Protein–RNA interactions for Protein: Q8CDN8

Ccdc38, Coiled-coil domain-containing protein 38, mousemouse

Predictions only

Length 563 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Ccdc38Q8CDN8 Ssbp3-203ENSMUST00000097934 1742 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.08■■■□□ 2.25
Ccdc38Q8CDN8 Gltp-201ENSMUST00000012028 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.04■■■□□ 2.24
Ccdc38Q8CDN8 Gm17082-201ENSMUST00000166043 1091 ntBASIC29.03■■■□□ 2.24
Ccdc38Q8CDN8 Grk2-210ENSMUST00000171123 1439 ntTSL 5 BASIC29.03■■■□□ 2.24
Ccdc38Q8CDN8 Ap1ar-210ENSMUST00000200409 2580 ntTSL 5 BASIC29.02■■■□□ 2.24
Ccdc38Q8CDN8 Nectin3-203ENSMUST00000096052 1746 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.97■■■□□ 2.23
Ccdc38Q8CDN8 Gm8066-201ENSMUST00000197762 485 ntTSL 3 BASIC28.97■■■□□ 2.23
Ccdc38Q8CDN8 Ywhaz-204ENSMUST00000110362 2122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.96■■■□□ 2.23
Ccdc38Q8CDN8 Tpm1-216ENSMUST00000113707 1898 ntTSL 1 (best) BASIC28.96■■■□□ 2.23
Ccdc38Q8CDN8 Ythdf1-202ENSMUST00000108876 2272 ntTSL 1 (best) BASIC28.96■■■□□ 2.23
Ccdc38Q8CDN8 Nkx1-1-201ENSMUST00000173348 1209 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.93■■■□□ 2.22
Ccdc38Q8CDN8 Prelid3b-201ENSMUST00000016401 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.92■■■□□ 2.22
Ccdc38Q8CDN8 Mapk3-201ENSMUST00000050201 1267 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC28.92■■■□□ 2.22
Ccdc38Q8CDN8 Clec2l-201ENSMUST00000114874 1428 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.91■■■□□ 2.22
Ccdc38Q8CDN8 Pfn2-202ENSMUST00000119344 1879 ntTSL 1 (best) BASIC28.91■■■□□ 2.22
Ccdc38Q8CDN8 Gm27322-201ENSMUST00000184007 104 ntBASIC28.9■■■□□ 2.22
Ccdc38Q8CDN8 BC030336-205ENSMUST00000208454 813 ntTSL 2 BASIC28.88■■■□□ 2.21
Ccdc38Q8CDN8 AC153504.1-201ENSMUST00000218379 2290 ntBASIC28.87■■■□□ 2.21
Ccdc38Q8CDN8 Cnot6l-203ENSMUST00000122003 2089 ntTSL 1 (best) BASIC28.86■■■□□ 2.21
Ccdc38Q8CDN8 Mapk3-202ENSMUST00000057669 1800 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.86■■■□□ 2.21
Ccdc38Q8CDN8 AC166822.3-201ENSMUST00000227394 661 ntBASIC28.86■■■□□ 2.21
Ccdc38Q8CDN8 Bcl7c-201ENSMUST00000061468 1132 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.86■■■□□ 2.21
Ccdc38Q8CDN8 Cxxc4-203ENSMUST00000181904 5694 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC28.83■■■□□ 2.21
Ccdc38Q8CDN8 Enho-201ENSMUST00000127306 1269 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.83■■■□□ 2.21
Ccdc38Q8CDN8 Raly-204ENSMUST00000116389 1759 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.83■■■□□ 2.21
Ccdc38Q8CDN8 Fam117a-201ENSMUST00000037502 2317 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.82■■■□□ 2.2
Ccdc38Q8CDN8 C530008M17Rik-201ENSMUST00000086909 1844 ntBASIC28.8■■■□□ 2.2
Ccdc38Q8CDN8 Reps1-206ENSMUST00000154718 2402 ntTSL 5 BASIC28.79■■■□□ 2.2
Ccdc38Q8CDN8 Tspan3-201ENSMUST00000034876 1716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.79■■■□□ 2.2
Ccdc38Q8CDN8 Dapk3-209ENSMUST00000219850 1482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.78■■■□□ 2.2
Ccdc38Q8CDN8 Cyp26a1-201ENSMUST00000025946 1773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.78■■■□□ 2.2
Ccdc38Q8CDN8 Slc16a6-203ENSMUST00000070872 2354 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.77■■■□□ 2.2
Ccdc38Q8CDN8 Lactb-201ENSMUST00000034929 2031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.77■■■□□ 2.2
Ccdc38Q8CDN8 Cenpv-201ENSMUST00000018653 1032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.77■■■□□ 2.2
Ccdc38Q8CDN8 Tnfsfm13-202ENSMUST00000174159 1470 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.76■■■□□ 2.19
Ccdc38Q8CDN8 Ccz1-201ENSMUST00000031621 1769 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.74■■■□□ 2.19
Ccdc38Q8CDN8 Mtch1-201ENSMUST00000095427 1922 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.74■■■□□ 2.19
Ccdc38Q8CDN8 Rnf130-202ENSMUST00000102776 1502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.74■■■□□ 2.19
Ccdc38Q8CDN8 Ldb1-206ENSMUST00000152946 2108 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC28.73■■■□□ 2.19
Ccdc38Q8CDN8 Ccdc9-202ENSMUST00000118976 2175 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.73■■■□□ 2.19
Ccdc38Q8CDN8 Gm12184-201ENSMUST00000104959 1310 ntAPPRIS P1 BASIC28.69■■■□□ 2.18
Ccdc38Q8CDN8 Noxo1-201ENSMUST00000019464 2238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.69■■■□□ 2.18
Ccdc38Q8CDN8 Popdc3-202ENSMUST00000161803 1369 ntTSL 1 (best) BASIC28.68■■■□□ 2.18
Ccdc38Q8CDN8 Tgfbr1-205ENSMUST00000126171 1829 ntTSL 5 BASIC28.68■■■□□ 2.18
Ccdc38Q8CDN8 Fam196a-201ENSMUST00000171394 2490 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.68■■■□□ 2.18
Ccdc38Q8CDN8 Apcdd1-202ENSMUST00000163716 1888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.68■■■□□ 2.18
Ccdc38Q8CDN8 Tnfsf12-202ENSMUST00000181810 1435 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.65■■■□□ 2.18
Ccdc38Q8CDN8 Abhd17a-201ENSMUST00000003436 1468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.65■■■□□ 2.18
Ccdc38Q8CDN8 Rhobtb3-202ENSMUST00000109606 1676 ntTSL 1 (best) BASIC28.64■■■□□ 2.18
Ccdc38Q8CDN8 Ryk-203ENSMUST00000175883 2505 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.62■■■□□ 2.17
Ccdc38Q8CDN8 Raly-202ENSMUST00000058089 1747 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.61■■■□□ 2.17
Ccdc38Q8CDN8 Spata1-201ENSMUST00000029839 1920 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.59■■■□□ 2.17
Ccdc38Q8CDN8 Dmwd-201ENSMUST00000032570 2494 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.59■■■□□ 2.17
Ccdc38Q8CDN8 Phf10-201ENSMUST00000024657 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.58■■■□□ 2.17
Ccdc38Q8CDN8 Crlf1-201ENSMUST00000008032 1644 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.58■■■□□ 2.17
Ccdc38Q8CDN8 Gm45716-202ENSMUST00000134929 2031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.56■■■□□ 2.16
Ccdc38Q8CDN8 Gm26115-201ENSMUST00000175605 87 ntBASIC28.56■■■□□ 2.16
Ccdc38Q8CDN8 Olfm1-203ENSMUST00000102879 1072 ntTSL 1 (best) BASIC28.55■■■□□ 2.16
Ccdc38Q8CDN8 Ywhah-201ENSMUST00000019109 1764 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.54■■■□□ 2.16
Ccdc38Q8CDN8 Smad7-202ENSMUST00000168918 1882 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.53■■■□□ 2.16
Ccdc38Q8CDN8 Gm8109-201ENSMUST00000194076 746 ntBASIC28.52■■■□□ 2.16
Ccdc38Q8CDN8 Dhrs13-203ENSMUST00000122342 1791 ntTSL 1 (best) BASIC28.52■■■□□ 2.16
Ccdc38Q8CDN8 Rnf130-201ENSMUST00000054684 1415 ntTSL 1 (best) BASIC28.52■■■□□ 2.16
Ccdc38Q8CDN8 Ring1-201ENSMUST00000025183 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.5■■■□□ 2.15
Ccdc38Q8CDN8 Fcnaos-201ENSMUST00000127642 1351 ntTSL 1 (best) BASIC28.5■■■□□ 2.15
Ccdc38Q8CDN8 Rab40c-201ENSMUST00000026826 2466 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.48■■■□□ 2.15
Ccdc38Q8CDN8 Dazap1-203ENSMUST00000105362 2081 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.44■■■□□ 2.14
Ccdc38Q8CDN8 Tpst1-201ENSMUST00000040721 2050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.44■■■□□ 2.14
Ccdc38Q8CDN8 Mkrn1-202ENSMUST00000051671 1511 ntTSL 1 (best) BASIC28.44■■■□□ 2.14
Ccdc38Q8CDN8 Plpp2-201ENSMUST00000063879 1654 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.43■■■□□ 2.14
Ccdc38Q8CDN8 Tcf15-201ENSMUST00000089112 980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.43■■■□□ 2.14
Ccdc38Q8CDN8 Ebag9-203ENSMUST00000227691 1945 ntAPPRIS P1 BASIC28.42■■■□□ 2.14
Ccdc38Q8CDN8 Pth1r-202ENSMUST00000166716 2219 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.41■■■□□ 2.14
Ccdc38Q8CDN8 Rab22a-202ENSMUST00000109110 849 ntTSL 5 BASIC28.41■■■□□ 2.14
Ccdc38Q8CDN8 Ric1-206ENSMUST00000162184 2157 ntTSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
Ccdc38Q8CDN8 Traf4-201ENSMUST00000017530 2078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.39■■■□□ 2.14
Ccdc38Q8CDN8 Zxdb-201ENSMUST00000101388 5619 ntAPPRIS P1 BASIC28.39■■■□□ 2.14
Ccdc38Q8CDN8 Upp2-202ENSMUST00000071543 2150 ntTSL 1 (best) BASIC28.37■■■□□ 2.13
Ccdc38Q8CDN8 Galnt10-202ENSMUST00000108846 1745 ntTSL 1 (best) BASIC28.37■■■□□ 2.13
Ccdc38Q8CDN8 Hoxa13-203ENSMUST00000147595 2395 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC28.37■■■□□ 2.13
Ccdc38Q8CDN8 Syt7-201ENSMUST00000073899 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.36■■■□□ 2.13
Ccdc38Q8CDN8 Vsig8-202ENSMUST00000177086 1519 ntTSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
Ccdc38Q8CDN8 Gkap1-201ENSMUST00000091579 1523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
Ccdc38Q8CDN8 Lmo2-201ENSMUST00000111139 1434 ntTSL 5 BASIC28.32■■■□□ 2.12
Ccdc38Q8CDN8 Ppp1cc-201ENSMUST00000086294 1442 ntTSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
Ccdc38Q8CDN8 Gnas-207ENSMUST00000109085 1789 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
Ccdc38Q8CDN8 Fbll1-201ENSMUST00000160726 1503 ntAPPRIS P1 BASIC28.29■■■□□ 2.12
Ccdc38Q8CDN8 Reep6-203ENSMUST00000105355 2127 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.11
Ccdc38Q8CDN8 Reep6-204ENSMUST00000105357 2127 ntTSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.11
Ccdc38Q8CDN8 Adgrb2-207ENSMUST00000120204 5170 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.11
Ccdc38Q8CDN8 Hnrnpd-202ENSMUST00000072750 1537 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC28.26■■■□□ 2.11
Ccdc38Q8CDN8 Sept11-208ENSMUST00000202308 1792 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC28.26■■■□□ 2.11
Ccdc38Q8CDN8 Ppp1r3e-202ENSMUST00000177403 1957 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.25■■■□□ 2.11
Ccdc38Q8CDN8 Il17d-201ENSMUST00000089494 1274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
Ccdc38Q8CDN8 Zxda-201ENSMUST00000117281 2621 ntBASIC28.24■■■□□ 2.11
Ccdc38Q8CDN8 Btf3-201ENSMUST00000022163 1091 ntTSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
Ccdc38Q8CDN8 Kcnmb4os2-201ENSMUST00000080943 1571 ntTSL 5 BASIC28.23■■■□□ 2.11
Ccdc38Q8CDN8 Peli2-204ENSMUST00000226513 1320 ntBASIC28.22■■■□□ 2.11
Ccdc38Q8CDN8 Hexdc-202ENSMUST00000106117 2149 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
Ccdc38Q8CDN8 Galnt12-201ENSMUST00000045041 2288 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 17.7 ms