Protein–RNA interactions for Protein: Q3TIX9

Usp39, U4/U6.U5 tri-snRNP-associated protein 2, mousemouse

Predictions only

Length 564 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Usp39Q3TIX9 Chrna5-202ENSMUST00000213960 1737 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
Usp39Q3TIX9 Ildr2-207ENSMUST00000195557 1947 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
Usp39Q3TIX9 Shf-201ENSMUST00000048635 1431 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
Usp39Q3TIX9 Mipep-204ENSMUST00000225043 1548 ntBASIC25.08■■□□□ 1.61
Usp39Q3TIX9 Gm17082-201ENSMUST00000166043 1091 ntBASIC25.07■■□□□ 1.6
Usp39Q3TIX9 Ythdf1-202ENSMUST00000108876 2272 ntTSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
Usp39Q3TIX9 Iffo2-203ENSMUST00000174078 5716 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
Usp39Q3TIX9 Reps1-206ENSMUST00000154718 2402 ntTSL 5 BASIC25.05■■□□□ 1.6
Usp39Q3TIX9 Ino80b-201ENSMUST00000032109 1038 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
Usp39Q3TIX9 Ilk-201ENSMUST00000033182 1795 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
Usp39Q3TIX9 AC153504.1-201ENSMUST00000218379 2290 ntBASIC25.05■■□□□ 1.6
Usp39Q3TIX9 Ccdc9-202ENSMUST00000118976 2175 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
Usp39Q3TIX9 Ssbp3-203ENSMUST00000097934 1742 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.01■■□□□ 1.59
Usp39Q3TIX9 Gltp-201ENSMUST00000012028 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
Usp39Q3TIX9 Tpm1-216ENSMUST00000113707 1898 ntTSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
Usp39Q3TIX9 Fcho2-203ENSMUST00000109403 1523 ntTSL 5 BASIC24.98■■□□□ 1.59
Usp39Q3TIX9 Ubtd2-201ENSMUST00000051053 1012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
Usp39Q3TIX9 Cnot6l-203ENSMUST00000122003 2089 ntTSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
Usp39Q3TIX9 Mapk14-205ENSMUST00000114758 1581 ntTSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
Usp39Q3TIX9 Clec2l-201ENSMUST00000114874 1428 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.97■■□□□ 1.59
Usp39Q3TIX9 Tmed7-203ENSMUST00000151189 1348 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
Usp39Q3TIX9 Gm27322-201ENSMUST00000184007 104 ntBASIC24.97■■□□□ 1.59
Usp39Q3TIX9 Maz-202ENSMUST00000205461 796 ntTSL 5 BASIC24.96■■□□□ 1.59
Usp39Q3TIX9 Nectin3-203ENSMUST00000096052 1746 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.59
Usp39Q3TIX9 Pfn2-202ENSMUST00000119344 1879 ntTSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
Usp39Q3TIX9 Dyrk1a-202ENSMUST00000119878 5759 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.93■■□□□ 1.58
Usp39Q3TIX9 Slc16a6-203ENSMUST00000070872 2354 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
Usp39Q3TIX9 C530008M17Rik-201ENSMUST00000086909 1844 ntBASIC24.9■■□□□ 1.58
Usp39Q3TIX9 Fam117a-201ENSMUST00000037502 2317 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
Usp39Q3TIX9 Ryk-203ENSMUST00000175883 2505 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
Usp39Q3TIX9 Nkx1-1-201ENSMUST00000173348 1209 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.87■■□□□ 1.57
Usp39Q3TIX9 Prelid3b-201ENSMUST00000016401 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
Usp39Q3TIX9 Fam196a-201ENSMUST00000171394 2490 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.85■■□□□ 1.57
Usp39Q3TIX9 Raly-204ENSMUST00000116389 1759 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.85■■□□□ 1.57
Usp39Q3TIX9 Cyp26a1-201ENSMUST00000025946 1773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
Usp39Q3TIX9 Mtch1-201ENSMUST00000095427 1922 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
Usp39Q3TIX9 Mapk3-202ENSMUST00000057669 1800 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
Usp39Q3TIX9 Lactb-201ENSMUST00000034929 2031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
Usp39Q3TIX9 Ldb1-206ENSMUST00000152946 2108 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.82■■□□□ 1.56
Usp39Q3TIX9 Gm24804-201ENSMUST00000174982 85 ntBASIC24.81■■□□□ 1.56
Usp39Q3TIX9 Noxo1-201ENSMUST00000019464 2238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
Usp39Q3TIX9 Tspan3-201ENSMUST00000034876 1716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
Usp39Q3TIX9 Grk2-210ENSMUST00000171123 1439 ntTSL 5 BASIC24.8■■□□□ 1.56
Usp39Q3TIX9 Apcdd1-202ENSMUST00000163716 1888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
Usp39Q3TIX9 Gm8066-201ENSMUST00000197762 485 ntTSL 3 BASIC24.76■■□□□ 1.55
Usp39Q3TIX9 Dmwd-201ENSMUST00000032570 2494 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
Usp39Q3TIX9 Tcf15-201ENSMUST00000089112 980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
Usp39Q3TIX9 Rab40c-201ENSMUST00000026826 2466 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
Usp39Q3TIX9 Ccz1-201ENSMUST00000031621 1769 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.55
Usp39Q3TIX9 Tnfsfm13-202ENSMUST00000174159 1470 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.7■■□□□ 1.54
Usp39Q3TIX9 Dapk3-209ENSMUST00000219850 1482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
Usp39Q3TIX9 Pth1r-202ENSMUST00000166716 2219 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
Usp39Q3TIX9 Tgfbr1-205ENSMUST00000126171 1829 ntTSL 5 BASIC24.68■■□□□ 1.54
Usp39Q3TIX9 Rhobtb3-202ENSMUST00000109606 1676 ntTSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
Usp39Q3TIX9 Snf8-202ENSMUST00000107700 849 ntTSL 2 BASIC24.65■■□□□ 1.54
Usp39Q3TIX9 Gm45716-202ENSMUST00000134929 2031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
Usp39Q3TIX9 AC166822.3-201ENSMUST00000227394 661 ntBASIC24.64■■□□□ 1.54
Usp39Q3TIX9 Upp2-202ENSMUST00000071543 2150 ntTSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.53
Usp39Q3TIX9 Phf10-201ENSMUST00000024657 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
Usp39Q3TIX9 Ywhah-201ENSMUST00000019109 1764 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
Usp39Q3TIX9 Raly-202ENSMUST00000058089 1747 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
Usp39Q3TIX9 Cenpv-201ENSMUST00000018653 1032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
Usp39Q3TIX9 Il17d-201ENSMUST00000089494 1274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
Usp39Q3TIX9 Dazap1-203ENSMUST00000105362 2081 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
Usp39Q3TIX9 Smad7-202ENSMUST00000168918 1882 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
Usp39Q3TIX9 Tpst1-201ENSMUST00000040721 2050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
Usp39Q3TIX9 Ring1-201ENSMUST00000025183 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
Usp39Q3TIX9 Spata1-201ENSMUST00000029839 1920 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
Usp39Q3TIX9 Rnf130-202ENSMUST00000102776 1502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
Usp39Q3TIX9 Tnfsf12-202ENSMUST00000181810 1435 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
Usp39Q3TIX9 Traf4-201ENSMUST00000017530 2078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
Usp39Q3TIX9 Ric1-206ENSMUST00000162184 2157 ntTSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
Usp39Q3TIX9 Abhd17a-201ENSMUST00000003436 1468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
Usp39Q3TIX9 Ebag9-203ENSMUST00000227691 1945 ntAPPRIS P1 BASIC24.55■■□□□ 1.52
Usp39Q3TIX9 Popdc3-202ENSMUST00000161803 1369 ntTSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
Usp39Q3TIX9 Galnt10-202ENSMUST00000108846 1745 ntTSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
Usp39Q3TIX9 Gm12184-201ENSMUST00000104959 1310 ntAPPRIS P1 BASIC24.51■■□□□ 1.51
Usp39Q3TIX9 Fcnaos-201ENSMUST00000127642 1351 ntTSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
Usp39Q3TIX9 Sap30l-201ENSMUST00000020826 1151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
Usp39Q3TIX9 Crlf1-201ENSMUST00000008032 1644 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
Usp39Q3TIX9 Hoxa13-203ENSMUST00000147595 2395 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC24.48■■□□□ 1.51
Usp39Q3TIX9 Hexdc-202ENSMUST00000106117 2149 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
Usp39Q3TIX9 Tlx1-201ENSMUST00000026236 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
Usp39Q3TIX9 Dhrs13-203ENSMUST00000122342 1791 ntTSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
Usp39Q3TIX9 Plpp2-201ENSMUST00000063879 1654 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
Usp39Q3TIX9 Galnt12-201ENSMUST00000045041 2288 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
Usp39Q3TIX9 Ppp1r3e-202ENSMUST00000177403 1957 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.44■■□□□ 1.5
Usp39Q3TIX9 Adap1-201ENSMUST00000110865 2557 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.44■■□□□ 1.5
Usp39Q3TIX9 Zxda-201ENSMUST00000117281 2621 ntBASIC24.43■■□□□ 1.5
Usp39Q3TIX9 Gm9905-201ENSMUST00000065740 1845 ntBASIC24.42■■□□□ 1.5
Usp39Q3TIX9 AI837181-202ENSMUST00000159759 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
Usp39Q3TIX9 Gm6206-201ENSMUST00000133472 2199 ntBASIC24.42■■□□□ 1.5
Usp39Q3TIX9 Sec63-201ENSMUST00000019937 6032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
Usp39Q3TIX9 Mapk13-201ENSMUST00000004986 1392 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
Usp39Q3TIX9 Dnttip1-202ENSMUST00000109326 476 ntTSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
Usp39Q3TIX9 Raly-201ENSMUST00000029120 1802 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.36■■□□□ 1.49
Usp39Q3TIX9 Rnf130-201ENSMUST00000054684 1415 ntTSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
Usp39Q3TIX9 Gnas-207ENSMUST00000109085 1789 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
Usp39Q3TIX9 Mkrn1-203ENSMUST00000114822 751 ntTSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
Usp39Q3TIX9 Vsig8-202ENSMUST00000177086 1519 ntTSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 15.4 ms