL 2 BASIC20.29■□□□□ 0.84
TCOF1Q13428 HIST2H2BE-201ENST00000369155 2194 ntAPPRIS P1 BASIC20.29■□□□□ 0.84
TCOF1Q13428 CAPN2-201ENST00000295006 3573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
TCOF1Q13428 ZMAT5-201ENST00000344318 899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
TCOF1Q13428 SLC35F2-201ENST00000375682 1076 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.29■□□□□ 0.84
TCOF1Q13428 RIC3-205ENST00000425599 867 ntTSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
TCOF1Q13428 SNRPD2P2-201ENST00000473818 333 ntBASIC20.29■□□□□ 0.84
TCOF1Q13428 AC087442.1-201ENST00000525563 249 ntTSL 2 BASIC20.29■□□□□ 0.84
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