Protein–RNA interactions for Protein: P12109

COL6A1, Collagen alpha-1(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,028 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A1P12109 IZUMO4-203ENST00000395307 944 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
COL6A1P12109 PRMT2-204ENST00000397628 954 ntTSL 2 BASIC25.06■■□□□ 1.6
COL6A1P12109 AC010525.1-201ENST00000585559 441 ntBASIC25.06■■□□□ 1.6
COL6A1P12109 HAS1-203ENST00000594621 760 ntTSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
COL6A1P12109 TMEM191A-211ENST00000637163 1067 ntBASIC25.06■■□□□ 1.6
COL6A1P12109 RAB28-208ENST00000630951 1679 ntTSL 5 BASIC25.06■■□□□ 1.6
COL6A1P12109 MME-202ENST00000382989 1319 ntTSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
COL6A1P12109 RHBDL3-204ENST00000538145 1338 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
COL6A1P12109 CD37-213ENST00000598095 1598 ntTSL 2 BASIC25.05■■□□□ 1.6
COL6A1P12109 NPDC1-201ENST00000371600 2187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
COL6A1P12109 C8orf58-201ENST00000289989 2016 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC25.05■■□□□ 1.6
COL6A1P12109 TUBG1-201ENST00000251413 1611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
COL6A1P12109 ODF3L2-201ENST00000315489 1604 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
COL6A1P12109 CARM1-202ENST00000344150 2722 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.05■■□□□ 1.6
COL6A1P12109 SLC26A1-203ENST00000398520 1111 ntTSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
COL6A1P12109 ZNF696-204ENST00000520333 605 ntTSL 5 BASIC25.05■■□□□ 1.6
COL6A1P12109 AC145207.2-202ENST00000576554 565 ntTSL 5 BASIC25.05■■□□□ 1.6
COL6A1P12109 TRAPPC3-208ENST00000616074 1114 ntTSL 5 BASIC25.05■■□□□ 1.6
COL6A1P12109 RTN2-208ENST00000590526 2357 ntTSL 5 BASIC25.05■■□□□ 1.6
COL6A1P12109 CCDC106-202ENST00000586790 2162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
COL6A1P12109 SETD9-211ENST00000628593 1306 ntTSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
COL6A1P12109 ZFYVE19-201ENST00000299173 1555 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
COL6A1P12109 DUSP8P4-201ENST00000399538 1761 ntBASIC25.04■■□□□ 1.6
COL6A1P12109 AL121749.1-201ENST00000635993 1768 ntTSL 5 BASIC25.04■■□□□ 1.6
COL6A1P12109 HSCB-202ENST00000398941 955 ntTSL 2 BASIC25.04■■□□□ 1.6
COL6A1P12109 IPO9-AS1-201ENST00000413035 839 ntTSL 3 BASIC25.04■■□□□ 1.6
COL6A1P12109 ITGA9-AS1-210ENST00000457661 738 ntTSL 4 BASIC25.04■■□□□ 1.6
COL6A1P12109 AP005435.1-201ENST00000529293 1178 ntBASIC25.04■■□□□ 1.6
COL6A1P12109 AC137761.2-201ENST00000561729 223 ntBASIC25.04■■□□□ 1.6
COL6A1P12109 AC145350.3-201ENST00000569033 163 ntBASIC25.04■■□□□ 1.6
COL6A1P12109 POU5F1-209ENST00000638788 369 ntTSL 5 BASIC25.04■■□□□ 1.6
COL6A1P12109 PTRH1-205ENST00000423807 1570 ntTSL 2 BASIC25.04■■□□□ 1.6
COL6A1P12109 TSEN54-201ENST00000333213 1944 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
COL6A1P12109 RAB40C-201ENST00000248139 2699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
COL6A1P12109 NIPA2-202ENST00000359727 1531 ntTSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
COL6A1P12109 AC016769.1-201ENST00000409132 1010 ntBASIC25.03■■□□□ 1.6
COL6A1P12109 OR2I1P-207ENST00000453522 948 ntBASIC25.03■■□□□ 1.6
COL6A1P12109 AC037459.4-201ENST00000517384 585 ntTSL 4 BASIC25.03■■□□□ 1.6
COL6A1P12109 IDH2-203ENST00000559482 1278 ntTSL 5 BASIC25.03■■□□□ 1.6
COL6A1P12109 GALNS-211ENST00000568311 703 ntTSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
COL6A1P12109 COX4I1-216ENST00000568794 794 ntTSL 5 BASIC25.03■■□□□ 1.6
COL6A1P12109 LINC01901-201ENST00000585822 1115 ntTSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
COL6A1P12109 AL499627.2-201ENST00000606283 725 ntBASIC25.03■■□□□ 1.6
COL6A1P12109 FCRLB-205ENST00000367948 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
COL6A1P12109 ORAI3-204ENST00000566237 1393 ntTSL 5 BASIC25.03■■□□□ 1.6
COL6A1P12109 TBR1-202ENST00000410035 1454 ntTSL 2 BASIC25.02■■□□□ 1.6
COL6A1P12109 HSD17B14-201ENST00000263278 1238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
COL6A1P12109 C2orf82-201ENST00000331342 465 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
COL6A1P12109 STX7-201ENST00000367937 1090 ntTSL 5 BASIC25.02■■□□□ 1.6
COL6A1P12109 LY6E-202ENST00000429120 1173 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
COL6A1P12109 AC012414.4-201ENST00000560839 1074 ntTSL 5 BASIC25.02■■□□□ 1.6
COL6A1P12109 LINC02091-201ENST00000576171 1185 ntTSL 5 BASIC25.02■■□□□ 1.6
COL6A1P12109 AC060814.5-201ENST00000630916 1074 ntTSL 2 BASIC25.02■■□□□ 1.6
COL6A1P12109 SMOX-203ENST00000339123 2074 ntTSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
COL6A1P12109 AL117348.2-201ENST00000432920 1625 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.01■■□□□ 1.59
COL6A1P12109 CROCCP5-201ENST00000436658 830 ntBASIC25.01■■□□□ 1.59
COL6A1P12109 GALNS-213ENST00000569433 723 ntTSL 3 BASIC25.01■■□□□ 1.59
COL6A1P12109 UTS2R-201ENST00000313135 1357 ntAPPRIS P1 BASIC25.01■■□□□ 1.59
COL6A1P12109 AL161729.1-201ENST00000604104 1402 ntBASIC25.01■■□□□ 1.59
COL6A1P12109 KDELR1-203ENST00000597017 1594 ntTSL 2 BASIC25.01■■□□□ 1.59
COL6A1P12109 SLC52A2-202ENST00000402965 1777 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25■■□□□ 1.59
COL6A1P12109 PKMYT1-211ENST00000573944 1891 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25■■□□□ 1.59
COL6A1P12109 CDH18-AS1-201ENST00000513573 424 ntTSL 2 BASIC25■■□□□ 1.59
COL6A1P12109 PIP4K2B-204ENST00000619039 5734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
COL6A1P12109 SHMT1-203ENST00000354098 1656 ntTSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
COL6A1P12109 PFKP-201ENST00000381072 1698 ntTSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
COL6A1P12109 RCOR3-202ENST00000367006 2525 ntTSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
COL6A1P12109 NAPA-201ENST00000263354 1839 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
COL6A1P12109 UTF1-201ENST00000304477 1157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
COL6A1P12109 NDUFV2-201ENST00000318388 930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
COL6A1P12109 UROS-204ENST00000368797 1313 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
COL6A1P12109 ARL6IP4-204ENST00000392435 1339 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
COL6A1P12109 CLN3-207ENST00000395653 1430 ntTSL 5 BASIC24.99■■□□□ 1.59
COL6A1P12109 AL355802.2-201ENST00000402069 882 ntBASIC24.99■■□□□ 1.59
COL6A1P12109 AC073343.2-201ENST00000413182 548 ntTSL 4 BASIC24.99■■□□□ 1.59
COL6A1P12109 DBI-210ENST00000542275 757 ntTSL 5 BASIC24.99■■□□□ 1.59
COL6A1P12109 NUDT18-201ENST00000611621 1497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
COL6A1P12109 AL109923.1-201ENST00000618799 583 ntBASIC24.99■■□□□ 1.59
COL6A1P12109 SLC16A11-202ENST00000447225 1779 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.98■■□□□ 1.59
COL6A1P12109 MRPS2-202ENST00000371785 1640 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.98■■□□□ 1.59
COL6A1P12109 LSR-205ENST00000427250 1606 ntTSL 2 BASIC24.98■■□□□ 1.59
COL6A1P12109 PLPP1-201ENST00000264775 1550 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
COL6A1P12109 TADA2B-204ENST00000512388 1343 ntTSL 5 BASIC24.98■■□□□ 1.59
COL6A1P12109 MT1M-201ENST00000379818 829 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
COL6A1P12109 AC092368.3-201ENST00000562549 1107 ntTSL 5 BASIC24.98■■□□□ 1.59
COL6A1P12109 AC011511.3-201ENST00000587088 355 ntTSL 2 BASIC24.98■■□□□ 1.59
COL6A1P12109 SLC35A2-211ENST00000634461 533 ntTSL 4 BASIC24.98■■□□□ 1.59
COL6A1P12109 AP001160.5-201ENST00000636508 485 ntAPPRIS P1 BASIC24.98■■□□□ 1.59
COL6A1P12109 AC105233.4-201ENST00000642045 216 ntBASIC24.98■■□□□ 1.59
COL6A1P12109 ZNF692-201ENST00000306601 1931 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
COL6A1P12109 C7orf25-206ENST00000447342 1823 ntTSL 2 BASIC24.98■■□□□ 1.59
COL6A1P12109 HAGHL-212ENST00000564537 1667 ntTSL 2 BASIC24.97■■□□□ 1.59
COL6A1P12109 BBC3-202ENST00000341983 1538 ntTSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
COL6A1P12109 NRL-202ENST00000396997 1517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
COL6A1P12109 RAP1B-207ENST00000450214 1466 ntTSL 2 BASIC24.97■■□□□ 1.59
COL6A1P12109 FUT11-202ENST00000394790 2175 ntTSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
COL6A1P12109 SOHLH1-201ENST00000298466 1987 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
COL6A1P12109 PCSK1N-201ENST00000218230 1050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
COL6A1P12109 FITM1-201ENST00000267426 1194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
COL6A1P12109 ACYP2-201ENST00000303536 789 ntTSL 2 BASIC24.97■■□□□ 1.59
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 20.3 ms