Protein–RNA interactions for Protein: Q9NVE4

CCDC87, Coiled-coil domain-containing protein 87, humanhuman

Predictions only

Length 849 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC87Q9NVE4 SHMT1-203ENST00000354098 1656 ntTSL 1 (best) BASIC28.72■■■□□ 2.19
CCDC87Q9NVE4 AKAP17A-202ENST00000381261 2187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.72■■■□□ 2.19
CCDC87Q9NVE4 MAZ-203ENST00000545521 2333 ntTSL 1 (best) BASIC28.71■■■□□ 2.19
CCDC87Q9NVE4 ZFAND2B-202ENST00000409097 1765 ntTSL 2 BASIC28.71■■■□□ 2.19
CCDC87Q9NVE4 AURKAIP1-204ENST00000378853 875 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.71■■■□□ 2.19
CCDC87Q9NVE4 HES6-202ENST00000409002 1286 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.71■■■□□ 2.19
CCDC87Q9NVE4 TSEN15-207ENST00000533373 618 ntTSL 2 BASIC28.71■■■□□ 2.19
CCDC87Q9NVE4 MIF4GD-211ENST00000580571 952 ntTSL 2 BASIC28.71■■■□□ 2.19
CCDC87Q9NVE4 ANAPC11-219ENST00000583839 499 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.71■■■□□ 2.19
CCDC87Q9NVE4 POLD2-218ENST00000610533 1619 ntTSL 1 (best) BASIC28.71■■■□□ 2.19
CCDC87Q9NVE4 SPATA22-214ENST00000575375 1374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.71■■■□□ 2.19
CCDC87Q9NVE4 SIGLEC15-201ENST00000389474 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.71■■■□□ 2.19
CCDC87Q9NVE4 E2F5-203ENST00000418930 1890 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.7■■■□□ 2.19
CCDC87Q9NVE4 RAMP2-201ENST00000253796 780 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.7■■■□□ 2.18
CCDC87Q9NVE4 CLYBL-202ENST00000376354 1127 ntTSL 5 BASIC28.7■■■□□ 2.18
CCDC87Q9NVE4 GLI4-210ENST00000523522 1297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.7■■■□□ 2.18
CCDC87Q9NVE4 SCUBE1-208ENST00000615096 1119 ntTSL 2 BASIC28.7■■■□□ 2.18
CCDC87Q9NVE4 SMIM19-203ENST00000417410 1466 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.7■■■□□ 2.18
CCDC87Q9NVE4 PLPP1-201ENST00000264775 1550 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC28.7■■■□□ 2.18
CCDC87Q9NVE4 AP1S1-201ENST00000337619 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.69■■■□□ 2.18
CCDC87Q9NVE4 CACNG7-203ENST00000391767 2688 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.69■■■□□ 2.18
CCDC87Q9NVE4 TRIOBP-203ENST00000403663 2324 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.69■■■□□ 2.18
CCDC87Q9NVE4 CDKN2AIPNL-201ENST00000395009 800 ntTSL 1 (best) BASIC28.69■■■□□ 2.18
CCDC87Q9NVE4 ATE1-AS1-201ENST00000437593 951 ntTSL 2 BASIC28.69■■■□□ 2.18
CCDC87Q9NVE4 OR2I1P-207ENST00000453522 948 ntBASIC28.69■■■□□ 2.18
CCDC87Q9NVE4 OTUB1-212ENST00000543988 1259 ntTSL 1 (best) BASIC28.69■■■□□ 2.18
CCDC87Q9NVE4 GGA1-204ENST00000381756 2107 ntTSL 1 (best) BASIC28.69■■■□□ 2.18
CCDC87Q9NVE4 CTBP2-211ENST00000494626 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.69■■■□□ 2.18
CCDC87Q9NVE4 GSR-204ENST00000537535 1323 ntTSL 1 (best) BASIC28.69■■■□□ 2.18
CCDC87Q9NVE4 MYPOP-201ENST00000322217 1890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.68■■■□□ 2.18
CCDC87Q9NVE4 CDC20-202ENST00000372462 1777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.68■■■□□ 2.18
CCDC87Q9NVE4 HOXB7-201ENST00000239165 1371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.68■■■□□ 2.18
CCDC87Q9NVE4 RTL8C-201ENST00000257013 1181 ntAPPRIS P1 BASIC28.68■■■□□ 2.18
CCDC87Q9NVE4 AC019068.1-201ENST00000415226 552 ntTSL 4 BASIC28.68■■■□□ 2.18
CCDC87Q9NVE4 GXYLT1P2-201ENST00000433312 1230 ntBASIC28.68■■■□□ 2.18
CCDC87Q9NVE4 VPS53-216ENST00000574029 585 ntTSL 4 BASIC28.68■■■□□ 2.18
CCDC87Q9NVE4 LINC01342-201ENST00000416774 1620 ntTSL 1 (best) BASIC28.68■■■□□ 2.18
CCDC87Q9NVE4 SHF-207ENST00000560540 2062 ntTSL 5 BASIC28.68■■■□□ 2.18
CCDC87Q9NVE4 GALK1-201ENST00000225614 1445 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.68■■■□□ 2.18
CCDC87Q9NVE4 DCAF8-211ENST00000475733 1426 ntTSL 1 (best) BASIC28.68■■■□□ 2.18
CCDC87Q9NVE4 SLC35A2-205ENST00000376529 865 ntTSL 3 BASIC28.67■■■□□ 2.18
CCDC87Q9NVE4 PYCR3-203ENST00000433751 1000 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.67■■■□□ 2.18
CCDC87Q9NVE4 AL355877.1-204ENST00000451482 1078 ntTSL 1 (best) BASIC28.67■■■□□ 2.18
CCDC87Q9NVE4 RAB6A-204ENST00000536566 1267 ntTSL 5 BASIC28.67■■■□□ 2.18
CCDC87Q9NVE4 AC243773.2-201ENST00000616341 490 ntTSL 2 BASIC28.67■■■□□ 2.18
CCDC87Q9NVE4 POLR2E-214ENST00000619917 932 ntTSL 5 BASIC28.67■■■□□ 2.18
CCDC87Q9NVE4 ARPC5L-202ENST00000353214 2507 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.67■■■□□ 2.18
CCDC87Q9NVE4 HTATIP2-201ENST00000419348 1477 ntTSL 2 BASIC28.66■■■□□ 2.18
CCDC87Q9NVE4 HAR1A-201ENST00000433161 1882 ntTSL 1 (best) BASIC28.66■■■□□ 2.18
CCDC87Q9NVE4 KRT18P14-201ENST00000534205 1250 ntBASIC28.66■■■□□ 2.18
CCDC87Q9NVE4 SSPN-204ENST00000535504 419 ntTSL 1 (best) BASIC28.66■■■□□ 2.18
CCDC87Q9NVE4 TERF1P2-201ENST00000583350 1212 ntBASIC28.66■■■□□ 2.18
CCDC87Q9NVE4 FGF19-201ENST00000294312 2447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.66■■■□□ 2.18
CCDC87Q9NVE4 LHX3-201ENST00000371746 2403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.65■■■□□ 2.18
CCDC87Q9NVE4 SCN1B-206ENST00000638536 1600 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.65■■■□□ 2.18
CCDC87Q9NVE4 AC135731.1-201ENST00000569415 2548 ntBASIC28.65■■■□□ 2.18
CCDC87Q9NVE4 SOCS1-201ENST00000332029 1225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.65■■■□□ 2.18
CCDC87Q9NVE4 NTF6G-201ENST00000591094 616 ntBASIC28.65■■■□□ 2.18
CCDC87Q9NVE4 AF117829.1-207ENST00000504145 1572 ntTSL 3 BASIC28.65■■■□□ 2.18
CCDC87Q9NVE4 DISC1-220ENST00000602873 1553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.65■■■□□ 2.18
CCDC87Q9NVE4 ZIC2-201ENST00000376335 2983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.65■■■□□ 2.18
CCDC87Q9NVE4 HNRNPD-202ENST00000352301 1667 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.64■■■□□ 2.18
CCDC87Q9NVE4 HSD11B1L-206ENST00000423665 1525 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.64■■■□□ 2.18
CCDC87Q9NVE4 PDIA6-201ENST00000272227 2338 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.64■■■□□ 2.18
CCDC87Q9NVE4 TMEM202-AS1-202ENST00000565181 2325 ntBASIC28.64■■■□□ 2.18
CCDC87Q9NVE4 MLNR-201ENST00000218721 1239 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.64■■■□□ 2.18
CCDC87Q9NVE4 GNAO1-211ENST00000570235 568 ntTSL 2 BASIC28.64■■■□□ 2.18
CCDC87Q9NVE4 KREMEN2-205ENST00000575769 1922 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.64■■■□□ 2.18
CCDC87Q9NVE4 ACAD8-202ENST00000374752 1797 ntTSL 2 BASIC28.64■■■□□ 2.18
CCDC87Q9NVE4 LMO2-201ENST00000257818 2294 ntTSL 1 (best) BASIC28.64■■■□□ 2.18
CCDC87Q9NVE4 CTBP1-201ENST00000290921 2297 ntTSL 1 (best) BASIC28.64■■■□□ 2.18
CCDC87Q9NVE4 AL391650.1-201ENST00000448923 1468 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.64■■■□□ 2.17
CCDC87Q9NVE4 NUDT18-201ENST00000611621 1497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.64■■■□□ 2.17
CCDC87Q9NVE4 RHBDL3-204ENST00000538145 1338 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.64■■■□□ 2.17
CCDC87Q9NVE4 FP325331.1-202ENST00000623531 1380 ntBASIC28.63■■■□□ 2.17
CCDC87Q9NVE4 C2CD4B-201ENST00000380392 1579 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.63■■■□□ 2.17
CCDC87Q9NVE4 NFKBIB-204ENST00000572515 1929 ntTSL 1 (best) BASIC28.63■■■□□ 2.17
CCDC87Q9NVE4 CAPG-201ENST00000263867 1442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.63■■■□□ 2.17
CCDC87Q9NVE4 ZC3H14-223ENST00000557607 1983 ntTSL 5 BASIC28.63■■■□□ 2.17
CCDC87Q9NVE4 INS-202ENST00000381330 597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.63■■■□□ 2.17
CCDC87Q9NVE4 DUX4L4-201ENST00000566884 1269 ntBASIC28.63■■■□□ 2.17
CCDC87Q9NVE4 FLJ37453-201ENST00000317122 2473 ntTSL 2 BASIC28.63■■■□□ 2.17
CCDC87Q9NVE4 LINC02228-203ENST00000641970 1355 ntBASIC28.62■■■□□ 2.17
CCDC87Q9NVE4 NPB-202ENST00000573081 2154 ntAPPRIS ALT2 BASIC28.62■■■□□ 2.17
CCDC87Q9NVE4 PRMT2-204ENST00000397628 954 ntTSL 2 BASIC28.62■■■□□ 2.17
CCDC87Q9NVE4 OSCAR-211ENST00000617140 1547 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.62■■■□□ 2.17
CCDC87Q9NVE4 ADSSL1-202ENST00000332972 1969 ntTSL 1 (best) BASIC28.62■■■□□ 2.17
CCDC87Q9NVE4 INPP5J-206ENST00000404453 1613 ntTSL 1 (best) BASIC28.61■■■□□ 2.17
CCDC87Q9NVE4 OXSR1-203ENST00000446845 1908 ntTSL 5 BASIC28.61■■■□□ 2.17
CCDC87Q9NVE4 HIST2H2AC-201ENST00000331380 390 ntAPPRIS P1 BASIC28.61■■■□□ 2.17
CCDC87Q9NVE4 LHPP-203ENST00000392757 840 ntTSL 3 BASIC28.61■■■□□ 2.17
CCDC87Q9NVE4 AL021707.1-201ENST00000416406 500 ntTSL 3 BASIC28.61■■■□□ 2.17
CCDC87Q9NVE4 ATP6V0E2-204ENST00000464662 513 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.61■■■□□ 2.17
CCDC87Q9NVE4 GALNS-211ENST00000568311 703 ntTSL 1 (best) BASIC28.61■■■□□ 2.17
CCDC87Q9NVE4 TRIM2-212ENST00000632856 656 ntTSL 3 BASIC28.61■■■□□ 2.17
CCDC87Q9NVE4 AVPR2-203ENST00000370049 1307 ntTSL 1 (best) BASIC28.61■■■□□ 2.17
CCDC87Q9NVE4 AJAP1-201ENST00000378190 2383 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.6■■■□□ 2.17
CCDC87Q9NVE4 AC022211.4-201ENST00000625094 2161 ntBASIC28.6■■■□□ 2.17
CCDC87Q9NVE4 PKIB-204ENST00000368448 1561 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.6■■■□□ 2.17
CCDC87Q9NVE4 RASGRP2-203ENST00000377486 667 ntTSL 3 BASIC28.6■■■□□ 2.17
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 17.4 ms